DNAStar的安裝與升級使用說明資料

1、Good is good, but better carries it.精益求精，善益求善。DNAStar的安裝與升級使用說明目錄DNAStar的安裝與升級.6EditSeq的使用方法.7打開已有序列尋找開放讀框DNA序列翻譯遺傳密碼選擇使用遺傳密碼修改序列的反向互補(bǔ)及反向轉(zhuǎn)換BLAST檢索序列信息查看序列校讀序列的保存與輸出GeneQuest的使用方法12打開已有分析文件GeneQuest的DNA分析方法用分析方法操作方法參數(shù)改變結(jié)果展示優(yōu)化Feature注釋BLAST檢索EntrezDatabase檢索GeneQuest的其他特點(diǎn)保存分析文件MapDraw的使用方法18新酶切圖制作過瀘器類

2、型應(yīng)用頻率過瀘器應(yīng)用手動(dòng)過瀘器使用過瀘器一覽表使用MustCutHere/DontCutHere調(diào)色板工具酶信息顯示環(huán)形展示ORF圖顯示擇選保存，退出MegAlign的使用方法.23創(chuàng)建隊(duì)列文件序列設(shè)置PairwiseAlignment使用DotPlotMethod多序列比較PhylogeneticTree查看查看隊(duì)列報(bào)告Decorations/ConsensiMegAlign文件保存PrimerSelect的使用方法.28創(chuàng)建PrimerSelect文件定義引物特點(diǎn)查找引物對瀏覽其他的引物信息按特征對引物分類引物長度改變在引物中引入突變設(shè)計(jì)新引物使用寡核苷酸訂購表格保存PrimerSelec

3、t文件Protean的使用方法.34創(chuàng)建蛋白質(zhì)分析文件Proteans蛋白質(zhì)分析方法應(yīng)用分析方法方法參數(shù)改變優(yōu)化結(jié)果顯示使用蛋白酶消化與SDSPAGEFeature注釋BLAST檢索二級結(jié)構(gòu)模擬展示滴定曲線保存分析文件SeqManII的使用方法.39輸入序列片段Pre-AssemblyOptions操作檢查修整的數(shù)據(jù)序列裝配查看范圍和構(gòu)建結(jié)果去除矛盾堿基和缺口手動(dòng)修改序列末端文件保存與序列輸出DNAStar的安裝與升級如果您以前已經(jīng)安裝了Lasergene而且目前有升級和服務(wù)聯(lián)系，您就可以通過英特網(wǎng)來升級您現(xiàn)有的版本，各種模塊（module）都是以自解壓形式存儲(chǔ)的，你可以選擇性的下載安裝。必備

4、條件您的用戶名和會(huì)員號(hào)是必需的，可以在安裝盤上找到。程序升級備份您已有的Lasergene，找到您要升級的執(zhí)行程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的文件夾中。連接到DNAstar網(wǎng)站的主頁(HYPERLINKt_blank，從菜單中的Customers中點(diǎn)擊LasergeneUpdates點(diǎn)，安提示輸入密碼和用戶名（與會(huì)員名相同），這樣就會(huì)打開下載頁面。找到windows軟件（Windows95/98/NTSoftware.），就可以下載您想要的模塊了。模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮完畢。看到“Applicationname”hasbeenupdated.說明升級完畢。軟件安裝本節(jié)介紹若何從CD在PC

5、機(jī)（Windows）上安裝Lasergene。注意安裝是盡量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進(jìn)行。必備條件一張個(gè)人的Lasergene安裝盤；一張Lasergene軟件光碟；足夠的硬盤空間和內(nèi)存：至少30Mb的硬盤，32Mb的RAM。從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊安裝圖標(biāo)，則出現(xiàn)下面的窗口，點(diǎn)擊繼續(xù)則出現(xiàn)安裝窗口。隨后一次出現(xiàn)下面窗口，請按照提示做出選擇然后點(diǎn)擊Next，直至完成安裝。EditSeq的使用方法EditSeq是能夠迅速、正確地輸入，并且修改DNA或蛋白質(zhì)序列工具。每個(gè)EditSeq文件都可以分為三個(gè)可編輯的部分，上邊的一部分為序列文件，中間的一部分里是評論，

6、底部是序列的注釋。EditSeq能讀取大部分的序列格式包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。另外，序列也許通過使用鍵盤輸入，或者從其他地方復(fù)制、粘貼得到。經(jīng)Entrez或BLAST檢索得到的序列可以直接從因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)服務(wù)器下載。序列被打開后，EditSeq能使用標(biāo)準(zhǔn)或者指定的遺傳密碼進(jìn)行翻譯，或者反翻譯，尋找開放讀框，還可以進(jìn)行閱讀校對。另外，EditSeq能以GenBank，F(xiàn)ASTA和GCG格式輸出序列。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258

7、-7439，電子信件：support，或者經(jīng)HYPERLINK.t_blank.打開已有序列我們從用蘋果計(jì)算機(jī)打開“TETHIS21MA”和用Windows打開“tethis21.seq”開始。假設(shè)序列的末尾有載體序列污染。我們在用EditSeq打開序列的同時(shí)，用SetEnds命令去除5和3污染序列。從文件菜單（FILEMENU），選擇Open。打開文件夾“DemoSequences”單擊選定序列“TETHIS21”。單擊位于對話框右下角的SetEnds按鈕。SetEnds被打開（如右）。在5框和3框中鍵入50和850，點(diǎn)擊OK。單擊Open打開序列。當(dāng)EditSeq窗口打開時(shí)，序列長度顯示在

8、右上角。通過“settingends,”現(xiàn)在你只有最初序列中的801bp的片段。SetEnds選擇在全部Lasergene應(yīng)用程序中都可以使用。尋找開放讀框在這入門的一部分中，我們將確定序列中最大的ORF，并翻譯它。從SEARCHMENU找到ORF，點(diǎn)擊打開會(huì)出現(xiàn)右邊的對話框。單擊FindNext尋找第一個(gè)ORF的位置。繼續(xù)點(diǎn)擊FindNext直到你把ORF的位置選定在位置183-455。ORF的坐標(biāo)會(huì)出現(xiàn)在EditSeq窗口的頂端附近。DNA序列翻譯這一節(jié)中我們介紹如何翻譯我們的ORF，不過任何序列中的讀框內(nèi)部分都可以用下面的方法進(jìn)行翻譯。如果你的選擇是在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，三聯(lián)碼指示棒顯示為實(shí)

