如何進(jìn)行質(zhì)粒查找

1、經(jīng)常在壇子里看到一些人求助質(zhì)粒圖譜，很多時(shí)候我發(fā)現(xiàn)其實(shí)有些質(zhì)粒圖譜還是很容易找到了，剛開始幫忙查找了下，還公布了一些查找質(zhì)粒圖譜比較好的網(wǎng)站，后來看得多了，很多時(shí)候，這樣的帖子直接跳過了。今天又看到幾個(gè)求質(zhì)粒圖譜的帖子，因此決定就查找質(zhì)粒圖譜的方法，寫個(gè)總結(jié)帖子，希望對(duì)蟲子們有些幫助。這些方法，大部分是自己學(xué)習(xí)的過程中 積累的，也許總結(jié)得還不夠全面，望其他蟲友指正。方法一：安裝軟件 Vector NT做分子實(shí)驗(yàn)，經(jīng)常和不同的質(zhì)粒打交道，了解各種質(zhì)粒的圖譜信息是必需的，in vitrogen公司的這款軟件絕對(duì)是分子生物學(xué)蟲子們的福音，功能強(qiáng)大、界面美觀，使用起來很人性化。后面的很多方法都是基于在

2、這款軟件的使用之上，因此個(gè)人覺得要想對(duì)質(zhì)粒圖譜了解更直觀，安裝這款軟件是非常必要的。而且，一旦安裝了這款軟件，你就發(fā)現(xiàn)這款軟件的軟件包里面會(huì)包括invitrogen公司的所有質(zhì)粒圖譜信息和其他比較常見和經(jīng)典的質(zhì)粒圖譜（不是有蟲子求 pRS系列質(zhì)粒嗎？帖子鏈接 ， 如下圖，數(shù)據(jù)庫中本身就有很多）。這里就不一一細(xì)說，各位蟲子可以自己體驗(yàn)下。（這款軟件的下載和使用說明書站內(nèi)很多）5726OrcubrEaseNCB1 Entre!NC01 atra?5849CircularE舐NCBI Ente;NCBI Eit話5616OrcularEaseNCBI EntrezNCBI EntrezilpRS42

3、35797OrcularEaseNCBI EntrezNC01 Entrez4970bnearBastUNKNOWNUNKNOWNHPRS31648&7CircularBasicNCBI EntezhCBI Entrez圏曲5315&oi aCrtularEaazNCBI BrtrezNCBI EntrezHDRS31447E3Qrtutar印尢N(yùn)CBI EntrezNCBI EitrezU3RS3134967OrcularEaseNCBI EntrezhCBI s»tr盟E1&RS30G4373LinearBastUNKJJO 訓(xùn) NUtlKHCWIJZ13

4、R.S2U04791Grcuter園stNCBI EntrezhCBI Entrez方法二：查找質(zhì)粒圖譜的網(wǎng)站：這個(gè)之前有人求助質(zhì)粒圖譜時(shí)，我在回應(yīng)求助帖里面公布過幾個(gè)我經(jīng)常用的網(wǎng)址，估計(jì)不是專題，很多人沒看到，現(xiàn)在在此重新總結(jié)下1.Vector Database地址：https:/www .1 /g?a=vdb這個(gè)網(wǎng)站很頁面很人性化，直入主題，也是我經(jīng)常用到一個(gè)網(wǎng)站，比如同樣這個(gè)帖子求pRS類質(zhì)粒圖譜（注意，是一類質(zhì)粒圖譜，沒關(guān)系，照樣能找到），直接在搜索框輸入 pRS可以看到，之類質(zhì)粒一共有三十多個(gè)。OaadgeneVector Database.'ecfor

5、Data匕廿亡 i$ 3 list cjf p a"T d bcktjnes from puo <s7i（jni ?tnc sese-ai cjirMrie?：i-Winj UQr】弓 mjinma i$n 云）匚寫E$icn Mctera eypsslori and lertiu ral anc retrovfBl p asnuls. The database is comp ie4 by Addgene and hosiec on LabUte. LabLite floes not sell dt dismtMil vny ! Jhe pl啓rr ids Hsfeu n i

