pubmed生物學(xué)數(shù)據(jù)庫課件

1、6課 PubMed生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫內(nèi)容見教材4章1節(jié)（P59）目的與要求：了解PubMed的特點(diǎn)，掌握使用該數(shù)據(jù)庫進(jìn)行課題檢索的基本途徑與方法。本課內(nèi)容安排有實(shí)習(xí)，要求掌握檢索途徑與方法。教學(xué)重、難點(diǎn)：利用PubMed可檢索哪些數(shù)據(jù)資源。自動詞語匹配轉(zhuǎn)換功能；主題詞/副主題詞檢索；五種檢索輔助工具的特點(diǎn)及使用。第1頁，共74頁。8/4/20221教學(xué)內(nèi)容：6.1 Pubmed簡介6.2 通過PubMed可檢索到的信息6.3 PubMed檢索界面的結(jié)構(gòu)6.4 PubMed的檢索6.5 檢索結(jié)果顯示及下載6.6 My NCBI第2頁，共74頁。8/4/202226.1 PubMed簡介 PUBMED

2、是美國國立圖書館（NLM）所屬國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）建立的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)（1997年免費(fèi)開放），是NCBI開發(fā)的Entrez檢索系統(tǒng)重要組成部分。 IM MEDLINE PubMed(手工檢索) (聯(lián)機(jī)檢索、光盤檢索) (網(wǎng)絡(luò)檢索)特點(diǎn)：信息資源豐富、質(zhì)量高、更新及時、檢索方式靈活多樣、鏈接功能強(qiáng)大、使用免費(fèi)等。8/4/202232第3頁，共74頁。6.2 通過PubMed可檢索信息 6.2.1 Medline 6.2.2 PreMedline 6.2.3 出版商提供的書目信息 6.2.4 NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄第4頁，共74頁。8/4/20224 6.2.1 MEDLI

3、NE：美國國立醫(yī)學(xué)圖書館MEDLARS系統(tǒng)中最大的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫。收錄1966年以來70多個國家近4800種生物醫(yī)學(xué)期刊的書目信息和著者文摘，每周更新。每條記錄均帶有PubMed-Indexed for MEDLINE標(biāo)志。第5頁，共74頁。8/4/20225 6.2.2 PreMedline未正式給予MeSH詞、出版類型等深度標(biāo)引信息的一個前期臨時庫，可檢索。“PubMed計劃”：出版商在期刊出版之前或同時，將期刊論文題錄提供給PubMed，每天NLM把最新記錄加入到PreMedline庫。工作人員一周內(nèi)將這些記錄標(biāo)引，然后轉(zhuǎn)入MEDLINE，同時從PreMedline中刪去。帶有PubMe

4、d-in Process標(biāo)志。第6頁，共74頁。8/4/20226 6.2.3 出版商提供的書目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分沒有被MEDLINE收錄，PubMed仍保存，在記錄中做PubMed-as supplied by publisher的標(biāo)記。出版商提供的記錄若有全文，PubMed則建立了與此期刊節(jié)點(diǎn)的鏈接，可免費(fèi)或交一定的費(fèi)用直接聯(lián)機(jī)獲取原文 。第7頁，共74頁。8/4/20227圖1第8頁，共74頁。8/4/20228 6.2.4 NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄：PubMed建立了與NCBI其他數(shù)據(jù)庫之間聯(lián)系，通過Medline記錄鏈接獲取相關(guān)的基因庫記錄，也可以通過基

5、因庫記錄鏈接獲取相關(guān)的Medline記錄。第9頁，共74頁。8/4/20229PubMed與其它數(shù)據(jù)庫的關(guān)系第10頁，共74頁。8/4/202210NCBI數(shù)據(jù)庫PubMed：在主頁上提供與NCBI的7個數(shù)據(jù)庫建立了超鏈接： Nucleotide：DNA序列數(shù)據(jù)庫。Protein：氨基酸（蛋白質(zhì)）序列數(shù)據(jù)庫。Genome：基因組序列數(shù)據(jù)庫，提供所有基因與染色體紀(jì)錄與圖片的查詢服務(wù)，這個庫中數(shù)以百萬的基因序列是由龐大的基因排序工作得來的。Structure：分子結(jié)構(gòu)模型數(shù)據(jù)庫，這個數(shù)據(jù)庫保存的是由X線晶體成像、NMR分光光度法建立的三維分子結(jié)構(gòu)。Popset：種群、種系發(fā)生或突變序列數(shù)據(jù)庫，是由