9、心黑線（如左圖）。如果你的選擇是不在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，左邊的箭頭和右面的箭頭顯示向左或向右移動(dòng)一個(gè)bp，以使所選序列成為三的倍數(shù)。選定ORF，從GOODIESMENU菜單中選擇翻譯（Translate）。翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個(gè)新的未命名窗口中（如右圖）。它是使用標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼翻譯的。使用其它遺傳密碼根據(jù)你的序列的來源，你可以選擇使用非標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼進(jìn)行翻譯等操作。在這節(jié)中，我們將標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼轉(zhuǎn)換成CiliateMacronuclear密碼。從GOODIESMENU菜單選擇GeneticCodes打開，子菜單顯示如下。單擊“CiliateMacronuclear”就實(shí)現(xiàn)了遺傳密碼的轉(zhuǎn)換，Ed

10、itSeq現(xiàn)在使用的就是CiliateMacronuclear的遺傳密碼。同樣可以將遺傳密碼轉(zhuǎn)換為其它類型。遺傳密碼的編輯這一節(jié)中我們修改CiliateMacronuclear的遺傳密碼。從GOODIESMENU菜單選擇EditSelectedCode。這將打開右面的窗口，窗口顯示遺傳密碼是怎樣翻譯DNA和RNA序列的。如以DNA形式展示密碼，點(diǎn)擊DNA按鈕。編輯時(shí)，單擊任何要編輯的密碼，從其目前的位置拖到新氨基酸對應(yīng)的位置則可。如使用不同的啟始密碼子，單擊SetStarts按鈕。第二的遺傳密碼窗就會(huì)被打開，可以進(jìn)行起始密碼子選擇。單擊任何氨基酸（或者codon位置），該密碼子就會(huì)變成綠色，而

11、且旁邊出現(xiàn)一個(gè)箭頭，它就被設(shè)定為起始密碼子了。如要去除，只需單擊它即可。如不保存，則單擊取消；如要保存，單擊保存為。序列的反向互補(bǔ)及反向轉(zhuǎn)換下面的步驟可以用于反向測定的序列的正確輸入。選定序列。從GOODIESMENU菜單，選反向互補(bǔ)序列（ReverseComplement），或者把序列顛倒過來（ReverseSequence）命令，則被選定的序列就被翻轉(zhuǎn)互補(bǔ)或翻轉(zhuǎn)過來了。BLAST檢索下面我們將在NCBI的BLAST服務(wù)器上對TETHIS21序列進(jìn)行相似性比較。注意為了進(jìn)行BLAST查找必須保證因特網(wǎng)的連接。如果你沒有連接因特網(wǎng)，跳過這部分，繼續(xù)下一部分。選定序，或者從EDIT菜單中選擇Se

12、lectAll。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NETSEARCHMENU），選擇BLAST查找。BLAST對話框就會(huì)出現(xiàn)。程序默認(rèn)為blastn，數(shù)據(jù)庫默認(rèn)是nr，參數(shù)轉(zhuǎn)換請參照幫助。單擊OK開始查找。尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。有關(guān)“score”和“expectation”的詳細(xì)的信息在NCBIs網(wǎng)點(diǎn)HYPERLINKhttp:/www.ncbi.nlmt_blankhttp:/www.ncbi.nlm./BLAST.可以找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提

13、示較好的相似性。BLAST結(jié)果窗最上邊的3鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息。下面我們從用“CreateDocument”鈕來打開評分最高的5序列開始：單擊CreateDocument。一個(gè)小的對話框出現(xiàn)。在左上角有一個(gè)下拉菜單顯示默認(rèn)（default）。單擊下拉菜單，選頂端（Top）。并在右面的文本框中寫入5。單擊OK，EditSeq自動(dòng)查對多余序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個(gè)，請點(diǎn)擊OK。EditSeq將從因特網(wǎng)數(shù)據(jù)庫下在單一的序列，并分別打開一個(gè)單獨(dú)的EditSeq窗口。下面我們用“BatchSave”鈕將3-10序列保存為EditSeq文件：選

14、定從頂端起第3個(gè)序列。單擊BatchSave。小的灰色的對話框出現(xiàn)。單擊下拉菜單，選Next。并在右面的文本框中寫入8。點(diǎn)擊SetLocation，顯示文件夾對話框。選定你要保存序列的位置。單擊OK回到灰色的對話框。單擊OK保存序列，文件擴(kuò)展為“.seq”。在下載過程期間，EditSeq自動(dòng)查對重復(fù)的序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個(gè)，請點(diǎn)擊OK。除非你收到錯(cuò)誤信息，否則可以認(rèn)為你的序列已經(jīng)成功下載。最后我們可以使用“LaunchBrowser”鈕查看序列的詳細(xì)信息選定序列。選擇LaunchBrowser。你的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器將打開右面的窗口。序列信息查看現(xiàn)在我們要使用EditSeq菜單

15、指令查看有關(guān)打開的TETHIS21序列的信息。選定序列的一部分。如果你倒是希望全選序列，從EDITMENU菜單，選擇SelectAll。從GOODIESMENU菜單，選DNAStatistics。就會(huì)出現(xiàn)右面的窗口，顯示序列信息。序列校讀在我們學(xué)習(xí)保存和輸出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校正測序膠中的錯(cuò)讀。選定序列。單擊校對發(fā)音圖標(biāo)（序列窗口底部張開的嘴），或者從SPEECHMENU，選Proof-ReadSequence。電子的音聲就會(huì)開始朗讀所選的序列。（注：如果你聽不見任何聲音，檢查你的計(jì)算機(jī)的喇叭是否已經(jīng)打開。）要改變音聲r(shí)ead-back的速度，從SPEE

