重慶市臨檢中心 血液腫瘤的MICM-PP整合診斷：現(xiàn)狀及展望

血液腫瘤的MICM-PP整合診斷：現(xiàn)狀及展望北京陸道培血液病研究院；陸道培醫(yī)院

病理和檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)科

劉紅星2

0

1

9

-

4

-

2

6

@

昆

明基因，染色體蛋白表達(dá)疾病的發(fā)生細(xì)胞形態(tài)、數(shù)量、功能全身多組織器官的影響人類認(rèn)識(shí)疾病的過程普檢？特檢？常規(guī)生化染色體形態(tài)病理流式免疫基因檢測內(nèi)環(huán)境指標(biāo)檢測組織細(xì)胞的形態(tài)結(jié)構(gòu)檢測細(xì)胞蛋白表達(dá)的變化檢測遺傳物質(zhì)的宏觀結(jié)構(gòu)檢測遺傳物質(zhì)自動(dòng)化程度高單個(gè)量化的指標(biāo)為主顯微鏡檢查難以量化、自動(dòng)化半自動(dòng)化的儀器基于量化指標(biāo)的分析顯微鏡檢查難以量化、自動(dòng)化半自動(dòng)化的儀器基于量化指標(biāo)的分析捕風(fēng)捉影從現(xiàn)象到本質(zhì)立足本院，服務(wù)全國；因?yàn)閷Ｗ?，成就卓?52+25名全職員工，專注于血液病檢驗(yàn)，為臨床精準(zhǔn)診治保駕護(hù)航首倡和踐行血液腫瘤的MICM-PP整合診斷M

-morphology&

pathology；病理和形態(tài)病理形態(tài)流式I

-Immunology；流式免疫分型、免疫組化C

-cytogenetic；細(xì)胞和分子細(xì)胞遺傳學(xué)M

-molecularmedicine；基因和遺傳P

-pathogen；病原微生物染色體基因P

-pahrmacology&

pharmacogenomics；藥理學(xué)病原臨床藥理微生物血液病診治需要全面和準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)室檢查支持TKIsIKZF1突變BCR-ABL1激酶區(qū)耐藥突變BCR-ABL1mRNA≈0.1-1KBCR-ABL1Protein≈n*0.1M主要代謝酶：CYP3A4抑制：CYP2C9；CYP2C19持續(xù)增殖凋亡抑制BCR-ABL1DNATKIs血漿藥物濃度監(jiān)測BCR-ABL1FISH田正芹，劉紅星，王芳，等.中華檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志,2013,36(7):630-3.HongxingLiu,OralPresentation,The52ndASH.Orlando,American.Dec-6-2010XueChen,HongxingLiu,HaizhouXing,etal.NatureMedicine2014;20(10):1090.形態(tài)：8種細(xì)胞化學(xué)染色，幫助更好地判定細(xì)胞系別和性質(zhì)M1POXCE細(xì)胞形態(tài)與基因變異Blood.2012;120(16):3187-3205流式細(xì)胞術(shù)主要檢測細(xì)胞膜或胞漿中表達(dá)的蛋白的組合系列標(biāo)志干/祖細(xì)胞粒單系CD34、CD38、HLA-DR、TdTMPO、CD33、CD13、CD117、CD15、CD11b、CD16、CD14、CD64、CD11c、CD36CD71、GlyA(CD235a)、CD36紅系巨核系CD41a、CD61、CD42b、CD9、CD36、FMC7、CD79b、CD23*、CD103*、CD5*、B

細(xì)胞系CD19、CD22、cCD79a、CD10、cIgM、CD20、k、ki67*、CD25*、CD11c*T細(xì)胞系CD2、cCD3、CD5、CD7、CD1a、CD4、CD8、CD3、TCRαβ、TCRγδ、CD45RA、CD45RO、CD57、CD30*、ki67*、CD10*NK細(xì)胞系漿細(xì)胞系DC細(xì)胞系CD16、CD56（CD3-/CD56+）、CD2、CD7、CD161、CD94、CD158a、CD158b、CD158eCD138、CD38、ck、c、CD19、CD27、CD56*、CD117*系別陰性，CD4、CD56、HLA-DR、CD11c、CD123、BDCA-1（CD1c）、BDCA-3（CD141）、BDCA-2（CD303）/BDCA-4（CD304）120余種流式抗體，精確分析各種疑難病例CD1aCD1cCD2CD3CD4CD5CD7CD8CD9CD10CD11b

CD23

CD38CD11c

CD25

CD41aCD13

CD26

CD42bCD14

CD27

CD44CD15

CD28

CD45CD16

CD29

CD45RA

CD64CD18

CD30

CD45RO

CD68CD19

CD33

CD47CD20

CD34

CD52CD22

CD36

CD54CD55CD56CD57CD59CD61CD79a

CD99CD79b

CD103CD158b

cytokeratinCD158e

DRAQ5IgMkappaki67lambda

CD229lysozyme

CD180MPOtim3ZAP70EMACD80CD81CD83CD86CD90CD94CD96CD97CD105CD117CD123CD127CD135CD138CD141CD158a/hCD161CD184FLAERFMC7CD235a

GranzymeBCD300e

HLA-ABCBTKCD303CD304bcl-2HLA-DRHLA-DRDPDQ

TCRabIgAperforin

CD107CD69CD71CD73CD62LGD2PgPTCRrdTdTcyclinD1

IgGCD200

CD279

CD326

CD159a

CD159c

CD110

TSLPR(CRLF2)

