MaterialsStudio學(xué)習(xí)教程指導(dǎo)

?PAGEII??PAGEI?目錄第0章緒論 10.1計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的概念 10.2計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的發(fā)展 10.3計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的途徑 2第1章快速啟動(dòng)教程 11.1創(chuàng)建項(xiàng)目(Creatingaproject) 11.2打開(kāi)、瀏覽3D文檔 21.3繪制苯甲酰胺(benzamide)分子 41.4用學(xué)習(xí)表文檔進(jìn)行瀏覽和工作 81.5研究分子晶體：尿素 111.6建立α-quartz晶體 121.7建立聚甲基丙烯酸甲酯(methylmethacrylate) 141.8保存項(xiàng)目、結(jié)束本教程 15第2章Visualizer教程 162.1項(xiàng)目管理 162.2繪制簡(jiǎn)單的分子 212.3繪制卟啉(porphyrin) 302.4繪制有機(jī)金屬結(jié)構(gòu) 362.5覆蓋和對(duì)齊分子 432.6精確定位和移動(dòng)原子 462.7在表面對(duì)接分子 492.8使用polymerbuilder 542.9使用layerbuilder 652.10使用crystalbuilder 722.11建立中尺度分子 812.12用AnalogBuilder枚舉庫(kù) 842.13用等位面(isosurfaces)和切片工作(slices) 882.14域隔離和分析 94第3章AdsorptionLocator、Blends教程 993.1用AdsorptionLocator決定SO2在Ni(111)晶面上的位置 993.2共混聚合物相容性篩選 102第4章AmorphousCell教程 1094.1計(jì)算兩種聚合物的可混合性 1094.2使用限制性剪切協(xié)議 114第5章CASTEP教程 1205.1用第一性原理預(yù)測(cè)AlAs的晶格參數(shù) 1205.2在Pd(110)表面CO分子的吸附 1265.3使用LST/QST工具搜索過(guò)渡態(tài) 1365.4計(jì)算BN的彈性常數(shù) 1445.5預(yù)測(cè)鍺的熱力學(xué)性質(zhì) 1505.6計(jì)算鐵磁性鐵的聲子譜 1555.7在Pd(110)面上吸附CO后電荷密度的變化 1595.8模擬CO_Pd(110)體系的STM圖 163第6章Discover教程 1676.1金屬氧化物中的原子定型 1676.2聚合物與金屬氧化物表面的相互作用 1696.3使用Discover計(jì)算振動(dòng)模式 1776.4測(cè)量氣體在聚合物中擴(kuò)散系數(shù) 181第7章DMol3教程 1907.1在DMol3中使用離域內(nèi)部坐標(biāo)對(duì)固體進(jìn)行幾何優(yōu)化 1907.2使用LST/QST工具搜索過(guò)渡態(tài) 1957.3計(jì)算化學(xué)反應(yīng)的自由能 2017.4使用DMol3的LST/QST和NEB工具探索化學(xué)反應(yīng)的最低能量路徑 2067.5用DMol3計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)和態(tài)密度 213第8章Forcite教程 2198.1氫在鎢表面的物理吸附 2198.2尿素的幾何優(yōu)化 2238.3尋找分子在表面的低能結(jié)構(gòu) 2288.4使用MaterialsStudio編輯力場(chǎng) 237第9章Reflex教程 2479.1用粉末衍射圖工作 2479.2粉末衍射圖的指標(biāo)化 2549.3使用X-Cell指標(biāo)化4-nitrophenylhexylurethane 2609.4無(wú)機(jī)物的Rietveld精修 2669.5有機(jī)物混合樣品的定量相分析 271?PAGE1?緒論計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的概念所謂材料設(shè)計(jì)，是指通過(guò)理論上地計(jì)算來(lái)設(shè)計(jì)新型材料，并預(yù)測(cè)新材料的成分、組織結(jié)構(gòu)與性能，也可以認(rèn)為是一種通過(guò)理論上的計(jì)算來(lái)設(shè)計(jì)具有特定性能材料的方法。由于涉及的計(jì)算量非常大，通常需要在計(jì)算機(jī)環(huán)境下進(jìn)行，因此也可稱為計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)。傳統(tǒng)的材料研究方法屬于典型的實(shí)驗(yàn)研究，研究對(duì)象為人們?cè)谏a(chǎn)、生活中以及特殊環(huán)境中使用的各種材料。研究方法一般是應(yīng)用各種實(shí)驗(yàn)設(shè)備對(duì)材料的化學(xué)成分、組織、結(jié)構(gòu)、性能進(jìn)行分析。因此，傳統(tǒng)的材料研究不僅在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中要消耗大量的實(shí)驗(yàn)材料和能源，同時(shí)需要大量的實(shí)驗(yàn)設(shè)備，其中許多實(shí)驗(yàn)設(shè)備是非常昂貴的，比如掃描電子顯微鏡(SEM)、透射電子顯微鏡(TEM)、掃描透射電子顯微鏡(STM)等，少則上百萬(wàn)元(人民幣)，多則上千萬(wàn)元，這在很大程度上限制了材料研究的發(fā)展。此外，傳統(tǒng)的材料研究方法由于研究對(duì)象的復(fù)雜性，使其具有很大的偶然性甚至是盲目性。近年來(lái)，隨著固體物理、量子化學(xué)、統(tǒng)計(jì)力學(xué)、計(jì)算方法等相關(guān)學(xué)科的發(fā)展，以及計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)處理能力的空前提高，使計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)成為可能。其作用在材料研究中越來(lái)越重要，直至不可或缺。相比于傳統(tǒng)的材料研究方法，計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)可以實(shí)現(xiàn)材料的“零消耗”，這在資源日益緊缺的今天顯得相當(dāng)重要，可以使研究成本大大降低。同時(shí)，隨著計(jì)算機(jī)運(yùn)算速度的日益提高，利用計(jì)算機(jī)進(jìn)行材料設(shè)計(jì)的周期越來(lái)越短，效率極大地增加。計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)是以嚴(yán)格的理論為基礎(chǔ)的，因此在最大程度上消除了設(shè)計(jì)計(jì)算過(guò)程中的偶然性，使結(jié)果具有較高的可信度。計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的發(fā)展如前所述，計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)是以基礎(chǔ)理論和計(jì)算機(jī)技術(shù)的發(fā)展為基礎(chǔ)的，因此，其發(fā)展在很大程度上受到上述學(xué)科發(fā)展水平的限制。在20世紀(jì)50年代初期，前蘇聯(lián)便開(kāi)展了有關(guān)合金設(shè)計(jì)以及無(wú)機(jī)化合物的計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)研究。20世紀(jì)70年代美國(guó)首次應(yīng)用計(jì)算機(jī)設(shè)計(jì)方法開(kāi)發(fā)了鎳基超合金。這一階段可視為計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的初始階段。到了20世紀(jì)80年代，計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)取得了重大進(jìn)展。1985年，日本出版了《新材料開(kāi)發(fā)與材料設(shè)計(jì)》一書(shū)，書(shū)中首次提出了“材料設(shè)計(jì)學(xué)”這一研究方向。1988年，日本科學(xué)技術(shù)廳組織功能性梯度材料的研究任務(wù)，提出將材料的設(shè)計(jì)、合成、評(píng)估這三者結(jié)合起來(lái)，按預(yù)定要求做出材料。1989年美國(guó)出版了《90年代的材料科學(xué)與工程》研究報(bào)告，對(duì)材料的計(jì)算機(jī)分析與模型化進(jìn)行了充分的論述。該報(bào)告認(rèn)為，隨著現(xiàn)代基礎(chǔ)理論與計(jì)算機(jī)技術(shù)的進(jìn)步，材料科學(xué)與工程學(xué)科的性質(zhì)也在發(fā)生變化。計(jì)算機(jī)分析與模型化的發(fā)展，將使材料科學(xué)研究從定性研究階段逐漸進(jìn)入定量研究階段。在1990年和1992年，先后召開(kāi)了以計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)新材料開(kāi)發(fā)為主題的第一、第二屆國(guó)際會(huì)議，同時(shí)誕生了與材料設(shè)計(jì)有關(guān)的國(guó)際性雜志，如英國(guó)物理學(xué)會(huì)的“ModellingandSimulationinMaterialsScienceandEngineering”和荷蘭的“ComputationalMaterialsScience”等。