16、CHMENU菜單，選擇FasterorSlower。要停止校讀，點(diǎn)擊圖標(biāo)（手），或者從SPEECHMENU菜單，選擇Proof-ReadSequence。序列的保存與輸出首先創(chuàng)建一個(gè)用于保存的序列。從文件菜單，選New中的NewDNA，或者NewProtein。將序列寫入出現(xiàn)的窗口。如果你輸入非法字符，計(jì)算機(jī)會(huì)發(fā)出警告。然后，我們將序列保存為EditSeq文件：從文件菜單，選Save。選定保存位置。給序列命名。單擊保存則可。以GenBank或GCG格式保存序列：從文件菜單，選Export。選定保存位置。為sequence(s)選格式。給sequence(s)命名。單擊保存則可。以FASTA格式

17、保存序列：從文件菜單，選Export（1個(gè)序列），或者ExportAllAsOne（多個(gè)序列）。當(dāng)使用ExportAllAsOne的時(shí)候，如果DNA和蛋白質(zhì)文件同時(shí)存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。EditSeq僅僅將寫入的序列保存為FASTA格式。選定保存位置。選FASTA格式。給sequence(s)命名。單擊保存則可。GeneQuest的使用方法GeneQuest可以幫助你發(fā)現(xiàn)和注釋DNA序列中的基因，并幫助您操作生物學(xué)所關(guān)心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接點(diǎn)連接，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合為點(diǎn)、重復(fù)序列、限制性內(nèi)且酶酶切位點(diǎn)等。通過應(yīng)用“methods”到序列，序列的f

18、eature可以以圖形的形式展示出來。你可以在序列上注釋任何你發(fā)現(xiàn)的feature。和其它的Lasergene應(yīng)用程序一樣，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez尋找功能。GeneQuest能直接打開DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改為DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登錄號(hào)或名稱，你可以直接打開序列。另外，你還可以在Entrez數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列查找和輸入。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：support，或者經(jīng)H

19、YPERLINK.t_blank.打開已有分析文件在這一節(jié)中，我們將對已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“NematodeR01H10.”進(jìn)行操作。從文件菜單，選擇Open打開一個(gè)和右邊相似的窗口。在蘋果計(jì)算機(jī)上，從Show菜單中選擇GeneQuestDocument文件。在Windows上，從文件類型菜單(FilesofType)的中選擇GeneQuestDocuments。用文件管理系統(tǒng)打開名為“DemoSequences.”的文件夾。雙擊NematodeR01H10，就可以打開下面的窗口。GeneQuest的DNA分析方法打開GeneQuest文件后，下一步是選

20、擇應(yīng)用方法。應(yīng)用方法后，結(jié)果的圖形顯示可以幫助你了解序列上感興趣的features。打開序列后，你會(huì)發(fā)現(xiàn)只有幾種方法應(yīng)用后的結(jié)果展示在窗口內(nèi)。在下一部分中，我們將學(xué)習(xí)如何把其它方法用于我們序列的分析。Title給文件取名。Ruler在文件中加入標(biāo)尺。Sequence顯示文件中的序列。Patterns-Matrix方法的運(yùn)算參數(shù)。Patterns-Signal轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫。Patterns-Type-InPatterns使用鍵盤輸入運(yùn)算所需的Pattern參數(shù)。Repeats-InvertedRepeats尋找反向重復(fù)序列。Repeats-DyadRepeats尋找Dyad重復(fù)和pal

21、indromes。Repeats-DirectRepeats尋找正向重復(fù)序列。GeneFinding-DNAFinder在打開的DNA序列中尋找指定DNA序列。分別顯示正義連和反義連的尋找結(jié)果。GeneFinding-ProteinFinder在打開的蛋白質(zhì)序列中尋找指定DNA序列的翻譯序列。顯示結(jié)果為全部6個(gè)讀框。Enzymes-RestrictionMap用DNASTAR酶目錄中的酶分析打開的序列，并以圖形方式展示。CodingPrediction-Borodovsky用BorodovskysMarkov方法來識(shí)別潛在的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展示。CodingPrediction-Sta

22、rtsStopsORFs根據(jù)指定的ORFs的最小長度，尋找可能的開放讀框，可以選擇是否需要起始密碼子。讀框的啟始和中止點(diǎn)分別展示。CodingPredictionLocalCompositionalComplexity根據(jù)Shannon信息學(xué)原理尋找有基因編碼提示信息的區(qū)域。BaseContents-BaseDistribution序列上4種堿基、A+T和G+C的頻率、分布，以及AT和gc分布區(qū)域。BentDNA-BendingIndexDNA折疊預(yù)測。用分析方法操作調(diào)用新的GeneQuest方法的步驟是：從MoreMethods中選擇方法，加入方法簾（methodcurtain），待方法運(yùn)行

23、完畢后，選擇性的拖取結(jié)果放入分析界面（assaysurface）即可（見右圖）。在本節(jié)中，我們使用BentDNA-BendingIndex方法進(jìn)行分析。從ANALYSISMENU選擇ShowAvailableMethods可以打開方法簾，也可以通過拖動(dòng)分析界面左上角的小環(huán)的打開方法簾。方法簾中包括已經(jīng)用于分析的全部方法。你將注意到方法簾沒有BentDNA-BendingIndexmethod。在方法簾的頂端，點(diǎn)擊MoreMethods打開一個(gè)下拉菜單，其中尤可以用于分析的所有方法，點(diǎn)擊BentDNA-BendingIndexmethod，該方法就進(jìn)入了方法簾。若查看方法簾中的方法是否已經(jīng)被應(yīng)用

24、，點(diǎn)擊其右邊的三角形。如果圖標(biāo)前有數(shù)字表明該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應(yīng)用的次數(shù)。因?yàn)槲覀冞€沒有應(yīng)用BentDNA-BendingIndex，所以點(diǎn)擊三角形，會(huì)發(fā)現(xiàn)圖標(biāo)前沒有數(shù)字。點(diǎn)擊白顏色的位置去除對圖標(biāo)的選擇。單擊選定“BendRegion,”，將其拖到分析界面，釋放鼠標(biāo)。序列中可能會(huì)折疊的區(qū)域就會(huì)以小盒子的形式顯示出來。方法參數(shù)改變下面我們改變方法的參數(shù)，然后將分析結(jié)果與參數(shù)改變前的結(jié)果進(jìn)行比較。重復(fù)前面的操作，在方法簾中加入一個(gè)新的BentDNA-BendingIndex，并把它拖如分析界面?，F(xiàn)在你應(yīng)該有2個(gè)完全一樣的折疊區(qū)分析結(jié)果。雙擊方法簾中任何一個(gè)結(jié)果，將打開一個(gè)參數(shù)對話框。改變弧長

