Clustalx 多重序列比對(duì)圖解教程(圖解使用)

1、Clustalx 多重序列比對(duì)圖解教程(By Raindy)本帖首發(fā)于Raindyblog,轉(zhuǎn)載請(qǐng)保留作者信息，謝謝！歡迎有寫(xiě)生物學(xué)軟件專長(zhǎng)的戰(zhàn)友，加入生信教程寫(xiě)作群：13559330，接頭暗號(hào)：你所擅長(zhǎng)的生物學(xué)軟件名稱軟件簡(jiǎn)介:CLUSTALX是CLUSTAL多重序列比對(duì)程序的Windows版本。Clustal X為進(jìn)行多重序列和輪廓比對(duì)和分析結(jié)果提供一個(gè)整體的環(huán)境。 序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對(duì)中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對(duì)和輪廓比對(duì)需要的所有選項(xiàng)。 主要功能：你可以剪切、粘貼序列以更改比對(duì)的順序；你可以選擇序列子集進(jìn)行比對(duì)；你可以選擇比

2、對(duì)的子排列(Sub-range)進(jìn)行重新比對(duì)并可插入到原始比對(duì)中；可執(zhí)行比對(duì)質(zhì)量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。當(dāng)前版本:1.83PS:如果你是新手或喜歡中文界面,推薦使用本人漢化的Clustalx 1.81版鏈接地址:/index.php?Go=Show:ist&ID=7435(請(qǐng)完整復(fù)制)應(yīng)用:Clustalx比對(duì)結(jié)果是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的前提實(shí)例：植物呼腸孤病毒屬外層衣殼蛋白P8(AA序列)為例流程：載入序列編輯序列設(shè)置參數(shù)完全比對(duì)比對(duì)結(jié)果1.載入序列：運(yùn)行ClustalX，主界面窗 口如下所圖（圖1），依次在程序上方的菜單欄選擇“File”

3、“Load Sequence”載入待比對(duì)的序列，如圖2所示，如果當(dāng)前已載入序列，此時(shí)會(huì)提示是否替換現(xiàn)有序列(Replace existing sequences)，根據(jù)具體情形選擇操作。圖1圖22.編輯序列： 對(duì)標(biāo)尺(Ruler)上方的序列進(jìn)行編輯操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘貼)、Select All sequences(選定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列選定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Colu

4、mns(僅移除選定序列的空位)圖33.參數(shù)設(shè)置： 可以根據(jù)分析要求設(shè)置相對(duì)的比對(duì)參數(shù)。通常情況下，我們可以使用默認(rèn)參數(shù)。比對(duì)參數(shù)主要有六個(gè)，分別是Reset New Gaps before Alignment(比對(duì)前重置新的空位參數(shù))，Reset All Gaps before Alignment（比對(duì)前重置所有空位參數(shù)），Pairwise Alignment Parameters（兩兩序列比對(duì)參數(shù)），Multiple Alignment Parameters（多重序列比對(duì)參數(shù)），Protein Gap Parameters（蛋白空位參數(shù)），Secondary structure Parame

5、ters（二級(jí)結(jié)構(gòu)參數(shù)），如圖4所示：圖4修改參數(shù)只需點(diǎn)擊相應(yīng)標(biāo)簽，示例比對(duì)的是多序列比對(duì)，故可選擇“Multiple Alignment Parameters”彈出參數(shù)設(shè)置窗口，如圖5所示：圖54.完全比對(duì)： 返回菜單欄選擇“Complete Alignment”標(biāo)簽，此時(shí)會(huì)彈出輸出文件路徑的設(shè)置窗口，設(shè)置Guide Tree File（向?qū)?shù)或指導(dǎo)樹(shù)文件）、Alignment File（比對(duì)文件）的保存位置（存放路徑），點(diǎn)擊“Align”按鈕程序自動(dòng)開(kāi)始序列的完全比對(duì)，比對(duì)所需時(shí)間因序列文件大小和長(zhǎng)度、計(jì)算機(jī)性能而異， 如圖6-8所示：圖6圖7圖8當(dāng)主界面的左下?tīng)顟B(tài)欄會(huì)提示“CLUSTAL

6、-Alignment File created ”時(shí)說(shuō)明比全完畢，這時(shí)文件保存位置的目錄下會(huì)生成生成兩個(gè)文件，分別是*.aln和*.dnd，aln是序列比對(duì)的文件，可以進(jìn)一步用于構(gòu)樹(shù)系統(tǒng)發(fā) 育樹(shù)，dnd是向?qū)?shù)文件（指導(dǎo)樹(shù)），這兩個(gè)文件可以用Windows系統(tǒng)中的“記事本”或第三方程序“UltraEdit”等打開(kāi)，如：圖9 ALN文件圖10 dnd文件5.后續(xù)分析：1)Clustalx比對(duì)生成的結(jié)果可讀性不是太好，一般需要專業(yè)的序列著色軟件處理，如Boxshade、ESPript，這兩個(gè)工具都是在線進(jìn)行，其中Boxshade圖解教程詳見(jiàn)本Blog日志。Boxshade在線網(wǎng)址：http:/ww

7、/software/BOX_form.htmlESPript在線網(wǎng)址：http:/espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi2)轉(zhuǎn)換ALN文件，進(jìn)一步構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，轉(zhuǎn)換格式依不同軟件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要將ALN格式轉(zhuǎn)換為PHY格式方可.注意事項(xiàng)：1)dnd是向?qū)?shù)文件，可以用TreeViews軟件查看樹(shù)圖。注意：向?qū)?shù)不是系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，兩者區(qū)別敬請(qǐng)關(guān)注近期系統(tǒng)發(fā)育分析專題。2)多重比對(duì)文件推薦要求為規(guī)范的FASTA格式，文件擴(kuò)展名不限，格式大致如下：引用:RGDV_BAA02676MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVNRGDV_ABC75537MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVF