化學結(jié)構(gòu)繪圖()

1、化學結(jié)構(gòu)繪圖()第1頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二一、ACD/ChemSketch基礎(chǔ)1.啟動ACD/ChemSketch2.設(shè)定可兼容的文件類型3. ChemSketch的工作界面第2頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二1.啟動ACD/ChemSketch兩種啟動方法：（1）從桌面雙擊圖標啟動 （2）從開始菜單啟動：開始/所有程序 /ACDlabs FreeWare 5.0/ChemSketch注：（1）免費版本彈出一個對話框ACD/Labs Products，點擊OK或直接關(guān)閉。 （2）ACD/ChemSketch包括兩個軟件，3D Viewer（

2、3D視圖）和 ChemSketch， 在3D Viewer中可以看到繪制好的分子式的空間結(jié)構(gòu)。第3頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二2.設(shè)定可兼容的文件類型(1) 在第一次使用此軟件時, 設(shè)定可兼容的文件類型(File Associations)對話框?qū)⒊霈F(xiàn).(2)這些可兼容的形式包括CS ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) , 可能還有其他格式的文件, 這些文件都可以在ChemSketch 中打開. 具體做法是在想要添加的選項前的方框內(nèi)點上對號, 然后點擊YES鍵即可。(3)如果不知道

3、或者不確切地知道 ChemSketch將打開的文件的擴展名, 不要選任何選項, 然后點擊NO鍵。(4)然后今日訣竅(Tip of the Day)窗口將跳出, 可以在閱讀結(jié)束后關(guān)閉 。第4頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二3. ChemSketch的工作界面結(jié)構(gòu)模式的工作界面（默認）畫圖模式的工作界面第5頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二結(jié)構(gòu)模式的工作界面標題欄(Title bar)菜單欄(Menu bar) 通用工具條(General toolbar)-在菜單鍵的下面, 包括那些在結(jié)構(gòu)和畫圖模式中都會用到的通用鍵, 如:保存文件, 打開文件, 取消/重

4、做操作, 拷貝和粘貼, 擴大與縮小, 以及插入不同的模塊。第6頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二ChemBasic 功能鍵(ChemBasic toolbar) -在一般功能鍵的下面, 它們是可選功能, 包括附件和其他 ChemBasics 的功能（免費版無此項）。結(jié)構(gòu)模式功能欄(Structure toolbar)只有結(jié)構(gòu)模式有這些功能鍵, 包括畫化學結(jié)構(gòu)和相關(guān)功能. 原子功能鍵(Atoms toolbar)包括原子名稱和改變原子性能的鍵(電荷, 電子層等).參考功能鍵 (Reference toolbar) 可以從此處進入ACD字典.工作區(qū)域(Workspace) 結(jié)構(gòu)

5、式將在這里顯示.調(diào)色板(Color Palette)用來將原子和化學鍵等涂上顏色(只要在相應的顏色上點擊既可).狀態(tài)欄(Status bar)-顯示對當時狀態(tài)有用的信息: 打開的SK2文件名, SK2文件的頁碼, 化學結(jié)構(gòu)的分子式, 以及化學結(jié)構(gòu)的一些性質(zhì)。第7頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二標題欄(Title bar) 菜單欄(Menu bar) 通用工具條(General toolbar)同結(jié)構(gòu)模式。 編輯工具條(Editing toolbar) 位于通用工具條的下面, 只適用于畫圖模式,包括編輯動畫物體的功能鍵. 畫圖工具條(Drawing toolbar)包括畫各

6、種物體和文字的功能鍵. 工作區(qū)域(Workspace)- 在中間的區(qū)域, 圖畫與文字將在這里顯示.調(diào)色板(Color Palette) 用來將物體等涂上顏色,(只要在相應的顏色上點擊即可).狀態(tài)欄(Status bar) -顯示對當時狀態(tài)有用的信息: 打開的SK2文件名和 SK2文件的頁碼等. 畫圖模式的工作界面第8頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二二、畫簡單的結(jié)構(gòu)常用工具介紹:常用畫圖工具連續(xù)畫圖工具畫鏈工具在立體結(jié)構(gòu)中, 遠離你的鍵在立體結(jié)構(gòu)中,指向你的鍵配位鍵非定義鍵翻轉(zhuǎn)工具編輯原子標簽工具改變位置(Change Position) 第9頁，共27頁，2022年，5月

7、20日，0點0分，星期二1使用常用畫圖工具例1 畫出結(jié)構(gòu)當程序開始時，常用畫圖工具 是默認的。在這種模式下，可以很容易地畫直鏈和分支結(jié)構(gòu)，并用元素周期表中的原子取代所畫的原子。在結(jié)構(gòu)模式(Structure Model) 下,從原子工具條選擇碳原子（默認） 。單擊空白處，畫出CH4。單擊CH4以增加一個CH3集團，并以標準鍵長連接。再雙擊同一個碳原子，畫出 。單擊Set Bond Vertically ,套住左側(cè)的水平鍵， 將從上一步得到的結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)至 。單擊結(jié)構(gòu)工具欄中常用畫圖工具 。單擊最右邊的碳原子，畫出 。第10頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二例2 （雙鍵和三鍵）畫