同時(shí)在日本的一些大學(xué)的材料系中開(kāi)始設(shè)置與材料設(shè)計(jì)有關(guān)的課程。在美國(guó)，美國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)和試驗(yàn)研究院、麻省理工學(xué)院等研究院所和大學(xué)在材料設(shè)計(jì)方面作出了突出的貢獻(xiàn)。與國(guó)外相比，我國(guó)在計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)方面相對(duì)落后，但對(duì)材料設(shè)計(jì)重要性的認(rèn)識(shí)比較深刻，在“973計(jì)劃”設(shè)立了專題研究方向，從2000年開(kāi)始將材料設(shè)計(jì)作為重大基礎(chǔ)研究項(xiàng)目，并且把材料計(jì)算設(shè)計(jì)的研究正式列入了計(jì)劃。在國(guó)內(nèi)的許多單位，如清華大學(xué)、北京大學(xué)、北京科技大學(xué)、中科院化學(xué)研究所、中科院半導(dǎo)體研究所、鋼鐵研究總院等高校和研究單位都先后設(shè)立了計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)研究方向，并招收碩士生和博士生。計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的途徑計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)主要是應(yīng)用計(jì)算機(jī)技術(shù)對(duì)經(jīng)驗(yàn)規(guī)律進(jìn)行歸納或者應(yīng)用第一性原理進(jìn)行計(jì)算(演繹)，更一般的情況是將兩相互結(jié)合，互為補(bǔ)充。概括起來(lái)，計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的主要途徑有以下幾個(gè)：一、計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的知識(shí)庫(kù)與數(shù)據(jù)技術(shù)材料數(shù)據(jù)庫(kù)一般應(yīng)包括材料的性能及重要參數(shù)的相關(guān)數(shù)據(jù)、材料成分、材料處理工藝、試驗(yàn)條件、材料的應(yīng)用與評(píng)價(jià)等方面的內(nèi)容。材料知識(shí)庫(kù)則應(yīng)包括材料的成分、組織結(jié)構(gòu)、加工工藝與材料的性能之間的關(guān)系，以及材料工程與科學(xué)的有關(guān)理論。材料知識(shí)庫(kù)的本質(zhì)是計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)中的一系列數(shù)理模型，可用于定量計(jì)算或半定量描述。比較而言，材料數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)的是具體的數(shù)據(jù)，只能進(jìn)行查詢，不能進(jìn)行推理或分析，而材料知識(shí)庫(kù)存儲(chǔ)的則是規(guī)則、規(guī)律等，通過(guò)數(shù)理模型的推理或運(yùn)算，可以給出所需的性能數(shù)據(jù)，也可以進(jìn)行成分或工藝的計(jì)算設(shè)計(jì)。利用數(shù)據(jù)庫(kù)和知識(shí)庫(kù)可以實(shí)現(xiàn)材料性能的預(yù)測(cè)或設(shè)計(jì)。二、計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)的專家系統(tǒng)計(jì)算機(jī)材料設(shè)計(jì)專家系統(tǒng)是指具有相當(dāng)數(shù)量的材料方面的背景知識(shí)，并能運(yùn)用這些知識(shí)解決材料設(shè)計(jì)中的相關(guān)問(wèn)題的計(jì)算機(jī)程序?？焖賳?dòng)教程創(chuàng)建項(xiàng)目(Creatingaproject)目的：介紹MaterialsStudio(MS)中project(項(xiàng)目)概念模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：無(wú)介紹：為了盡可能容易的管理文檔，在MS中使用項(xiàng)目的概念，在使用MS過(guò)程中，可以通過(guò)使用ProjectExplorer(項(xiàng)目瀏覽器)來(lái)查看和管理項(xiàng)目數(shù)據(jù)。MS系統(tǒng)允許你save(存儲(chǔ))、reload(載入)、share(共享)MS項(xiàng)目，并且可以向其他用戶發(fā)送數(shù)據(jù)和結(jié)果，無(wú)論是以單獨(dú)文檔還是完整的項(xiàng)目都可以。本教程說(shuō)明了怎么創(chuàng)建一個(gè)項(xiàng)目，在本章隨后的其他教程中用到了所建立的項(xiàng)目。1.啟動(dòng)MaterialsStudio從Windows“啟動(dòng)”菜單中選擇“程序”|AccelrysMaterialsStudio4.0|MaterialsStudio。如果在桌面上有MaterialsStudio圖標(biāo)，也可以通過(guò)雙擊圖標(biāo)來(lái)啟動(dòng)MaterialsStudio。在啟動(dòng)MaterialsStudio時(shí)，首先會(huì)出現(xiàn)一個(gè)所謂的歡迎界面(WelcometoMaterialsStudio)，必須創(chuàng)建一個(gè)新的項(xiàng)目或從對(duì)話框中載入一個(gè)已經(jīng)存在的項(xiàng)目。注意：如果是第一次打開(kāi)MaterialsStudio，會(huì)看到一個(gè)叫做MaterialsStudio文件關(guān)聯(lián)的對(duì)話框，如果出現(xiàn)這種情況，按照提示點(diǎn)擊OK按鈕即可。2.創(chuàng)建項(xiàng)目在歡迎界面對(duì)話框上選擇創(chuàng)建一個(gè)新的項(xiàng)目，然后點(diǎn)擊OK。然后會(huì)出現(xiàn)新建項(xiàng)目對(duì)話框，選擇要存儲(chǔ)文件的位置并且鍵入myquickstart作為文件名，然后點(diǎn)擊OK?，F(xiàn)在就開(kāi)始了MaterialsStudio的學(xué)習(xí)，使用的項(xiàng)目叫做myquickstart，此時(shí)的項(xiàng)目管理器如圖所示：圖1－1顯示myquickstart項(xiàng)目的項(xiàng)目管理器現(xiàn)在已經(jīng)建立了一個(gè)新的MaterialsStudio項(xiàng)目。3.恢復(fù)默認(rèn)的項(xiàng)目設(shè)置在默認(rèn)情況下，每一個(gè)新建的項(xiàng)目都使用在模板項(xiàng)目中定義的設(shè)置，模板項(xiàng)目由MaterialsStudio自動(dòng)建立，如myquickstart項(xiàng)目的設(shè)置為默認(rèn)設(shè)置。從菜單欄中選擇Tools|SettingsOrganizer，顯示SettingsOrganizer對(duì)話框。SettingsOrganizer對(duì)話框允許定義模板項(xiàng)目，它包括MaterialsStudio模塊和MaterialsVisualizer中不同工具的默認(rèn)設(shè)置。也可以使用SettingsOrganizer對(duì)話框?qū)⑼獠宽?xiàng)目的設(shè)置應(yīng)用到當(dāng)前的項(xiàng)目，或者將當(dāng)前項(xiàng)目中任何設(shè)置恢復(fù)到Accelrys的默認(rèn)設(shè)置。在SettingsOrganizer對(duì)話框中，點(diǎn)擊樹(shù)型瀏覽頂部的MaterialsStudio圖標(biāo)，會(huì)選中當(dāng)前項(xiàng)目窗口中所有模塊和Visualizer工具的所有設(shè)置。點(diǎn)擊Reset按鈕。所選擇的MaterialsStudio模塊和Visualizer工具的所有默認(rèn)設(shè)置都恢復(fù)到Accelrys的默認(rèn)值。打開(kāi)、瀏覽3D文檔目的：介紹MaterialsStudio中documents(文檔)概念模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：創(chuàng)建項(xiàng)目介紹：MaterialsStudio使用了各種不同的文檔類型，包括：3DAtomistic、3DMesoscale、text、chart、HTML、studytable、grid、script和forcefield文檔等。在本教程中，主要使用3DAtomistic文檔類型。文檔在在項(xiàng)目中進(jìn)行管理，將一般的工作流記錄為文檔，文檔可以被創(chuàng)建與存儲(chǔ)。1.調(diào)整顯示風(fēng)格(displaystyles)MaterialsVisualizer使用一組方便的工具使我能夠在3D視圖中打開(kāi)文檔，并且調(diào)整結(jié)構(gòu)的圖形顯示風(fēng)格。在菜單欄中選擇File|Import...，顯示輸入文檔對(duì)話框。注意：輸入文檔對(duì)話框也可以通過(guò)點(diǎn)擊標(biāo)準(zhǔn)工具欄中的輸入按鈕來(lái)打開(kāi)。