25、度參數(shù)為30，單擊OK。分析界面上就會(huì)出現(xiàn)根據(jù)此參數(shù)計(jì)算得到的結(jié)果。（注：如果你再次拖入新的方法時(shí)，參數(shù)的改變會(huì)自動(dòng)應(yīng)用到新的方法上）。結(jié)果展示優(yōu)化組合或移動(dòng)展示的結(jié)果：單擊位于GeneQuest窗口左側(cè)的調(diào)色板工具中的的選擇器（手圖標(biāo)），在分析界面中可以隨意拖動(dòng)任何展示的結(jié)果到任何位置。改變方法格式：單擊目的選擇器（手圖標(biāo)），可以選擇分析界面上的任何方法。從OPTIONSMENU菜單選擇LineColor，打開彩色選擇子菜單。選定顏色后，方法題目和結(jié)果顯示都將變成那個(gè)顏色。另外，你可以用類似的指令進(jìn)行操作：LineWeight、FillColorandFillPattern。去除方法：單擊選

26、擇方法簾中顯示的方法，用退位或刪除鍵去除應(yīng)用的方法即可。注意任何你除掉的方法都是能從Methodsmenu菜單再一次被使用。注釋Features當(dāng)你用Genbank輸入序列時(shí)，序列中標(biāo)注的Features會(huì)自動(dòng)轉(zhuǎn)換為圖形命令顯示在方法簾中。這些Features可以象任何別的方法那樣拖到分析界面上顯示。GeneQuest也允許你為你的DNA序列制作新Features：單擊位于GeneQuest窗口的左側(cè)的調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。然后點(diǎn)擊選定2641-4257的InformativeRegion。點(diǎn)擊調(diào)色板工具（鉛筆圖標(biāo)），或者從SITES&FEATURESMENU選擇NewFeatur，打開一個(gè)F

27、eatureEditor對話框（如右圖）你打開FeatureEditor時(shí)，首先進(jìn)入Location設(shè)定。點(diǎn)擊“Inforegion”進(jìn)入Titlebox，點(diǎn)擊“SegmentA”進(jìn)入SegmentNamebox，接著，在對話框的底部選擇標(biāo)題和區(qū)段名字的位置。點(diǎn)擊Description按鈕進(jìn)入新的FeatureEditor窗口。如果你愿意，可以在note中對Feature做標(biāo)注，在key種選擇Feature的種類。點(diǎn)擊Style按鈕進(jìn)入最后的FeatureEditor窗口，選擇字型，大小和顏色，以及你喜歡圖型用于新建的feature。點(diǎn)擊OK關(guān)閉FeatureEditor窗口。一個(gè)圖形化展示的

28、“Inforegion”就會(huì)出現(xiàn)在分析窗口的底部。下面我們把新建的feature與另外一個(gè)feature整合起來。單擊調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。選定你剛做好的feature，單擊工具調(diào)色板工具上的（鏈圖標(biāo)）。然后點(diǎn)擊名為“R01H10.4CDS.”的feature，再點(diǎn)擊連接（鏈圖標(biāo)）。這樣你的“Inforegion”featur將繼續(xù)作為沒有聯(lián)系的方法而存在，但是，它的拷貝將作為R01H10.4featur的一部分出現(xiàn)。BLAST檢索GeneQuest為你的序列在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫上進(jìn)行相似性檢索提供2不同的方法。BLASTSelection指令允許你使用序列的任何一部分進(jìn)行檢索。BL

29、ASTORF需要你首先選擇序列的ORF，然后他就可以自動(dòng)翻譯，在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行檢索。在這一節(jié)中，我們用BLAST在NCBI上檢索與NematodeR01H10相似的序列。注意必須保證您的計(jì)算機(jī)與因特網(wǎng)相連。否則，跳過這一部分。單擊范圍選擇器調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。如同在右邊被顯示的那樣，單擊任何“R01H10.5”的feature。注意此時(shí)選定的僅僅是外顯子部分（exons），內(nèi)含子部分被自動(dòng)去除。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選BLASTSelection。會(huì)出現(xiàn)左面的BLAST對話框。不做參數(shù)改變，這樣，程序是blastn，數(shù)據(jù)庫是nr。單擊同意開始查找。尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可

30、能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。有關(guān)score和expectation的詳細(xì)的信息在NCBIs網(wǎng)點(diǎn)-HYPERLINK/BLAST.t_blank/BLAST.-可以找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。BLAST結(jié)果窗最上邊的4鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息?！癙utInDocument”按鈕相當(dāng)于GeneFinding-DNAFinder，在打開序列中尋找檢索到的序列。（如果我們使用blastp或blastx，則相當(dāng)于GeneFinding-Pr

31、oteinFinder）在BLAST結(jié)果窗口中選擇一個(gè)檢索結(jié)果。單擊PutInDocument。保存對話窗將打開。選定保存位置，并命名。單擊保存。你選的序列將象應(yīng)用方法那樣以短的垂直的豎線自動(dòng)出現(xiàn)在分析界面的底部。垂直的豎線顯示BLAST結(jié)果的位置。可以選擇Zoomin/OUT來放大或縮小視野。直到你能清楚地查看序列。其他按鈕與EditSeq中介紹的功能相同。EntrezDatabase檢索GeneQuest允許你在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)的Entez數(shù)據(jù)庫上進(jìn)行檢索。檢索到的結(jié)果可以輸入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存為序列文件。在這一節(jié)中，我們將檢索與狨視覺色素（visua

32、lpigmentinmarmosets）序列有關(guān)的序列，然后學(xué)習(xí)GeneQuest或EditSeq是如何打開其中的一個(gè)序列的。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NETSEARCHMENU)，選擇新正文查找（NewTextSearch）來打開EntrezQuery窗口（如右）。在文本框中敲入“visualpigment.”。從默認(rèn)為“AllFields”的下拉菜單中選擇“TextWord.”。用鼠標(biāo)從右面再拖入一個(gè)檢索框（NewTerm）。在文本框中敲入“Callithrix”，從“NewFields”菜單中選“Organism”。單擊查找。查找結(jié)果出現(xiàn)于EntrezResults窗口（如下）。雙擊任何Entre

