實用生物信息技術(shù)課堂測驗

1、PAGE PAGE 3實用生物信息技術(shù)課堂測驗農(nóng)科院研究生院暑期班2009年6月28日姓名_座位號CAAS09SS_ 得分_從GenBank中下載河豚魚質(zhì)粒（Cosmid）序列(AF164138)，提取前兩個基因（MDR2和MDR3）編碼區(qū)序列（CDS）及其所編碼之蛋白質(zhì)序列，用序列比對程序分析一致殘基(Identity)、相似殘基(Similarity)和空位(Gap)百分比。Identity (%)Similarity (%)Gap (%)CDSProtein以小鼠血紅蛋白A鏈（P01942）為檢測序列進行BLAST搜索，找出Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫中所有小鼠珠蛋白（Globin）家族成

2、員；用鄰接法（Neighbor-joining）對搜索到的小鼠珠蛋白家族構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。利用歐洲生物信息學研究所提供的數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)檢索碳酸酐酶。UniProtKB/Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫中收錄了_條碳酸酐酶（Carbonic Anhydrase）序列，其中具有蛋白質(zhì)水平證據(jù)的_條。找出物種來源為酵母（Yeast）的兩條序列，其登錄號分別為_、_，序列長度各為_、_；對它們進行雙序列比對，將結(jié)果填入下表：LengthLengthIdentity（%）Identity（%）全局比對Similarity（%）局部比對Similarity（%）Gaps:（%）Gaps:（%）ScoreScore

3、斑頭雁血紅蛋白序列、結(jié)構(gòu)、功能、進化分析以“bar-headed goose hemoglobin”檢索SwissProt序列數(shù)據(jù)庫，可找到斑頭雁血紅蛋白序列_條，其中斑頭雁血紅蛋白A鏈（HBA_ANSIN）序列登錄號（Accession）為_，登錄日期為_，序列最近更新日期為_，注釋信息最近更新日期為_；相關(guān)文獻_篇，其中關(guān)于X-射線晶體結(jié)構(gòu)研究_篇；該蛋白質(zhì)功能為_，屬_家族。UniRef數(shù)據(jù)庫中和HBA_ANSIN序列相似性高于90的序列共_條。選取斑頭雁（HBA_ANSIN）、灰雁（HBA_ANSAN）、野鴨（Mallard，HBA_ANAPP）、家鴨（Domestic duck，HBA_ANAPL）、水鳧（Widgeon，HBA_ANAPE）和疣鼻天鵝（Mute swan，HBA_CYGOL）6個物種序列，畫出用MEGA軟件包中最大簡約法（Maximum Parsimony）構(gòu)建的種系發(fā)生樹；該系統(tǒng)樹表明，與斑頭雁親緣關(guān)系最近的物種為_。用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖形顯示軟件Swiss-PdbViewer比較斑頭雁氧合血紅蛋白（1A4F）和灰雁氧合血紅蛋白（1FAW）空間結(jié)構(gòu)：找出斑頭雁和灰雁血紅蛋白第119位差異殘基；斑頭雁血紅蛋白中該殘基側(cè)鏈碳原子（CB）周圍4埃