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文檔簡介
1、碳材料3D模型的簡單畫法-利用NanotubeModeler和chembio3Dby 小木蟲 wulishi8之前 fluleaf 發(fā)帖( ),講述石 墨烯的簡單畫法,我當時跟帖表示也做個小的教程之類的。但是那時候?qū)嵲谑呛苊Γ?沒有時間。期間又有一些蟲友發(fā)短消息給我詢問,我也無暇滿足。今天終于抽出兩個小時時間,做了個十分簡易的教程。由于時間有限,本帖只是拋磚引 玉,還請大家指正。其中用到 Nan otubeModeler軟件這個軟件,請大家從這里下載。http:/emuch. net/bbs/viewthread.php?tid=5420070& fpage=1Chembio 3D也可以從論壇
2、里面下載得到,但是我一時找不到。誰找到請告知我,我貼 過來。具體內(nèi)容見附件的pdf文件,動態(tài)圖見附件的gif文件。1利用NanotubeModeler構(gòu)建各種碳材料的坐標,如單壁(多壁)碳納米管,石 墨烯,富勒烯。 Select Typehai-Tubetc-c Num- TubeGraphene Stieethano - ConeCon - SheerBueky = BrIL翹Fulerene LibraryXYZ- Imparlwwni2 0選擇碳材料的類型,如下圖中的碳管,輸入手性,長度,層數(shù)等,就可以得到 3D碳管模型了。1呼豹“皿.|i jWdHf亠Ha匂IdM.+ * 0 o 壽1
3、 Shl亍刪丄211疋lanai畫、 鼻aiB*b口*sfelHqfTME9RT-n匯菩芒r穿壯二蘭器即黑聳二*二二n1Es=. |!罰己1|啊TIU醬 *!PS 底曰壬畫 BNfs bnnb4i4i代A-se-ectlypmAA工 an 口 TllrmCh 1-3-?(n- m) Tubernglh BQna.ffngws MWHTlH.rMAIb,MO 陀 層14 VRV .tfxrtc za_T5g hi Mouse Butte ft D rag fbr * Zoom ui s3 左Ax 33-16 - USAd34 I Iz.iUrLRrl3Ulis27mX*s.o8L*孔LluQ-3
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5、 呷3443 3646-2冊*底MW-2J60Sf-11 WW3JS11 9W3-JJ603592SIM13 ?25* MM12.42-5.W220關(guān)173.63T3-4SZII1i3.Q113-4 1S422 2433律-4 412 12M201.9M4-5.24C2ami211 2M5-0 3335-4 STBI222.55393.25744 514123Z.TZOB-4.2216-3 $241,529-4.3S6C-3 363325c.tcio-4L3613藥1.SM#3.2dfeL Mtn2.輸出模型的坐標。如我選擇輸出(6,5)碳管的坐標,mol格式 MrGwW ZhHrr 叩怕M
6、DM=*=TC| 補-.-*WlilW -*XVfcliriinIB*wIJ_ jj丄IsmivQ$&oe231SM1I2MI33如痊K3U1 13CSZ 4- 1241TC34Ut 313T冷two4lGE,郴了詒g抽IQ3M74冷髯IFW3Ji y1221 IM2irrs111F1H1 ww141HQJiS13IS21111I 張占I T* XM9M Y HA 也w1t1?1s1忖1!|11悄13|4141門&rrAm ftaOm 51t3 A&M決fcU會詢問單鍵還是雙鍵,選擇單鍵。再保存一個富勒烯的模型,如C60。以及一個窄的石墨烯帶3.用chembio 3D打開剛剛保存的碳管文件,發(fā)
7、現(xiàn)碳原子上面連有氫鍵,這是因 為我們保存坐標的時候,碳之間的鍵保存成了單鍵,需要氫鍵使模型穩(wěn)定。這個 沒關(guān)系,只需要選擇不顯示氫鍵。先選擇所有的氫原子,然后隱藏?;蛘咧苯舆x擇空白的地方鼠標右鍵, 選擇隱藏 氫原子。詬呼in訊丐dr|n Hl Hi5畑玄 A1(w- 5zt皿“ =;Hl.hr1 L dU Cd- C4 StirCI亦y Kliifi n IZhr10; jetet-tiiShow Atom DotsSrow Hydrogen itornNydrtXJtr 3ondi卜Show Lon# 巧卜5how Dipole Morrwnt效果如下:4.導入石墨烯和C60,同樣隱藏氫原子。
8、:訕叩険 f-Rqrfwn tomSdrrtBwd 5逢Appfit審葉i DEMt*3.也可以選擇某些原子,改一下顏色也可以選擇某個原子,調(diào)節(jié)其位置。如下圖石墨烯中的藍色C原子首先利用像箭頭的那個工具選中這個原子, 然后用第三個工具扭轉(zhuǎn)圖像,最后利 用第五個工具改變目標原子的位置。(這在畫石墨烯缺陷,摻雜或者被氧化等示 意圖的時候很有用,你也可以改變原子為 0或者增加原子,等等。)丄巴爲忘丨如;九丄0還可以選中原子后,右鍵,選擇模型的顯示方式,如球棍模型或者其他幾種。選中之后右鍵,可以改變原子的大小。CutrFIcopyCwlYP* tieClrl*V(Uplaw wi曲 Text TmI卜
9、Xrl刖卜Vifs tnlrtyCo torDi&plfly Mode卜Aloni serial huFlwraicm Symbol卜Atom Doe卜A(K|y Atm 5izrR*Mt io or*jit/ nHrMkrw leiSlirks陽JI M 5ck Cydmdrii;fli Sends 5ith TbmtI SiSelect 1Visibtfityp 1Colff1 1htom urwMriAAjOffl E押nk uA10W Mlflillad:Mom siatAppy抑如 siWlct Oqj 冃 Ed S mApp 叩 尸已 flew! s pp如,我選了 wire frame之后的碳管:Spacefill ng 之后的 C60。也可以在碳管中填充你要的分子,或者Graphene nanoribbons等等。只需要改變 他們的位置關(guān)系。如下圖,我再復制一個C60,然后放入(10,10)碳管中。在另一個角度改變C60的位置。換個顏色假如給碳管換個別的顯示模式,可以突出填充的C60。還可以自己制作動態(tài)圖,讓你畫的圖圍繞某個軸旋轉(zhuǎn)ft存真塑時Ulf C&
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