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密級: 論文編號: 中 國農(nóng)業(yè) 科學院 學位論文 北京地區(qū)野生大豆( G. 傳多樣性研究 on in on in I 摘 要 野生大豆( 栽培大豆( G. 野生祖先種 , 為栽培大豆的遺傳育種和種質(zhì)改良提供了重要的基因資源。北京地區(qū)是我國野生大豆分布區(qū)中部。近些年,北京地區(qū)經(jīng)濟迅速發(fā)展,人口急劇增加,一些因素破壞了野生大豆的生存環(huán)境,使寶貴的資源在逐漸流失。因此本文對 北京地區(qū)的野生大豆進行考察和遺傳多樣性的研究,為考察、設立原位點保護、制定合理的取樣保存方案、研究和利用提供理論依據(jù)。 本文通過實地考察,收集北京地區(qū)野生大豆 10 個居群,每個居群 30 個單株(居群 2 為 28個單株),共 298 個單株。分別從形態(tài)水平和分子水平上對北京野生大豆群體進行了遺傳多樣性分析。采集的種子進行田間種植,共調(diào)查了 11 個形態(tài)性狀( 7 個數(shù)量性狀和 4 個質(zhì)量性狀);實驗室內(nèi)分析共采用了 40 對 物,平均每個連鎖群上 2 對引物。分析結(jié)果表明: 1、 質(zhì)量性狀多態(tài)相對單一; 居群內(nèi)個體間的 數(shù)量 性狀值相差很大 , 居群間數(shù)量性狀的平均差異大小有 一定的 地理分布性 ,但各性狀差異表現(xiàn)不盡相同。 性狀變異系數(shù)大小順序依次為: 葉片長寬 單株 產(chǎn)量 地上部莖葉干重 生長速率 株高 百粒重 播種至開花天數(shù) 。數(shù)量性狀的多樣性指數(shù)高于質(zhì)量性狀的多樣性指數(shù)。 數(shù)計算表明 北部山區(qū)指數(shù)最高,為 次是中 低是東部山區(qū),為 1 號居群的 數(shù) 最高, 9 號居群多樣性最低。 通過聚類分析,把北京地區(qū) 10 個居群分為 4 組。 2、 利用 40 對 物研究了北京地區(qū)天然野生大豆居群的遺傳結(jié)構(gòu)與遺傳多樣性 。 10 個居群共檢測到 526 個等位變異,平均等位基因數(shù) (A)為 ,平均有效等位基因數(shù) ( 群平均 數(shù) (I)為 均期望雜合度 ( 均基因分化程度 (群內(nèi)遺傳多樣度 ( 群間遺傳多樣度( 京天然群體平均多基因位點雜合度 ( 本研究顯示中 在地理上,環(huán)繞北京地區(qū)的太行山和燕山兩大余脈區(qū)域野生大豆居群遺傳分化表現(xiàn)出地理差 異。我們看到一個可能是經(jīng)過自然選擇而形成的有抗旱潛力的居群在遺傳上表現(xiàn)單一化。期待該居群提供耐旱基因利用。 關鍵詞 野生大豆 (遺傳多樣性,北京, 子標記 is as of G. As is an In of of of in to in of we of of 0 28 98 We in 1 A 0 SR of to as 1. of in a in V of as 100to of of of o.1 of o.9 on 0 2. 0 526 in of A) of a of to of in of A to is in of s) 錄 第一章 緒論 . 1 傳多樣性 . 1 究遺傳多樣性的意義 . 1 傳多樣性研究方法 . 2 傳多樣性的度量參數(shù) . 4 生大豆 . 7 生大豆 . 7 生大豆的地理分布與生境 . 8 生大豆的考察保存狀況 . 9 生大豆的利用價值 . 9 內(nèi)外研究現(xiàn)狀 . 10 生大豆生物學方面研究 . 10 生大豆生理生化研究 . 11 生大豆與進化的關系 . 13 生大豆遺傳多樣性研究 . 14 第二章 形態(tài)性狀、分布及遺傳多樣性 . 