6、tus caidii>jSe=nc - Ytc忙r DHatms*3rce 3 ?nat>ej：a!?丄 4£AHGDEEfltly y ahV*«t Tw/o-HytindIcrtanSLaie-o4-irie-Art 'frchnologies Pr«-b u.f EQ-xlt c Quality n leraciorzwrr-ffir- k mkPCR PrQljUGts Topia ry less cmt 2X HrtSlrl PCR P<TJh - hv* ?f%Pfv 1 1 1z釦沁1NameTypeSourcePR3413

7、ATCCDR&4OBYeast ejpressioriAfl egene Plasmia HepositonRS4?nYeasi創(chuàng)獅用sionAdttaene Plasmid AeposnooPRSIIOYeasi 十的tssionAdcgene Plasmid RepM.ro*>DRS414straflagerieDRSiiaYftaei p-fwessioriAclejfW PISmB Rppxit眄DRS42BYb3JsI wprsioriAil陶曰先口1逓mid RepjyF;町pHSioaATCCEJQSX04StratcneJi items maun ng pFts

8、Clean找到自己需要的質(zhì)粒名稱，點(diǎn)擊進(jìn)入，就可以看到質(zhì)粒圖譜了2 a d dge n e %&仙 口汛曲皿Vector Datatasc i$ a lt of pia&Tid backbones from publications and seveoj companies including dcrung mar expression.啟rd lentwral and retroviral plasmics Tne database asconpiled Dy 恥巒愿 and ncsied or LabLin any of ih? plasmds listel in this

9、 catalogPlcfr i.l k-ii pRS4l3> 1； ； - i '.-i k ATCCPasmid Siae-5C0Plasmid Sequenc3 SoQuenw "必k_L賞啊213'CMh WP詞Sm«1恥非w 2- J M- 1 1 0-19 *fc a*# -w IL 4 i拿第一個(gè)質(zhì)粒pRS413舉例，如上圖，質(zhì)粒圖譜是不是很難看，對(duì)，我也覺得很難看，沒關(guān) 系，看見view sequenee 了嗎？點(diǎn)擊進(jìn)入，我們就得到該質(zhì)粒圖譜的序列了。'RS413 - Vecfar SeStquefiCtMap ana Featu

10、resBLASTAliqnuest I TranslateSequenceCurrent sequence 1070 base pairs.FindVlF'Fr | FAST'ASequence;1 tcyuyL：g 111 zggLg tgac 5】catgt口匕i°i tc&gggcgcg tggugcgtg 1 HI ijggcat-MffS2D1 cjget:ggtg agcgcteigga "1 t taigtcag'g siagtcctasQ HD1 t tactet tgg cctcctctsg tgat tbt111 ttt

11、Leg旳*叭亠中tttggcgggtggtcacgc亡也ttcogtcct 11tecactctattetgd-日utcgggcctggtEgt 匕 ggtatcgttt 匚;GGyGO&t t b atttttttRtatgactictt L二Click io HeightGEX 3d.© 5仁29A巧el cuts be-fore 214PJcel. cuts before 69EFisc, cuts 応fereHIS3ORFJtarr 負(fù)丹 1163BsiWL cuts ter(xe A17 Nhai. artt baton 1000 Bmtl tuts before

12、1013Bdl. cuts D&ftre 1J53acdyctcccgcttaaicatg ©cesttttee gaacacggcs tettt t t-cto gcctcggt.A t ttrt t tC t tl&如何得到比較好看的質(zhì)粒圖譜呢，看到Gen eBa nk 了嗎？對(duì)，熟悉vector的蟲子們肯定知道該如何做了，對(duì)，點(diǎn)擊進(jìn)入，如下圖，復(fù)制所有的代碼部分，新建txt文件，粘貼上代碼后，將文件擴(kuò)展名由txt更改為gb格式，導(dǎo)入vector，你就可以在vector里面看到質(zhì)粒圖譜了。WCUSDEFINITION ACCESSION KEYWORDS SOUR