8、出例1的結(jié)構(gòu) ，在最后一個碳原子上單擊增加碳鏈長度，畫出 ，在單鍵上點擊得到雙鍵 在雙鍵上單擊得到三鍵。然后，點2D優(yōu)化 即可 。若重新在三鍵上單擊又得到單鍵第11頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二注：（1）刪除原子如果增加了過多的原子, 可以逐一去除原子，點擊Delete 鍵.使用Delete 鍵也可以將整個分子清除，先在空白處單擊選中整個分子（或用套索工具選中），然后在分子上單擊。點右鍵可取消刪除狀態(tài)。（2）恢復鍵(Undo)另外一個重要的功能是如何恢復以前的界面設(shè)置:單擊Undo鍵 。這會將ChemSketch的界面恢復到以前的設(shè)置（ 點擊 Undo鍵將會激活重做(R

9、edo)鍵）Undo鍵可以連續(xù)點擊50次.當畫比較復雜的結(jié)構(gòu)或者物體時, 要養(yǎng)成及時保存文件的習慣file/save.第12頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二例 3 （改變原子）先畫出單擊原子工具條下的元素周期表( Periodic Table)鍵 ,打開元素周期表( Periodic Table of Elements) 單擊元素周期表中的氟( Fluorine )鍵 , 注意現(xiàn)在氟 (Fluorine)鍵出現(xiàn)在原子工具條中. 單擊最左邊的碳(Carbon), 用氟原子替代碳原子 第13頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二2使用連續(xù)畫圖工具 例4 （由一

10、個選定原子“衍生”多個相同原子） 先畫出在結(jié)構(gòu)工具欄中，點擊連續(xù)畫圖鍵 ?；蛘邌螕羰髽擞益I，選擇連續(xù)畫圖模式。在原子工具欄(Atoms)中選擇F原子。點擊最右邊的碳原子，雙擊以“衍生”出一個F原子。在同一碳原子上雙擊，以“衍生”第二個F原子 注：當連續(xù)畫圖工具(Draw continuous Tool) 被激活后，只有在原子工具條中被選定的原子才能用于畫化學鍵。點擊工具條中的原子鍵，可使其成為被選中的原子。這種連續(xù)畫圖工具模式在由一個選定原子“衍生”多個相同原子時，非常方便。第14頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二拖動鼠標畫圖在正常畫圖(Draw Normal)和連續(xù)畫圖(

11、Draw Continuous)兩種模式下，可以從一個原子拖動鼠標到另一個原子，畫出單鍵。如果從一個空白處開始(或結(jié)束)拖動，將在開始處(或結(jié)束處)生成一個新的原子。在下面結(jié)構(gòu)中，點擊一端的碳原子，拖動鼠標到另一端的碳原子。 使用“清潔” (Clean)命令（2D 優(yōu)化）點擊結(jié)構(gòu)工具欄中“清潔” 命令 ，將使結(jié)構(gòu)中所有的鍵長與角度平均化。 注意：Clean命令不僅使鍵長和角度平均化，令結(jié)構(gòu)看上去更好看，且使該結(jié)構(gòu)更符合化學意義。第15頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二3.使用立體鍵、配位鍵和非定義化學鍵工具在立體結(jié)構(gòu)中, 遠離你的鍵在立體結(jié)構(gòu)中, 指向你的鍵配位鍵非定義鍵單

12、擊化學鍵圖標,在所畫的化學結(jié)構(gòu)中點擊某一化學鍵可以將其變?yōu)橐陨细鞣N化學鍵.對于立體鍵和配位鍵，重復點擊將改變它們的方向。第16頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二4編輯原子標簽例5編輯原子標簽工具允許用簡短的縮寫代替最終端的原子。在原子工具欄中，點擊原子標簽工具鍵 ，然后將鼠標移動到結(jié)構(gòu)中最右端的F原子上。在打開的編輯標簽(Edit Label)對話框中，鍵入(CH2)3Ph，再點擊插入鍵(Insert )，畫出如下結(jié)構(gòu)。 展開結(jié)構(gòu)Tools/Expand Shorthand Formulae或編輯對話框中點Expand。第17頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，

13、星期二5使用畫鏈工具 使用畫鏈工具 ，通過點擊和拖動鼠標，可以很容易地畫出長短鍵。點擊結(jié)構(gòu)工具欄中畫鏈工具鍵 ，將鼠標移動到鍵頭所指的原子上。按下鼠標鍵，向左拖動。當鼠標離開結(jié)構(gòu)時，自動生成碳鏈。注意鼠標箭頭旁的碳原子數(shù)(C#)隨著碳原子（8個）的增減而變化。在原子工具欄中選擇 原子，點擊連續(xù)畫圖工具 ，雙擊最左邊的碳原子，衍生出F原子。點擊結(jié)構(gòu)工具欄中清潔工具鍵 ，得到如下結(jié)構(gòu)： 例6第18頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二6.翻轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)例7.繪制咖啡因結(jié)構(gòu)并進行翻轉(zhuǎn)練習將選定化學鍵翻轉(zhuǎn)為水平鍵 將選定化學鍵翻轉(zhuǎn)為垂直鍵 圍繞所點擊的化學鍵翻轉(zhuǎn)選擇整個分子(或者部分分子),