33、zResults窗口里的序列，就可以查看其詳細(xì)信息。如果你想在GeneQuest或EditSeq里打開其中的一個(gè)序列：從EntrezResults窗，單擊你想打開的序列。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選擇用GeneQuest或者EditSeq打開（OpenwithGeneQuest/OpenwithEditSeq）。選定文件保存的位置，并給文件取名。單擊同意（視窗），或者保存（蘋果計(jì)算機(jī)）。如果你選擇以GeneQuest打開文件，GeneQuest將打開文件并且將其默認(rèn)的方法自動(dòng)應(yīng)用到序列上。如果你做選擇以EditSeq打開文件，Entrez序列將在主窗口中顯示。GeneQuest的其他特點(diǎn)以RNA折疊形式

34、查看序列的一部分：選定目的序列，在ANALYSISMENURNA菜單中選擇FoldasRNA命令。序列酶切，模仿agarose凝膠電泳判定大?。捍蜷_方法簾（methodcurtain）。從MoreMethods中選擇Enzymes-RestrictionMap加入方法簾。單擊圖標(biāo)左邊的藍(lán)色三角形，打開內(nèi)切酶一覽表。注意方法簾僅僅顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。剛打開酶一覽表時(shí)，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。選定特定的酶，拖入分析界面，即可以看見該酶的酶切位點(diǎn)在序列上的位置。從SITES&FEATURESMENU菜單選澤AgaroseGelSimulation。新窗口即顯示酶

35、切片段在electrophoretic的分離情況（如圖）。保存分析文件從文件菜單，選保存。選定文件的保存位置。給文件命名。單擊保存。你所應(yīng)用和展示的所有信息都會(huì)被保存。MapDraw的使用方法根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，分析和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6種類的酶切圖。從簡單的線性圖到有注釋的環(huán)形圖，在展示限制性酶切位點(diǎn)的同時(shí)，還可以同時(shí)展示序列的feature，六個(gè)讀框及其翻譯結(jié)果。MapDraw也以自動(dòng)展示從GenBank輸入序列的features。你可以按照位置、酶切頻率等來排列你的酶切位點(diǎn)。另外，你可以用手工選任何酶切位點(diǎn)的結(jié)合。酶切位點(diǎn)過瀘器（filters）也可以使用Bool

36、eanoperators聯(lián)合使用。MapDraw工具能使你規(guī)劃酶切位點(diǎn)和克隆實(shí)驗(yàn)，產(chǎn)生詳細(xì)，充分地結(jié)果概括。和全部Lasergene應(yīng)用程序一樣，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。新酶切圖制作我們以組氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（蘋果計(jì)算機(jī)）和“tethis21.seq”（視窗）為例。首先我們尋找能夠切割組氨酸DNA序列的酶切位點(diǎn)。從文件菜單選擇New打開右邊的對話框。打開“DemoSequences.”文件夾。雙擊打開TETHIS21（見下）。過濾器類型過瀘器（filter）是你定義的可以使用的酶切位點(diǎn)的集合。在你自定義過瀘器之前，所有酶切位點(diǎn)都會(huì)用于序列分析。你可以用

37、和或來組合過瀘器。MapDraw內(nèi)置的過瀘器如下：Overhang過瀘器是根據(jù)一套你定義的Overhang準(zhǔn)則歸類的酶切位點(diǎn)。這些準(zhǔn)則包括3和5端突出，與別的酶切位點(diǎn)互補(bǔ)以及兼并的末端突出。克隆試驗(yàn)中，可以使用這個(gè)過濾器尋找互補(bǔ)末端。頻率（Frequency）過瀘器是指根據(jù)出現(xiàn)于指定的范圍序列上的頻率歸類的酶切位點(diǎn)。我們將在本節(jié)的下一部分中使用這個(gè)過瀘器型。種類和復(fù)雜性過瀘器（Class&Complexity）是根據(jù)酶切位點(diǎn)種類歸類的酶切位點(diǎn)。這些種類包括：I型（隨機(jī)）把II型（明確），或者I型+II型。這過瀘器也可以根據(jù)位點(diǎn)復(fù)雜性、價(jià)錢和來源進(jìn)行歸類。手動(dòng)選擇過瀘器（ManualPick）允

38、許你按需要選定酶切位點(diǎn)。在隨后的一部分中，我們學(xué)習(xí)使用手動(dòng)選擇過瀘器的方法。MustCutHere/DontCutHere調(diào)色板工具也是一種過濾器，隨后進(jìn)行闡述。頻率過瀘器應(yīng)用首先讓我們用頻率過瀘器來刪除任何可以兩次切割我們序列的酶。從ENZYMEMENU，選NewFilter，然后Frequency打開參數(shù)對話框。在Min和Max對應(yīng)的框中輸入數(shù)字1和2，其他的參數(shù)不變。這個(gè)設(shè)定將我們序列中切割多于兩次的位點(diǎn)自動(dòng)刪除。在過瀘器名字框中，輸入“Two-cuts-max.”。單擊Apply將過瀘器用于序列分析然后OK退出參數(shù)對話框。你將注意到在圖上酶切位點(diǎn)的數(shù)目現(xiàn)在大大地減少了。應(yīng)用手動(dòng)過瀘器雖

39、然減少了大約3分之2的位點(diǎn)，但是還有100以上的酶存在。我們還可以設(shè)定一些更嚴(yán)緊的命令進(jìn)行限制?？匆豢次覀兊拿甘欠衲苷R地用來切割TETHIS21序列的編碼區(qū)。從MAPMENU選LinearMinimapp。打開的窗口顯示每個(gè)限制酶切割位點(diǎn)的位置。滾動(dòng)窗口，直到你看到大的向右的箭頭，上寫“histone”?！癏istone”是在最初的Genbank入口被注釋的序列特點(diǎn)。當(dāng)我們打開它的時(shí)候，這個(gè)特點(diǎn)和序列一起輸入。單擊選定它。在屏幕的左上單擊種類調(diào)色板工具（Sort），接著選擇SortbyCutsClosetoSelection。酶切位點(diǎn)即刻分類，這樣，距特點(diǎn)最近而且超出選定范圍的酶切位點(diǎn)將會(huì)排