13、CEORGANISMFEATURES sourceothermise featuregeneCDSrep_originmisc_featuremisc f eat uremisc feature因?yàn)檫@個(gè)網(wǎng)站我經(jīng)常用, 因此講解比較啰嗦。497C bpDN召S¥H20-Apr-2011sequen匚曰s; artificial sequences; vectorsLocaticn-Qualif iers1. 4970Morgan i am = " pI?S 413 "yiao 1_ t ype =" o ther DNA"complement(2

14、? . . 51)/label =" pGEX_ 3_pr i neru504. 1160Zgene=,iHIS3,'504. 1153 ylabelHISS" /口 已 neEHE：T Znote=d,ORF Crams 3" ztrfinsltiQn="MTEQKAL7KEITNETKIQ.IAISLKF,LALEKSIFFEKEAEAVA EQATQSQVIHVHTGIGFLDHMIHALAKHSGWSLIVECIGDLHIDDHHTTEIKGIALGQ AFKEALLARGVKRFGSCFAPIDEALSRAVVDLSNRPVAWELGl

15、jQREKVGDilSCEM IP HF1ESFAEASPITIMVDCIRGKNDIIHRSESAEKAIAVAIPEATGPNGTND7PGTKGVL M*-ecMpiement(15S5.1861)/label"fl_crigin"coupLement(1894. 2037)labEl="lacZ 詁200S. 2030-lahei- nMl3_pUC_f wd_pj?ine3?"2023. 2039 /label-MM13_fQrward20_primer"并且和NCBI網(wǎng)站的運(yùn)用方式一樣,以及和Vector軟件的配合使用,2.Vect

16、or DB網(wǎng)址：http:/ge no me-www.sta /vectordb/vector.html這個(gè)網(wǎng)站我也用得比較多，總結(jié)和分類都比較完整?；景怂斜磉_(dá)系統(tǒng)的質(zhì)粒信息。tafiy vectors cotmonh' usedtnwtd脈MarVectors ftich are alo inGenSatbc have dinct links to that database v:VectorDB is unsupported. Use this site as is.The VectorsOrnism Subsets * Phage Rectors Phs

17、mki Pctafs PhaMemid Hcton Phasmid Vectors CoanidVectors ykt5_Vfctors 節(jié)AC 丫亡ctorsSectors for 珈osophiiG Vectoi呂 for C 哎Zeganj Vectois for YeEi5t不過唯一有一點(diǎn)不爽的就是，這個(gè)網(wǎng)站竟然沒有搜索欄啊，太不人性化了。那如何在那么多質(zhì)粒信息中查找到我們所需要的質(zhì)粒的信息呢？沒關(guān)系，我們有網(wǎng)頁字符查找功能，見紅色標(biāo)記部分。方法是：網(wǎng)頁工具欄 編輯 在此頁上查找，然后輸入你的質(zhì)粒名稱，就可以了。比如： 我們輸入pRS是不是就和搜索欄一樣出現(xiàn)有用信息了？點(diǎn)擊我們需要的質(zhì)

18、粒進(jìn)入下以頁面，以質(zhì)粒pRS303為例，如下圖。有用信息除了對(duì)該質(zhì)粒進(jìn)行的一些描述性語言外，最重要的要算是紅色標(biāo)記部分了，sequenee link進(jìn)入是該質(zhì)粒的序列。NCBI link,點(diǎn)擊直接進(jìn)入了 NCBI,如何在NCBI中得到質(zhì)粒圖譜，下面將進(jìn)行詳細(xì)解 釋。pRS3(>3 "* ! ctiot S«l«ct-ioEi : O <Tojir TVi.irrili«fcr : :炸 f di HR 1 D 1'XSaLf NwcrrvyybH rmr1 -pRSSu ctiL 弓蝕1tphvaiud! jAlzlIlII site

