蛋白質(zhì)組宣傳資料2課件

1、蛋白質(zhì)組技術(shù)服務(wù)毅新興業(yè)（北京）科技有限公司技術(shù)部 胡曉慧Email：sheena_Tel、公司簡介二、蛋白質(zhì)組學(xué)研究進(jìn)展三、蛋白質(zhì)組學(xué)三大主要技術(shù)路線和服務(wù)案例介紹一、公司簡介毅新興業(yè)怡心服務(wù)2005年10月，成立博揚(yáng)通（北京）和博揚(yáng)生命（香港）；2008年1月，引入新的戰(zhàn)略投資伙伴，成立毅新興業(yè)（北京）；技術(shù)部下轄三個研究組，分別是蛋白質(zhì)組，基因組和生物信息組；公司現(xiàn)有員工30余人，其中80%具有研究生及以上學(xué)歷；使命 應(yīng)用生命科學(xué)技術(shù)服務(wù)于人類的健康事業(yè)為客戶提供最好的服務(wù)為客戶創(chuàng)造最大的價值北京市海淀區(qū)蘇州街18號長遠(yuǎn)天地大廈A2座1209室 二、蛋白質(zhì)組學(xué)研

2、究進(jìn)展人類基因組含有 30,00040,000個基因有1/3基因的功能未知mRNA與蛋白的總體相關(guān)性低于0.5生命的復(fù)雜性基于蛋白質(zhì)組從基因組學(xué)到蛋白組學(xué) 基因數(shù)量有限性和基因結(jié)構(gòu)的相對 穩(wěn)定性 vs 生命現(xiàn)象的復(fù)雜性和多變性 （如右圖所示）； 對蛋白質(zhì)的數(shù)量、結(jié)構(gòu)、性質(zhì)、相互 關(guān)系和生物學(xué)功能進(jìn)行全面深入的 研究已成為生命科學(xué)研究的迫切需要 和重要任務(wù)。 蛋白質(zhì)組研究的難點(diǎn)和技術(shù)特點(diǎn)蛋白質(zhì)組研究的難點(diǎn)：1、蛋白質(zhì)數(shù)目大大超過基因數(shù)目。2、蛋白質(zhì)隨時間和空間而變化。蛋白質(zhì)組研究的技術(shù)特點(diǎn)：高通量、高靈敏度、高準(zhǔn)確性的研究技術(shù)平臺是蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)的重要特點(diǎn)。三、蛋白質(zhì)組研究三大主要技術(shù)路線C

3、linprot在蛋白質(zhì)組學(xué)中的優(yōu)勢靈敏度高，適合在動態(tài)響應(yīng)范圍廣的樣品中發(fā)現(xiàn)含量低的生物標(biāo)志物重復(fù)性好樣品用量少（血清5ul）操作簡便，通量高（手動每天可處理96個樣本）Clinprot在臨床醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用醫(yī)學(xué)研究方向：差異蛋白的發(fā)現(xiàn)和鑒定利用血清多肽譜建立疾病診斷模型醫(yī)院臨床應(yīng)用：健康預(yù)警術(shù)后療效評價治療過程監(jiān)測指導(dǎo)治療方案ClinProt技術(shù)服務(wù)優(yōu)勢1、多種樣本類型處理經(jīng)驗(yàn)（見slides1415）2、嚴(yán)格的質(zhì)控，保證實(shí)驗(yàn)質(zhì)量（見slides1617）3、強(qiáng)大的數(shù)據(jù)分析平臺，為您建立最優(yōu)模型（見slides17）4、多選擇的差異峰鑒定路線和成功鑒定個案舉例（見slides18）5、服務(wù)案例舉

