細菌的分類與命名

第五章細菌的分類與命名易建云概述細菌分類學（Bacterialtaxonomy）是微生物分類學的一個分支，是對細菌進行分類（classification）鑒定（identification）命名（nomenclature）的一門科學。細菌分類學的任務研究細菌的種類探索細菌的起源、演化研究細菌與其它類群之間的親緣關系建立分類命名系統(tǒng)1.分類(taxonomy)

根據(jù)每種細菌各自的特征，并按照他們的親緣關系分門別類，以不同等級編排成系統(tǒng)。分類的任務是通過收集大量的個體資料，經(jīng)過科學的歸納、整理，使之形成一個完整的分類系統(tǒng)。

基本概念（1）人為分類法：以細菌形態(tài)和生理生化特征為依據(jù)，分為：傳統(tǒng)分類法（classicalclassification）數(shù)值分類法(numericalclassification)（2）系統(tǒng)分類法：將化學分析和核酸分析方法引入細菌分類，使細菌種群的劃分更為客觀。以細菌大分子物質(zhì)（核酸、蛋白質(zhì)）結構的同源程度進行分類，稱為種系分類（phylogeneticclassification）或自然分類（naturalclassfication）。2、命名：

在分類基礎上，按照細菌命名的法則，給予每種細菌一個科學名稱。3、鑒定

將未知細菌按分類原則放入系統(tǒng)中某一適當位置和已知細菌比較其相似性，用對比分析方法確定細菌的分類地位。若與已知細菌相同即采用已知菌的名稱，不同者則按命名原則確定一個新名稱。

分類等級：界（Kingdom）門（Division）綱（class）目（Order）科（Family）屬（Genus）種（Species）概念種細菌分類的基本單位。生物學性狀基本相同的細菌群體構成一個菌種。菌屬性狀相近關系密切的若干菌種組成屬。菌株

對不同來源的同一菌種的細菌稱為該菌的不同菌株。

標準菌株或模式菌株具有某種細菌特征的菌株。株常以數(shù)字、地名或符號表示，例如：金黃色葡萄球菌ATCC25923（標準菌株）

概念型：按某種細微特征在種內(nèi)進一步區(qū)分。血清型、噬菌體型、生物型、細菌素型。用于流行病學的分析研究。群：不是固定分類單位，按某種生物學特征，把相應的菌株歸在一起，組成群。例如：沙門菌血清分群。命名法

細菌科學名稱（學名）的命名法采用生物雙名法（binominalnomenclature）。具備拉丁化文字的形式和明確的分類等級兩個特點，即由一個屬名和一個種名構成。屬名在前，種名在后。

細菌學名的中文譯名：種名在前，屬名在后。如：Mycobecteriumtuberculosis（結核分枝桿菌）Salmonellatyphi（傷寒沙門菌）。

第二節(jié)細菌的分類方法一、生物學特性分類法——人為分類法（一）傳統(tǒng)分類法（二）數(shù)值分類法（一）傳統(tǒng)分類法選擇一些較為穩(wěn)定的生物學性狀作為分類依據(jù)，然后按主次順序逐級分級。包括：細菌的形態(tài)結構細菌的染色性細菌的培養(yǎng)特性細菌的生化反應性細菌的抗原性（一）傳統(tǒng)分類法根據(jù)生物的共同特征進行分門別類。其原則是將生物的基本特性分為主要和次要，然后根據(jù)主次順序編制雙歧圖和檢索表，一級一級往下分，直到最小區(qū)分單位。由于分類中選擇鑒定力強的生化特征為基礎，所以也稱為偏重性鑒定方法。革蘭陰性桿菌葡萄糖發(fā)酵+-氧化酶非發(fā)酵菌+-弧菌科腸桿菌科雙歧索引法（一）傳統(tǒng)分類法優(yōu)點：使用方便、分類較明確。缺點：對分類性狀的選擇有一定主觀性。（二）數(shù)值分類法借助計算機將細菌按其性狀的相似程度進行分類，一般選用20-50項以上的生理、生化指標逐一進行比較，通過計算機分析各菌的相似度來劃分種和屬。相似系數(shù)越大表示相同特征越多，說明兩個菌種間有較高的親緣性。商品鑒定試劑及自動化細菌鑒定系統(tǒng)即采用數(shù)值分類原理。腸桿菌科細菌編碼的檢索方法舉例(手工法)葡萄糖賴鳥硫靛乳衛(wèi)苯尿枸產(chǎn)產(chǎn)氨氨化基茅丙櫞酸氣酸酸氫質(zhì)糖醇酸素酸(A)(G)421421421-+-++----