16 然居群取樣 . 16 居群的地理分布及生境 . 16 間種植 . 18 狀記載及標準 . 18 據(jù)整理與分析方法 . 18 果與分析 . 19 態(tài)性狀類型及變異 . 19 量性狀變異系數(shù) . 20 群內(nèi)形態(tài)類型分布 . 23 群形態(tài)性狀多樣性分析 . 26 群形態(tài)性狀聚類分析 . 27 論 . 28 京地區(qū)野生大豆形態(tài)性狀多態(tài) . 28 群中數(shù)量性狀的變異程度大小和生長環(huán)境的關系 . 29 京地區(qū)野生大豆資源保護建議 . 29 第三章 子標記分析遺傳多樣性 . 31 驗材料 . 31 驗方法 . 31 提取 . 31 增作用引物 . 32 增程序 . 33 丙烯酰胺凝膠電泳檢測 . 33 據(jù)處理 . 34 據(jù)統(tǒng)計 . 34 傳多樣性參數(shù)分析 . 35 類分析 . 35 坐標分析 . 35 果與分析 . 35 點多態(tài)變異 . 35 傳多樣性指數(shù)分析 . 36 群的遺傳結(jié)構(gòu) . 37 體的基因分化 . 38 群間遺傳聚類分析 . 39 群間的主坐標分析 . 40 論和討論 . 41 京地區(qū)天然野生大豆居群基因分化與遺傳差異 . 41 理環(huán)境對遺傳結(jié)構(gòu)的影響 . 41 群地理分布與遺傳結(jié)構(gòu)及分化的關系 . 41 源保護策略與利用 . 42 第 四 章 形態(tài)標記與 分子標記分 析的結(jié)果比較與討論 . 43 形態(tài)性狀和各位點在居群上的遺傳變異 . 43 傳多樣性指數(shù)分析 . 43 群間遺傳聚類分析 . 44 第五 章 全文結(jié)論 . 45 參考文獻 . 45 附錄 . 52 致謝 . 53 作者簡歷 . 55 V 英文縮略表 英文縮寫 英文全稱 中文名稱 氧核糖核酸 糖核酸 信使核糖核酸 合酶鏈式反應 單重復序列 機擴增的多態(tài)性 制性酶切長度多態(tài)性 增的限制性片段長度多態(tài)性 A of 均等位變異數(shù) he of 效等位變異數(shù) 均期望雜合度 際觀察雜合度 I 農(nóng)多樣性指數(shù) 六烷基三甲基溴化銨 中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 1 第一章 緒論 傳 多樣性 當今世界面臨人口、資源、環(huán)境、糧食與能源五大危機,這些危機的解決都與地球上的生物多樣性密切相關。因此。保護生物多樣性已成為國際社會關注的熱點。 1992 年在里約熱內(nèi)盧召開的聯(lián)合國環(huán)境與發(fā)展大會上, 153 個國家的首腦共同簽署了生物多樣性公約。我國作為生物多樣性公約的締約國,正在積極執(zhí)行這一公約,生物多樣性的保護和研究已在我國蓬勃開展 (董玉琛, 1995)。 遺傳多樣性( 生物多樣性的核心,是物種多樣性、生態(tài)系統(tǒng)多樣性和景觀多樣性的基礎。廣義的遺傳多樣性是指地球 上所有生物攜帶的遺傳信息的總和,而狹義的遺傳多樣性是指種內(nèi)不同群體之間或同一群體內(nèi)不同個體的遺傳變異的總和(錢迎倩等, 1994)。一般說遺傳多樣性是指種內(nèi)的多樣性,即種內(nèi)的遺傳變異。 究遺傳多樣性的意義 遺傳多樣性研究是植物資源合理保存和利用的理論基礎。我國存在著復雜的地勢土壤和氣候條件,加上多民族各種各樣的耕作制度,因而作物種類、品種和類型非常豐富。由于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中,過于強調(diào)高產(chǎn)品種的推廣和外來品種的引進以及優(yōu)良親本的重復使用,已導致作物品種遺傳基礎狹窄,甚至使不少品種和類型丟失 。 