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文檔簡(jiǎn)介
1、計(jì)算機(jī)在生物技術(shù)中的應(yīng)用學(xué)院:食品與生物工程學(xué)院班級(jí):生物技術(shù) 06-2班姓名: 張益學(xué)學(xué)號(hào):200606011153計(jì)算機(jī)在生物技術(shù)中的應(yīng)用進(jìn)入二十一世紀(jì)以來(lái),由于研究的深入,對(duì)知識(shí)的進(jìn)一步認(rèn)識(shí)和了解,許多學(xué)科 之間都有了一些交叉,尤其是一些新興學(xué)科之間的相互交叉,廣泛滲透更是對(duì)科學(xué)的 發(fā)展起了很大的促進(jìn)作用,人們進(jìn)一步提升對(duì)自然界的認(rèn)識(shí),對(duì)人類本身也有了進(jìn)一 步的了解。今天淺談一下計(jì)算機(jī)技術(shù)與生物技術(shù)之間的關(guān)系、計(jì)算機(jī)在生物技術(shù)中的 應(yīng)用以及該綜合學(xué)科的發(fā)展前景。一、生物技術(shù)與信息技術(shù)的關(guān)系生物技術(shù)(Biotechnology )是以生命科學(xué)為基礎(chǔ),利用生物(或生物 組織、細(xì)胞及其他組成部
2、分)的特性和功能,設(shè)計(jì)、構(gòu)建具有預(yù)期性能的 新物質(zhì)或新品系,以及與工程原合而成,即是利用計(jì)算機(jī)進(jìn)行信息處理, 利用現(xiàn)代電子通信技術(shù)從事信息采集、存儲(chǔ)、加工、利用以及相關(guān)產(chǎn)品制 造、技術(shù)開(kāi)發(fā)、信息服務(wù)的新學(xué)科。信息技術(shù)和生物技術(shù)都是高新技術(shù), 二者在新經(jīng)濟(jì)中并非此消彼長(zhǎng)的關(guān)系,而是相輔相成,共同推進(jìn)21世紀(jì)經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展。.生物技術(shù)的發(fā)展需要信息技術(shù)支撐理相結(jié)合,加工生產(chǎn)產(chǎn)品或提供 服務(wù)的綜合性技術(shù)。信息技術(shù)(information science )是研究信息的獲取、 傳輸和處理的技術(shù),由計(jì)算機(jī)技術(shù)、通信技術(shù)、微電子技術(shù)結(jié)(1)信息技術(shù)為生物技術(shù)的發(fā)展提供強(qiáng)有力的計(jì)算工具。在現(xiàn)代生物 技術(shù)發(fā)展
3、過(guò)程中,計(jì)算機(jī)與高性能的計(jì)算技術(shù)發(fā)揮了巨大的推動(dòng)作用。在 賽萊拉基因研究公司、英國(guó)Sanger中心、美國(guó)懷特海德研究院、美國(guó)國(guó)家衛(wèi)生研究院和中國(guó)科學(xué)院遺傳 所人類基因組中心聯(lián)合繪制的人類基因組草圖的發(fā)布中,美國(guó)多家研究機(jī) 構(gòu)特別強(qiáng)調(diào)正是信息技術(shù)廠商提供的高性能計(jì)算技術(shù)使這一切成為可能。 同樣,在被稱為“生命科學(xué)阿波羅登月計(jì)劃”的人類基因草圖的誕生過(guò)程 中,康柏公司的 Alpha服務(wù)器也為研究人員提供了出色的計(jì)算動(dòng)力。業(yè)界 分析人士稱,在這場(chǎng)激烈的基因解碼競(jìng)賽背后隱含的是一場(chǎng)超級(jí)計(jì)算能力 的競(jìng)賽,同時(shí),這次競(jìng)賽有助于大眾對(duì)超級(jí)計(jì)算機(jī)的超強(qiáng)能力形成普遍認(rèn) 知。在此之前,這些造價(jià)至少在數(shù)百萬(wàn)美元以上