4、例（見slides1935）1、多種樣本類型處理經(jīng)驗(yàn)已做過疾病類型：腦膠質(zhì)瘤大三陽、小三陽、肝功異常、乙肝、慢乙肝、肝癌腎微小病變胰腺癌肺癌白血病脈絡(luò)膜黑色素瘤（葡萄球黑色素瘤）乳腺癌結(jié)膜松馳癥（眼淚）胃癌心血管卵巢癌試管嬰兒跟蹤食管癌風(fēng)濕病紅斑狼瘡鼻咽癌結(jié)核病2、嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品自檢作為外標(biāo)校正的標(biāo)準(zhǔn)品含有11個肽，平均分子量偏差小于100ppm，每八個樣品數(shù)據(jù)采集前先做外標(biāo)校正。3、強(qiáng)大的數(shù)據(jù)分析平臺專業(yè)的數(shù)據(jù)分析團(tuán)隊(duì)：功能強(qiáng)大的bioexploer軟件：使不同質(zhì)譜儀產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)能夠統(tǒng)一化，不再受儀器類型和型號限制；實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的預(yù)處理，標(biāo)準(zhǔn)化，數(shù)據(jù)優(yōu)劣的智能判斷；專為雙胞胎、小鼠、細(xì)胞、藥

5、效進(jìn)程評估等生物配對實(shí)驗(yàn)開發(fā)的配對檢驗(yàn)；大樣本模型的完善；分析結(jié)果的批量處理，自動保存4、多選擇的差異峰鑒定路線成功鑒定個案舉例：天壇醫(yī)院1941m/z， Kininogen HMW，高分子量激肽原摸索實(shí)驗(yàn)1465m/z，peptide of human FGA protein（/blast/Blast.cgi）天津醫(yī)科1740m/z， FIBA_RAT Score: 620 Fibrinogen alpha chain precursor Contains: Fibrinopeptide A - Rattus norvegicus (Rat) 血清多肽譜數(shù)據(jù)分析報告博揚(yáng)生命科技有限公司年 月

6、 日5、服務(wù)案例舉例目 錄（一）實(shí)驗(yàn)信息（二）實(shí)驗(yàn)質(zhì)控（三）部分血清多肽指紋圖譜（四）分析結(jié)果（五）結(jié)論（一）實(shí)驗(yàn)信息1.樣品類型：人血清2.樣品分組信息： Normal：30例 Cancer：30例 Test Normal：40例 Test Cancer：47例（一）實(shí)驗(yàn)信息3.磁 珠：WCX4.實(shí)驗(yàn)時間：2008 5.質(zhì) 譜 儀：autoflex6.分析軟件：FlexAnalysis3.0；ClinProTools2.17.實(shí)驗(yàn)人員：王嵐 張永嬋8.分析人員：殷汝雷標(biāo)準(zhǔn)品列舉Substance Average mass(M+H)+ Angiotensin 1047.18 Angiotens

7、in 1297.48 Substance P 1348.64 Bombesin 1620.86 ACTH clip 1-17 2094.42 ACTH clip 18-39 2466.68 Somatostatin 28 3149.57 Ubiquitin 4283.45 Insulin 5734.56 Cytochrome c 6181.05 Ubiquitin 8565.89 （二） 實(shí)驗(yàn)質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)血清自檢實(shí)驗(yàn)操作系統(tǒng)（三）Normal組部分血清多肽指紋圖譜示Normal組組內(nèi)相似性（三）Cancer組部分血清多肽指紋圖譜示Cancer組組內(nèi)相似性（四）分析結(jié)果Normal組與Cancer組

8、統(tǒng)計(jì)差異最顯著的1862.88Da（X軸）和1776.02Da （Y軸）樣品分布圖（坐標(biāo)值代表相應(yīng)蛋白豐度）正常組腫瘤組正常組與腫瘤組樣品分布無重疊區(qū)域（四）分析結(jié)果Normal組與Cancer組建立遺傳算法模型模型的識別率為98.33%，預(yù)測能力為95.69%。詳見normal vs cancer_model show。（四）分析結(jié)果Normal組與Cancer組模型選用峰峰值（單位m/z）1612.021776.021862.881941.192551.15P值0.000050.0000010.0000010.006870.000525利用遺傳算法，用Normal組和Cancer組各30例