6、相關(guān)種族、人類發(fā)展、突變研究得來的人類進(jìn)化與人種差異的結(jié)果。Taxonomy：生物分類數(shù)據(jù)庫OMIM：人類孟德爾遺傳學(xué)聯(lián)機(jī)數(shù)據(jù)庫。Books：相關(guān)圖書，可鏈接到相關(guān)參考書籍的文摘頁。第11頁，共74頁。8/4/202211All Database跨庫檢索第12頁，共74頁。8/4/202212Pre-MedlineMedlineNew DataCollectPubMedProcess檢索出版商提供書目信息 PubMed可檢信息示意圖NCBI其它數(shù)據(jù)庫第13頁，共74頁。8/4/202213PUBMED進(jìn)入方式/pubmed或用搜索引擎搜“PubMed”地址。第14頁，共74頁。8/4/2022

7、146.3 PubMed檢索界面的結(jié)構(gòu)基本檢索區(qū)相關(guān)數(shù)據(jù)庫鏈接、 檢索提問框檢索提示區(qū)對各項(xiàng)檢索功能的簡單描述Entrez簡介、 PubMed服務(wù)、特有檢索、相關(guān)資源輔助檢索區(qū)個性化檢索區(qū)第15頁，共74頁。8/4/202215Overview-介紹PubMed的覆蓋范圍和刊物信息。New/Noteworthy-關(guān)于PubMed系統(tǒng)更新和未來發(fā)展。Journal Databases-通過標(biāo)題，關(guān)鍵詞，標(biāo)題縮寫，或者ISSN號，在PubMed和其他Entrez數(shù)據(jù)庫中檢索期刊標(biāo)題，還可以查看提供全文的刊物的列表。MeSH Databases-瀏覽MeSH表并選詞檢索。Citation Match

8、er-通過輸入文獻(xiàn)的線索查找某一特定文章，特定一期內(nèi)容，或者整個刊物的內(nèi)容。Clinical Queries-為臨床醫(yī)生準(zhǔn)備，關(guān)注于四個領(lǐng)域：療法，診斷，病因，和預(yù)后。My NCBI-為注冊用戶（免費(fèi)注冊）提供的檢索策略存儲空間，可以生成檢索歷史信息，并及時更新。Order Documents-購買原文（大約$5/篇）。NLM Gateway-連接到NLM集成數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，可對MEDLINE/PubMed, OLDMEDLINE, LOCATORplus, MEDLINEplus, DIRLINE, AIDS Meetings, Health Services Research Meetings

9、, Space Life Sciences Meetings, and HSRProj等NLM數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索。 Consumer Health-提供與MEDLINEplus的鏈接，是與消費(fèi)者健康信息相關(guān)的國家醫(yī)學(xué)圖書館的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)。Clinical Alerts-迅速公布由NIH資助的，會顯著影響發(fā)病率和死亡率的臨床研究結(jié)果。Clinical Trials-對公眾提供臨床科研的當(dāng)前信息。PubMed Central-可免費(fèi)提供全文的生命科學(xué)文獻(xiàn)。服務(wù)功能第16頁，共74頁。8/4/2022166.4 PubMed的檢索6.4.1 基本檢索6.4.2 PubMed檢索輔助工具Limits （限定功

10、能）Preview/Index（預(yù)覽/索引）History（檢索史）Clipboard（剪貼板或文件夾）Details（明細(xì)欄）6.4.3 主題詞/副主題詞檢索6.4.4 其他檢索一框五鍵第17頁，共74頁。8/4/2022176.4.1 基本檢索一. 詞語檢索*二. 期刊檢索三. 作者檢索四. 截詞檢索第18頁，共74頁。8/4/202218詞匯自動匹配轉(zhuǎn)換MeSH詞轉(zhuǎn)換表期刊名稱轉(zhuǎn)換表短語轉(zhuǎn)換表作者索引“單個詞”間AND 聯(lián)接一. 詞語檢索UMLS（一體化醫(yī)學(xué)語言系統(tǒng)） 以概念表達(dá)為基礎(chǔ)，將40多種生物醫(yī)學(xué)詞典、詞表和分類詞表中的詞匯指引向MeSH中的意義相同或相近的規(guī)范主題詞。 有主題詞