4、可以超高速運(yùn)轉(zhuǎn)的機(jī)器一 直默默無(wú)聞,他們被用于控制核反應(yīng)堆、預(yù)報(bào)天氣或是與世界級(jí)國(guó)際象棋 大師同臺(tái)對(duì)弈。如今,人們?cè)絹?lái)越清醒地認(rèn)識(shí)到,超級(jí)計(jì)算機(jī)在創(chuàng)造新品 種的藥物、治愈疾病以及最終使我們能夠修復(fù)人類基因缺陷等方面是至關(guān) 重要的,高性能計(jì)算可以為人類作出更大的貢獻(xiàn)。賽萊拉公司執(zhí)行總裁在接受今日美國(guó)的采訪時(shí)說(shuō) :“將人類基因密 碼以線型方式組合起來(lái),這還是人類有史以來(lái)的第一次?!辟惾R拉公司要 將32億個(gè)堿基對(duì)按照正確順序加以排列,在曾經(jīng)嘗試過(guò)的大規(guī)模計(jì)算中, 這次挑戰(zhàn)是最為嚴(yán)峻的一次。為了完成這次歷史性課題所需的數(shù)量極為龐 大的數(shù)據(jù)處理工作,賽萊拉公司動(dòng)用了700臺(tái)互聯(lián)的Alpha64位處理器,
5、運(yùn)算能力達(dá)到每秒 1.3萬(wàn)億次浮點(diǎn)運(yùn)算。同時(shí),賽萊拉公司還采用了康柏 的Storage Works 系統(tǒng),用以完成對(duì)一個(gè)空間為50TB且以每年IOTB速度增長(zhǎng)的數(shù)據(jù)庫(kù)管理工作.康柏電腦公司董事會(huì)主席曾在一次演講上說(shuō) 道:“如今,我們很難將生物技術(shù)的進(jìn)步與高性能計(jì)算領(lǐng)域的發(fā)展割裂開(kāi) 來(lái)。實(shí)際上,許多一流的科學(xué)家都相信,高性能計(jì)算是生物和醫(yī)藥的未來(lái)。 今后,越來(lái)越多的具有強(qiáng)大功能的計(jì)算機(jī)和軟件將會(huì)被用來(lái)搜集、存儲(chǔ)、分析、模擬和發(fā)布信息。信息技術(shù)還有助于加強(qiáng)生物技術(shù)領(lǐng)域的各種數(shù)據(jù)庫(kù)管理、信息傳遞、 檢索和資源共享等。另一個(gè)僅次于基因排序器、在生物技術(shù)領(lǐng)域引起關(guān)注 的硬件是基因芯片,它的研制也非常依賴
6、于信息技術(shù)。在顯微鏡載片或硅 片等基片上把基因片段排列、固定,這就是基因芯片。把這個(gè)芯片上的基 因片段和檢體的基因片段放到基因芯片讀出器(也是一種破譯裝置)上, 就能迅速比較和破譯檢體信息。基因排序器是從零入手破譯檢體的遺傳信息的裝置,而基因芯片和其讀出器則是與已經(jīng)有的遺傳信息相對(duì)照破譯信 息的裝置。 在這個(gè)領(lǐng)域,美國(guó)的企業(yè)比較有名,但日本企業(yè)也在同美國(guó)企 業(yè)合作的同時(shí),積極參與這個(gè)領(lǐng)域的開(kāi)發(fā)。(2)生物技術(shù)發(fā)展需要特定軟件技術(shù)的支持。生物技術(shù)及其產(chǎn)業(yè)的發(fā) 展對(duì)于生物技術(shù)類軟件的需求將進(jìn)一步增加,軟件技術(shù)將成為支撐生物技 術(shù)及其產(chǎn)業(yè)發(fā)展的關(guān)鍵力量之一。在生物技術(shù)各領(lǐng)域中均需要相應(yīng)的專業(yè) 軟件來(lái)
7、支撐:1)各類生物技術(shù)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建需要性能優(yōu)良、更新?lián)Q代迅速 的軟件技術(shù);2)核酸低級(jí)結(jié)構(gòu)分析、引物設(shè)計(jì)、質(zhì)粒繪圖、序列分析、蛋 白質(zhì)低級(jí)結(jié)構(gòu)分析、生化反應(yīng)模擬等等也需要相應(yīng)的軟件及其技術(shù)支撐; 3)加強(qiáng)生物安全管理與生物信息安全管理也離不開(kāi)軟件及其技術(shù)發(fā)展的 支持。.