40、在最上面。滾動(dòng)到窗口的最頂端。你將注意到，在histone基因的左和右有2酶切位點(diǎn)：AcsI和ApoI。兩個(gè)酶切位點(diǎn)對我們來說都是理想的。現(xiàn)在我們將制作僅僅包括ApoI酶切位點(diǎn)的ManualPickfilter。從ENZYMEMENU，選NewFilter然后ManualPick。打開酶切位點(diǎn)過瀘器編輯器。把ApoI從右邊的窗口拖進(jìn)左邊的窗口。給過瀘器取名。在這我們把過瀘器叫做“ApoI.”。點(diǎn)擊Apply然后OK，就保存并應(yīng)用“ApoI.”過瀘器了。注意到現(xiàn)在線性的minimap僅僅由ApoI酶切位點(diǎn)和histone特點(diǎn)構(gòu)成。使用過瀘器一覽表現(xiàn)在我們已經(jīng)應(yīng)用了2個(gè)過瀘器：一個(gè)叫做“Two-c

41、uts-max”的頻率過瀘器和叫做“ApoI.”的手動(dòng)過濾器，MapDraw會(huì)自動(dòng)把兩個(gè)過瀘器的結(jié)果用“AND,”聯(lián)合起來應(yīng)用，這樣，展示的結(jié)果需要滿足兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)：切割一或兩次，用ApoI切割。我們手動(dòng)過濾器包括頻率過瀘器的單一切點(diǎn)的內(nèi)容，所以他自動(dòng)的覆蓋了頻率過瀘器的結(jié)果。下述過瀘器一覽表允許我們隨意編輯、組合各個(gè)過瀘器。從MapDocument，單擊過瀘器調(diào)色板工具（在窗左上的漏斗圖標(biāo)）打開過瀘器一覽表（如下）。當(dāng)前應(yīng)用的所有過瀘器都出現(xiàn)于窗口的左邊。為了除掉ApoI過濾器，點(diǎn)擊選中它，從左窗口拖到右邊的窗口，單擊應(yīng)用即可。現(xiàn)在由于只有Two-cuts-max過瀘器被應(yīng)用，所以序列上的酶切位

42、點(diǎn)數(shù)目立即增加了。把ApoI過濾器拖回，放在And旁，單擊Apply再次應(yīng)用ApoI過濾器，序列上的酶切位點(diǎn)數(shù)目又立即減少了。（如果把ApoI過濾器拖回，放在Or旁，單擊Apply再次應(yīng)用ApoI過濾器，序列上的酶切位點(diǎn)數(shù)目不會(huì)改變，因?yàn)锳poI過濾器是Two-cuts-max過瀘器的一部分）。按上面的方法把兩個(gè)過濾器都去除。使用MustCutHere/DontCutHere調(diào)色板工具M(jìn)ustCutHere/DontCutHere工具是另一種酶切位點(diǎn)過濾限制方法。我們將用這個(gè)方法再次重復(fù)上面的操作。從MAPMENU，選Site&Sequence。向下滾動(dòng)，直到你看在大的向右指的箭頭，上寫“hi

43、stone”。單擊選中。點(diǎn)擊DontCutHere調(diào)色板工具（紅色園圈起的剪刀樣圖標(biāo)），去除所有切割選定區(qū)的酶切位點(diǎn)。（點(diǎn)擊MustCutHere工具剪刀樣圖標(biāo)序列上將展示所有切割選定區(qū)的酶切位點(diǎn)。）這樣，僅僅剩下那些不切割選定區(qū)的位點(diǎn)。顯示酶信息內(nèi)切酶編輯器（EnzymeEditor）使你能夠查看內(nèi)切酶的各種相關(guān)信息，包括其名字，識(shí)別序列，isoschisomers，種類，價(jià)格，銷售公司和有效性等詳細(xì)的信息。你對這些信息可以進(jìn)行添加或刪除操作。打開酶編輯窗（如左），雙擊任意一個(gè)酶的名字。箭頭顯示酶識(shí)別序列和切割位點(diǎn)。你可以按照“GeneQuest”上的方法在序列上添加新Feature，并作注

44、釋。環(huán)形展示你可以以環(huán)形圖展示環(huán)形或線性序列，但是，如果序列是線性的，MapDraw會(huì)提示你。如果你想在環(huán)形序列上進(jìn)行酶切位點(diǎn)限制，那末，我們前面提到的DontCutHerefilter完全可以做到這一點(diǎn)。通過點(diǎn)擊過濾器調(diào)色板工具檢查當(dāng)前是否只有DontCutHere過瀘器應(yīng)用。如果已經(jīng)應(yīng)用，則DontCutHere過瀘器應(yīng)該在過瀘器一覽表的左邊的窗口里，而其他的過濾器在右邊。如果這不是這樣，請進(jìn)行調(diào)整。從MAPMENU，選擇CircularIllustration，打開左邊的窗口。（如果此時(shí)有太多的酶切位點(diǎn)，你可以加入其他的過瀘器）。通過OPTIONSMENU的DrawingSize調(diào)整圖畫

45、的大小。2條紅線相會(huì)的角是你可以做的最小圖畫的范圍。在窗口內(nèi)點(diǎn)擊任何位置，圖形大小將顯示為那末大。單擊同意。ORF圖從MAPMENU，選ORFMap打開右邊顯示的六讀框的開放讀框窗口。默認(rèn)的終止和開始codons可以使用指定的遺傳密碼。方法見EditSeq。從OPTIONSMENU中選擇ORFCriteria可以設(shè)定參數(shù)。你能調(diào)整最小的ORF長度，定義上游啟動(dòng)子和距上游啟動(dòng)子的距離，選定后單擊同意即可。放大ORF以查看翻譯的序列。方法是點(diǎn)擊調(diào)色板工具中ZoomIn（有的圖標(biāo)），接著，單擊分析界面。重復(fù)這些2步直到你能看翻譯。顯示選擇MapDrawsOPTIONSMENU提供各種指令允許你做下面

