TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫(kù)介紹專題知識(shí)講解.ppt

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹專題 上海爾云 云生信團(tuán)隊(duì)2015 9 20 目錄 前言 01 TCGA theCancergenomeATLAS 癌癥種類豐富 樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverage http cancergenome nih gov 數(shù)據(jù)產(chǎn)生歷程 02 TCGA數(shù)據(jù)的產(chǎn)生歷程 1 組織樣本和臨床數(shù)據(jù)來(lái)源網(wǎng)站 TSS 收集的數(shù)據(jù)發(fā)送到Biospecimen核心資源 BCRs 2 BCRs提交臨床數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)中心 DCC 和測(cè)序中心 GSCs 獲取組織變異數(shù)據(jù) 然后提交給DCC 3 GSCs提交跟蹤文件 序列比對(duì)后文件到癌癥基因組學(xué)中心 CGHub 4 提交給DCC和CGHub的數(shù)據(jù)可供研究團(tuán)隊(duì)和基因組數(shù)據(jù)分析中心 GDACs 使用 5 分析pipeline以及由GDACs產(chǎn)生的數(shù)據(jù)結(jié)果通過(guò)DCC保存到研究社區(qū) community 中 http cancergenome nih gov abouttcga overview barcode解讀 03 詳細(xì)請(qǐng)見(jiàn) https wiki nci nih gov display TCGA TCGA barcode DaTATYPESANDLEVELS 04 DATATYPES DATALEVLES 注意 低水平的測(cè)序數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在CGHubhttps cghub ucsc edu 申請(qǐng)下載時(shí)需要DUNSnumber TheCancerGenomicsHub CGHub isasecurerepositoryforstoring cataloging andaccessingcancergenomesequences alignments andmutationinformationfromtheCancerGenomeAtlas TCGA consortiumandrelatedprojects 目前已有的癌癥種類 05 癌癥種類豐富 樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverage 詳細(xì)見(jiàn) TCGApublicationguideline http cancergenome nih gov publications publicationguidelines 數(shù)據(jù)下載及解讀 06 最簡(jiǎn)單的方法 https tcga data nci nih gov tcga tcgaHome2 jsp 第1封郵件通知下載申請(qǐng)已經(jīng)提交 第2封給出下載鏈接 Step4 Step4文件內(nèi)容 File manifest txt 對(duì)所下載文件的說(shuō)明 臨床數(shù)據(jù)解讀 CDE CommonDataElementshttps tcga data nci nih gov