生物技術(shù)為信息技術(shù)發(fā)展開(kāi)辟了新的道路(1)生物技術(shù)推動(dòng)超級(jí)計(jì)算機(jī)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。隨著人類基因組計(jì)劃各項(xiàng) 任務(wù)的完成,有關(guān)核酸、蛋白質(zhì)的序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)呈指數(shù)增長(zhǎng)。面對(duì)如此 巨大而復(fù)雜的數(shù)據(jù),只有運(yùn)用計(jì)算機(jī)進(jìn)行數(shù)據(jù)管理、控制誤差、加速分析 過(guò)程,使得人類最終能夠從中受益。然而要完成這些過(guò)程,并非一般的計(jì) 算機(jī)力所能及,而需要具有超級(jí)計(jì)算
8、能力的計(jì)算機(jī)。因此,生物技術(shù)的發(fā) 展將對(duì)信息技術(shù)提出更高的需求,從而推動(dòng)信息產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。比較有說(shuō)服 力的例子是,2002年11月22日出版的自然雜志上,以色列科學(xué)家宣 布研制出一種由 DNA分子和酶分子構(gòu)成的微型“生物計(jì)算機(jī)”,一萬(wàn)億個(gè) 這樣的計(jì)算機(jī)僅一滴水那樣大,運(yùn)算速度達(dá)到每秒10億次,準(zhǔn)確率為99.8%當(dāng)然像所有的新技術(shù)一樣,有的科學(xué)家表示懷疑。他們認(rèn)為,這種試管里 的計(jì)算機(jī)存在致命的缺陷,因?yàn)樯磻?yīng)本身存在一定的隨機(jī)性,這種運(yùn) 算的結(jié)果可能不完全精確;而且,參與運(yùn)算的DNA分子之間的不能像傳統(tǒng)計(jì)算機(jī)一樣通信,只能“各自為戰(zhàn)”,不足以處理一些大型計(jì)算。歐美各國(guó)及日本相繼成立了生物信息數(shù)
9、據(jù)中心,美國(guó)有國(guó)家生物技術(shù) 信息中心(ncbi)、英國(guó)有歐洲生物信息研究所 (ebi)、日本有70余家制藥、 生物及高技術(shù)公司組成的“生物產(chǎn)業(yè)信息化共同體”等。而戈德曼-薩克斯財(cái)團(tuán)2001年的一份報(bào)告顯示,美國(guó)國(guó)際商用機(jī)器公司(ibm)、sun、康伯和摩托羅拉等公司每家已至少與生物技術(shù)公司和調(diào)研公司達(dá)成12項(xiàng)合作意向,共有140多項(xiàng)合作協(xié)議,合作內(nèi)容涉及到各種技術(shù)領(lǐng)域,包括基因芯 片,用計(jì)算機(jī)模擬藥效等。(2)生物技術(shù)將從根本上突破計(jì)算機(jī)的物理極限。目前使用的計(jì)算機(jī) 是以硅芯片為基礎(chǔ),由于受到物理空間的限制、面臨耗能和散熱等問(wèn)題, 將不可避免地遭遇發(fā)展極限,要取得大的突破,需要依賴于新材料的革
10、新。2000年美國(guó)加利福尼亞大學(xué)洛杉磯分校的科學(xué)家根據(jù)生物大分子在不同狀 態(tài)下可產(chǎn)生有和無(wú)信息的特性,研制出分子開(kāi)關(guān)( molecular switches2001年世界首臺(tái)可自動(dòng)運(yùn)行的DNA計(jì)算機(jī)問(wèn)世,并被評(píng)為當(dāng)年世界十大科技進(jìn)展。2002年,DNA計(jì)算機(jī)研究領(lǐng)域的先驅(qū)阿德勒曼教授利用簡(jiǎn)單的DNA計(jì)算機(jī),在實(shí)驗(yàn)中為一個(gè)有24個(gè)變量、100萬(wàn)種可能結(jié)果的數(shù)學(xué)難題找到了答案,DNA計(jì)算機(jī)的研制邁出了重要一步。信息產(chǎn)業(yè)和生物產(chǎn)業(yè)無(wú)疑都是高科技的產(chǎn)物,在生命科學(xué)的研究中,始 終不能缺少計(jì)算機(jī)的工作,如果到基因組測(cè)序的研究所去看一看,大量的 以超級(jí)計(jì)算機(jī)為基礎(chǔ)的測(cè)序儀,會(huì)使你誤以為到了一家信息技術(shù)公司
