中華大學(xué)生物資訊學(xué)程規(guī)劃及學(xué)研合作經(jīng)驗ppt課件

1、中華大學(xué)生物資訊學(xué)程規(guī)劃及學(xué)研協(xié)作經(jīng)驗鄭藏勝中華大學(xué)工學(xué)院大學(xué)校院工程及技術(shù)學(xué)院校院長會議1.生物資訊(Bio-informatics)已是二十一世紀(jì)全世界科技研討最重要的課題之一配合中華大學(xué)現(xiàn)有教學(xué)及育成資源，積極投入生物資訊人才培育結(jié)合生物科技產(chǎn)業(yè)發(fā)展構(gòu)成產(chǎn)學(xué)共生效應(yīng)配合竹科生技環(huán)境創(chuàng)造學(xué)校特征構(gòu)成聚落群益 規(guī)劃緣由2.以資訊工程為主體並結(jié)合生物科技之訓(xùn)練，規(guī)劃生物資訊學(xué)程，讓國內(nèi)廣大之工程人才經(jīng)由學(xué)程之訓(xùn)練即可成為生物科技產(chǎn)業(yè)之專門人才 成為國家未來發(fā)展生物科技中最有特征之重點學(xué)校之一規(guī)劃目標(biāo)3.人才培育 大學(xué)部： 生物資訊學(xué)程 研討所： 生物資訊組 學(xué)研協(xié)作 於民國90年與臺灣動物科技

2、研討所簽訂人員交流及研討計畫協(xié)作贊同書執(zhí)行方法4.中華大學(xué)生物資訊育成中心(新竹市)臺灣動物科技研討所(竹南)園區(qū)四期生技產(chǎn)業(yè)區(qū)(竹南)國家衛(wèi)生研討院(竹南)工研院生醫(yī)中心(新竹市)臺大醫(yī)學(xué)院(竹北)清大、交大元培(新竹市)5.資工系專任師資(25+2)姓名職稱學(xué)歷專長鄭芳炫 教授兼系主任 國立清華大學(xué)電機工程博士 彩色影像處理、圖形識別、視訊處理 游坤明 副教授美國UT Dallas 電腦科學(xué)博士 作業(yè)系統(tǒng)、排程理論、分散式系統(tǒng) 梁秋國 副教授國立清華大學(xué)資訊科學(xué)博士 演算法、平行處理 陳永源 副教授 美國SUNY Buffalo電機與計算機工程博士 超大型積體電路設(shè)計與測試 曾秋蓉 副教授

3、 國立交通大學(xué)資訊工程博士 多媒體系統(tǒng)、資料庫系統(tǒng) 周智勳 副教授 大同大學(xué)電機工程博士 模糊類神經(jīng)系統(tǒng)、專家、人機系統(tǒng) 林道通 副教授美國U. of Maryland電機工程博士 類神經(jīng)網(wǎng)路、虛擬實境、電腦視覺 6.資工系專任師資(續(xù))姓名職稱學(xué)歷專長劉懷仁 副教授 國立清華大學(xué)資訊科學(xué)博士 非同步傳輸方式、交換系統(tǒng)俞征武 副教授國立臺灣大學(xué)資訊工程博士 圖學(xué)演算法、平行計算、行動計算 顏金泰 副教授國立交通大學(xué)資訊工程博士 超大型積體電路電腦輔助設(shè)計 韓欽銓 副教授 國立中央大學(xué)資工所博士 影像處理、圖形識別、電腦視覺 石昭玲 副教授 國立交通大學(xué)資訊科學(xué)所博士 影像處理、圖形識別 嚴(yán)力行