此外由于人口 劇增,環(huán)境惡化,一些寶貴的野生資源也在逐漸消失,在我國大豆育種上品種遺傳基礎狹窄的危害性已開始顯現(xiàn)出來(田佩占等, 1998)。因此有必要對作物遺傳資源進行保護。只有掌握物種的遺傳多樣性水平高低、群體的遺傳結(jié)構(gòu)及其與環(huán)境條件的關系,才能制定科學有效的保護策略和措施來保護人類賴以生存的遺傳資源(基因),來挽救瀕于絕滅的物種及其遺傳多樣性 ,否則,任何物種水平上的保護活動都可能成效不大。 我國野生大豆分布非常廣泛,擁有量占全世界的 90%,是寶貴的資源。但由于人類建設,農(nóng)田用地及環(huán)境污染等因素,目前面積在逐漸縮小。我 們雖已在全國范圍內(nèi)搜集過,搶救了一批資源,但由于人力物力有限,所以要有選擇的保存種質(zhì),適當?shù)脑O立原位保護點。遺傳多樣性的研究可以為搜集考察及原位保護點的設立提供理論依據(jù)。 研究遺傳多樣性有助于進一步探討生物進化的歷史和適應潛力。一個物種的遺傳多樣性水平高低和其群體遺傳結(jié)構(gòu)是長期進化的結(jié)果,遺傳多樣性越高或遺傳變異越豐富 ,對環(huán)境變化的適應能力就越強,越容易擴展其分布范圍和開拓新的環(huán)境,理論推導和實驗證據(jù)證明,一個物種遺傳變異水平的高低與其進化速率成正比。因此對遺傳多樣性的研究可以揭示物種或居群的進化歷史(起源 的時間、方式),也能為進一步分析其進化潛力和未來命運提供重要資料( , 1991),遺傳多樣性是生物起源研究的一個最重要最直接的證據(jù)(中國科學院生物多樣性委員會, 1994) 。 栽培大豆起源于中國,這是世界公認的觀點,但大豆究竟起源于中國何處眾說不一?,F(xiàn)在較為流行的學說有東北起源學說、北方起源學說、長江流域起源學說、黃河流域起源學說及多中心起源學說(徐豹等, 1986; 李福山, 1994;周新安等, 1998;王連錚, 1985)。徐豹等( 1995)和莊炳昌等( 1996)根據(jù)中國野生大豆資源目錄分析了中 國所有野生大豆資源一些性狀的基中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 2 因頻率與地理分布規(guī)律,發(fā)現(xiàn)黃河中下游地區(qū),中間類型大豆資源最豐富,變異類型最多。因此有理由認為該地可能是栽培大豆的起源地之一。 英山)等( 2001)等采用群體遺傳學方法,研究分析了 6172 份中國野生大豆資源的數(shù)量、遺傳多樣性指數(shù)( 數(shù))、 12 個性狀的綜合變異系數(shù)及其地理分布,根據(jù) 種作物都有一個獨特的多樣性初生中心 ,這也就是它的起源中心 ,這種中心往往在進化的起始階段就擴散到較大的區(qū)域 ,其分布是地理學上的連續(xù)統(tǒng)一體 ”( , 1973)的理論,提出了中國野生大豆遺傳多樣性中心及多樣性擴散,據(jù)此推測了中國野生大豆的起源模式,為栽培大豆的起源提供了一個重要依據(jù)。 傳多樣性研究方法 檢測遺傳多樣性的方法隨生物學,尤其是遺傳學和分子生物學的發(fā)展而不斷提高和完善,然而目前任何檢測遺傳多樣性的方法,或在理論上或在實際研究中都有各自的優(yōu)點和局限,還找不到一種能完全替代其他方法的技術( , 1991)。 ( 1)形態(tài)學水平 從形態(tài)學或表型性狀上來檢測遺傳變異是傳統(tǒng)的也是最簡便易行的方法。通常所利用的表型性狀主要有 兩類 ,一是符合孟德爾遺傳規(guī)律的單基因性狀(如質(zhì)量性狀、稀有突變等) ,另一類是由多基因決定的數(shù)量性狀(如大多數(shù)形態(tài)性狀、生活史性狀)。在天然居群中,單基因 性狀 較少,相對而言,應用數(shù)量遺傳學的方法研究數(shù)量 性狀 的變異更為科學和嚴密,它可以將數(shù)量 性狀 變異的遺傳因素與環(huán)境因素區(qū)分開來,還可以估算數(shù)量多基因位點數(shù)目。