11、。生 物產(chǎn)業(yè)因計(jì)算機(jī)的加盟而提速,信息技術(shù)產(chǎn)業(yè)也因生命科學(xué)的需要而得以 發(fā)展、獲利。運(yùn)用數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具,來(lái)闡明和理解 大量基因組研究獲得數(shù)據(jù)中所包含的生物學(xué)意義,生物學(xué)和信息學(xué)交叉、 結(jié)合,從而形成了一個(gè)新的學(xué)科。生物信息學(xué)或信息生物學(xué),它的進(jìn)步所 帶來(lái)的效益是不可估量的。美國(guó)已經(jīng)出現(xiàn)了大批基于生物信息學(xué)的公司, 希冀在基因工程藥物、生物芯片、代謝工程等領(lǐng)域掘出財(cái)富,生物信息學(xué) 工業(yè)潛力巨大??梢哉f(shuō),生物科技(生物技術(shù))與信息科技(信息技術(shù))的融合,才是世界經(jīng)濟(jì)市場(chǎng)的未來(lái)。在深圳舉行的第三屆中國(guó)國(guó)際高新技術(shù)成 果交易會(huì)高新技術(shù)論壇上,中國(guó)工程院副院長(zhǎng)侯云德院士指出,應(yīng)該把生
12、 物技術(shù)產(chǎn)業(yè)定位為僅次于信息產(chǎn)業(yè)的重點(diǎn)產(chǎn)業(yè)。他說(shuō),信息和生物技術(shù)是 關(guān)系到我國(guó)新世紀(jì)經(jīng)濟(jì)發(fā)展和國(guó)家命運(yùn)的關(guān)鍵技術(shù),并將成為我國(guó)創(chuàng)新產(chǎn) 業(yè)的經(jīng)濟(jì)增長(zhǎng)點(diǎn)。二、計(jì)算機(jī)在生物技術(shù)中的應(yīng)用(一)、生物信息學(xué)與計(jì)算機(jī)技術(shù)生物信息學(xué)(bioinformatics )是生物學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)以及應(yīng)用數(shù)學(xué)等 學(xué)科相互交叉而形成的一門新興學(xué)科。它通過(guò)對(duì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的獲取、 加工、存儲(chǔ)、檢索與分析,進(jìn)而達(dá)到揭示數(shù)據(jù)所蘊(yùn)含的生物學(xué)意義的目的。 由于當(dāng)前生物信息學(xué)發(fā)展的主要推動(dòng)力來(lái)自分子生物學(xué),生物信息學(xué)的研 究主要集中于核甘酸和氨基酸序列的存儲(chǔ)、分類、檢索和分析等方面,所 以目前生物信息學(xué)可以狹義地定義為:將計(jì)算機(jī)科學(xué)
13、和數(shù)學(xué)應(yīng)用于生物大 分子信息的獲取、加工、存儲(chǔ)、分類、檢索與分析,以達(dá)到理解這些生物 大分子信息的生物學(xué)意義的交叉學(xué)科。生物信息學(xué)是一種重要的研究開(kāi)發(fā)工具。它是一門研究生物和生物相關(guān)系統(tǒng)中信息內(nèi)容物和信息流向的綜合系統(tǒng)科學(xué),只有通過(guò)生物信息學(xué)的計(jì) 算處理,我們才能從眾多分散的生物學(xué)觀測(cè)數(shù)據(jù)中獲得對(duì)生命運(yùn)行機(jī)制的 詳細(xì)和系統(tǒng)的理解。它是今后幾乎進(jìn)行所有生物醫(yī)藥研究開(kāi)發(fā)所必需的動(dòng) 力機(jī),用于序列分類、同類性檢測(cè),DNA序列中蛋白質(zhì)編碼區(qū)和非編碼區(qū)的分離,分子結(jié)構(gòu)和功能的預(yù)測(cè),以及進(jìn)化史重建,只有基于生物信息學(xué)通 過(guò)對(duì)大量已有數(shù)據(jù)資料的分析處理所提供的理論指導(dǎo)和分析,我們才能選 擇正確的研發(fā)方向,同
