豬BMP基因轉(zhuǎn)錄體結(jié)構(gòu)的生物信息學(xué)分析

1、豬BMP4基因轉(zhuǎn)錄體結(jié)構(gòu)的生物信息學(xué)分析報(bào)告人：周建設(shè)讀書(shū)報(bào)告NCBI的AceView推測(cè)人BMP4基因總共有夠構(gòu)成11種mRNAsAapr07Kapr07圖1。包括 9種剪輯變體和2種未剪輯變體的轉(zhuǎn)錄本。圖1包括AceView 未注釋TV-3，人總共有12種轉(zhuǎn)錄體。其中，b(TV-1)、d(TV-2)、TV-3、a、c等主要轉(zhuǎn)錄體多在正常組織高表達(dá)，其它的常見(jiàn)于腫瘤組織。不同轉(zhuǎn)錄體主要是由不同啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄、選擇性剪接及內(nèi)含子滯留等因素造成的，轉(zhuǎn)錄體間的差異主要表現(xiàn)在5端。人類(lèi)BMP4 mRNA 中的5種主體 mRNA TV-1、TV-2、TV-3、TV-a、TV-c編碼408個(gè)AA的完整蛋白質(zhì)

2、，TV-e可能編碼一種BMP4蛋白質(zhì)異構(gòu)體，但至今未得到實(shí)驗(yàn)證實(shí)。因此，我們推測(cè)選擇性剪接主要影響B(tài)MP4主體mRNA的穩(wěn)定性及翻譯效率。對(duì)這幾種主要轉(zhuǎn)錄體進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)選擇性剪接位點(diǎn)主要有4處圖2。圖2對(duì)豬BMP4基因各轉(zhuǎn)錄體及相應(yīng)的啟動(dòng)子結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。發(fā)現(xiàn)各轉(zhuǎn)錄體的5長(zhǎng)度變化范圍較大198-1160bp，影響翻譯效率的二級(jí)結(jié)構(gòu)復(fù)雜性莖環(huán)數(shù)、穩(wěn)定性能量、Kozak信號(hào)強(qiáng)弱、框前ORF和框內(nèi)uATGs數(shù)目和結(jié)構(gòu)等都有較大差異表1。表1另外，還發(fā)現(xiàn)一些轉(zhuǎn)錄體5UTR區(qū)存在內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)IRES和15-LOX-DICE等 motif (TV-1、TV-3s、TV-3x兩種基本都有，TV-2、T

3、V-3、TV-c 、TV-e只有IRES,TV-a兩種都無(wú))。根據(jù)有關(guān)研究，IRES是某些真核細(xì)胞基因翻譯起始的一種重要機(jī)制正向調(diào)控pattern，很多含IRES的基因與細(xì)胞生長(zhǎng)、增值、凋亡及血管生長(zhǎng)有關(guān)。15-LOX-DICE元件是許多真核生物UTR區(qū)的一種重要順式負(fù)調(diào)控元件，它可以與hnRNP結(jié)合，調(diào)節(jié)mRNA的穩(wěn)定性和翻譯過(guò)程。因此，各種BMP4轉(zhuǎn)錄體可能具有不同的生物學(xué)效應(yīng)。對(duì)啟動(dòng)子序列進(jìn)行比較分析附表2，觀察到豬和人BMP4基因P1的近端序列相似性高，而P2和P3的近端序列的相似性較低，與已有的關(guān)于哺乳動(dòng)物BMP4啟動(dòng)子保守性特征的結(jié)論相符合。另外，對(duì)電子克隆的豬BMP4 TV-x可能的啟動(dòng)子區(qū)域定名為P4進(jìn)行預(yù)測(cè)