它估算的許多遺傳參數(shù)不僅能度量群體之間和群體內(nèi)的遺傳變異大小,而且能摧斷群體中已發(fā)生過的進化事件,預期未來進化因素的影響。這對珍稀瀕危物種保護措施的制定和實施有重要價值。在許多場合 ,利用形態(tài)性狀來估測遺傳變 異是最現(xiàn)實的方法 ,尤其是當需要在短期內(nèi)對變異性有所了解或在其他生化方法無法開展之時 ,形態(tài)學手段不失為一種 有價值的選擇( , 1991) 。其缺點是可供分析的基因位點太少,不能客觀全面地反映遺傳變異信息。由自然突變或物化誘變所獲得的具有特定形態(tài)特征的材料所需時間長 ,且可能產(chǎn)生不利的性狀,遺傳表達有時不太穩(wěn)定 ,易受環(huán)境條件、發(fā)育階段及基因顯隱性的影響。 (2) 染色體水平 染色體是遺傳物質(zhì)的載體 ,是基因的攜帶者。染色體變異(畸變)是生物遺傳變異的重要來源。染色體變異主要體現(xiàn)為染色體組型特征的變異 ,包括染色 體數(shù)目變異(整倍性或非整倍性)以及染色體結(jié)構(gòu)變異。植物中染色體的多倍現(xiàn)象是廣泛存在的。目前已進行過染色體研究的被子植物中 ,絕大部分種類呈現(xiàn)種內(nèi)多倍性 (洪德元, 1990) 。據(jù) 雙子葉植物的統(tǒng)計 ,種內(nèi)多倍性涉及114 科 660 屬 2800 種,約 7%的 雙子葉植物有種內(nèi)多倍現(xiàn)象 ( 1989) 。此外,染色體數(shù)目的不規(guī)則變化會形成非整倍體,雖然常常導致敗育或發(fā)育不正常,在進化中意義不大,但在不少動植物種內(nèi),非整倍性變異仍是很普遍的現(xiàn)象。至于染色體結(jié)構(gòu)的變異在自然界中就更為常見。染色體水平上的多樣性還體現(xiàn) 在染色體的形態(tài)(著絲點位置)、縊痕和隨體等核型特征上,這些中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 3 特征的變異使種內(nèi)出現(xiàn)細胞型的多樣性。隨著染色體研究技術的發(fā)展,如分帶技術、細胞原位雜交技術的應用,在染色體水平上將揭示出更豐富的多樣性。 (3)等位酶水平 20 世紀 50 年代出現(xiàn)的蛋白質(zhì)電泳技術以及以其為基礎的同工酶、等位酶分析方法使遺傳多樣性研究有了新的發(fā)展。 報道了乳酸脫氫酶在不同組織不同個體以及不同種里的不同形式的存在,這就導致了 “同工酶( ”概念的產(chǎn)生:有機體常常產(chǎn)生酶的多種形式,即催化同一反應 的不同分子形式。 1969 年提出把同一基因位點的不同等位基因所編碼的不同形式的酶叫做 “等位酶( ”,把它從廣義的 “同工酶 ”概念中分了出來。迄今為止,應用等位酶分析技術研究遺傳變異已積累了豐富的資料,在采樣原則、實驗方法、數(shù)據(jù)處理和結(jié)果分析方面形成了一套統(tǒng)一的標準,并建立起檢測居群遺傳分化、遺傳多樣性和基因流水平的定量指標,使不同物種的研究結(jié)果可以在共同的基礎上進行比較。我國學者利用同工酶分析技術對一些稀有的野生動物和主要家養(yǎng)動物進行了研究 ( , 1991) 。然而,這一 技術仍然存在一些弱點,如只能檢測編碼酶蛋白的基因位點,對非結(jié)構(gòu)基因則無能為力;所檢測的位點數(shù)目受技術限制不可能很多(一般常用 20 30 個);盡管目前可分析的遺傳座位超過 100個,但對整個基因組來講只是很小的部分。因此,一批等位酶位點的變異并不一定代表整個基因組的變異,而且有些隱蔽的變異可能無法通過電泳檢測到 (黃瑞復等, 1991) 。 (4) 平 遺傳物質(zhì)的載體,遺傳信息就是 堿基排列順序,因此直接對 基序列的分析和比較是揭示遺傳多樣性最理想的方法。目前 原理上可大致分為兩類:一類是直接測序,主要是分析一些特定基因或 段的核苷酸序列,度量這些片段 變異性;另一類是檢測基因組的一批識別位點,從而估測基因組的變異性。直接測序是一件費時、費力、經(jīng)濟投入很大的工作,主要是針對一些比較保守的 段。對不特定基因組或 段識別位點的研究則十分普遍,目前常用的有 術、基于各種檢測方法和重復序列分析技術。 術是用已知的限制性內(nèi)切酶 消化從生物體中提取的 過電泳、印跡、探針雜交,最后用放射性自顯影,顯色或發(fā)光分析顯示與探針互補的 段。 一種很有效的遺傳標記,但 析程序復雜,技術要求高,成本昂貴,且存在放射性安全問題,使它的應用受到一定限制。 1985 年, 明了聚合酶鏈式反應( 術 ( , 1986) ,該技術的產(chǎn)生給整個分子生物學領域帶來了一次重大革命,出現(xiàn)了一系列以 基礎的分子標記技術,包括。還有最新發(fā)展的分子標記,如 。 原理很簡單( , 1990),是用 10個核苷酸的隨機序列寡核苷酸為單引物,對所研究物種的基因組 行擴增,產(chǎn)生長度為200 2000 段,經(jīng)電泳分離即可檢測 多態(tài)性。 用引物沒有特異性,中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 4 合成一套引物可以用于不同種生物的遺傳分析,試驗操作簡便易行 ,不需克隆制備、同位素標記、跡等步驟,具有快速、靈敏、易檢測、所需 品量少等優(yōu)點。 但 有缺點,可重復性差,不同實驗室的流程不同數(shù)據(jù)不可比較,難以交流。 指擴增的限制性片段長度多態(tài)性,其原理非常簡單,引物設計十分巧妙,把雙鏈人工接頭接到基因組 雙酶切片段兩端,然后以此為模板,用標記的特異雙引物(引物包括與接頭互補的序列,內(nèi)切酶識別序列和 3端 1 3 個選擇堿基)進行 增,產(chǎn)物經(jīng)變 性,通過聚丙烯酰胺凝膠電泳分離觀察多態(tài)性。在這種方法中,基因組 限制性內(nèi)切酶切割后,形成了大小不等的限制性片段,通過接頭序列與引物的識別,以及引物 3端選擇堿基的選擇作用,將特異的限制性片段擴增并分離出來。 構(gòu)建遺傳圖譜、標定基因、輔助育種、遺傳多樣性研究等方面具有廣泛的應用前景,特別是在遺傳多樣性研究方面取得了一定的成果。 應所需 少,得到的條帶豐富,靈敏性高,快速高效。與 比,具有多態(tài)性豐富,共顯性表達,重復性好,條帶穩(wěn)定,不受環(huán)境影響,無復等位效應等優(yōu)點。但對樣品 量要求嚴格。 微衛(wèi)星 短的、串聯(lián)的簡單重復序列( 廣泛存在于人類及動植物基因組中,主要是 1 4 個核苷酸,例如( n 、( n 、( n 等。重復單位數(shù)目的差異形成了 點上的多態(tài)性。在真核細胞的基因組中,中每 10至少有一個微衛(wèi)星 個微衛(wèi)星兩端多為相對保守的單拷貝序列,可以據(jù)此設計特異引物,經(jīng)擴增微衛(wèi)星 斷來檢測其多態(tài)性。由于微衛(wèi)星 多態(tài)性十分豐富,目前已被用于大麥、大豆、水稻、小麥的遺傳多樣 性研究。一系列的研究結(jié)果表明 點的等位基因數(shù)且比其它任何標記所揭示的等位基因都多, 位基因數(shù)目與重復單位數(shù)目有明顯的正相關, 列位點標記比 記更能有效地揭示遺傳多樣性,特別適用于其它類型標記所揭示變異水平低的物種。 較理想的標記,盡管設計和合成引物花費較大, 但是由于它具有位點豐富、分布均勻、多態(tài)性強、測定分析迅速、易于使用、引物序列公開發(fā)表等特點。使得 別適用于大量樣本的研究,為群體遺傳多樣性及進化研究,種質(zhì)評估,分子標記輔助育種提供了強有力的工具。 