14、樣,只有選擇正確的生物信息學(xué)分析方法和手段, 我們才能正確處理和評(píng)價(jià)新的觀測(cè)數(shù)據(jù)并得到準(zhǔn)確的結(jié)論。它不僅是我們 了解生命和進(jìn)化所必需的,同時(shí)也是發(fā)現(xiàn)新藥和診斷方法所必不可少的。生物信息學(xué)在今后的無(wú)論是生物醫(yī)藥科研還是開(kāi)發(fā)中都具有廣泛而關(guān) 鍵的應(yīng)用價(jià)值;而且,由于生物信息學(xué)是生物科學(xué)與計(jì)算科學(xué)、物理學(xué)、 化學(xué)和計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)等密切結(jié)合的交叉性學(xué)科,使其具有非常強(qiáng)的專業(yè) 性,這就使得專業(yè)的生物醫(yī)藥科研或開(kāi)發(fā)機(jī)構(gòu)自身難以勝任它們所必需的 生物信息學(xué)業(yè)務(wù),殘酷的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)及其所帶來(lái)的市場(chǎng)高度專業(yè)化分工的趨勢(shì),使得專業(yè)的生物醫(yī)藥開(kāi)發(fā)機(jī)構(gòu)不可能在自身內(nèi)部解決對(duì)生物信息學(xué)服 務(wù)的迫切需求,學(xué)術(shù)界內(nèi)的生物醫(yī)藥科
15、研機(jī)構(gòu)也是如此,而這種需求,僅 靠那些高度分支化和學(xué)術(shù)化的分散的生物信息學(xué)科研機(jī)構(gòu)是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足 的??梢?jiàn),在生命科學(xué)的新世紀(jì),生物信息學(xué)綜合服務(wù)將是一個(gè)非常重要 的也是一個(gè)極具挑戰(zhàn)性的領(lǐng)域。(二)、生物計(jì)算機(jī)科學(xué)家通過(guò)對(duì)生物組織體研究,發(fā)現(xiàn)人類可以利用遺傳工程技術(shù),仿制 出一種蛋白質(zhì)分子,用來(lái)作為元件制成計(jì)算機(jī)??茖W(xué)家把這種計(jì)算機(jī)叫做 生物計(jì)算機(jī)。當(dāng)然,在研制生物計(jì)算機(jī)的過(guò)程中,可以預(yù)見(jiàn)我們將面臨無(wú) 數(shù)的困難,但我們也可以看到光明的前景。同時(shí)不難看出,生物計(jì)算機(jī)的 研制,又會(huì)帶來(lái)一次革命,它將會(huì)給人類帶來(lái)更多的福祉,世人將以期盼 的心情,翹首以待。在過(guò)去40多年中,分子生物學(xué)的興起和發(fā)展已將
16、生命現(xiàn)象分解成大量 基因和蛋白質(zhì)的組合。目前科學(xué)家正在進(jìn)一步研究這些生物大分子及其組 合的功能??茖W(xué)家從分子層次上發(fā)現(xiàn),生物大分子之間遵循著化學(xué)和物理規(guī)律發(fā)生相互作用,在相互作用過(guò)程中一些生物大分子形成了生物電路。生物電路具有類似計(jì)算機(jī)的信息傳輸和處理,甚至邏輯運(yùn)算的功能。人們一直對(duì)計(jì)算機(jī)能否像人一樣思維存在爭(zhēng)論,目前已經(jīng)問(wèn)世的各種人工智能計(jì)算機(jī)遠(yuǎn)未達(dá)到人類的智能。但這些最新的研究表明,能夠與人類智能相媲美的計(jì)算機(jī)完全可能問(wèn)世。根據(jù)這些新發(fā)現(xiàn),一些科學(xué)家提供了 “生物計(jì)算機(jī)的設(shè)計(jì)思路。生物科學(xué)是一門古老的科學(xué),然而在近幾十年的時(shí)間里取得了突飛猛進(jìn)的發(fā)展;隨著克隆技術(shù),DNA技術(shù)的出現(xiàn)與發(fā)展,生
