微生物的分類與鑒定

微生物的分類與鑒定第1頁/共38頁Chap.12微生物的分類和鑒定§.1通用分類單元§.2微生物在生物界的地位

§.3各大類微生物的分類系統綱要§.4微生物的鑒定

第2頁/共38頁Chap.12微生物的分類和鑒定●微生物分類學（microbialtaxonomy）

●分類:在研究微生物相似性的基礎上，把每一微生物編排在一定的分類單元中，制定出檢索表。

●鑒定：運用現代分類系統，通過具體菌株描述，給未知物一個具體的分類位置?！衩喊凑諊H命名法規(guī)，給每個新的分類群一個新的學名。第3頁/共38頁

（一）種的概念

●種(species)：微生物的基本分類單位，具有許多共同特征的菌株的集合。

●典型菌株（typestrain）模式種（typespecies）

●亞種

●型、菌株§.1通用分類單元第4頁/共38頁●細菌新種發(fā)表的要求1）在IJSB上發(fā)表2）國內發(fā)表應送副本給IJSB編輯，以獲有效目錄公布3）提供模式種4）符合命名法規(guī)要求5）符合優(yōu)先律第5頁/共38頁●菌種保藏中心與菌種目錄ATCC：美國典型菌種保藏中心CCTCC：中國典型菌種保藏中心：---下設：CCGMC、ACCC、CICC、

CMCC等6個中心---菌種目錄及菌種保藏和購買第6頁/共38頁二、學名的命名及有關法規(guī)

●雙名法：Bacillussubtilis●三名法：

Acetobacterpasteurianussubsp.pasteurianus

●名字的應用：BacillussubtilisCMCC63501

BacillussubtilisCohn1874

Bacillussp.Bacillusspp.●縮寫：B.subtilis第7頁/共38頁§.2微生物在生物界的地位

五界系統：

第8頁/共38頁●三域學說第9頁/共38頁第10頁/共38頁●真核生物起源的內共生學說

第11頁/共38頁

●古細菌生物學特征：第12頁/共38頁

§.3各大類微生物的分類系統綱要

一、細菌、古生菌分類系統綱要

《Bergey’sManualofSystematicBacterialogy》1,2版

《Bergey’sManualofDeterminativeBacterialogy》1~9版

1.古生菌：《系統手冊》（二版）原核生物----古生菌界（2門63屬208種）

----泉古生菌門

----廣古生菌門

----細菌界第13頁/共38頁第14頁/共38頁2.細菌的分類●《系統手冊》（一版，1984~1989年，共4卷）

卷類型群（Section）主要代表

Vol.1G-1~11section腸桿菌，假單孢菌，

Vol.2G+12~17section芽孢桿菌，梭菌，

Vol.3古生菌等18~25section甲烷菌，嗜鹽菌，光合細菌

Vol.4產孢放線菌26~33section鏈霉菌第15頁/共38頁3.真菌（Fungi）的分類系統●Ainsworth系統

《Thefungi》,Ainsworth,1973《AinsworthandBisby’sDictionaryoftheFungi》----7版，1983年，Hawksworth----8版，1995年，Hawksworth第16頁/共38頁書355第17頁/共38頁第18頁/共38頁

一、經典分類鑒定方法（生理生化為主，形態(tài)為輔）

●通常指長期以來，在常規(guī)鑒定中普遍采用的（形態(tài)、生理、生化、生態(tài)、生活史、血清學反應等指標）

第19頁/共38頁◆傳統分類的細菌鑒定程序第20頁/共38頁●細菌自動鑒定系統API數值鑒定系統BBL鑒定系統Biolog鑒定系統程序：1、輔助特征2、培養(yǎng)菌懸液加入生化反應板培養(yǎng)自動掃描自動鑒定打印結果第21頁/共38頁第22頁/共38頁二、現代分類鑒定方法●細菌化石第23頁/共38頁

二、現代分類鑒定方法1．微生物遺傳型的鑒定

（1）DNA堿基比例的測定（G+C）mol%：●(G+C)mol%值只能做否定判斷；●（G+C）mol%值差別>5，屬不同的種；差別>10，屬不同的屬。

（2）核酸分子雜交法第24頁/共38頁

●DNA-DNA分子雜交原理：DNA分子解鏈的可逆性和堿基配對的專一性。第25頁/共38頁

DNA-DNA雜交（固相雜交法）

單鏈DNA（待測菌株）↓轉硝酸纖維素膜↓加入放射性標志參照菌DNA（單鏈）↓洗去未雜交DNA↓

閃爍計數器計數測定放射強度第26頁/共38頁結論：

1.DNA同源性≥60%（同種）

2.DNA同源性≥70%（同亞種）

3.DNA同源性60~70%（不同亞種）

4.DNA同源性20~60%（同屬）第27頁/共38頁16srRNA分析作為細菌進化的計時器●生物共有的●一定的信息量（1542個核苷酸）●一定的保守性●便于比較研究第28頁/共38頁

（4）16srRNA核苷酸序列分析●DNA-PCR法

提取DNA↓PCR擴增16SrRNA↓PCR產物純化分析↓

16SrRNA序列測定↓遞交Genbank檢索第29頁/共38頁●相似性結果的一般判斷：1.SAB≥95%同種2.SAB為85~95%同屬3.SAB≤85%不同屬第30頁/共38頁2．細胞化學組分的鑒定（放線菌）細胞結構成分壁肽聚糖、化學組分

膜枝菌酸（棒桿菌酸；分枝菌酸）甲基萘醌全細胞水解糖類第31頁/共38頁1.細胞壁化學類型（分為9種類型）

-----氨基酸：DAP（二氨基庚二酸）

、Gly、Lys、Asp、Orn----糖類：阿拉伯糖、半乳糖第32頁/共38頁（2）全細胞水解液的糖型糖類型特征糖類

A半乳糖、阿拉伯糖、

B馬杜拉糖

C無特征糖類

D木糖、阿拉伯糖

E半乳糖第33頁/共38頁

3．數值分類法（統計分類法）------

相似系數的計算；（1）菌株選擇（OUT—操作分類單位）（2）選擇實驗項目（3）數字編碼（4）計算機分析第