在輸入文檔對(duì)話框中定位并選擇Examples/Documents/3DModel/TON.msi文件，然后點(diǎn)擊Import。會(huì)打開(kāi)一個(gè)含有常規(guī)沸石(zeolite)Theta-1元胞3D視圖的窗口，在項(xiàng)目管理器(ProjectExplorer)中，一個(gè)叫做TON.xsd的文檔做為myquickstart項(xiàng)目的一部分被顯示出來(lái)。需要注意的是文件的擴(kuò)展名由.msi變成了.xsd，這是一種本地3D結(jié)構(gòu)文件格式。在3D視圖中單擊鼠標(biāo)右鍵會(huì)顯示出快捷菜單，在快捷菜單的命令中選擇顯示風(fēng)格(Displaystyle)。圖1－2快捷菜單出現(xiàn)Displaystyles對(duì)話框。在Atom選項(xiàng)卡中，試著點(diǎn)擊Displaystyle部分的每一個(gè)選項(xiàng)，依次使用Line、Stick、Ballandstick、CPK和Polyhedron顯示風(fēng)格，觀察結(jié)構(gòu)的變化。完成之后，回到CPK顯示風(fēng)格?，F(xiàn)在切換到Displaystyles對(duì)話框的Lattice(點(diǎn)陣)選項(xiàng)卡。Lattice選項(xiàng)卡包括控制周期點(diǎn)陣顯示風(fēng)格的內(nèi)容。在Lattice選項(xiàng)卡中的Lattice部分，試著依次選擇None、Dashedline、Line和Stick，注意他們?cè)?D視圖中對(duì)點(diǎn)陣顯示的影響?，F(xiàn)在確保點(diǎn)陣顯示風(fēng)格為L(zhǎng)ine。在顯示風(fēng)格對(duì)話框上可以獲得的選項(xiàng)卡取決于當(dāng)前活動(dòng)文檔中的項(xiàng)目類型。在3D視圖中再次右擊，在快捷菜單中選擇Lighting。這會(huì)打開(kāi)Lighting對(duì)話框，在對(duì)話框的左側(cè)有一個(gè)含有一個(gè)球體的預(yù)覽盒，在球的表面有一個(gè)箭頭，可以通過(guò)它控制改變?cè)O(shè)置，直到三個(gè)光源。在球的上方移動(dòng)鼠標(biāo)，直到光標(biāo)變成手形，單擊并拖動(dòng)鼠標(biāo)以改變?nèi)肷涔獾姆较?，就象箭頭指示的那樣。在TON.xsd3D視圖中的燈光會(huì)隨著你箭頭的移動(dòng)做相應(yīng)的變化。關(guān)閉Lighting對(duì)話框，在顯示風(fēng)格對(duì)話框的Atom選項(xiàng)卡上點(diǎn)擊Ballandstick選項(xiàng)，將顯示風(fēng)格設(shè)置成Ballandstick，關(guān)閉顯示風(fēng)格對(duì)話框。2.改變3D結(jié)構(gòu)視圖3D結(jié)構(gòu)視圖可能通過(guò)使用3DViewer工具欄上的按鈕用不同的方法進(jìn)行操作。圖1－33D視圖工具欄在3D視圖中，通過(guò)選擇工具欄上的rotation(旋轉(zhuǎn))、zoom(縮放)和translation(平衡)模式，可以對(duì)結(jié)構(gòu)執(zhí)行簡(jiǎn)單的操作。點(diǎn)擊其中的任何一個(gè)按鈕然后在3D視圖中單擊并拖動(dòng)鼠標(biāo)都會(huì)在視圖中引起相應(yīng)變化。3DViewerRotationMode：旋轉(zhuǎn)視圖。3DViewerZoomMode：縮放視圖，向右、向上拖動(dòng)鼠標(biāo)放大視圖，向左、向下拖動(dòng)鼠標(biāo)縮小視圖。3DViewerTranslationMode：將結(jié)構(gòu)移動(dòng)到顯示器平面的不同點(diǎn)上。通過(guò)鼠標(biāo)和鍵盤(pán)的結(jié)合可以在任何模式下實(shí)現(xiàn)rotation、zoom和translation。右鍵也可以使用，在任何模式下都進(jìn)行旋轉(zhuǎn)操作，三鍵鼠標(biāo)的中間鍵可以進(jìn)行縮放操作。鼠標(biāo)和鍵盤(pán)操作的完整列表可以參見(jiàn)“鼠標(biāo)和鍵盤(pán)動(dòng)作”教程。試著使用下列工具改變結(jié)構(gòu)在3D視圖中的位置：3DViewerResetView：將視圖復(fù)位到原始的位置和方向。3DViewerRecenter：將選擇的原子或整個(gè)結(jié)構(gòu)置于視力的中心。3DViewerFittoView：以當(dāng)前窗口尺寸為基準(zhǔn)，為結(jié)構(gòu)選擇合適的尺寸。3.選擇不同類型的對(duì)象這種選擇模式可以在3D視圖中選擇對(duì)象。在3D視圖工具欄上，選擇3DViewerSelectionMode按鈕，然后在TON結(jié)構(gòu)中通過(guò)單擊選擇一個(gè)單一的原子。原子變成了黃色表明它已經(jīng)被選擇了。試著在一個(gè)鍵上單擊。鍵變成了黃色表明它已經(jīng)被選擇了。試著按下鼠標(biāo)左鍵并且在結(jié)構(gòu)區(qū)域拖出一個(gè)對(duì)角區(qū)。這會(huì)畫(huà)出一個(gè)選擇框，并且將選定框中的任何對(duì)象。試著在TON結(jié)構(gòu)上雙擊任何一個(gè)原子或任何一個(gè)鍵。這會(huì)選擇整個(gè)結(jié)構(gòu)。在3D視圖中單擊或雙擊鼠標(biāo)會(huì)取消選擇任何對(duì)象，然后關(guān)閉3D視圖，當(dāng)提示將文檔存儲(chǔ)為項(xiàng)目的一部分時(shí)，單擊Yes。繪制苯甲酰胺(benzamide)分子目的：介紹MaterialsVisualizer中可用的繪圖工具模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：創(chuàng)建項(xiàng)目介紹：在日常基礎(chǔ)工作中，化學(xué)家必須處理大量的微小分子和化學(xué)中間體。在任何一個(gè)分子建模環(huán)境中，能夠容易的建立這些分子模型是非常重要。苯甲酰胺是應(yīng)用MaterialsStudio能夠建模并研究的小分子的典型實(shí)例。我們?cè)谇懊娼⒌膍yquickstart項(xiàng)目中執(zhí)行本教程。圖1－4是將要建立的苯甲酰胺的結(jié)構(gòu)：1.建立一個(gè)3DAtomistic文檔從菜單欄中選擇File|New...，顯示新建文檔對(duì)話框，選擇3DAtomistic，然后單擊OK。這會(huì)打開(kāi)一個(gè)新的3D視圖，在項(xiàng)目管理器會(huì)出現(xiàn)一個(gè)相應(yīng)的叫做3DAtomistic.xsd的項(xiàng)。圖1－4苯甲酰胺在項(xiàng)目管理器中3DAtomistic.xsd項(xiàng)的上面右擊，從快捷菜單中選擇Rename，輸入my_benzamide然后按回車鍵，現(xiàn)在從菜單欄中選擇File|Save或者在標(biāo)準(zhǔn)工具欄中點(diǎn)擊保存按鈕?，F(xiàn)在已經(jīng)在myquickstart項(xiàng)目中新立了一個(gè)叫做my_benzamide.xsd的3DAtomistic文檔。2.改變ballandstick默認(rèn)顯示風(fēng)格如果還沒(méi)有用ballandstick作為默認(rèn)的顯示風(fēng)格，或者需要確認(rèn)一下，從菜單欄中選擇Modify|DefaultAtomStyle。這將會(huì)打開(kāi)默認(rèn)原子類型對(duì)話框。在對(duì)話框的左邊選擇Ballandstick選項(xiàng)，關(guān)閉對(duì)話框。MaterialsStudio的多功能的繪圖工具允許在任何顯示風(fēng)格中繪圖，在本實(shí)例中使用ballandstick做為默認(rèn)的顯示風(fēng)格。3.繪制苯環(huán)(ring)和原子鏈在Sketch工具欄中單擊繪制苯環(huán)(SketchRing)按鈕，然后移動(dòng)鼠標(biāo)到3D視圖中。現(xiàn)在鼠標(biāo)看起來(lái)象一個(gè)鉛筆，表明處于繪圖模式中。挨著光標(biāo)的數(shù)字表明要畫(huà)的環(huán)的尺寸。可以通過(guò)按從3到8的任意數(shù)字鍵來(lái)改變環(huán)的尺寸。檢查光標(biāo)旁邊的數(shù)字為6，在3D視圖中點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵。具有6個(gè)碳(carbon)原子的苯環(huán)被畫(huà)了出來(lái)，注意如果按住ALT鍵的同時(shí)按下鼠標(biāo)左鍵會(huì)畫(huà)出具有共振鍵的芳香環(huán)。在Sketch工具欄上單擊SketchAtom按鈕。而在選擇了通用的原子繪制工具，它可以繪制任何元素，默認(rèn)情況下繪制的是碳原子，下面為苯環(huán)附上兩個(gè)碳的側(cè)鏈。在苯環(huán)的碳原子上移動(dòng)鼠標(biāo)，直到碳原子高亮顯示成藍(lán)色，單擊左鍵，選定這個(gè)碳原子，移動(dòng)光標(biāo)再次左擊繪制一個(gè)碳原子，然后再次移動(dòng)光標(biāo)并且雙擊鼠標(biāo)，結(jié)束將兩個(gè)碳的鏈附加到苯環(huán)上。另一個(gè)結(jié)束鏈的方法是在單擊繪制最后一個(gè)碳原子之后，按ESC鍵。注意在新繪制的原子之間的鍵會(huì)被自動(dòng)的添加。4.繪制氧(Oxygen)在Sketch工具欄上，單擊與sketchAtom按鈕相關(guān)聯(lián)的選擇箭頭，顯示出可以進(jìn)行繪制的元素的列表，選擇氧。在側(cè)鏈上第一個(gè)碳原子的上方移動(dòng)鼠標(biāo)，當(dāng)它高亮顯示成藍(lán)色時(shí)，左擊選定碳原子，將鼠標(biāo)從這點(diǎn)移走并且雙擊繪制一個(gè)氧原子同時(shí)結(jié)束鏈。在3DViewer工具欄上單擊3DViewerSelectionMode按鈕(如果3DViewer工具欄沒(méi)有顯示出來(lái)，從菜單欄選擇View|Toolbars并且選擇3DViewer)?，F(xiàn)在處于選擇模式。5.編輯元素類型單擊側(cè)鏈末端的碳原子選擇它，如果選擇正確，它會(huì)高亮顯示成黃色。在Sketch工具伴上單擊與ModifyElement按鈕相聯(lián)系的箭頭，顯示元素列表，選擇氮(Nitrogen)。碳原子變成了氮原子，取消選擇，在3D視圖中可以看到，碳原子已經(jīng)變成了氮原子。6.編輯鍵類型在3D視圖中，通過(guò)單擊C原子與O原子連接鍵中心可以選擇鍵，當(dāng)鍵被選擇后，會(huì)高亮顯示成黃色。按住Shift鍵，單擊碳環(huán)中的間隔的三個(gè)鍵。現(xiàn)在應(yīng)該選擇四個(gè)鍵：三個(gè)C-C鍵和一個(gè)C-O鍵。在Sketch工具欄上，單擊與ModifyBondType按鈕相聯(lián)系的箭頭，從下拉列表中選擇雙鍵。所有四個(gè)選擇的鍵變成了雙鍵。7.加氫和清理現(xiàn)在可以給結(jié)構(gòu)自動(dòng)添加氫原子，而不需要單獨(dú)繪制。在Sketch工具欄上單擊AdjustHydrogen按鈕，為結(jié)構(gòu)添加適當(dāng)數(shù)目的氫原子。通過(guò)單擊Sketch工具欄上的Clean按鈕來(lái)整理結(jié)構(gòu)。這將修改結(jié)構(gòu)的幾何學(xué)，以使鍵長(zhǎng)、鍵角和轉(zhuǎn)矩在化學(xué)上更合理。8.Kekulé(凱庫(kù)勒)向共振鍵的轉(zhuǎn)換MaterialsStudio的鍵計(jì)算工具可以很容易的實(shí)現(xiàn)鍵合圖從Kekulé到共振鍵的轉(zhuǎn)換。從菜單欄上選擇Build|Bonds。這將打開(kāi)鍵計(jì)算對(duì)話框。在BondingScheme(鍵合形式)選項(xiàng)卡的Options區(qū)域，確保Convertrepresentationto檢查框被勾選，然后單擊右側(cè)的選項(xiàng)箭頭(默認(rèn)值為Kekulé)，從下拉列表中選擇Resonant，單擊對(duì)話框底部的Calculate按鈕。苯環(huán)中鍵現(xiàn)在顯示為共振鍵，然而在本例中要保持Kekulé鍵合形式。從菜單中選擇Edit|UndoCalculateBonds或者點(diǎn)擊標(biāo)準(zhǔn)工具欄中的Undo按鈕。鍵的計(jì)算被恢復(fù)了，苯環(huán)中的鍵合回復(fù)到Kekulé形式。注意：可以通過(guò)單擊與Undo按鈕相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭來(lái)執(zhí)行多步的恢復(fù)操作。9.監(jiān)測(cè)和調(diào)整距離在MaterialsStudio中，可以使用Sketch工具欄中的Measure/Change工具對(duì)任何結(jié)構(gòu)中的距離、角度和轉(zhuǎn)距進(jìn)行監(jiān)測(cè)和調(diào)整。圖1－5Measure/Change工具單擊與Measure/Change按鈕相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭，從下拉列表中選擇Distance，然后，在O原子上方移動(dòng)光標(biāo)直到它高亮顯示為藍(lán)色，點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵。在與O原子鍵合的O原子上重復(fù)這一動(dòng)作。出現(xiàn)了一個(gè)距離監(jiān)測(cè)器，這里的距離是用?(angstrom)來(lái)表示的。使光標(biāo)仍然在3D視圖中，但是遠(yuǎn)離分子，左擊并且向上拖動(dòng)鼠標(biāo)以增加C-O鍵的長(zhǎng)度，然后點(diǎn)擊Clean按鈕。距離監(jiān)視器顯示的數(shù)值改變了，這反映了鍵長(zhǎng)的增加，執(zhí)行Clean過(guò)程之后，數(shù)值又減小到原來(lái)的值。最后在3D視圖工具欄上點(diǎn)擊3DViewerRotationMode按鈕，點(diǎn)擊并拖動(dòng)以旋轉(zhuǎn)模型并且在不同角度進(jìn)行觀察。注意：當(dāng)距離監(jiān)視器變成非活躍時(shí)它的顏色由紅色變成綠色?，F(xiàn)在可以使用屬性瀏覽器所建立的模型的信息。在菜單欄上選擇View|Explorers|PropertiesExplorer。這會(huì)打開(kāi)屬性瀏覽器，它自動(dòng)的定位于MaterialsStudio窗口的左側(cè)，也可以通過(guò)點(diǎn)擊瀏覽器的標(biāo)題欄并拖動(dòng)把它或者其它的瀏覽器放放置在窗口的任何地方，如果放置在窗口的底部，它又會(huì)自動(dòng)定位。單擊屬性瀏覽器中與Filter列表框相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭，從下拉列表中選擇Molecule，在下方將顯示出分子屬性的列表，如圖1－6。Center矢量的值將會(huì)有所不同，取決3D視圖中開(kāi)始建立分子的位置。可以通過(guò)點(diǎn)擊并拖動(dòng)兩欄之間的分隔線來(lái)改變Property和Value兩列的寬度?，F(xiàn)在通過(guò)用鼠標(biāo)在苯甲酰胺分子中點(diǎn)擊一個(gè)原子來(lái)選擇原子。原子高亮顯示成黃色，表明它被選定了。注意：屬性瀏覽器是對(duì)選擇的對(duì)象敏感的，它會(huì)自動(dòng)顯示所選擇對(duì)象的屬性。現(xiàn)在通過(guò)單擊在苯甲酰胺分子選擇任意一個(gè)單鍵。當(dāng)選擇正確時(shí)，鍵高亮顯示成黃色，先前選擇的原子現(xiàn)在被取消選擇。屬性瀏覽器現(xiàn)在顯示的是所選擇的鍵的屬性。可能通過(guò)屬性瀏覽器直接編輯結(jié)構(gòu)的一些屬性。圖1－6具有苯甲酰胺屬性值的屬性管理器在屬性瀏覽器中雙擊BondType。將會(huì)顯示出編輯鍵類型的對(duì)話框。單擊與列表框相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭會(huì)顯示出不同鍵類型的列表，選擇Double，然后點(diǎn)擊OK?？梢钥吹絾捂I變成了雙鍵。點(diǎn)擊Undo按鈕使鍵恢復(fù)成單鍵。關(guān)閉my_benzamide.xsd3D視圖，當(dāng)提示保存文檔時(shí)，點(diǎn)擊Yes。用學(xué)習(xí)表文檔進(jìn)行瀏覽和工作目的：介紹MaterialsStudio中學(xué)習(xí)表(studytable)的概念模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：創(chuàng)建項(xiàng)目介紹：在MaterialsStudio中，學(xué)習(xí)表是工作流的一個(gè)重要部分。這些文檔(.std文件)被顯示為電子數(shù)據(jù)表、數(shù)學(xué)表達(dá)式值的集合以及具有化學(xué)常識(shí)的數(shù)據(jù)控制。學(xué)習(xí)表的單元格可以包含數(shù)字字符串、3D結(jié)構(gòu)或者圖表。本教程將展示如何打開(kāi)學(xué)習(xí)表、輸入分子結(jié)構(gòu)、計(jì)算所輸入分子結(jié)構(gòu)的一些基本性能。注意：為了完成本教程，需要一個(gè)QSAR許可證。1.打開(kāi)一個(gè)新的學(xué)習(xí)表文檔從菜單欄中選擇File|New...，當(dāng)新建文檔對(duì)話框出現(xiàn)時(shí)，選擇studytable然后點(diǎn)擊OK。注意：還有幾種新建學(xué)習(xí)表文檔的方法，例如：點(diǎn)擊標(biāo)準(zhǔn)工具欄上的新建按鈕或與它相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭，從新建文檔對(duì)話框中或者在下拉菜單中選擇學(xué)習(xí)表文檔；在項(xiàng)目瀏覽器中項(xiàng)目名上右擊，在快捷菜單中選擇New|StudyTable。新建的學(xué)習(xí)表文檔以電子表格的形式顯示在學(xué)習(xí)表觀察器中。下面打描述怎樣向?qū)W習(xí)表中插入分子。2.向?qū)W習(xí)表中插入分子結(jié)構(gòu)使studytable文檔成為活動(dòng)文檔，從菜單欄選擇Edit|InsertFrom...或者在標(biāo)準(zhǔn)工具上點(diǎn)擊InsertFromFile按鈕。將會(huì)顯示插入到活動(dòng)文檔對(duì)話框。現(xiàn)在從有機(jī)分子庫(kù)中向?qū)W習(xí)表中插入分子。雙擊Structures目錄，然后再雙擊Organics目錄，按下并拖動(dòng)鼠標(biāo)拉出一個(gè)方框包括該目錄下所有的.msi文件，然后點(diǎn)擊Insert。10個(gè)分子被插入到學(xué)習(xí)表中。3.在學(xué)習(xí)表中瀏覽結(jié)構(gòu)表中A列顯示的是分子的名子和3DAtomistic文檔的圖標(biāo)，要想瀏覽分子的結(jié)構(gòu)，只需要在合適的單元格上雙擊鼠標(biāo)即可。在包含135benz的單元格上雙擊鼠標(biāo)。一個(gè)包括1，3，5-trimethylbenzene(三甲苯)的詳細(xì)視圖顯示出來(lái)?？梢詫?duì)這個(gè)結(jié)構(gòu)進(jìn)行通常的操作，比如：編輯、縮放、平移和旋轉(zhuǎn)等。下面把苯環(huán)上的一個(gè)H原子變成甲基。