4、 副教授 國立交通大學(xué)資訊工程博士 行動計算、無線通訊、分散式計算 劉志俊 助理教授國立清華大學(xué)資訊科學(xué)博士 資料庫管理系統(tǒng)、多媒體系統(tǒng)7.資工系專任師資(續(xù))姓名職稱學(xué)歷專長李建興 助理教授 國立交通大學(xué)資訊工程博士 影像處理、多媒體資料壓縮連振昌 助理教授國立清華大學(xué)電機工程博士 影像處理、電腦視覺 許慶賢 助理教授逢甲大學(xué)資工所博士 平行處理、高性能計算 王俊鑫 助理教授 國立清華大學(xué)資工博士 高速電腦網(wǎng)路 8.資工系專任師資-生物資訊(續(xù))姓名職稱學(xué)歷專長許文龍副教授美國Wayne state大學(xué)電腦工程博士資料庫系統(tǒng)、資料庫電腦結(jié)構(gòu)吳哲賢副教授國立交通大學(xué)電機工程博士網(wǎng)路及系統(tǒng)可靠度

5、分析、計算理論曾文慶副教授美國Cornell大學(xué)食品科學(xué)博士蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測、生物統(tǒng)計侯玉松助理教授國立交通大學(xué)資訊工程博士平行處理、資訊平安謝瑞建助理教授美國Rutgers大學(xué)醫(yī)學(xué)工程博士生物計算,心臟電生理張慧玫助理教授美國UT Austin生物系分子生物遺傳學(xué)博士分子生物遺傳學(xué)、生命科學(xué)劉世華助理教授美國Texas A&M大學(xué)動物科學(xué)博士生殖生理、細(xì)胞生理研討9.生物資訊學(xué)程動科所兼任師資姓名職稱學(xué)歷專長楊天樹 副教授澳洲University of Adelaide博士 動物生理學(xué) 金悅祖 助理教授美國Mississippi State Univ.博士 生物化學(xué) 葉光勝 助理教授美國Uni

6、versity Iowa博士 細(xì)菌學(xué)遺傳學(xué) 劉世華 助理教授美國Texas A&M大學(xué)動物科學(xué)博士生殖生理、細(xì)胞生理研討註: 其中劉世華於91學(xué)年度借調(diào)為中華專任師資為期三年 10.生物資訊學(xué)程規(guī)劃(大學(xué)部 : 24學(xué)分)編號課程名稱學(xué)分?jǐn)?shù)修習(xí)系所備註1生物資訊導(dǎo)論3資訊工程學(xué)系(上學(xué)期)必修(8學(xué)分)2生物資訊實務(wù)3資訊工程學(xué)系(下學(xué)期)3分子細(xì)胞生物學(xué)2資訊工程學(xué)系(上學(xué)期)4基礎(chǔ)生物學(xué)2資訊工程學(xué)系(上學(xué)期)選修3選2(4學(xué)分)5生物化學(xué)2資訊工程學(xué)系(下學(xué)期)6分子遺傳學(xué)2資訊工程學(xué)系(下學(xué)期)7演算法3全校各系選修7選4(12學(xué)分)8資料庫系統(tǒng)3全校各系9統(tǒng)計學(xué)3全校各系10作業(yè)研究

7、3全校各系11影像處理3全校各系12平行處理3全校各系13人工智慧3全校各系11.(研討所 : 24學(xué)分)生物資訊組規(guī)劃12.(九十學(xué)年度修課人數(shù))生物資訊學(xué)程成果課程名稱修課人數(shù)備註基礎(chǔ)生物學(xué)151學(xué)程必修分子細(xì)胞生物學(xué)32學(xué)程選修分子遺傳學(xué)91學(xué)程選修生物化學(xué)64學(xué)程選修生物資訊導(dǎo)論142學(xué)程必修生物資訊實務(wù)187學(xué)程必修13.(九十一學(xué)年度上學(xué)期修課人數(shù))生物資訊學(xué)程成果課程名稱修課人數(shù)備註基礎(chǔ)生物學(xué)162學(xué)程必修分子細(xì)胞生物學(xué)45學(xué)程選修生物資訊導(dǎo)論194學(xué)程必修14.九十一學(xué)年度開始招收10名碩士班研討生其中7名為資工系畢業(yè)，3名各為陽明醫(yī)學(xué)系、中興動物系、東海畜牧系畢業(yè)研討所生物資

