外文網(wǎng)絡(luò)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù) Pubmed

1、外文網(wǎng)絡(luò)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù) Pubmed本節(jié)課主要內(nèi)容一、認(rèn)識(shí)PubMed二、會(huì)用PubMed檢索系統(tǒng)使用介紹1 PubMed基本檢索2 PubMed高級(jí)檢索3 PubMed限定檢索4 PubMed主題檢索5 臨床查詢檢索6 PubMed全文獲取PubMed是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)下屬的國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)開(kāi)發(fā)的、基于WWW的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)查詢系統(tǒng)。 2.網(wǎng)址：/pubmed 或直接輸入 3.特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點(diǎn)，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文。PubMed簡(jiǎn)介認(rèn)識(shí)與PubMed有關(guān)的幾個(gè)名詞NIH(National Institute o

2、f Health)：美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院 NLM(Natioanl Library of Medicine)：美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館 NCBI(National Center for Biotechnology Information： 美國(guó)生物技術(shù)信息中心) Entrez： NCBI創(chuàng)辦了生物技術(shù)和生命科學(xué)的優(yōu)秀網(wǎng)站，基于多種數(shù)據(jù)庫(kù)的集成檢索系統(tǒng)，也是網(wǎng)上最大的免費(fèi)檢索生物醫(yī)學(xué)資源的網(wǎng)站。 通過(guò)該平臺(tái)可檢索到NCBI提供的28個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，其中，Pubmed屬于文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù),主要收藏生物醫(yī)學(xué)方面的期刊、圖書等。NIH(National Institute of Health)美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院NLM(N

3、atioanl Library of Medicine)：美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館NCBI(National Center for Biotechnology Information美國(guó)生物技術(shù)信息中心) Entrez可以檢索的數(shù)據(jù)庫(kù)Books 出版社提供之?dāng)?shù)字生醫(yī)圖書與醫(yī)生參考書籍?dāng)?shù)據(jù)庫(kù)Cancer Chromosomes 美國(guó)國(guó)立癌癥研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer數(shù)據(jù)庫(kù)里已經(jīng)整合好的cytogenetic、臨床與文獻(xiàn)相關(guān)數(shù)據(jù)Conserved Domain Database（CDD），蛋白質(zhì)功能區(qū)塊保留序列數(shù)據(jù)庫(kù)

4、3D Domains，蛋白質(zhì)功能區(qū)塊立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)Gene，包含許多物種的基因數(shù)據(jù)庫(kù)Genome，包含超過(guò)800種物種的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)GENSAT，小鼠中樞神經(jīng)系統(tǒng)基因表現(xiàn)圖譜GEO Datasets，基因表現(xiàn)實(shí)驗(yàn)與生物芯片數(shù)值結(jié)果數(shù)據(jù)GEO Profiles，基因表現(xiàn)圖譜HomoloGene，同源基因批注數(shù)據(jù)庫(kù)Journals，期刊文獻(xiàn)（包含PubMed）MeSH，醫(yī)學(xué)主題詞數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI Web Site，所有NCBI網(wǎng)頁(yè)NLM Catalog，美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館館藏書目、期刊、視聽(tīng)數(shù)據(jù)目錄Nucleotide sequence database，核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)（包含GenBank、RefSe

5、q和PDB等三大序列數(shù)據(jù)庫(kù)）Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人類遺傳疾病相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)PopSet，族群演化分析相關(guān)研究資料Protein sequence database，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等數(shù)據(jù)庫(kù)與從GenBank、RefSeq核酸序列轉(zhuǎn)譯之蛋白質(zhì)序列資料）PubChem BioAssay，化學(xué)成分之生物活性篩選資料PubChem Compound，小分子化學(xué)物質(zhì)結(jié)構(gòu)PubChem Substance，具生物活性之化學(xué)物質(zhì)篩選數(shù)據(jù)PubMed，科學(xué)文獻(xiàn)報(bào)導(dǎo)數(shù)據(jù)庫(kù)PubMed Centra

6、l，科學(xué)文獻(xiàn)數(shù)字全文數(shù)據(jù)庫(kù)Site Search，可搜尋NCBI的網(wǎng)頁(yè)與FTPSNP，單點(diǎn)核酸多樣性數(shù)據(jù)庫(kù)(dbSNP)Structure，分子模型數(shù)據(jù)(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白質(zhì)為基礎(chǔ)的分類學(xué)信息UniGene，人類unique基因序列數(shù)據(jù)庫(kù)UniSTS，unique序列卷標(biāo)地址數(shù)據(jù)庫(kù)常用工具使用幫助更多服務(wù)/pubmedWelcome to PubMed檢索詞輸入框收錄范圍 1 MEDLINE 2 PreMEDLINE 3 Publisher supplied citations 4 OldMedline MEDLINE收錄了全世界70個(gè)國(guó)家和地區(qū)的4600余種生物醫(yī)學(xué)期