在苯環(huán)單擊三個(gè)H原子中的一個(gè)選定它，在Sketch工具欄上單擊與ModifyElement按鈕相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭，出現(xiàn)一個(gè)元素列表，選擇C。現(xiàn)在H原子變成了C原子。點(diǎn)擊AdjustHydrogen按鈕，在新增加的C原子上添加三個(gè)H原子。點(diǎn)擊CommitEditToStudyTable按鈕，現(xiàn)在關(guān)閉本窗口。4.學(xué)習(xí)表所支持的其它結(jié)構(gòu)類型學(xué)習(xí)表還支持3D周期系統(tǒng)，例如晶體或者非晶態(tài)胞狀結(jié)構(gòu)以及圖表文檔。3DAtomistic軌跡(trajectory)文檔(.xtd)也可以被插入，軌跡文件的每一個(gè)框架被放置在學(xué)習(xí)表的行中。這些結(jié)構(gòu)可以向前述那樣插入，也可以從項(xiàng)目管理器中插入。注意：學(xué)習(xí)表文檔類型不支持介觀(Mesoscale)尺度結(jié)構(gòu)。5.計(jì)算基本描述符學(xué)習(xí)表的一部分視圖如圖1－7所示。注意：在學(xué)習(xí)表最上面一行的單元格中，包含有列的選項(xiàng)卡，如A、B等，被稱為“列標(biāo)題”；第二行的單元格中，包含有列內(nèi)容的描述，如Structures，被稱為“列描述”。當(dāng)計(jì)算復(fù)雜結(jié)構(gòu)的屬性時(shí)，學(xué)習(xí)表的價(jià)值會(huì)明確顯示出來(lái)。在studytable中單擊列A的列標(biāo)題。整個(gè)列變成了藍(lán)色，表明被選擇了。注意：在任何時(shí)候都可以通過(guò)按ESC鍵來(lái)取消選擇。在QSARModels工具欄上點(diǎn)擊Models按鈕，會(huì)顯示Models對(duì)話框。從Output列選擇Elementcount，按住CTRL鍵，選擇Atomcount，然后點(diǎn)擊Run。注意：Elementcount默認(rèn)的行為的計(jì)算C原子的數(shù)目，然而可以使用Models模型對(duì)話框上的EditModel工具來(lái)改變這些。圖1－7包含有結(jié)構(gòu)的Studytable文檔現(xiàn)在等待任務(wù)結(jié)束，只需要幾秒鐘。當(dāng)計(jì)算結(jié)束時(shí)會(huì)出現(xiàn)任務(wù)完成信息，計(jì)算的結(jié)果列在B列和C列中。點(diǎn)擊OK關(guān)閉任務(wù)完成對(duì)話框，關(guān)閉Models對(duì)話框。6.StudyTableViewer選項(xiàng)現(xiàn)在StudyTableViewer工具欄上的幾個(gè)工具變得可用了。選擇包含有原子數(shù)目數(shù)據(jù)的B列，點(diǎn)擊StudyTableViewer工具欄上FilterSelection按鈕。這將建立一個(gè)包括學(xué)習(xí)表中相同部分的第二個(gè)數(shù)據(jù)表，其它的列被從視圖中去掉了。這個(gè)選項(xiàng)在涉及大量數(shù)據(jù)集的時(shí)候是非常有用的?，F(xiàn)在從新表中移除過(guò)濾。單擊與FilterSelection按鈕相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭，從下拉列表中選擇ShowAll。現(xiàn)在所有的列都被顯示出來(lái)。注意：相似的過(guò)濾也可以對(duì)行執(zhí)行。選擇包含有原子數(shù)目數(shù)據(jù)的B列，點(diǎn)擊SortAscending(升序)按鈕。數(shù)據(jù)現(xiàn)在按原子數(shù)增加的順序排列。仍然選擇B列，點(diǎn)擊StudyTableViewer工具欄上的QuickPlot(快速繪制)按鈕。生成了一個(gè)包含原子數(shù)與列數(shù)對(duì)關(guān)系圖的圖表文件。返回到studytable，選擇空列D。點(diǎn)擊定義函數(shù)按鈕。在Expression文本框中輸入C/B，在Name文本框中輸入Ratio，在Description文本框中輸入Fractionofcarbon，點(diǎn)擊OK。在每個(gè)分子中碳原子的分?jǐn)?shù)被計(jì)算出來(lái)并被列在D列中。選擇Window|CloseAll關(guān)閉所有的窗口，當(dāng)出現(xiàn)提示時(shí)，點(diǎn)擊Yes。研究分子晶體：尿素目的：介紹MaterialsVisualizer中可用的建立晶體的工具模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：創(chuàng)建項(xiàng)目介紹：藥品、化肥、天然色素、染料、特殊化學(xué)品、炸藥等在生產(chǎn)過(guò)程中的某些階段都是晶體材料。對(duì)這些結(jié)構(gòu)進(jìn)行建?？梢詳U(kuò)展我們對(duì)它們的理解，最終幫助我們控制它們的屬性，如溶解度、保質(zhì)期、形態(tài)學(xué)、生物利用率、顏色、震動(dòng)敏感性、蒸汽壓和密度等。在本教程中使用的尿素，是分子晶體材料中的一個(gè)簡(jiǎn)單例子。1.打開(kāi)一個(gè)分子晶體文檔從菜單欄中選擇File|Import...。在輸入文檔對(duì)話框中定位并選擇Examples/Documents/3DModel/urea.msi，然后點(diǎn)擊Import。一個(gè)包含尿素晶體相晶胞3D視圖的窗口顯示出來(lái)，在項(xiàng)目管理器中顯示出一個(gè)叫做urea.xsd的文檔。注意文件擴(kuò)展名從.msi變成了.xsd。2.計(jì)算氫鍵從菜單欄選擇Build|HydrogenBonds。這將打開(kāi)氫鍵計(jì)算對(duì)話框，注意可以使用許多不同的方案和鍵的幾何參數(shù)來(lái)計(jì)算氫鍵，或者創(chuàng)建并保存你自己的方案。對(duì)本例選擇默認(rèn)值并且點(diǎn)擊Calculate。在晶胞中氫鍵以藍(lán)色虛線顯示出來(lái)。注意：氫鍵計(jì)算也可以通過(guò)點(diǎn)擊Atoms&Bonds菜單欄上的CalculateHydrogenBonds按鈕來(lái)執(zhí)行。關(guān)閉氫鍵計(jì)算對(duì)話框。3.調(diào)整晶胞的顯示范圍右擊3D視圖，在快捷菜單中選擇DisplayStyle。顯示風(fēng)格對(duì)話框被打開(kāi)。在顯示風(fēng)格對(duì)話框上選擇Lattice選項(xiàng)卡以改變晶格顯示風(fēng)格的選項(xiàng)。在Displaystyle部分改變A行的最大值為2.0，對(duì)行B和行C進(jìn)行相同的處理。Displaystyle控制給出了顯示用戶定義晶胞范圍和數(shù)目的選項(xiàng)，包括輸入晶胞長(zhǎng)度的能力?，F(xiàn)在有了一個(gè)包括2×2×2個(gè)晶胞的尿素的點(diǎn)陣格子，更加清晰地顯示出了氫鍵的鍵合形式。4.改變格子的顯示風(fēng)格在Lattice部分，選擇None，然后關(guān)閉顯示風(fēng)格對(duì)話框。5.顯示結(jié)構(gòu)的氫鍵旋轉(zhuǎn)視圖研究氫鍵網(wǎng)絡(luò)，為了有助于清晰地觀察氫鍵，在3DViewer視圖工具欄上單擊ResetView按鈕。使用上、下、左、右箭頭可以使模型以45°的增量旋轉(zhuǎn)。關(guān)閉urea.xsd文檔，出現(xiàn)提示時(shí)點(diǎn)擊Yes按鈕。建立α-quartz晶體目的：介紹MaterialsVisualizer中可用的建立晶體的工具模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：創(chuàng)建項(xiàng)目介紹：無(wú)機(jī)晶體材料的建模是非常重要的領(lǐng)域，尤其是關(guān)于應(yīng)用方面，例如非均勻催化劑的設(shè)計(jì)，如沸石催化劑或者在石油天然氣勘探中礦物樣品的分析。本教程展示了怎樣建立α-quartz晶體，為了實(shí)現(xiàn)這個(gè)目的，介紹了一些MaterialsStudio的晶體建模工具。1.建立α-quartz晶體從菜單欄選擇File|New...，在新建文檔對(duì)話框中選擇3DAtomistic，點(diǎn)擊OK。這將打開(kāi)一個(gè)3D視圖，相應(yīng)的一個(gè)叫做3DAtomistic.xsd的項(xiàng)在項(xiàng)目管理器中顯示出來(lái)。在項(xiàng)目管理器中右擊3DAtomistic.xsd，從快捷菜單中選擇Rename，輸入my_quartz_alpha按回車鍵?，F(xiàn)在從菜單欄上選擇File|Save，或者在標(biāo)準(zhǔn)工具欄上點(diǎn)擊Save按鈕。現(xiàn)在已經(jīng)在myquickstart項(xiàng)目中建立了一個(gè)叫做my_quartz_alpha.xsd的3DAtomistic文檔。從菜單欄中選擇Build|Crystals|BuildCrystal...，打開(kāi)BuildCrystal對(duì)話框。打開(kāi)SpaceGroup(空間群)選項(xiàng)卡，點(diǎn)擊Entergroup文本框，輸入p3221，按TAB鍵。也可以滾動(dòng)Entergroup的下拉列表并從中選擇需要地群號(hào)以代替用手輸入spacegroup。在LatticeParameters選項(xiàng)卡上，在相應(yīng)的文本框中輸入a和c點(diǎn)陣參數(shù)值：a=4.910

?，c=5.402