8、訊組成果15.生物資訊研討方向研討方向分四大主軸生物資訊計算法研討生物資訊知識庫研討3D視覺化計算及醫(yī)學(xué)影像處理研討生物晶片設(shè)計16.生物資訊計算演算法DNA序列分析基因認(rèn)定演化樹建構(gòu)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)推測生物資訊計算法研討17.硬體環(huán)境的架構(gòu)PC叢集：利用16臺單AMD 1.6G CPU，組合成具有平行計算才干的多處理器系統(tǒng)。叢集伺服器：利用1臺雙AMD 1.2G CPU，管理PC叢集平行系統(tǒng)。高速網(wǎng)路：PC叢集配置10/100M網(wǎng)路卡，利用24 端10/100M交換式，連接伺服器。 伺服器配置10/100/1000M網(wǎng)路卡，利用12 端高速10/100/1000M交換式，連接資料庫及網(wǎng)際網(wǎng)路。

9、 生物資訊計算法研討18.軟體環(huán)境的架構(gòu)作業(yè)系統(tǒng)平臺：Linux RedHat 7.1 程式編譯器：GNU C/C+/Fortran叢集管理系統(tǒng)：XPBS平行計算軟體：MPI及 XPVM生物資訊計算法研討19.發(fā)展大儲存系統(tǒng)- Storage Acessed Network (SAN)用PC叢集，發(fā)展平行資料庫電腦系統(tǒng)用公開程式碼，發(fā)展軟體工具建構(gòu)大型Web/FTP 伺服器，用 Linux Virtual ServerLVS)生物資訊知識庫研討20.搜集現(xiàn)有DB現(xiàn)況名稱種類大小Genbank Gene 12GBEMBL Gene 16GBPIR Protein 4GBSwiss-Port Pr

10、otein 2GBPDB Protein 15GB生物資訊知識庫研討21.UNI-BIO DB 現(xiàn)況 種類 數(shù)量DNA SEQUENCE約25萬筆PROTEINSEQUENCE約4萬筆生物資訊知識庫研討22.研討方向 應(yīng)用3D視覺化計算方法進行蛋白質(zhì)比對及製藥分析 CT及MRI醫(yī)學(xué)影像立體重建與病變特徵辨識及量化(indexing) 3D視覺化計算與醫(yī)學(xué)影像處理 23.生物晶片基因晶片(GeneChip, DNAChip, Microarray)蛋白質(zhì)晶片(Protein Chip)微流體晶片(Microfluidics)實驗室晶片(Lab-on-a-chip)生物晶片設(shè)計24.完成大學(xué)部生物

11、資訊學(xué)程之規(guī)劃，並於九十學(xué)年度起開始開課完成研討所生物資訊組之規(guī)劃，並於九十一學(xué)年度開始招收生物及資訊專長之學(xué)生(第一次招生有醫(yī)學(xué)系之學(xué)生報考)完成大學(xué)部生物資訊學(xué)系之課程規(guī)劃，並將於九十二學(xué)年度起開始招生初步成果25.完成三十二個點之PC叢集系統(tǒng)之建置完成部份基因及蛋白質(zhì)資料庫系統(tǒng)之建置獲得國科會生物與資訊工程教育整合計畫補助，共申請到三年經(jīng)費伍佰柒拾萬元整，計畫已從九十年十月開始執(zhí)行。(開始撰寫國內(nèi)第一本生物資訊課程教科書)獲得國科會提昇私校研發(fā)能量計畫-高效能生物資訊系統(tǒng)之建構(gòu)補助，第一年申請經(jīng)費共肆佰參拾餘萬元，已於九十一年八月開始執(zhí)行。初步成果26.初步成果與臺灣動物科技研討所共同向農(nóng)委會申請豬繁衍力功能性基因組解析及生物晶片之研發(fā)與應(yīng)用:熱帶豬學(xué)生物資訊中心之建置計畫己獲通過，共申請到第一年經(jīng)費壹仟陸佰餘萬元整，計畫已從九十一年一月開始執(zhí)行。參與臺灣大學(xué)向教育部申請生物資訊跨校研討中心計畫，成立生物資訊協(xié)