9、建立正常與疾病的診斷模型，其中如上所列用來區(qū)分兩組的5個峰，下頁示母離子為1941.19m/z的TOF/TOF圖譜。血清指紋圖譜示模型選用峰1941m/z血清指紋圖譜示模型選用峰1941m/zFor TOF-TOFTOF-TOF鑒定差異蛋白1941m/z的圖譜鑒定結(jié)果為：Kininogen HMW。高分子量激肽原是血漿中一種多功能的糖蛋白,與血液凝固的啟動、補(bǔ)體反應(yīng)及炎癥發(fā)生等有密切關(guān)系.新近的研究顯示,活化型高分子量激肽原具有潛在的抗腫瘤作用。模型驗(yàn)證模型的驗(yàn)證將已知信息的Test Normal組40例，和Test Cancer組47例分別代入已建立的Normal與Cancer分組模型，驗(yàn)證

10、結(jié)果如下： Test Normal組 正確率85%（詳見validate Normal.xls） Cancer組 正確率87.2%（詳見 validate cancer.xls）（二）2DE技術(shù)路線TissuesCellsBody Fluids樣品IEF PH3PH10SDSPAGEPIMW差異分析差異蛋白酶解多肽MALDI-TOF/TOFLC-MS/MS數(shù)據(jù)庫檢索蛋白鑒定2DE在蛋白質(zhì)組學(xué)的優(yōu)勢較高分辨率的蛋白質(zhì)分離工具不同樣品的比較可視化提供蛋白質(zhì)豐度的相關(guān)信息允許 HT 平行走樣2DE 應(yīng)用范圍細(xì)胞、組織、血清差異蛋白質(zhì)組分析細(xì)胞差異性分析（如正義轉(zhuǎn)染vs空載、目標(biāo)基因RNAi vs空載

11、）疾病標(biāo)志檢測（腫瘤標(biāo)志物，如無血清培養(yǎng)后的分泌蛋白質(zhì)組）治療檢測（術(shù)前組織vs術(shù)后組織）藥物開發(fā)（給藥細(xì)胞vs對照細(xì)胞）癌癥研究（原位腫瘤細(xì)胞系vs轉(zhuǎn)移）純度檢測（原核表達(dá)獲得的蛋白）微量蛋白純化（多克隆抗體制備）。雙向電泳差異分析示例通過軟件分析，實(shí)驗(yàn)組中共有970個蛋白質(zhì)點(diǎn)，對照組中有918個蛋白質(zhì)點(diǎn)，差異分析結(jié)果：實(shí)驗(yàn)組中表達(dá)量顯著上調(diào)的有11個，表達(dá)量下調(diào)的有9個。MALDI-TOF/TOF蛋白鑒定舉例蛋白鑒定結(jié)果為PPIA_HUMAN檢索分值223LC-MS/MS蛋白鑒定舉例608.785 (2+)denovo解析出氨基酸序列BQYMVGSYGPK數(shù)據(jù)庫檢索位于前三的蛋白：1. g

12、i|72166219|ref|XP_781627.1| PREDICTED: Length = 200Total Score: 1832. gi|52345598|ref|NP_001004847.1| Rho GDP :Length = 204Total Score: 1763. gi|49119602|gb|AAH73126.1| Arhgdia protein Xenopus laevis:Length = 204Total Score: 169（三）2D-HPLC技術(shù)路線（shotgun）SCXRP2D-HPLC在蛋白組學(xué)的優(yōu)勢對于利用傳統(tǒng)分離技術(shù)難于分析的具有疏水性、酸性、堿性、非常小、非常大以及低豐度等特點(diǎn)的蛋白質(zhì)而言，具有很好的分離性能。具備高度重現(xiàn)性。卓越的靈敏度和寬廣的動態(tài)范圍，使包含低豐度蛋白的復(fù)雜混合物的分析成為可能。樣品不經(jīng)處理可直接上樣。脂類和膜綁