17、物科學(xué)更是具備了巨大的誘惑性和神秘感。而生物與計(jì)算機(jī)的聯(lián)姻,就會(huì)使人類科學(xué)取得長(zhǎng)足的 進(jìn)步。于是,當(dāng)現(xiàn)今的人類在生活的各個(gè)角落都開(kāi)始依賴計(jì)算機(jī)時(shí),您是 否相信,用與您的肉體相同的材料便可制出最強(qiáng)大的第六代計(jì)算機(jī)一一生 物計(jì)算機(jī)。生物計(jì)算機(jī)具有較高的人工智能,能夠如同人腦那樣進(jìn)行思維、推理, 能認(rèn)識(shí)文字、圖形,能理解人的語(yǔ)言,因而可以擔(dān)任各種工作,如可應(yīng)用 于通訊設(shè)備、衛(wèi)星導(dǎo)航、工業(yè)控制領(lǐng)域,發(fā)揮它重要的作用。將來(lái)用生物分子制成的夏皮羅式裝置有可能促成比單個(gè)細(xì)胞還要小的 計(jì)算機(jī),這種計(jì)算機(jī)可用于監(jiān)視和修改細(xì)胞。如果科學(xué)家能夠制造出這種 計(jì)算機(jī),那么這種機(jī)器在醫(yī)學(xué)上將有廣泛的用途。它也許能夠在我們
18、的血 液中游泳,或者附著在特定的器官上,監(jiān)視器官的狀態(tài)并且增強(qiáng)器官的功 能。夏皮羅教授說(shuō):“比如,可用這種計(jì)算機(jī)感知組織里異常的生物化學(xué) 變化,并且根據(jù)計(jì)算機(jī)的程序來(lái)決定合成和釋放哪種藥物以糾正錯(cuò)誤。”生物計(jì)算機(jī)還將給盲人帶來(lái)巨大便利。只要把一塊有機(jī)芯片放入盲人眼中,溝通腦神經(jīng)細(xì)胞與視網(wǎng)膜上兩種感光細(xì)胞之間的聯(lián)系,就能使盲人重 見(jiàn)光明??傊?,生物計(jì)算機(jī)的出現(xiàn)將會(huì)給人類文明帶來(lái)一個(gè)質(zhì)的飛躍,給 整個(gè)世界帶來(lái)巨大的變化。生物計(jì)算機(jī)有很多優(yōu)點(diǎn),主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面:首先,它體積小,功效高。在一平方毫米的面積上,可容納幾億個(gè)電路, 比目前的集成電路小得多,用它制成的計(jì)算機(jī),已經(jīng)不像現(xiàn)在計(jì)算機(jī)的形 狀了,可以隱藏在桌角、墻壁或地板等地方。其次,當(dāng)我們?cè)谶\(yùn)動(dòng)中,不小心碰傷了身體,上點(diǎn)兒藥,過(guò)幾天,傷口 就愈合了。這是因?yàn)槿梭w具有自我修復(fù)功能。同樣,生物計(jì)算機(jī)也有這種 功能,當(dāng)它的內(nèi)部芯片出現(xiàn)故障時(shí),不需要人工修理,能自我修復(fù),所以, 生物計(jì)算機(jī)具有永久性和很高的可靠性。再者,生物計(jì)算機(jī)的元件是由有機(jī)分子組成的生物化學(xué)元件,它們是利 用化學(xué)反應(yīng)工作的,所以,只需要很少的能量就可以工作了,因此,不會(huì) 像電子計(jì)算機(jī)那樣,工作一段時(shí)間后,機(jī)體會(huì)發(fā)熱,而它的電路間也沒(méi)有 信號(hào)干擾?;谝陨系脑颍S多發(fā)達(dá)國(guó)家在生物工程的啟示下,開(kāi)始研制生物計(jì) 算機(jī)。其設(shè)想是:生產(chǎn)一種蛋白
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