7、刊，起始時(shí)間1953年，目前文摘條目1200萬(wàn)篇，年報(bào)道量近40萬(wàn)條，英文刊物占90%、3/4有英文摘要，周更新。內(nèi)容涉及：醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、牙醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、衛(wèi)生保健、獸醫(yī)學(xué)等專業(yè)。記錄標(biāo)注PubMed - indexed for MEDLINEPreMEDLINE (In process citation)是臨時(shí)性醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)1996年8月開(kāi)始，每天收錄由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)，該庫(kù)中的記錄只有簡(jiǎn)單的書目信息和文摘。該庫(kù)中的數(shù)據(jù)經(jīng)MeSH詞表標(biāo)引后,每星期轉(zhuǎn)入Medline一次。記錄標(biāo)注PubMed - in process Publisher Supplied C

8、itation出版商直接向PubMed遞送的電子記錄。記錄標(biāo)注PubMed - as supplied by publisher備注：提供的數(shù)據(jù)如果超出MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)的收錄范圍，如在綜合性科學(xué)雜志（Science，Nature）上發(fā)表的地理學(xué)文章等，將不被采用。OldMedline1950-1965年間發(fā)表的200多萬(wàn)篇文獻(xiàn)沒(méi)有MeSH字段和摘要記錄中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966標(biāo)記表示。使用幫助常用工具更多服務(wù)PubMed檢索方法1 PubMed基本檢索2 PubMed高級(jí)檢索3 PubMed限定檢索4 PubMed主題檢索1、基本檢索練習(xí)1：查禽流感相

9、關(guān)文獻(xiàn)詞語(yǔ)自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能 將自然語(yǔ)言轉(zhuǎn)換成Mesh轉(zhuǎn)換表、刊名轉(zhuǎn)換表、短語(yǔ)表、著者索引中規(guī)范的詞進(jìn)行檢索A BA B 邏輯與（AND） -檢出記錄中同時(shí)含有檢索詞A和檢索詞B. 如：A AND B 邏輯非（NOT） -在含檢索詞A的記錄中，去掉含檢索詞B的記錄。 如：A NOT B 邏輯或（OR） -檢出記錄中含有檢索詞A或檢索詞B或同時(shí)含有檢索詞A和B的文獻(xiàn)。 如：A OR BA B常用的布爾邏輯組合檢索作者姓名檢索 按照姓+名縮寫（不用標(biāo)點(diǎn)）的格式鍵入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)在作者字段內(nèi)進(jìn)行檢索。姓名第一個(gè)字母可用大寫也可用小寫，姓前名后,姓用全稱，名字一

10、般用縮寫。 考慮到作者姓名的不同形式，PubMed采用自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能進(jìn)行作者姓名檢索，如：smith j將檢索成smith ja,smith jb,smith jr 等。 精確檢索：可以用雙引號(hào)將作者名引起來(lái)，再加作者字段限定AU，如：smith jau，這樣可避免PubMed自動(dòng)轉(zhuǎn)換，實(shí)現(xiàn)精確查找。練習(xí)2：查李蘭娟院士發(fā)表有關(guān)禽流感的文章期刊檢索 在檢索框中鍵入期刊名，如：molecular biology of the cell，系統(tǒng)的“自動(dòng)詞語(yǔ)匹配”功能會(huì)將它轉(zhuǎn)換成mol biol celljournal進(jìn)行檢索。 也可以直接輸入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，如：mol biol ce

11、ll，或者是輸入刊物的ISSN（國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)出版物代碼）進(jìn)行檢索，如：1059-1524。 如果一個(gè)雜志名恰好是主題詞或關(guān)鍵詞，如：cancer， science，cell等，PubMed會(huì)首先將這些詞轉(zhuǎn)換成MeSH詞表中的主題詞進(jìn)行檢索。因此，需要將檢索請(qǐng)求進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，即在雜志名后面加TA。如：cellta期刊數(shù)據(jù)庫(kù)（Journal in NCBI Database)期刊數(shù)據(jù)庫(kù)的作用：1、可以查看期刊的詳細(xì)信息，包括出版國(guó)家，出版社，出版語(yǔ)言，期刊類目等等；2、可以根據(jù)期刊的主題分類，查看medline收錄的各學(xué)科的期刊，比如查看medline收錄的關(guān)于麻醉學(xué)(Anesthesiology)