46、的事情：選擇1個(gè)或3個(gè)字母的編碼。顯示不同的讀框組合（ReadingFrames或LineLayout）。編輯用于翻譯的遺傳密碼（GeneticCodesandEditSelectedCode）。酶顯示可以選擇垂直或者水平展示。線性化環(huán)形序列（LinearizeSequence）。顯示不確定位點(diǎn)。保存退出從編輯菜單（EDITMENU），選保存地圖（SaveMap）。選擇保存位置，命名。單擊保存（蘋果計(jì)算機(jī)）或同意（視窗）。從文件菜單（FILEMEN），選擇放棄（蘋果計(jì)算機(jī)）或者退出（視窗），電腦提示保存或放棄；選擇保存，則你操作的所有結(jié)果都會(huì)保存起來，否則結(jié)果會(huì)全部丟失。MegAlign的使用

47、方法MegAlign提供6列隊(duì)(aligment)方法，進(jìn)行DNA和蛋白質(zhì)序列的配對和多序列比較(multiplealigment)。多序列比較(multiplealigment)可以在MegAlign的worktable進(jìn)行查看和編輯。可以根據(jù)隊(duì)列(aligment)的結(jié)果制作進(jìn)化樹（Phylogenetictrees），并且，有關(guān)序列距離的數(shù)據(jù)和殘基替代可以容易地作成表格。一般多序列比較(multiplealigment)的結(jié)果展示于隊(duì)列(aligment)窗口，相似性和差異用彩色的直方圖展示。和全部Lasergene的應(yīng)用程序一樣，MegAlign也提供整合的BLAST查找功能。創(chuàng)建隊(duì)列

48、文件MegAlign提供兩種基本的隊(duì)列方法：配對比較和多序列比較。配對比較可以比較任何2個(gè)選定的序列的相似性，而多序列比較對在Worktable中所有序列進(jìn)行比較。在我們?nèi)腴T的第一個(gè)部分中，我們將介紹使用2不同的種類的配對比較方法。我們將從創(chuàng)建一個(gè)MegAlign文件，輸入兩個(gè)histone序列開始。從文件菜單，選EnterSequences打開EnterSequences對話框。從你DNASTAR文件夾中的“DemoMegAlign,”文件夾，雙擊打開“HistoneSequences.”文件夾，左上兩個(gè)序列是我們選用的序列。單擊TETHIS21，點(diǎn)擊Add鈕。單擊TETHIS22，點(diǎn)擊Ad

49、d鈕?，F(xiàn)在2序列將出現(xiàn)于右面的窗口。單擊Done把序列輸入Worktable。從OPTIONSMENU，使用Size命令增加Worktable的字形大小直到可以看清楚。序列設(shè)置下面我們練習(xí)subranging輸入的histone序列。設(shè)置序列的末端在我們這個(gè)例子中并不重要，但是當(dāng)兩個(gè)序列匹的全序列匹配不太好，或是蛋白質(zhì)和DNA的混合序列時(shí)就變得非常重要了。后者要求每個(gè)DNA序列都必須是給出正確的翻譯讀框。序列設(shè)置可以通過給定末端位置手動(dòng)操作設(shè)置，也可以通過特定標(biāo)注的feature進(jìn)行。這里，我們將使用histoneH2B-1的CDS進(jìn)行操作。點(diǎn)擊選中（TETHIS21）。從OPTIONSMEN

50、U，選SetSequenceLimits，接著，從FeatureTable打開右面的序列末端設(shè)置窗口。頂端的histoneH2B-1-CDSfeature已經(jīng)選定。下面顯示的是選定序列的特點(diǎn)名字和范圍。單擊ChangetheRest用相同的feature設(shè)置第二histone序列。你將自動(dòng)回到Worktable，這時(shí)，設(shè)置后的序列就出現(xiàn)了。配對比較（PairwiseAlignment）MegAlign提供各種配對比較方法。我們序列是DNA，我們可以用的方法是Wilbur-Lipman，Martinez-Needleman-Wunsch和Dotplot。在這入門中，我們在使用Wilbur-Lip

51、man的方法。同時(shí)選中兩個(gè)序列。從ALIGNMENU中的OnePair選擇Wilbur-Lipman方法。使用默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行比較，點(diǎn)擊OK。MegAlign計(jì)算隊(duì)列，然后在另一個(gè)窗口顯示比較結(jié)果。窗標(biāo)題展示相似指數(shù)（所右匹配殘基的百分比），缺口數(shù)目，全的缺口長度和一致序列長度。我們可以改變標(biāo)志顏色來區(qū)別匹配和不匹配的序列。單擊隊(duì)列調(diào)色板工具（有“x”方框圖標(biāo)），打開下面的隊(duì)列顏色編輯讀化框。單擊深藍(lán)色的方框，接著點(diǎn)擊MatchColor右面的黑色方框，他就變藍(lán)了。所有和一直序列一樣的堿基都立即變成深藍(lán)色。如此重復(fù)可以改變不匹配的序列的顏色。另外，還可以通過選定或不選彩色選擇方框下面的方框查看隊(duì)列

52、窗口中隊(duì)列的變化。如你單擊VerticalBars，則匹配序列間的堿基變成了垂直的棒。使用點(diǎn)劃分方法（DotPlotMethod）點(diǎn)劃分方法是先把要比較的序列疊加起來，然后計(jì)算匹配不當(dāng)?shù)臄?shù)目。同時(shí)選定兩個(gè)序列。從ALIGNMENU中的OnePairl里選擇DotPlot打開右面的窗口。單擊OK用默認(rèn)的參數(shù)進(jìn)行比較。MegAlign計(jì)算結(jié)果會(huì)在另一個(gè)窗口顯示出來。每個(gè)匹配都與特定的一組殘基有特定的相似性（兩個(gè)都設(shè)計(jì)在參數(shù)對話框中），DotPlot窗口中展示為藍(lán)色。從左側(cè)末端開始的紅色斜線，表示兩個(gè)序列比較的位置。雙擊任意一條藍(lán)色的線會(huì)打開左面的窗口，其中顯示所選定的序列的比較結(jié)果。多序列比較為了