傳多樣性的度量參數(shù) 位點度量 1 多態(tài)位點比例( P)( of %100)n/k(P k 表示多態(tài)位點數(shù); n 表示檢測到的位點總數(shù)(多態(tài)位點指具有 2 個以上等位變異且平均每個等位變異頻率大于 1的位點)。 2平均等位變異數(shù)( A)( of 示第 i 個位點的等位變異數(shù); n 為檢測的位點總數(shù)。 中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 5 3 有效 等位變異數(shù)( of , 1997): 示第 i 個位點上第 j 個等位變異的頻率; n 表示檢測位點總數(shù), m 表示第 i 個位點等位變異總數(shù)。 ( 1970)認為 A 更有用,因為它與等位變異的頻率聯(lián)系起來,更能反映群體的真實情況。 4平均期望雜合度( 1978): 示第 i 個位點上第 j 個等位變異的頻率; n 表示檢測位點總數(shù), m 表示第 i 個位點等位變異總數(shù)。 量的是群體中等位變異的多少及其分布的均勻程度, 1973)將其定義為“基因多樣度( 是目前群體遺傳結(jié)構(gòu)研究最常用的指標之一。 5實際觀察雜合度( 1978): 示第 i 個位點上的實際雜合度, n 表示檢測位 點總數(shù), 示第 i 個位點上第 j 個等位基因純合基因型的頻率, 示第 i 個位點上的測定到的純合基因型的種類數(shù)。 6 樣性指數(shù)( I)( n 1i 示第 i 個等位變異存在的頻率, n 表示等位變異總數(shù)。 I 多用于表型多樣性分析,被稱為表型多樣性指數(shù)。 7固定指數(shù)( F)( 1978): 示實際觀察雜合度 ; 示期望雜合度。 由于 衡是以足夠大的隨機交配群體為基礎的,而有的物種如野生稻的天然居群則不可能達到這種理想狀態(tài),且可能由于自然選擇、遺傳漂變和近交等因素導致雜合體比例下降,造成 符。 F 就體現(xiàn)了這種不符程度的大?。?F 0,則表示群體中雜合體不足; F 0,表示雜合體過量。 8遺傳分化系數(shù)( of tD s tG s t 中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 6 別表示群體總的遺傳多樣度和群體內(nèi) 的遺傳多樣度,計算同前述 計算 第 i 個等位變異在總?cè)后w中的頻率,而計算 ,需先計算每個群體的 , 第i 個等位變異在該群體中的頻率,再計算所有群體 平均值得 示將總?cè)后w的遺傳多樣度分解為群體內(nèi)的遺傳多樣度和群體間遺傳多樣度兩部分,從而求出群體內(nèi)遺傳多樣度占總遺傳多樣度的比例,用以衡量群體的遺傳分化程度。 9 1987): )p1( 其中 p 表示某一等位變異在所有群體中的平均頻率, 表示群體之間的方差。 來檢驗群體分化的等級結(jié)構(gòu),主要包括三個方面的指標: 總?cè)后w中的平均固定指數(shù),用來檢驗總?cè)后w中基因型頻率與 衡的偏離程度; 群體的固定指數(shù),用來檢驗群體中基因型頻率與 衡的偏離程度; 群體間基因頻率方差,用來衡量群體分化程度。 數(shù)值上是相等的,但在進行 僅能提供群體分化程度的大小,而且可以衡量群體基因型在不同水平偏離理論期望比例的 程度及其可能的原因。 10基因流( of 1987; 1989): 當 1 時,基因流就可以防止由遺傳漂變引起的群體間的遺傳分化( 1931)。 11群體間遺傳距離( D)( 遺傳一致度( I)( ix jy n 1j 示群體 x 第 i 個等位變異, 示群體 y 第 j 個等位變異; m 表示群體 x 的等位變異數(shù),

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