12、方面的期刊；3、方便檢索某本期刊上被PubMed收錄的所有文章。比如：我們想知道期刊Acad Pediatr的全稱以及具體的出版社，以方便投稿，如何查？操作方法：點(diǎn)擊導(dǎo)航欄上的Journal database，打開(kāi)期刊數(shù)據(jù)庫(kù)檢索界面，在檢索框中輸入Acad Pediatr，再點(diǎn)擊Go按鈕即可。練習(xí)3：利用期刊數(shù)據(jù)庫(kù)查PUBMED收錄多少種中國(guó)出版期刊。練習(xí)4：利用期刊數(shù)據(jù)庫(kù)查PUBMED收錄的針灸方面的雜志。截詞檢索 截詞檢索的作用：擴(kuò)大檢索范圍，提高查全率。截詞符：用*表示，代表多個(gè)字符，將*加在檢索詞后可以表示對(duì)所有以該詞開(kāi)頭的詞進(jìn)行檢索。如：bacter*，可以檢出bacter，bact

13、eria， bacteriophage ，bacterium，等最多600個(gè)單詞。強(qiáng)制檢索功能PubMed允許使用雙引號(hào)來(lái)強(qiáng)制系統(tǒng)進(jìn)行短語(yǔ)檢索。如：在PubMed主頁(yè)的檢索提問(wèn)框中鍵入“single cell”，并用雙引號(hào)引起來(lái)。點(diǎn)擊“GO”按鈕，系統(tǒng)會(huì)將其作為一個(gè)不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫(kù)的全部字段中進(jìn)行檢索。如果不使用雙引號(hào)進(jìn)行強(qiáng)制檢索，系統(tǒng)就會(huì)將其分成2個(gè)詞：single和cell檢索，其檢索表達(dá)式為：single AND cell. 很明顯這樣的檢索結(jié)果是不符號(hào)要求的。2、高級(jí)檢索練習(xí)5：在高級(jí)檢索界面利用截詞檢索查小兒咳嗽方面的文獻(xiàn)。（注意“小兒”詞使用截詞）3、限定檢索練習(xí)6：利用限定

14、檢索只顯示小兒咳嗽方面中文的文獻(xiàn)。4、主題檢索醫(yī)學(xué)主題詞表數(shù)據(jù)庫(kù)(MeSH Database) MeSH詞表：Medical Subject Headings 是美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）用于分析主題詞，檢索從概念出發(fā)查找文獻(xiàn)的控制檢索詞統(tǒng)一書寫格式的規(guī)范化詞表。其按照主題等級(jí)編排成分類表，又稱樹(shù)狀結(jié)構(gòu)表。詞表每年更新。 這里是包含MeSH詞匯face的等級(jí)表，請(qǐng)注意它的下位詞，概念更專指的詞， 當(dāng)PubMed檢索face這個(gè)MeSH詞匯時(shí),系統(tǒng)將自動(dòng)進(jìn)行該詞所有下位詞的擴(kuò)展檢索醫(yī)學(xué)主題詞表數(shù)據(jù)庫(kù)(MeSH Database)利用主題詞進(jìn)行檢索方法:1、點(diǎn)擊主頁(yè)右下角的MeSH Databa

15、se進(jìn)入主題詞檢索界面；2、輸入檢索詞后，點(diǎn)擊go按鈕，系統(tǒng)將顯示與該詞有關(guān)主題詞；3、點(diǎn)擊該主題詞進(jìn)一步顯示該主題詞的定義、樹(shù)狀結(jié)構(gòu)、組配的副主題詞；4、選擇合適的主題詞與副主題詞后，點(diǎn)擊send to按鈕，進(jìn)入檢索表達(dá)式瀏覽窗口；5、點(diǎn)擊Search PubMed將顯示檢索結(jié)果。練習(xí)7：用主題詞檢索治療咳嗽方面中文的文獻(xiàn)。思考：主題詞檢索比普通詞檢索有何優(yōu)勢(shì) 字段限制檢索采用字段限制方式進(jìn)行檢索，其規(guī)則是：檢索詞1字段標(biāo)識(shí) 邏輯運(yùn)算符 檢索詞2字段標(biāo)識(shí)如：查找作者為crick在1993年發(fā)表的有關(guān)DNA方面的文獻(xiàn).檢索式：DNAmh AND crickau AND 1993dpAB-Abstract LA-Language AD-Affiliation