19、s butrwuuHi t>lzi uid £11ofiritegratitig vectors ATUU 771 3S-771 4 1 > diflerii for £n vitrojsTnEhesis pritiTLinsj; sites utsrfiil fo±- pg X I F11 ori - 4A- JLe-strMZ-tio-ii digc st s- of tiiu czloxic 、ot*>e*= Thoiro is eicpriEiaiiEEKaLace (restric> tfirsioxi o£51 J-O

20、ui- kil> t tlm auxtu 111cl fCj<eEibaEil4 emtr> is |>rop«*rl I*至稈毛HZ s OOSililiri : <jiRS 30305>(pRS 3O6> Oscndnits OE-utkrm 2 Vuciloj H：口 1：口eu blkd3. NCBI網(wǎng)址：http:/www. ncbi. nl m. /真不好意思，這么重要的網(wǎng)站，留到這時(shí)候才介紹，NCBI功能很廣泛，其他功能我就不介紹了，重點(diǎn)介紹如何用 NCBI查找質(zhì)粒圖譜信息。如下圖，search下拉框中選中Nucl

21、eotide，搜索欄輸入質(zhì)粒名稱，拿pRS303舉例：search后，得到搜索結(jié)果，如下圖，點(diǎn)擊右邊的send to，選中file，genebank等選項(xiàng)，點(diǎn)擊Create File選項(xiàng)，得到一個(gè)gb格式的文件，導(dǎo)入 vector軟件中，就得到了我們需要的質(zhì)粒 圖譜了。% NCBI Re soireesHew T oNucleotideAlphabet of LrfeYeast integrative vector pRS303 with HIS3 marker, complete sequenceGenDenk UJ3435 1fasta GrantsGO 10. lyLOCUS DEFIN

22、ITIOMACCESSION TRSIONP3S3O3A443 br DNA circular 5YN 14-5EP-1995Yeast inteaiative ve=tsr pRS3O3 with HI53 marker. ccnxl«eU333SU333S.lGI:4163044 其他查找質(zhì)粒圖譜的網(wǎng)站：寒梅礪劍閣（不是很全） bioaskAddGene （西瓜版主提供，真的是個(gè)非常不錯(cuò)的網(wǎng)址）這兩個(gè)網(wǎng)站其實(shí)也很不錯(cuò)的，使用方法都是大同小異， 就不特別介紹了， 希望就放收藏夾就可以了。方法三：一些重要試劑公司網(wǎng)頁其實(shí)也是一些網(wǎng)站，因?yàn)檫@些

23、網(wǎng)站除了得到質(zhì)粒圖譜等信息，還可以得到關(guān)于質(zhì)粒使用方面的信息，因此單獨(dú)拿出來做一個(gè)分類。做分子的蟲子都知道，現(xiàn)在很多質(zhì)粒，特別是應(yīng)用比較廣泛的質(zhì)粒都一些公司商業(yè)化的質(zhì)粒，基本是由一個(gè)質(zhì)粒你就會(huì)聯(lián)想到一個(gè)公司的名字。比如簡(jiǎn)單的，克隆載體 pMD18-T, TaKaRa有木有；pGM-T，天根，有木有； 一些表達(dá)載體，使用最廣泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有雙 MCS的Duet系列載體，Novagen的；畢赤酵母表達(dá)質(zhì)粒pPIC3.5k, pPIC9k, pPICZA pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些 pYES釀酒酵母表達(dá)系統(tǒng)，也是invitrogen的，