11、表的檢索工具，最好的檢索結(jié)果要在主題詞檢索基礎(chǔ)上得來。第19頁，共74頁。8/4/202219例：檢索幽門螺旋桿菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文獻(xiàn)?；緳z索的優(yōu)點(diǎn)：提高查全率，涵蓋最新文獻(xiàn)。第20頁，共74頁。8/4/202220強(qiáng)制短語檢索PubMed首先將鍵入的檢索詞（如： diabetes mellitus ）視為合理的短語在短語索引中進(jìn)行查找，并自動把兩個詞分開以“邏輯與”組配檢索。如不希望系統(tǒng)將兩詞分開：增加了關(guān)系不大的文獻(xiàn)（如“gastric cancer” ）分開后意義有變化（如 “single cell” ）用“”進(jìn)行強(qiáng)制詞

12、組檢索。如 “single cell”、 “gastric cancer ” 。 注意：強(qiáng)制短語檢索時，PubMed將不執(zhí)行自動詞語匹配功能。 第21頁，共74頁。8/4/202221PubMed的基本檢索二. 期刊檢索在檢索框中鍵入雜志全名molecular biology of the cell也可以直接鍵入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，如：mol boil cell，鍵入刊物的ISSN(國際標(biāo)準(zhǔn)出版物代碼）進(jìn)行檢索，如1059-1524。Cell transplantation ta第22頁，共74頁。8/4/202222PubMed的基本檢索三. 作者檢索 在檢索框內(nèi)按照“姓+名縮

13、寫”的格式(不用標(biāo)點(diǎn)) 鍵入作者姓名，如“Smith j”，系統(tǒng)會自動查找“Smith JH”，“Smith JW”等作者姓名形式的文獻(xiàn)。 如果想進(jìn)行更精確的檢索，可以用雙引號將作者名引起來，再加au，如“smith j”au 第23頁，共74頁。8/4/202223PubMed的基本檢索四. 截詞檢索截詞符“*”、“？”截詞功能可擴(kuò)充檢索詞以檢出更多的相關(guān)文獻(xiàn)。如：bacter*，可以檢出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等詞。PubMed一次最多可以檢索出600個詞形變異詞。若超過600個如tox*，將顯示警告信息，提醒增加詞根長度。第24

14、頁，共74頁。8/4/202224提示信息第25頁，共74頁。8/4/2022256.4.2 PubMed檢索輔助工具一. Details：顯示轉(zhuǎn)換后的檢索策略（下有結(jié)果數(shù)）。可直接在檢索框中修改檢索策略，點(diǎn)擊Search按鍵即重新執(zhí)行檢索。點(diǎn)擊“Save Search”，檢索策略將以瀏覽器的網(wǎng)頁收藏功能保存該策略。第26頁，共74頁。8/4/202226例：檢索幽門螺旋桿菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文獻(xiàn)。優(yōu)點(diǎn)：提高查全率，涵蓋最新文獻(xiàn)。存儲檢索策略 點(diǎn)擊后可用瀏覽器的書簽功能（bookmark)保存該策略。第27頁，共74頁。8/4/2

15、02227第28頁，共74頁。8/4/2022286.4.2 PubMed檢索輔助工具二. Limits（限定功能）:對檢索詞的限定和修飾，能同時進(jìn)行多種條件限制，限定檢索結(jié)果的范圍?？捎行У乜刂莆墨I(xiàn)的檢出量，并提高查準(zhǔn)率。第29頁，共74頁。8/4/202229All Field（字段選擇）：Publication Types（出版物類型選擇）：Languages（語種選擇）：Ages（年齡組選擇）：Gender（性別選擇）：男性、女性Human or Animal（人或動物實(shí)驗(yàn)選擇）Subsets（子集）：13個子集Entrez Date（日期）：8個時間段Limits第30頁，共74頁。

