Dmol3建模及分析優(yōu)化全過(guò)程

1、0do0doDmol3黒jHydrogenBondsBuildLay-ers-Elit311LtAll乳EnildFileEditViewModifyTjsolsStatisticeMadulesWindowHelp2011-2-25AddAtamsBndsCloze.ContactsBuildPolymersBuildAnalogsBuliffanostructlireBuildMesd3tm亡tur電CrystalsSYjnrfretryLCJ;St-itistiqpModules；WindowHlp呢這華陪.寵命I備金+.耳蜜”&島飛版*I:Cleavenulf.IDefault：Cap

2、horicfe：5h|Ng術(shù)宜二遍斕帝出創(chuàng)討CleayE.pfari&h.k加jl11pfe詡目HelpSurfaceBokSiiff.acaMesh|Option?!）擴(kuò)大晶胞。）建立真空區(qū)BuildPolymersBuild1T：=lTli：iEtFUjlturmBuildMesostructiirmSjTnmetryBurLls債oClose.Coiit?LctBuildLayerSX;r.|.Uffi”訂HlL0剛E酹SG-xsdU1O.KsdBpllilVacuumSlabaProjectBuildFileEditViewModifyTodIeic百M(fèi)dulEEWindowHelpm

3、a)EiBuiIdCrystLL0AddAAomsEirajal.r!AAi;EiBuild.SlabCrystalVacuum.SlabIQpfions1I廠1CryaalthicknessSlabpositionCancelVacuumorientcitiDn-V.acuumthickgg:|2o.on|2.1O37一般選擇方向。一般要足夠厚，以防止層間的相互作用。BuildCsricjei飯|BuildVacnuMSlabCrystallRe-orierrtstructuFeafterupdateR.TrangFefsurfacerwetrtocrystalVacuumSldbptron

4、?注意注意右擊的選擇。選擇顯示模型。注意其中連個(gè)選項(xiàng)卡中的選項(xiàng)。5）固定原子坐標(biāo)一般在模擬中會(huì)固定底層原子，使其不變化，而其他層處于弛豫狀態(tài)，可以變化。先選擇需要固定原子，然后如圖所示。并可以通過(guò)檢查有沒有把其他原子固定。:口：薊I合|AtomFjxfractionalpositionStick1PolphednonHelp1RxCartesianpositionModifyBondTyp色ModiyElementpBondorder2,fi丁也DaultAtomStyleElementPropartiesMfeasurenrffefitLatticefiallfadiusL-|Q.4Lire

5、1iidllVXyBallandstick，垃一:口：薊I合|AtomFjxfractionalpositionStick1PolphednonHelp1RxCartesianpositionModifyBondTyp色ModiyElementpBondorder2,fi丁也DaultAtomStyleElementPropartiesMfeasurenrffefitLatticefiallfadiusL-|Q.4Lire1iidllVXyBallandstick，垃一爲(wèi)ek.ed誡p-Z曾叫bColoring廠Custom;BuildToolsfft-atistiesModulesWindo

6、wHeliAtsm|胡Hue|spl旳styleModi7HybridizatinIfJAdjustHydrogen：Editing;36atom?Modify-Ji1.L!巴JOO、結(jié)構(gòu)優(yōu)化）方法選擇e-EditView(JodifyBuildT-oqIeS.tatisticsWindowAdsorp11onLoca：tDrAmorphousCellCASTEP111ccrcyEkal112-：Nl.-KENiClL2iitormersSetupElectfoniPropertiesJobControl/)Task(EnergyQualifeFunctioned:DFTB+UMellCeil

7、oulaXiunIll、結(jié)構(gòu)優(yōu)化）方法選擇e-EditView(JodifyBuildT-oqIeS.tatisticsWindowAdsorp11onLoca：tDrAmorphousCellCASTEP111ccrcyEkal112-：Nl.-KENiClL2iitormersSetupElectfoniPropertiesJobControl/)Task(EnergyQualifeFunctioned:DFTB+UMellCeiloulaXiunIllUFDDiscoverP|nunrestneted一辰Fa|心Usesymmetry(LDA3pwcEquilibriaFtyreiita

8、ussian.LiirCharge在利用密度泛函模擬中通常使用者正好相反。M&EoDyii計(jì)算速）輸入設(shè)置選項(xiàng)卡：指需要計(jì)算的內(nèi)容，比如是幾何優(yōu)化。是指計(jì)算過(guò)程中的精度，為最好。為泛函的選擇，比如或，后面是在這兩種大泛函下的具體方法。指自旋不限制，表示在計(jì)算的過(guò)程中按真實(shí)狀況表示電子自旋，不勾選則表示用一種方式表示所有自旋。，可以看幫助，勾選則點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)劃分較細(xì)，計(jì)算精度高。是使用對(duì)稱性。不過(guò)在某種情況下，不可勾選，具體看幫助。指的是整個(gè)體系或者單元胞的帶電性。如果為1表示整個(gè)體系帶正電，并少一個(gè)電子，其他類推。選項(xiàng)卡：指的是積分精度。自洽場(chǎng)點(diǎn)網(wǎng)格精度核電子處理。對(duì)于內(nèi)層電子和外層電子，在計(jì)算中的

9、一個(gè)處理方式。有時(shí)在計(jì)算中，主要考慮外層電子的影響，對(duì)內(nèi)層電子進(jìn)行有效代替，比如選擇（有效核電勢(shì)）。價(jià)電處理，一般為了調(diào)節(jié)速度和精度的關(guān)系，通常選擇為，版本中的精度最高。選項(xiàng)卡：11Path.RunRunvDensityofstatesElectrondensity/ElectrostaticsFrequencyFukuifunction麗DSol3Calculation.0BIol3CalculationSetupIElectronicPropertiesBandstructureDensitjriofstatesk-pointset:kpointset:pCalculatePDOSMore

10、.Files.Bandstructure11Path.RunRunvDensityofstatesElectrondensity/ElectrostaticsFrequencyFukuifunction麗DSol3Calculation.0BIol3CalculationSetupIElectronicPropertiesBandstructureDensitjriofstatesk-pointset:kpointset:pCalculatePDOSMore.Files.BandstructureEmptybands:12iSetupElectronicProperties|JobControiEmptybands匝|Medium|：*/；ElandstructureKiDensityofstatesmiElectrond已門或ty己El已ctrostatics匚FrequencyFukuifunct