基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患兒脂肪組織的表達及生物信息學分析

1、.新基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患兒脂肪組織的表達及生物信息學分析高春林 劉光陵 夏正坤 邱潔 高遠賦 樊忠民 伏潔 任獻國 徐敏 郭錫熔 摘要：目的 肥胖呈現(xiàn)全球流行趨勢.目前,已基本證實其為一種多基因遺傳病,先前研究小組篩選獲得肥胖相關的新基因6次跨膜表位抗原(six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4,STEAP4)在肥胖患兒脂肪組織中差異表達,旨在進一步驗證其在肥胖兒童脂肪組織中的表達,并初步探討STEAP4的生物信息學特征.方法 采用實時熒光定量PCR(Realtime-qPCR)技術驗證肥胖與健康兒童脂肪組織中STE

2、AP4基因的表達差異,應用DNA Star、Blast、ProtParam、SOPMA、TargetP、TMHMM、ProtScale、Interpro Scan 和SMART等軟件或數(shù)據(jù)庫分析STEAP4的核苷酸基本特征、蛋白質(zhì)理化性質(zhì)、信號肽、跨膜結構域、疏水性/親水性、結構域及亞細胞定位等.結果 STEAP4基因是一個功能未知的基因,低表達于肥胖患兒脂肪組織中,生物信息學分析該基因cDNA全長4454bp,開放閱讀框(open reading frame,ORF)長1380bp,編碼459個氨基酸,預測相對分子質(zhì)量51981.2,定位在胞膜,蛋白序列分析顯示為6次跨膜螺旋結構,為可溶的親

3、水性蛋白,蛋白結構域分析顯示具有黃素蛋白跨膜成分(三鐵還原酶結構域),NAD(P)結合結構域,NADP氧化還原酶(依賴輔酶F420)和血紅素蛋白保守位點.結論 STEAP4基因是一低表達于肥胖患兒脂肪組織中的基因,高度提示該蛋白與肥胖及其相關的胰島素抵抗的發(fā)生存在相關性,值得進一步研究證實.關鍵詞：肥胖癥;STEAP;基因表達;計算生物學分類號：Q786文獻標識碼：A文章編號：1008-8199(2011)02-0117-05A novel gene six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4: Expression in th

4、e adipose tissue of obese children and bioinformatic analysis GAO Chun-lin LIU Guang-ling XIA Zheng-kun QIU Jie GAO yuan-fu FAN Zhong-min FU Jie REN Xian-guo XU Min GUO Xi-rong 基金項目：國家自然科學基金(30772364);江蘇省醫(yī)學領軍人才培養(yǎng)經(jīng)費(LJ200624)作者單位：高春林（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科;210008,南京,南京醫(yī)科大學附屬南京兒童醫(yī)院普外科）劉光陵（210002,南京,南京軍

5、區(qū)南京總醫(yī)院兒科）夏正坤（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）邱潔（210008,南京,南京醫(yī)科大學附屬南京兒童醫(yī)院普外科）高遠賦（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）樊忠民（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）伏潔（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）任獻國（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）徐敏（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）郭錫熔（210004,南京,南京醫(yī)科大學附屬南京婦幼保健院）參考文獻：1Hellstrom L,Reynisdottir S.Influence of heredity for obesity on adipoc

6、yte lipolysis in lean and obese subjectsJ.Int J Obes Relat Metab Disord,2000,24(3):340-344.2Millon-Fremillon A,Bouvard D,GrichineA,et al.Cell adaptive response to extracellularmatrix density is controlled by ICAP-1-dependent beta 1-integrin affinityJ.J Cell Biol,2008,180 (2):427-441.3陳小慧,趙亞萍,高春林,等.S

7、TEAP4基因在人前體脂肪細胞誘導分化過程中的表達J.實用兒科臨床雜志,2010,25(7):473-475.4JoyceMB,de Chalain TM.Treatment of recalcitrant idiopathic muscular torticollis in infantswith botulinum toxin type AJ.J Craniofac Surg,2005,16 (2):321-327.5黃嵐,鄒大進.青少年腹型肥胖與代謝綜合征危險因素的相關性分析J.醫(yī)學研究生學報,2009,22(2):173-175.6Katada T,Ishiguro H,Kuwabar

8、a Y,et al.MicroRNA expression profile in undifferentiated gastric cancerJ.Int J Oncol,2009,34 (2):537-542.7張慧明,梁元姣,郝群,等.雌激素受體相關受體與雌激素受體在子宮內(nèi)膜癌組織中的表達J.醫(yī)學研究生學報,2010,23(2):171-174.8Moldes M,Lasnier F,Gauthereau X,et al.Tumor Necrosis Factor-induced Adipose-related Protein (TIARP),a Cell-surface Protein

9、That Is Highly Induced by Tumor Necrosis Factor and Adipose ConversionJ.J Biol Chem,2001,276(36):33938-33946.9Nickel W.The mystery of nonclassical protein secretion.A current view on cargo proteins and potential export routesJ.Eur J Biochem,2003,270(10):2109-2119.10Gao L,Mann GE.Vascular NAD(P)H oxi

10、dase activation in diabetes:A double-edged sword in redox signallingJ.Cardiovasc Res,2009,82(1):9-20.11Dzyakanchuk AA,Balázs Z,Nashev LG,et al.11beta-Hydroxysteroid dehydrogenase 1 reductase activity is dependent on a high ratio of NADPH/NADP(+) and is stimulated by extracellular glucoseJ.Mol C

11、ell Endocrinol,2009,301(1-2):137-141.12Ohgami RS,Campagna DR,McDonald A,et al.The Steap proteins are metalloreductasesJ.Blood,2006,108(4):1388-1394.收稿日期：2010年9月8日修稿日期：2010年10月12日出版日期：2011年2月20日PPAR-基因?qū)χ|(zhì)代謝調(diào)控機制的生物信息學分析摘要：過氧化物酶體增殖激活受體（PPAR-）是具有重要生物學功能的轉(zhuǎn)錄因子，可調(diào)控脂肪細胞分泌的多種蛋白質(zhì)因子基因的表達，促進脂肪細胞分化。它與肥胖、型糖尿病、心血管疾病、癌癥的發(fā)病風險相關聯(lián)。研究基于TRANSFAC數(shù)據(jù)庫信息，利用MEMEMAST方法對PPAR-進行全基因組范圍的靶基因生物信息學定位，并對獲得的靶基因進行