53、在MegAlign中進(jìn)行多序列比較，我們選擇一個(gè)含有十四個(gè)相關(guān)的鈣調(diào)蛋白序列的文件進(jìn)行操作。使用這個(gè)大的數(shù)據(jù)庫我們可以制作進(jìn)化樹，了解MegAlign的其他特性。首先，我們要?jiǎng)?chuàng)建一個(gè)包括14calmodulin序列的新文件：從文件菜單，選Open打開DNASTAR文件夾的“DemoMegAlign”的文件夾。雙擊打開“CalmodulinAlignment”。從OPTIONSMENU，使用Size命令增加字體大小到看得清楚為止?，F(xiàn)在我們需要選MegAligns的兩個(gè)多序列比較方法中的一個(gè)進(jìn)行操作：Clustal或者JotunHein。如果已知序列有一定的同源性，我們推薦使用JotunHein，

54、并且，如果有關(guān)序列相關(guān)性的背景未知，可以選擇Clustal。我們使用的序列已知全部是calmodulins，所以，我們使用JotunHein方法。在我們實(shí)行隊(duì)列之前，我們應(yīng)該選擇一個(gè)權(quán)重表。MegAligns殘基權(quán)重表用于對多序列比較進(jìn)行評分，這樣那些雖然殘基不匹配，但殘基化學(xué)性質(zhì)相似的序列的評分要比化學(xué)性質(zhì)不相似的序列的評分要高。我們的序列是蛋白質(zhì)，并且我們將使用JotunHein方法，所以“Structural”表是最好的選擇。從ALIGNMENU選擇SetResidueWeightTable打開左面的窗口。從上面的下拉菜單選擇Structural。單擊同意?，F(xiàn)在我們可以比較我們的calm

55、odulin序列了。從ALIGNMENU選擇JotunHeinMethod。隊(duì)列進(jìn)程窗顯示比較完成的百分比。當(dāng)隊(duì)列完畢，Worktable會(huì)顯示隊(duì)列的結(jié)果。通過VIEWMENU中的SequenceDistanc查看序列的差別和相似性（如左）。通過VIEWMENU中的ResidueSubstitutions查看殘基的替代數(shù)目（如右）。為了繼續(xù)，關(guān)上ResidueSubstitutionsandSequenceDistances窗口。PhylogeneticTree查看通過VIEWMENU中的PhylogeneticTree打開下面的窗口。默認(rèn)為BalancedBranches調(diào)色板（從頂端第3）

56、。在phenogram中，距離長度近似。為了用cladogram查看結(jié)果，單擊UnbalancedBranches調(diào)色板工具（從頂端第4）。在cladogram中，枝長度（branchlength）是與祖先的節(jié)差異的評估。為了繼續(xù)這入門，關(guān)上PhylogeneticTree窗口。查看隊(duì)列報(bào)告隊(duì)列報(bào)告以序列顯示比較的結(jié)果。通過VIEWMENU中的隊(duì)列報(bào)告命令（AlignmentReport）打開報(bào)告窗口。MegAlign允許你改變隊(duì)列報(bào)告的外觀。從OPTIONSMENU中選擇AlignmentReportContents打開右面的窗口，選定第3-7和第9個(gè)方框，其它不變。單擊同意，更新報(bào)告。創(chuàng)建

57、Decorations和Consensi另外，我們可以通過加入“decorations”和“consensi.”來優(yōu)化展示的效果。Decorations包括加框、加陰影和隱藏。在這節(jié)中，我們將給那些與一致序列不一致的氨基酸加陰影。從OPTIONSMENU選擇NewDecoration來打開在左邊顯示的對話框。在題目框中，輸入類似“Shadedisagreementswithconsensus.”的名字。下一個(gè)排包括3下拉的菜單。選擇第一個(gè)下拉菜單中的“Shade“，中間菜單的“residuesdifferingfrom”。第3個(gè)菜單不變，默認(rèn)為Consensus。選擇第一個(gè)下拉菜單中的“Sha

58、de“后，會(huì)激活其下面的另外兩個(gè)下拉式菜單。從上邊的菜單選擇顏色，從下面的菜單選擇陰影的樣式。距離單位框不變，為“0.”。單擊同意，現(xiàn)在隊(duì)列報(bào)告中所有與一致序列不一樣的殘基全都被加上了陰影（如下）。Consensi是一致序列的另外一種圖形展示方法，可以用來標(biāo)志ambiguous殘基。另外，序列中一致和不一致的殘疾可以用直方圖在隊(duì)列報(bào)告中展示。當(dāng)在某個(gè)位置上，任何一個(gè)序列的殘基與其他序列不一樣時(shí)，一致序列就會(huì)以星號(hào)表示。并且用直方圖的長短顯示其中一致殘基的多少。從OPTIONSMENU，選擇NewConsensus打開右邊的對話框。在題目框中，輸入諸如“Allsequencesmatchingp

59、otato.”的名字。下面有4個(gè)下拉菜單。在第一個(gè)菜單選擇PotatoCalmodulin。其他的菜單不變：Whenallmatch；thetemplateresidue和showthetemplateresidue。在右邊框“otherwiseshow,”中輸入星號(hào)（）。選定“Strength.”框。單擊同意，就把新的一致性設(shè)定應(yīng)用于打開的隊(duì)列報(bào)告了。最終的報(bào)告如左圖顯示。彩色直方圖可以顯示新的一致序列的強(qiáng)度。保存MegAlign文件從文件菜單，選保存。確定文件夾的保存位置。在文件名框（視窗）或名字框（蘋果計(jì)算機(jī)）中給序列命名。單擊保存（蘋果計(jì)算機(jī)）或同意（視窗）。對隊(duì)列和隊(duì)列報(bào)告的變化都被

60、保存了。PrimerSelect的使用方法PrimerSelect能夠幫助你設(shè)計(jì)PCR，測序和交雜實(shí)驗(yàn)所使用的引物和探針。輸入你的DNA，RNA或反向翻譯的蛋白質(zhì)模板序列后，PrimerSelect就可以在pentamer窗口計(jì)算序列的融解溫度，自由能和末端自由能。您可以通過控制包括引物濃度、鹽分和.G計(jì)算溫度等參數(shù)來限定計(jì)算結(jié)果。在模板處理后，PrimerSelect按照用戶定義的參數(shù)確定引物的位置，并給引物評分，然后篩選出模板序列上的最佳引物序列。引物“workbenches”允許你修改你的引物，檢查參數(shù)編輯對翻譯讀框，二級結(jié)構(gòu)，錯(cuò)誤的引物位置和限制性酶切位點(diǎn)的影響。如果你選擇并優(yōu)化了你的