BLAST與數(shù)據(jù)庫相似性搜索

1、上機二 實驗報告【實驗名稱】BLAST與數(shù)據(jù)庫相似性搜索?！緦嶒?zāi)康摹空莆誦last與數(shù)據(jù)庫相似性搜索方法?！緦嶒炘怼坷孟嚓P(guān)網(wǎng)絡(luò)平臺和相關(guān)程序進行數(shù)據(jù)搜索和分析，用到的軟件有：RasMol、UltraEdit-32，用到的網(wǎng)站有： 【實驗內(nèi)容】某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中發(fā)現(xiàn)了一個與有絲分裂相關(guān)的基因,通過DNA測序，得到部分序列：GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGC

2、TGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGA

3、CATCCT回答下列問題：1.該基因在酵母中的同源蛋白是什么？2.該蛋白質(zhì)有何功能？3.該蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)是否得到解析？【實驗步驟】首先在Genbank中搜索該序列的相似序列，判斷其來自于那個基因，搜索其編碼的蛋白。由于蛋白質(zhì)序列更加保守，故以小鼠該基因編碼的蛋白質(zhì)序列來搜索酵母中的相似序列。獲取酵母中的同源蛋白的序列（在Uniprot中通過BLAST搜索該蛋白質(zhì)序列）。進入/ ，查看該蛋白的詳細(xì)信息。具體步驟如下：1.首先在Genbank中搜索該序列的相似序列，判斷其來自于那個基因，搜索其編碼的蛋白。點擊nucleotide blast輸入序列，選擇物種，點擊blast如圖顯示，這個基因是小

4、鼠的Nek2 NIMA基因，基因序列號是：NM_010892.3。點擊檢索到的編碼號顯示如圖，點擊send下的FASTA protein 再creat file可下載到所編碼的蛋白序列。2. 由于蛋白質(zhì)序列更加保守，故以小鼠該基因編碼的蛋白質(zhì)序列來搜索酵母中的相似序列。圖上，使用protein blast，輸入下載到的蛋白序列，輸入限制條件為酵母。圖上，找到酵母中相似度高的蛋白。3.獲得酵母中同源蛋白的序列。點擊該蛋白后，可獲得其蛋白序列。3.進入/ ，查看該蛋白的詳細(xì)信息。用蛋白序列進行搜索，將范圍限制在酵母。搜索結(jié)果中第一條便是我們希望獲得的蛋白。點擊此蛋白，可見其詳細(xì)信息，圖中所顯示的是其功能。圖中顯示的是其3D結(jié)構(gòu)解析情況。【實驗結(jié)果】1.該基因在酵母中的同源基因是CMK2（編碼EGA88144），編碼蛋白CaM kinase II（標(biāo)識符E9PA33），具有保守功能結(jié)構(gòu)域S_TKc。2.該蛋白是酵母的一種蛋白激酶。3.其三維結(jié)構(gòu)尚未解析。【實驗分析】通過該實驗，基