?注意：一旦在SpaceGroup選項(xiàng)卡上輸入了spacegroup的信息，b、α、β和γ點(diǎn)陣參數(shù)就根據(jù)p3221空間群的對(duì)稱性被自動(dòng)地設(shè)置了。點(diǎn)擊Build按鈕。在3D視圖中，一個(gè)具有設(shè)定的點(diǎn)陣參數(shù)的空的晶胞顯示出來(lái)。2.添加Si和O原子現(xiàn)在將要加入Si和O原子。因?yàn)橄到y(tǒng)的對(duì)稱性已經(jīng)被定義了，所以只需要添加一個(gè)Si和一個(gè)O原子即可，對(duì)稱性拷貝會(huì)將在整個(gè)晶胞內(nèi)產(chǎn)生。從菜單欄中選擇Build|AddAtoms。這將打開(kāi)AddAtoms對(duì)話框。注意也可以從AtomsandBonds工具欄上點(diǎn)擊AddAtoms按鈕來(lái)訪問(wèn)該對(duì)話框。選擇Options選項(xiàng)卡，確保Testforbondsasatomsarecreated復(fù)選框被選中。當(dāng)該選項(xiàng)被啟用時(shí)，在晶體建立過(guò)程中MaterialsStudio會(huì)自動(dòng)建立相應(yīng)的鍵。MaterialsStudio也具有多功能的鍵計(jì)算工具，可以從Build菜單中訪問(wèn)，這會(huì)允許選擇、編輯、定義合適的鍵合方案，但在本例中選擇自動(dòng)選項(xiàng)就已經(jīng)足夠了。仍然在Options選項(xiàng)卡上，確保坐標(biāo)系為分?jǐn)?shù)坐標(biāo)。選擇Atoms選項(xiàng)卡，從Element下拉列表中選擇Si，在右側(cè)對(duì)話框中輸入如下的a和b的值：a=0.480781

?，b=0.480781

?。點(diǎn)擊Add按鈕。Si原子和它的對(duì)稱性拷貝被添加到晶胞中。在原子選項(xiàng)卡中，從Element下拉列表中選擇O，并且輸入如下的a、b、c值：a=0.150179

?、b=0.414589

?、c=0.116499

?。單擊Add按鈕并關(guān)閉AddAtoms對(duì)話框。O原子和它的對(duì)稱性拷貝被添加到晶胞中，鍵被自動(dòng)地計(jì)算并畫(huà)出。3.對(duì)比晶體的兩個(gè)版本接下來(lái)將把MaterialsStudio結(jié)構(gòu)庫(kù)中的α-quartz結(jié)構(gòu)和剛才建立的結(jié)構(gòu)進(jìn)行對(duì)比。從菜單欄上選擇File|Import...。在輸入文檔對(duì)話框中，定位并選擇Examples/Documents/3DModel/quartz_alpha.msi，點(diǎn)擊Import。一個(gè)包括α-quartz晶胞3D視圖的窗口顯示出來(lái)。現(xiàn)在項(xiàng)目管理器中一個(gè)叫做quartz_alpha.xsd的文檔作為項(xiàng)目的一部分顯示出來(lái)。注意文件擴(kuò)展名由.msi變成了.xsd。MaterialsStudio提供了一個(gè)文件，能顯示物理上不相互影響的分子或者原子集團(tuán)，叫做3DAtomisticCollection文檔。從菜單欄選擇File|New...，打開(kāi)一個(gè)新的3DAtomisticCollection文檔。在項(xiàng)目管理器中，右擊my_quartz_alpha.xsd并從快捷菜單上選擇InsertInto。對(duì)quartz_alpha.xsd重復(fù)這些步驟。用上、下、左、右箭在相同的方向上觀察結(jié)構(gòu)，核對(duì)結(jié)果它們是不完全相同的。為了說(shuō)明SiO2結(jié)構(gòu)鍵的布局，新建的my_quartz_alpha.xsd結(jié)構(gòu)顯示的原子實(shí)際上被定位在相鄰的晶胞中。右擊3DAtomisticCollection文檔，從快捷菜單中選擇DisplayStyle，打開(kāi)DisplayStyle對(duì)話框。在Lattice選項(xiàng)卡中，在Style下拉列表中選擇In-Cell，然后關(guān)閉DisplayStyle對(duì)話框。相鄰晶胞中的原子現(xiàn)在被從my_quartz_alpha.xsd3D視圖中去除了，兩個(gè)結(jié)構(gòu)現(xiàn)在顯示的完全相同。通過(guò)從菜單欄中選擇Build|Crystals|RebuildCrystal，然后在RebuildCrystal對(duì)話框中點(diǎn)擊Rebuild按鈕也可以達(dá)到相同結(jié)果。從菜單欄中選擇File|SaveProject。這將保存項(xiàng)目的設(shè)置和項(xiàng)目中的所有文檔。最后從菜單欄中選擇Window|CloseAll，關(guān)閉所有文檔。建立聚甲基丙烯酸甲酯(methylmethacrylate)目的：介紹MaterialsVisualizer中可用的建立聚合物的工具模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：創(chuàng)建項(xiàng)目介紹：作為商用熱塑性材料，methylmethacrylate或者PMMA(聚甲基丙烯酸甲酯_有機(jī)玻璃)是非常重要的，尤其對(duì)玻璃窗應(yīng)用來(lái)說(shuō)。典型生產(chǎn)過(guò)程是使用過(guò)氧化物或者偶氮引發(fā)劑或者熱、學(xué)化學(xué)引發(fā)的甲基丙烯酸甲酯自由基聚合。在本例中，將使用MaterialsStudio的聚合物建模特性建立全同立構(gòu)PMMA的20倍體，它將在后面被用于更多的模擬和組織性能研究。1.建立全同立構(gòu)PMMAMaterialsStudio提供了建立均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(blockcopolymers)、無(wú)規(guī)共聚物(randomcopolymers)以及枝狀聚合物(dendrimers)的選項(xiàng)。從菜單欄中選擇Build|BuildPolymers|Homopolymer。顯示出Homopolymer對(duì)話框。在Polymerize選項(xiàng)卡中，點(diǎn)擊Library選項(xiàng)箭頭，向上滾動(dòng)直到發(fā)現(xiàn)acrylates(丙烯酸脂)，選擇該選項(xiàng)。從Repeatunit下拉列表中選擇methylmethacrylate，現(xiàn)在檢查T(mén)acticity(立規(guī)構(gòu)正度)。注意：聚合物可能以isotactic(全同立構(gòu)的)、syndiotactic(間同立構(gòu)的)以及atactic(無(wú)規(guī)則的)的形式建立。暫時(shí)選擇isotactic選項(xiàng)，在Chainlength文本框中雙擊，改變鏈長(zhǎng)度值為20。現(xiàn)在選擇Advanced選項(xiàng)卡，用相似的方式設(shè)置Torsion值為60。現(xiàn)在已經(jīng)在PolymerBuilder中設(shè)置好了建立包含20個(gè)重復(fù)單元的全同立構(gòu)PMMA分子。點(diǎn)擊Build按鈕。現(xiàn)在建立了一個(gè)叫做Polymethyl_methacrylate.xsd的文檔，包含著剛構(gòu)建的PMMA分子，以3D視圖顯示。關(guān)閉Homopolymer對(duì)話框。在Sketch工具欄上點(diǎn)擊Clean按鈕，重新整理一下結(jié)構(gòu)以使它具有更合理的幾何形狀。通常更高級(jí)的幾何優(yōu)化是必須的，可以使用如Forcite模塊來(lái)進(jìn)行。2.選擇并標(biāo)記單獨(dú)的重復(fù)單元首選改變結(jié)構(gòu)的顯示風(fēng)格。在3D視圖中右擊，在快捷菜單中選擇DisplayStyle。在Atom選項(xiàng)卡上，在Displaystyle區(qū)域選擇Line選項(xiàng)。整個(gè)結(jié)構(gòu)的顯示風(fēng)格變成了線型。點(diǎn)擊PMMA分子中的任何一個(gè)原子(可能需要縮放，以使這操作更容易進(jìn)行)。被選擇的原子高亮顯示成黃色。在3D視圖的的任何地方右擊，顯示出快捷菜單，然后選擇SelectRepeatUnitmethyl_methacrylate選項(xiàng)。單一的methyl_methacrylate重復(fù)單元被選定，并高亮顯示成黃色。在DisplayStyle對(duì)話框的Atom選項(xiàng)卡上，選擇Ballandstick選項(xiàng)。關(guān)閉DisplayStyle對(duì)話框。選定的重復(fù)單元的顯示風(fēng)格變成了ballandstick。繼續(xù)選定重復(fù)單元，在3D視圖的空白區(qū)右擊，從快捷菜單中選擇Label，打開(kāi)Label對(duì)話框。在ObjectType下拉列表中，選擇RepeatUnit，在Properties區(qū)域，選擇Name。在對(duì)話框的Font區(qū)域，把尺寸改成24，通過(guò)顏色選擇器，把顏色設(shè)成綠色。最后單擊Apply按鈕。關(guān)閉對(duì)話框。緊挨著repeatunit增加了一個(gè)選項(xiàng)卡，名字就是重復(fù)單元的名字。3.研究結(jié)構(gòu)在Polymethyl_methacrylate.xsd3D視圖中遠(yuǎn)離PMMA結(jié)構(gòu)處單擊，取消對(duì)repeatunit的選擇。既可以通過(guò)在3D視圖上選擇按鈕，也可以通過(guò)使用鼠標(biāo)或鍵盤(pán)，對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行旋轉(zhuǎn)、縮放和平衡操作。關(guān)閉Polymethyl_methacrylate.xsd。