24、因此知道常見的質(zhì)粒是哪個(gè)公司的，去他們公司網(wǎng)站上肯定可以找到該質(zhì)粒的相關(guān)信息。比如：這個(gè)蟲子求 pGM-T載體序列，見帖子 如下圖，他們公司主頁有吧。tfC TIANGEN天根生化科技（北京）有限公司TIANGEN BIOTECH （B匚IJING CO . LTD.首頁 關(guān)于我們 信息資訊 產(chǎn)品展岳 核術(shù)支持產(chǎn)品擾案關(guān)健字；I分類7全部基事分類二范圉暈 夬品目錄二產(chǎn)品分養(yǎng)U樓酸提取與純化.關(guān)廬品n RTCRD熒光走FCRn各類協(xié)H師肺憶b pGH-r連篠試別盍（含載體連建畫目錄錯(cuò)VT202-0120ul天;產(chǎn)品揚(yáng)介PEHT連榷試訓(xùn)盒適用于PCR產(chǎn)韌鈉克隆冋PCR產(chǎn)規(guī) 曲驟為了提高達(dá)攝皴率，范

25、試制憧握俱了顔種逹握Buffer 巔卷違播效果匚2«LijatjonSufferII速連播創(chuàng)花口 ；棵存兼件:感竟恵紗胞要嚴(yán)楷的在訂c冰存，socii另外：invitrogen 公司：Novagen 公司：在他們公司主頁搜索欄直接搜索質(zhì)粒名稱，得到質(zhì)粒序列，圖譜什么的都不成問題，而且可以下到表達(dá)系統(tǒng)操作手冊(cè)，原核表達(dá)看完pET表達(dá)系統(tǒng)操作手冊(cè)，真核系統(tǒng)看完畢赤酵母表達(dá)系統(tǒng)，一些表達(dá)方面的的知識(shí)你就是半個(gè)專家了，扯遠(yuǎn)了。方法四：如何查找經(jīng)過改造過的質(zhì)粒的質(zhì)粒圖譜有些質(zhì)粒是經(jīng)過改造的，所以通過上述方法不能查詢到相應(yīng)信息。這時(shí)，可以在googlescholar中輸入質(zhì)粒名稱，可以直觀地看哪

26、些學(xué)者在何文章中使用了該質(zhì)粒，從而可了解到 質(zhì)粒的來源；或者籍此向作者咨詢或索取。另外介紹下如何通過文獻(xiàn)查找經(jīng)過改造的質(zhì)粒的圖譜信息，Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). " Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs." Nucleic Acids Res 38(6): e92.這篇文獻(xiàn)，介紹了一種大腸桿菌染色體整合的方法，文中介紹了三個(gè)質(zhì)粒，是由作者自己改造了，如何查找到這三個(gè)質(zhì)粒圖譜了呢？ 首先在PubMed中搜索到該文獻(xiàn)，如下圖。創(chuàng)附時(shí)Ij

27、Wfnr屜桝i拿* iiH|即*iCBiiEtr.Ers；"科腫林肝口已5 EG宿暑UM 騙站電# 莊而：1)易咅屯棲 也1 由越心*斟 總 旳借” 41 i 鼻MAfiruna, pWHIWkg ffl !Fi«Eul ：皿5口卻iLfl Tht E托如劉uses l-imb-Hed mrfsied recnmHiEBrna icconpantd Srtw nkr茂ucinn M dDLZdE-stmndnu biulQ n tie -hra-n&s-ie and：亠 dan m 匚Isnud beuinc != dEsrsi ns-ntitrhtacnien O

28、vmf護(hù)g n cpntMl 13 fMSQnO (TcOnCihHilli di DtLBgHtMfl UMIWI AfMM MWQrW IMtnMVHtnmi IffiV "ttMlfl ItCftlM tHMMF WMUltfl Wl«C|fcHf4UTi4i AHVMQ 軻了巾砂 liM 曲賊 A 呼問* 刪 OMIMPir 砂*坤帥A*S4Z »iMW |R» M z"曲井“聲$ 3UMHI 亦刪即址 2I he ctinnKswne,Kmc anstnle- 9h- untsrz abkrefifJlaM h jlttit rti:

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