16、8/4/202230字段限定(有29個字段可供選擇)字段限定第31頁，共74頁。8/4/202231出版物類型及年齡限定出版物類型限定(有49種選擇)年齡組限定(共有13個年齡段)第32頁，共74頁。8/4/202232文獻(xiàn)語種限定(共57個語種限定)檢索子集限定(3種期刊子集、8種主題子集、3種數(shù)據(jù)庫子集）語種與子集限定第33頁，共74頁。8/4/202233文摘與全文限定出版時間及收入數(shù)據(jù)庫時間限定（有11種選擇）人與動物實(shí)驗(yàn)選擇性別限定時間、性別、文摘等的限定第34頁，共74頁。8/4/202234例：查找有關(guān)學(xué)齡前兒童糖尿病的英文RCT文獻(xiàn)。 diabetes mellitusRand

17、omized Controlled Trial English preschool child 第35頁，共74頁。8/4/202235第36頁，共74頁。8/4/202236第37頁，共74頁。8/4/202237第38頁，共74頁。8/4/202238第39頁，共74頁。8/4/2022396.4.2 PubMed檢索輔助工具三. Preview/Index(預(yù)覽/索引)Preview是對檢索結(jié)果進(jìn)行預(yù)覽，顯示檢索結(jié)果的條數(shù)和檢索式，用戶可根據(jù)具體情況在檢索提問框中用邏輯運(yùn)算符組配新的檢索式。適合于各類檢索概念并未十分明確下的試探性查詢。Index列出提交的檢索詞在某一選取字段中，按字順排

18、列的索引詞表中的位置和數(shù)量（括弧內(nèi)），可用滾動條來回進(jìn)行查看列表。選中的詞高亮顯示，然后選擇合適的邏輯運(yùn)算符進(jìn)行檢索。第40頁，共74頁。8/4/202240檢索式檢索結(jié)果條數(shù)檢索式序號檢索提問輸入框選擇邏輯算符第41頁，共74頁。8/4/202241第42頁，共74頁。8/4/2022426.4.2 PubMed檢索輔助工具四. History(檢索史) 保留所有的檢索策略和結(jié)果，只有執(zhí)行后的檢索才能在History中有記錄。顯示檢索序號、檢索詞、檢索時間以及檢索結(jié)果數(shù)量。可在檢索序號之間添加邏輯運(yùn)算符進(jìn)行檢索，如#2 AND #6單擊記錄條數(shù)超級鏈接可以重新顯示檢索結(jié)果。點(diǎn)擊Clear H

19、istory按鈕可以清除History中的檢索策略。最多存貯檢索式數(shù)為100個，檢索式的存貯時間為1小時。第43頁，共74頁。8/4/202243第44頁，共74頁。8/4/202244五. Clipboard：剪貼板或文件夾。便于用戶將檢索選中記錄的暫時保存，方便用戶集中打印、下載或索取原文。剪貼板中可存的最多記錄為500條，8小時內(nèi)無作何操作，記錄將自動消失。6.4.2 PubMed檢索輔助工具第45頁，共74頁。8/4/202245使用方法： 在檢索結(jié)果界面點(diǎn)擊記錄左側(cè)的復(fù)選框，該文獻(xiàn)序號將變成綠色。再點(diǎn)“sent to”后選“ Clipboard”。第46頁，共74頁。8/4/2022

20、466.4.3 主題詞/副主題詞檢索MeSH Database：具有檢索功能的MeSH詞表。作用：幫助用戶查找MeSH詞并進(jìn)行檢索。每個主題詞的定義和樹狀結(jié)構(gòu)等信息。提供副主題詞選擇、主要主題詞限定、擴(kuò)展主題詞等功能。2.MeSH的使用 印刷本Medical Subject Headings MeSH Browser UMLS Metathesaurus MeSH Databases第47頁，共74頁。8/4/202247第48頁，共74頁。8/4/202248主題詞及其解釋、沿革副主題詞選擇擴(kuò)展下位主題詞主要主題詞限定入口詞列表第49頁，共74頁。8/4/202249第50頁，共74頁。8/