14、則將整個分子或者選中的部分分子(或者如果沒有選中任何結(jié)構(gòu), 所有的畫出的結(jié)構(gòu))從上翻轉(zhuǎn)至下. 選擇整個分子(或者部分分子)則將整個分子或者選中的部分分子(或者如果沒有選中任何結(jié)構(gòu), 所有的畫出的結(jié)構(gòu))從左翻轉(zhuǎn)至右. 第19頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二7.選擇、旋轉(zhuǎn)和3D旋轉(zhuǎn)選擇原子、化學鍵和圖象，兩種方法套索選擇 (Lasso Selector)矩形選擇 (Rectangle Selector)旋轉(zhuǎn)、刪除等狀態(tài)下，在一個結(jié)構(gòu)的旁邊點擊也可以選中該結(jié)構(gòu)一旦選擇了圖象，有三種移動方式：移動 (Move)：也可以使用其拉動原子以改變位置旋轉(zhuǎn)/調(diào)整 (Rotate/re-si

15、ze)3D旋轉(zhuǎn) (3D Rotate)或進行其他操作：刪除 (Delete)3D 優(yōu)化 (3D Optimization)2D 優(yōu)化 ，或清理(2D Optimization，Clean)第20頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二清理屏幕 可以通過以下操作來清理屏幕：在文件菜單中選擇“新文件”(New)，創(chuàng)建一個新的文件。在左上方選擇創(chuàng)建新頁按鈕(New Page) ，創(chuàng)建新的一頁。在編輯菜單中選擇“全選”按鈕(Select All)，使用鍵盤上的“刪除”命令(Delete)。在工具欄中(General toolbar)點擊刪除(Delete)按鈕，點擊空白處，再點擊結(jié)構(gòu)的任

16、意部分，將其全部刪除。注意：在結(jié)構(gòu)模式(Structure model)中，這種方式只能刪除化學結(jié)構(gòu)。要刪除圖象，請轉(zhuǎn)換到畫圖模式(Draw Model)。第21頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二三、畫復雜的結(jié)構(gòu)1、如何用化學基團表畫化學基團2、如何迅速地畫環(huán)結(jié)構(gòu)3、如何畫原子的電荷、陽離子和陰離子4、如何改變不同原子的性能第22頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二1、如何用化學基團表畫化學基團化學基團表(Table of Radicals) 中包括預先畫好的氨基酸及其保護基的結(jié)構(gòu)，還有核甘酸及其他常用結(jié)構(gòu)。 當基團表中新的化學基團被選中a、在鼠標處出現(xiàn)該

17、基團的陰影，可以單擊鼠標畫出基團結(jié)構(gòu)，要去除陰影，點鼠標右鍵即可。b、在參考工具欄中將自動添加該結(jié)構(gòu)?？赏ㄟ^雙擊該鍵再選擇YES，刪除該結(jié)構(gòu)（會刪除所有結(jié)構(gòu)） 第23頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二2、如何迅速地畫環(huán)結(jié)構(gòu)例81. 從化學基團表 中選擇環(huán)戊烷，并在工作區(qū)點擊繪制五元環(huán)。2.從化學基團表中選擇環(huán)己烷，將鼠標移動到環(huán)戊烷,再點擊繪制如下結(jié)構(gòu)：3.重復以上步驟，創(chuàng)建如下結(jié)構(gòu)：4.點擊垂直鍵 ，使結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)為：5.化學基團表中點擊COOH按鈕，選擇羧基，點擊箭頭所指的原子，以衍生出羧基：第24頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二3、如何畫原子的電荷、

18、陽離子和陰離子點擊原子工具欄中的 鍵的右下角的三角形擴展得到以下各項:Increment (+) Charge 正電荷Decrement (-) Charge負電荷Radical自由基;Positive Radical Ion正離子基;Negative Radical Ion負離子基.例9注意: 當陽離子或者陰離子加到非金屬結(jié)構(gòu)中時,氫原子將根據(jù)化學鍵的需要自動加上或者刪除。第25頁，共27頁，2022年，5月20日，0點0分，星期二4、如何改變不同原子的性能如果要顯示ChemSketch 結(jié)構(gòu)中原子的化合價或同位素質(zhì)量，或者改變原子的大小，此時需要對原子性質(zhì)進行編輯。1.點擊選擇/移動按鈕(Select/Move)。2.雙擊需要改變性質(zhì)的原子或化學鍵。這時出現(xiàn)性質(zhì)對話框。3.在原子Atom標簽下,可以設(shè)定原子的各種性能C-原子符