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查碼結果為大腸埃希氏菌臨床常用手工細菌鑒定系統(tǒng)(API鑒定系統(tǒng))API腸桿菌API非發(fā)酵菌API酵母菌自動化鑒定系統(tǒng)二、遺傳學分類法——系統(tǒng)分類法㈠、化學分析法化學分析應用電泳、色譜、質(zhì)譜等方法對菌體組分、代謝產(chǎn)物組成與圖譜特征進行分析，揭示細菌表型差異。二、遺傳學分類法——系統(tǒng)分類法㈡、核酸分析法比較各種細菌DNA組成的結構相似性，可從本質(zhì)上闡明細菌間的親緣關系。方法1、DNA堿基組成(G+Cmol%)2、核酸分子雜交(DNA-DNA同源性3、DNA-rRNA同源性）4、16SrRNA同源性分析。

細菌分類命名系統(tǒng)細菌分類系統(tǒng)《伯杰系統(tǒng)細菌學手冊》根據(jù)細菌細胞壁的結構特點將原核生物界分為四個菌門：薄壁菌門-有細胞壁的革蘭陰性菌厚壁菌門-有細胞壁的革蘭陽性真細菌軟壁菌門-缺細胞壁的真細菌（支原體）疵壁菌門-古細菌細菌分類系統(tǒng)《伯杰系統(tǒng)細菌學手冊》第1卷：醫(yī)學、工業(yè)和普通微生物中重要的 革蘭陰性菌第2卷：放線菌以外的革蘭陽性菌第3卷：古細菌、藍細菌和其它革蘭陰性菌第4卷：放線菌《伯杰系統(tǒng)細菌學手冊》第1-4卷將所有細菌根據(jù)類型排列成1-35群群11：保留藍藻菌目、保留藍藻菌科群5：保留腸桿菌科、弧菌科和巴斯德菌科卷次及主要細菌種類群細菌屬/類群第1卷1~11組包括醫(yī)學、工業(yè)、農(nóng)業(yè)重要的革蘭陰性細菌1234567891011螺旋體革蘭陰性、需氧、微需氧、有動力、螺形菌革蘭陰性、無動力、彎曲菌革蘭陰性、需氧、桿菌或球菌革蘭陰性、兼性厭氧、桿菌革蘭陰性、厭氧、桿菌或螺形菌異化還原硫酸鹽的細菌革蘭陰性、厭氧球菌立克次體和衣原體支原體內(nèi)共生菌第2卷12~17組包括除放線菌以外的革蘭陽性細菌121314151617革蘭陽性球菌革蘭陽性、形成芽胞的球菌和桿菌革蘭陽性、規(guī)則的無芽胞桿菌革蘭陽性、不規(guī)則的無芽胞桿菌分枝桿菌諾卡菌形的細菌第3卷18~25組包括光合細菌、古細菌、藍細菌、其他革蘭陰性細菌1819202122232425不產(chǎn)氧光合細菌產(chǎn)氧光合細菌需氧、化能自氧菌及有關細菌出芽和（或）有附屬物的細菌鞘細菌非光合、無子實體的滑行細菌形成子實體的滑行細菌——粘細菌古生菌第4卷26~33組包括可形成菌絲體的放線菌2627282930313233諾卡菌形放線菌多腔孢囊放線菌游動放線菌鏈霉菌和有關菌屬馬杜拉菌高溫單胞菌有有關菌屬高溫放線菌其他屬

細菌的分類方法主要有兩類：生物學特性分類法和遺傳學分類法。遺傳學分類法以細菌的核酸、蛋白質(zhì)等組成的同源程度進行分類，更具科學性和穩(wěn)定性。其中16SrRNA寡核苷酸分析，由于其核苷酸數(shù)目適中、信息量大、具有高度穩(wěn)定性、易于提取和分析，成為理想的研究工具。