保存項(xiàng)目、結(jié)束本教程保存項(xiàng)目在ProjectExplorer中下列四項(xiàng)上雙擊：my_benzamide.xsd,urea.xsd,my_quartz_alpha.xsd,Polymethyl_methacrylate.xsd。在MaterialsStudio工作區(qū)打開(kāi)了四個(gè)文檔。從菜單欄選擇Window|TileHorizontally。四個(gè)文檔的3D視圖被平鋪在MaterialsStudio工作區(qū)中。最后眾菜單檔選擇File|SaveProject。現(xiàn)在已經(jīng)完成了快速啟動(dòng)教程，項(xiàng)目設(shè)置和所有的文檔被存儲(chǔ)在myquickstart項(xiàng)目中。如果再次打開(kāi)本項(xiàng)目，這四個(gè)文檔會(huì)自動(dòng)打開(kāi)?，F(xiàn)在可以建立一個(gè)新文檔或都打開(kāi)一個(gè)存在的文檔，還可以簡(jiǎn)單的退出MaterialsStudio程序。Visualizer教程項(xiàng)目管理目的：介紹MaterialsStudio中項(xiàng)目的概念并說(shuō)明怎樣用它們管理工作流模塊：MaterialsVisualizer、Reflex時(shí)間：先決條件：背景：當(dāng)運(yùn)行高級(jí)的操作如Discover和AmorphousCell工作時(shí)，會(huì)建立許多不同的文檔，具有不同的文檔類型。為了比較容易地管理這些文檔，MaterialsStudio提供了一個(gè)特性叫項(xiàng)目管理器。這與在高級(jí)程序語(yǔ)言包如VisualC++?中常見(jiàn)的文件管理系統(tǒng)是非常相似的。文件夾和文件也由程序建立，可以建立自己的文件來(lái)定制文檔結(jié)構(gòu)，同時(shí)建立自己的文檔可以追蹤正在進(jìn)行的工作。介紹：本教程分成兩部分，第一部分描述了一個(gè)樣品項(xiàng)目，在這里可以看到怎么進(jìn)行計(jì)算，例如：使你的項(xiàng)目中的結(jié)構(gòu)具有最低的能量。第二部分指導(dǎo)你建立自己的項(xiàng)目。由于與項(xiàng)目一同工作是使用MaterialsStudio必不可少的部分，因此也制定了對(duì)項(xiàng)目管理器的參考資料。1.建立新項(xiàng)目如果MaterialsStudio沒(méi)有打開(kāi)，雙擊桌面上的MaterialsStudio圖標(biāo)打開(kāi)程序，或者用前述的其他方法打開(kāi)程序。當(dāng)MaterialsStudio程序開(kāi)始時(shí)，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框詢問(wèn)是打開(kāi)一個(gè)已經(jīng)存在的項(xiàng)目還是新一個(gè)項(xiàng)目。點(diǎn)擊Createanewproject單選按鈕，然后點(diǎn)擊OK。出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框，要求輸入新項(xiàng)目的名稱，我們要建立的項(xiàng)目叫Management。輸入Management作為項(xiàng)目名稱，點(diǎn)擊OK。現(xiàn)在MaterialsStudio程序打開(kāi)并建立了一個(gè)新的項(xiàng)目，頂部有菜單和工具欄，左邊是ProjectExplorer，中間是一個(gè)大片灰色的區(qū)域，是所謂的工作區(qū)。在項(xiàng)目管理器窗口中挨著MaterialsStudio的圖標(biāo)，是用黑體顯示的項(xiàng)目的標(biāo)題——Management。注意：為了保證嚴(yán)格遵循本教程，應(yīng)該使用SettingsOrganizer對(duì)話框，確保你的項(xiàng)目設(shè)置與Accelrys默認(rèn)設(shè)置相同。設(shè)置方法如前所述。2.使用自動(dòng)保存(Autosave)MaterialsStudio具有自動(dòng)保存功能，它可以在工作期間，以一定的時(shí)間間隔將項(xiàng)目中文檔的變化寫(xiě)入硬盤(pán)中。如果希望在工作期間執(zhí)行自動(dòng)保存功能，則應(yīng)該確保該功能是被打開(kāi)的，如果有必要可以調(diào)整自動(dòng)保存的時(shí)間間隔。從MaterialsStudio菜單欄上選擇Tools|Options...，顯示出選項(xiàng)對(duì)話框。在General選項(xiàng)卡上，確保EnableAutosave檢查框被選中，自動(dòng)保存時(shí)間間隔設(shè)成10分鐘。如果在保存工作之前，MaterialsStudio程序意外地結(jié)束了，比如斷電或程序錯(cuò)誤，在重新啟動(dòng)程序之后，你有機(jī)會(huì)恢復(fù)當(dāng)前項(xiàng)目自動(dòng)保存的最新的版本。注意：恢復(fù)文件選項(xiàng)只出現(xiàn)一次，如果拒絕恢復(fù)自動(dòng)保存的文件，那么在硬盤(pán)上的自動(dòng)保存文件將被刪除。還可以通過(guò)在選項(xiàng)對(duì)話框的FolderLocations選項(xiàng)卡中指定的位置來(lái)手動(dòng)恢復(fù)自動(dòng)保存文件。選擇選項(xiàng)對(duì)話框的Locations選項(xiàng)卡，檢查Autosave目錄的默認(rèn)位置，點(diǎn)擊OK，關(guān)閉對(duì)話框。3.輸入一個(gè)結(jié)構(gòu)下一步是輸入一個(gè)結(jié)構(gòu)進(jìn)行觀察，它會(huì)與ProjectExplorer層級(jí)面板融為一體。在Standard工具欄上點(diǎn)擊Import按鈕。顯示出Import對(duì)話框，將要輸入的是位于3DModel目錄下的MnO結(jié)構(gòu)。在輸入對(duì)話框中定位到Examples\Documents\3DModel目錄下，選擇MnO.xsd文件并點(diǎn)擊Import按鈕。在ProjectExplorer中MaterialsStudio圖標(biāo)的下方，MnO.xsd文件以第一級(jí)顯示出來(lái)。4.建立一個(gè)圖表文件(chartdocument)為了了解ProjectExplorer的實(shí)際應(yīng)用，需要建立一些文件與它一同工作，這可以很容易地通過(guò)計(jì)算一個(gè)粉未衍射圖來(lái)實(shí)現(xiàn)。在這里不需要分析數(shù)據(jù)，因?yàn)榻⑺奈ㄒ荒康氖遣僮魑募?。使用Reflex模塊建立粉未衍射圖，可以通過(guò)訪問(wèn)Modules菜單或工具欄來(lái)實(shí)現(xiàn)。在工具欄上點(diǎn)擊Reflex按鈕，或者從菜單欄上選擇Modules|Reflex，然后選擇PowderDiffraction。由于不需要用計(jì)算結(jié)果進(jìn)行任何科學(xué)分析，也就不需要改變?nèi)魏芜x項(xiàng)。在ReflexPowderDiffraction對(duì)話框上點(diǎn)擊Calculate按鈕。顯示出一個(gè)圖，圖中示出了模擬的粉未衍射圖。關(guān)閉ReflexPowderDiffraction對(duì)話框。現(xiàn)在，項(xiàng)目管理器窗口中有了兩個(gè)文件，一個(gè)叫MnO.xsd，是3DAtomistic文件，一個(gè)叫MnO.xcd，是圖表文件。在后面要為不同的結(jié)構(gòu)創(chuàng)建圖表文件，所以應(yīng)該把當(dāng)前的結(jié)構(gòu)和圖表放到一個(gè)新目錄下，以保持項(xiàng)目管理器的整潔。5.建立新目錄并移動(dòng)文件在項(xiàng)目管理器中點(diǎn)擊根圖標(biāo)。在ProjectExplorer工具欄上高亮顯示的按鈕發(fā)生變化，現(xiàn)在newfolder按鈕高亮顯示。在ProjectExplorer工具欄上點(diǎn)擊newfolder按鈕。一個(gè)具有默認(rèn)名字NewFolder的目錄高亮顯示出來(lái)，現(xiàn)在將名字改成更適合的。輸入MnO，然后按回車鍵。現(xiàn)在項(xiàng)目管理器中有了一個(gè)新目錄叫MnO，下面把結(jié)構(gòu)和圖表文件移動(dòng)到該目錄下。在項(xiàng)目管理器中把光標(biāo)移動(dòng)到MnO.xcd文件上方，按下并保持鼠標(biāo)左鍵，拖動(dòng)文件到MnO目錄，釋放鼠標(biāo)。對(duì)MnO.xsd文件重復(fù)這一過(guò)程。6.增加并重命名一個(gè)HTML文件MaterialsStudio也具有向項(xiàng)目中增加HTML文件的能力，這對(duì)于諸如增加實(shí)驗(yàn)注釋或者計(jì)算的設(shè)置等是非常有用的。HTML文件比純文本文件具有很大的優(yōu)勢(shì)，因?yàn)樗试S格式化文本，能夠被載入到任何支持HTML文件的字處理軟件中，并且它更容易實(shí)現(xiàn)共享。如果新建一個(gè)文件，它會(huì)被加入到當(dāng)前選擇的目錄下。例如，如果MnO目錄被選擇，并建立一個(gè)新的文件，它會(huì)自動(dòng)放置到MnO目錄下。由于想把HTML文件放到根目錄下，因此需要選擇Management項(xiàng)目圖標(biāo)。在項(xiàng)目管理器點(diǎn)擊根圖標(biāo)?，F(xiàn)在建立一個(gè)新文件。從菜單欄上選擇File|New...。新建文件對(duì)話框顯示出來(lái)，包括可以被添加到項(xiàng)目中的不同的文件類型。需要增加一個(gè)HTML文件。選擇HTML文件，點(diǎn)擊OK。