21、4/202250第51頁，共74頁。8/4/202251此界面供檢查檢索詞或用布爾邏輯增加檢索詞第52頁，共74頁。8/4/202252microbiology (MI)與器官、動物和高等植物以及疾病主題詞組配, 說明與其有關(guān)的微生物學(xué)方面的研究, 對寄生蟲方面的研究則用“寄生蟲學(xué)”。微生物學(xué)的下位詞包括：病毒學(xué)。virology (VI)用于器官、動物和高等植物以及疾病的病毒學(xué)研究。細(xì)菌、立克次體、真菌等用“微生物學(xué)”，對寄生蟲方面的研究用“寄生蟲學(xué)”。標(biāo)引要求使用最專指的副主題詞。副主題詞在應(yīng)用范圍上相互獨(dú)立。第53頁，共74頁。8/4/202253正確的檢索策略優(yōu)點(diǎn)：1）與課題要求相吻合

22、，提高查準(zhǔn)率。2）在精力與時間允許范圍內(nèi)。第54頁，共74頁。8/4/2022546.4.4 其他檢索服務(wù)一. Clinical Queries： 臨床咨詢二. Citation Matcher：單篇/多篇 引文匹配器三. Journal Browser：期刊瀏覽器第55頁，共74頁。8/4/202255一. Clinical Queries臨床咨詢Clinical queries具備特殊的過濾器裝置，幫助臨床醫(yī)生更快捷獲取與臨床關(guān)系密切的PubMed數(shù)據(jù)：如有關(guān)疾病的病因?qū)W、預(yù)后、診斷、預(yù)防以及治療等方面的信息，以及獲取系統(tǒng)綜述、醫(yī)學(xué)遺傳方面文獻(xiàn)。能濾除部分不相關(guān)或相關(guān)性差的文獻(xiàn)。第56頁，

23、共74頁。8/4/202256第57頁，共74頁。8/4/2022571）Search by Clinical Study Category 治療（therapy)研究范疇 診斷（diagnosis） (Category) 病因（etiology） 預(yù)后（prognosis） 臨床預(yù)報指南（clinical prediction guides ）強(qiáng)調(diào)程度 靈敏度（broad, sensitive search） (Scope) 專指度 （narrow, specific search） 第58頁，共74頁。8/4/202258 2）Systematic Reviews第59頁，共74頁。8/4

24、/2022593）Medical Genetics Searches 全部診斷鑒別診斷臨床記錄管理遺傳咨詢分子遺傳學(xué)遺傳學(xué)試驗(yàn)第60頁，共74頁。8/4/202260二. Citation Matcher單篇/多篇引文匹配器 單篇引文匹配器可通過已知的刊名、日期、卷、期、論文首頁碼、作者名等任一項(xiàng)信息查找論文的題錄。經(jīng)常用于核對參考文獻(xiàn)的著錄細(xì)節(jié)。 多篇引文匹配器是給出版商用的，一般用戶不使用。第61頁，共74頁。8/4/202261第62頁，共74頁。8/4/202262三. Journal Database：期刊瀏覽器 查找指定期刊上發(fā)表的文章?？煞謩e以期刊的全名或名稱某個詞、期刊名稱在M

25、EDLINE的縮寫或ISSN號來檢索；若點(diǎn)擊超鏈 journals with links to full-text web sites，可獲取與PubMed鏈接提供全文的期刊名單。第63頁，共74頁。8/4/202263第64頁，共74頁。8/4/2022646.5 檢索結(jié)果的處理6.5.1 顯示檢索結(jié)果(Display)：PubMed可用6種不同的格式顯示檢索結(jié)果，默認(rèn)Summary格式?？赏ㄟ^Display下拉菜單選擇其它顯示方式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINE and ASN.1等，可以根據(jù)需要進(jìn)行選擇。 點(diǎn)擊Show鍵，可選擇每屏顯示記錄的條數(shù)。 點(diǎn)擊Sort鍵，可以對檢索結(jié)果進(jìn)行排序。第65頁，共74頁。8/4/202265每頁顯示的記錄條數(shù)排序第