出現(xiàn)一個(gè)命名為HTML的新窗口，這是一個(gè)基本的HTML文本編輯器，它可以與HTMLFormatting工具欄配合使用，以建立具有比如粗體、斜體等特性標(biāo)準(zhǔn)HTML文本。它的用法幾乎與字處理程序相同。在HTML文本編輯器窗口中鍵入如下內(nèi)容：ThisisthefirstprojectIhavecreatedanditcontains:MnOFolder-holdstheMnOstructuredocumentandresultsfromapowderdiffractioncalculationwithdefaultvalues.現(xiàn)在給文件一個(gè)具有更多信息的名字。在項(xiàng)目管理器中選擇HTML.htm，右擊并從快捷菜單中選擇Rename，輸入ProjectInformation，按回車鍵。7.輸入到一個(gè)預(yù)定義的目錄與輸入文件到項(xiàng)目相同，可以直接把文件輸入到一個(gè)指定的目錄。為了說(shuō)明這一過(guò)程，將輸入一個(gè)叫做CeO2.msi的金屬氧化物文件。首先需要建立一個(gè)叫做CeO2的目錄。選擇根圖標(biāo)并右擊，從快捷菜單上選擇New|Folder，把名字改成CeO2，然后按回車鍵。現(xiàn)在新建了一個(gè)目錄，將要向這個(gè)目錄中輸入文件，在新目錄被選擇中之前，需要先選中它。點(diǎn)擊CeO2目錄選定它?，F(xiàn)在可以輸入文件了。從菜單欄上選擇File|Import...，在對(duì)話框中定位到Examples\Documents\3DModel目錄，從文件列表中選擇CeO2并點(diǎn)擊Import。注意：在輸入文檔對(duì)話框底部文本框中指明了文件將被輸入到哪里。文件被輸入到了CeO2目錄下，現(xiàn)在將再次使用Reflex以得到粉未衍射圖。在工具欄上點(diǎn)擊Reflex按鈕，或者從菜單欄上選擇Modules|Reflex，然后選擇PowderDiffraction。在計(jì)算衍射圖之前，必須改變PowderDiffraction對(duì)話框Display選項(xiàng)卡上的一個(gè)選項(xiàng)。選擇Display，在Viewmanagement下方，改變Chartview選項(xiàng)從Replace到New?，F(xiàn)在，當(dāng)計(jì)算一個(gè)新的衍射圖時(shí)，會(huì)寫(xiě)入一個(gè)新的文件，而不是替換原來(lái)的圖表文件，而那是默認(rèn)設(shè)置。在PowderDiffraction對(duì)話框上點(diǎn)擊Calculate，然后關(guān)閉對(duì)話框。一個(gè)叫做CeO2.xcd的圖表文件顯示在項(xiàng)目管理器的CeO2目錄下，現(xiàn)在也可以更新ProjectInformationHTML文件。雙擊ProjectInformation.htm文件，另起一行，輸入如下信息：CeO2Folder-containsCeO2structureandresultsfromapowderdiffractioncalculationwithdefaultvalues.8.保存項(xiàng)目從菜單欄上選擇File|SaveProject，以保存項(xiàng)目。所有的文件都被保存到項(xiàng)目中，它們保存的是當(dāng)前的狀態(tài)。如果正在使用一個(gè)有許多文件的大項(xiàng)目，希望對(duì)所選擇的文件進(jìn)行保存，可以從菜單欄上選擇File|Save來(lái)實(shí)現(xiàn)。項(xiàng)目管理器現(xiàn)在看起來(lái)應(yīng)該是這樣的：圖2－1展開(kāi)結(jié)點(diǎn)的ProjectExplorer可以壓縮節(jié)點(diǎn)隱藏目錄的內(nèi)容，對(duì)于大型的項(xiàng)目來(lái)說(shuō)，這更容易定位。點(diǎn)擊挨著目錄圖標(biāo)的減號(hào)可以壓縮節(jié)點(diǎn)?，F(xiàn)在只有項(xiàng)目中的頂級(jí)項(xiàng)才顯示出來(lái)，如下圖所示：圖2－2壓縮結(jié)點(diǎn)的ProjectExplorer9.改變焦點(diǎn)使用焦點(diǎn)是使用MaterialsStudio的重要部分。如果在工作區(qū)中打開(kāi)了許多文件，有時(shí)哪個(gè)文件屬于哪個(gè)目錄會(huì)變得不清晰。使用ProjectExplorer會(huì)很容易定位。在工作區(qū)的活動(dòng)文檔在項(xiàng)目管理器以灰色突出顯示出來(lái)，包含活動(dòng)文檔的目錄以粗體顯示。如果在項(xiàng)目管理器中雙擊一個(gè)文件的名字，它會(huì)在工作區(qū)變成活動(dòng)文檔。在項(xiàng)目管理器雙擊MnO.xsd。3DAtomistic文件被移動(dòng)到工作區(qū)的最前面，文件的名字被以灰色突出顯示。在項(xiàng)目管理器雙擊MnO.xcd。MnO圖表文件變成活動(dòng)的，在項(xiàng)目管理器中以灰色突出顯示。點(diǎn)擊任何窗口的標(biāo)題欄，都會(huì)使該窗口在工作變成可見(jiàn)的。所選擇的文件變成活動(dòng)的，在項(xiàng)目管理器中該文件的名字變成灰色突出顯示出來(lái)。這只是使用改變焦點(diǎn)的一個(gè)簡(jiǎn)單的實(shí)例，在其它模塊中執(zhí)行實(shí)驗(yàn)計(jì)算時(shí)，較好的理解使用焦點(diǎn)工作的方法將是非常寶貴的。10.刪除文檔在項(xiàng)目中可以刪除單獨(dú)的文檔，這可以通過(guò)在ProjectExplorer中選擇想要?jiǎng)h除的文檔，然后點(diǎn)擊Delete按鈕來(lái)實(shí)現(xiàn)?，F(xiàn)在從當(dāng)前的項(xiàng)目中刪除HTML文檔。在ProjectExplorer中選擇ProjectInformation.htm文檔并在ProjectExplorer工具欄上點(diǎn)擊Delete按鈕。出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框，詢問(wèn)是想否刪除文檔。點(diǎn)擊Yes。HTML文檔窗口從工作區(qū)消失了，而且ProjectExplorer中的文檔也消失了，這意味著已經(jīng)從項(xiàng)目中完整的刪除了文檔。如果我們只想從工作區(qū)移除文檔而不是從項(xiàng)目中刪除文檔的話，則可以通過(guò)點(diǎn)擊想要移除的文檔窗口上的Close按鈕來(lái)實(shí)現(xiàn)。如果項(xiàng)目已經(jīng)保存了并且沒(méi)有做更多的更改，這種操作將從工作區(qū)移除文檔而不是從項(xiàng)目中刪除文檔。點(diǎn)擊MnO.xcd文檔窗口右上角的按鈕以關(guān)閉該圖表文檔。圖表文檔從工作區(qū)消失了，但是在ProjectExplorer中仍然存在，很容易使它重新顯示出來(lái)。在ProjectExplorer中雙擊MnO.xcd文檔。該圖表文檔重新顯示在工作區(qū)中。和刪除單一的文檔相似，有時(shí)需要從ProjectExplorer中刪除整個(gè)目錄，這可以通過(guò)相似的方法來(lái)實(shí)現(xiàn)。在ProjectExplorer中選擇CeO2目錄，單擊DELETE按鈕，出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框，詢問(wèn)是否想刪除目錄，點(diǎn)擊Yes。現(xiàn)在可以關(guān)閉MaterialsStudio了。從菜單欄中選擇File|Exit，在出現(xiàn)的對(duì)話框中點(diǎn)擊Yes以保存項(xiàng)目。繪制簡(jiǎn)單的分子目的：介紹基本的繪圖工具，這些工具允許你繪制鏈和環(huán)、編輯鍵類型和元素種類并且測(cè)量不同的幾何屬性。模塊：MaterialsVisualizer時(shí)間：先決條件：背景：介紹：在本教程中將學(xué)習(xí)如何在MaterialsStudio中繪制結(jié)構(gòu)，通過(guò)跟隨詳細(xì)的操作指南，你將建立許多簡(jiǎn)單的有機(jī)化合物。在本教程的尾部提供了一些額外的結(jié)構(gòu)，需要依靠你自己的力量來(lái)完成。在許多情況下，有不只一種方法修改結(jié)構(gòu)。本教程介紹了多種不同的方法以便你能在特定的情形下確定一種最好的方法。1.開(kāi)始啟動(dòng)MaterialsStudio并建立一個(gè)新的項(xiàng)目。如果MaterialsStudio還沒(méi)有打開(kāi)，雙擊桌面上的MaterialsStudio圖標(biāo)，或者從Windows啟動(dòng)菜單中選擇Programs|AccelrysMaterialsStudio[version]|MaterialsStudio，以啟動(dòng)程序。當(dāng)MaterialsStudio啟動(dòng)時(shí)，出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框詢問(wèn)是打開(kāi)一個(gè)存在的項(xiàng)目或是新建一個(gè)項(xiàng)目。單擊Createanewproject單選按鈕，然后點(diǎn)擊OK。出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框請(qǐng)求為新建的項(xiàng)目輸入名字，將建立的項(xiàng)目叫做Sketching。輸入項(xiàng)目名字Sketching并點(diǎn)擊OK。2.繪制苯酚phenol第一個(gè)任務(wù)是打開(kāi)一個(gè)3DAtomistic文檔，在這里繪制結(jié)構(gòu)。從菜單欄中選擇File|New...，顯示新建文檔對(duì)話框，在對(duì)話框的可用選項(xiàng)中選擇3D