TCRvb細(xì)胞遺傳學(xué)（染色體）；分子細(xì)胞遺傳學(xué)（FISH）認(rèn)識(shí)染色體存在于細(xì)胞核中僅在細(xì)胞分裂中期時(shí)才清晰可見染色體與基因的關(guān)系基因的載體：每套染色體約有2萬個(gè)基因染色體易位、斷裂、丟失等導(dǎo)致對應(yīng)座染色體制備流程體外短期培養(yǎng)(24小時(shí))或72小時(shí)培養(yǎng)收到標(biāo)本：核對編號登記錄入無菌接種收獲細(xì)胞低滲、固定3-4次等需5－6小時(shí)得到中期分裂相核型分析G顯帶，染色滴片

烤片（4-6小時(shí)）掃描儀掃描染色體顯帶、核型及描述正常核型：46,XX[20]

或

46,XY[20]染色體區(qū)、帶的概念p22q11.29q3446,XX,t(9;22)(q34;q11.2)染色體掃描暨核型分析系統(tǒng)

–

提高工作效率熒光原位雜交（FISH）種類齊全的FISH探針，更精確地鑒定基因異常40多種FISH探針；十余種FISH探針組合項(xiàng)目1p36微缺失CEP81q21擴(kuò)增CEP12AML1-ETOCRLF2ATM/CEP11

MDS

4探針組合MM

5探針組合MDS

8探針組合淋巴瘤

4探針組合D20S108AML

4探針組合AML

8探針組合ALL

4探針組合DLBCL

4探針組合MCL4

探針組合神母

3探針組合CLL4

探針組合CLL

8探針組合D7S486/CEP7EGR1/D5S23IGH分離D13S319DEK-NUP214FGFR3-IGHIGH-MAFE2A分離iAMP21MLL分離FGFR1分離IGH-BCL2MYC分離ALL

8探針組合MLL-MLLT3T(AF9)BCL6分離MYC-IGH/CEP8

MYCNPh-likeALL

4探針組合BCR-ABL1PBX1-TCF3CBFB分離PDGFRBCCND1-IGHALL高危及靶向治療相關(guān)8探針組合P2RY8PML-RARATP53RB1RPN1-EVI1XY-FISHTEL-AML1TRA-D探索：用人工智能技術(shù)幫助解決染色體分析的痛點(diǎn)基因檢測能幫助做什么？基因面前，無所遁形！基因異常的類型多種多樣，技術(shù)進(jìn)展迅速基因是生命的語言Hello，gene！你好，基因！010100110101110011010100100011011001010100110101110011010100100011011001硬盤-存內(nèi)存-讀CTAAAGTGTGATATCTGTGGGATCATTTGCATCGGGCCCAATGTGCTCATGGTTCACAAAAGAAGCCACIKZF1-鋅指1，DNA，存CUAAAGUGUGAUAUCUGUGGGAUCAUUUGCAUCGGGCCCAAUGUGCUCAUGGUUCACAAAAGAAGCCACIKZF1-鋅指1，RNA，讀IKZF1-鋅指1，Pr，執(zhí)行LKCDICGIICIGPNVLMVHKRSH0011100011100011100001111111101000100010TTAAATCTGGATTTAGATTCTAAGGAAAATACTTGCTTAT基因（DNA）中記載著生命的程序！1110001111111000000000100111010100000001GGATTTAAAAAAATTCTTCCTCATTGAATGTATTTTCTTG0000010000100000010000010001000000000000TTCCTACTTCGTTCTCCATCTTTACTCATTCTTTTCTTTT1000000000000111011011111000011001111010ACCTTTTTCTCTTGAARAATGAAAGCCTTGGCCAAGGCAC0000101111100000111110101110010110011001010111101000001110111101010111110011000000101001000101011000101000001010101010110101000011110010110000011101011111010100000101111001011111001001110011111110011000011010010000111110100101001011000011000001110001101110010101111100000001011111111101111110011100001111101010001101111000111TTAAAGGCGTACGAAGAGAAGTAGGAGCATGAAACARAAGTTCTTTTAAAAGCACAGAAACTATTCAGAGGTGTGTATTCATGTAGTTTATGCTGTTTAAAGATATACAACGTACTCATGTGTGCAGCTTTTTTAAATGTGTCAAGGACTTTTCTGTGGGGCTATAGAATTACAGGGTTYGAAAAAAATTAATTCCAAACTAATTATGAGGAGTGTTATTACATTTCTGCATATTTTCAAACTTGGCTCCCCAGAGCTTTGGCTCCTCTACAATTACATTTATTTGAACCAAGTTTCAAAGGCACTGTACTATGAAATCTAGATGCCTCTGGGCATCA0001111101001100110111000010110011001001TCCAGAGATGCTAGCTGGCAGACCCCGTGGCCAGTTGCCA1110000111010110111101011010001011010000GAGCTCTGAACATAGCAAGATATGATACTTACAATATCTT腫瘤和遺傳病都是基因病絕大多數(shù)常見?。ǜ鞣N表型）都可以找到遺傳相關(guān)因素分子指標(biāo)早已被系統(tǒng)地納入血液腫瘤的分類標(biāo)準(zhǔn)和臨床應(yīng)用新的分子指標(biāo)越來越多、越來越快地納入診療標(biāo)準(zhǔn)WHO2001版WHO2008版WHO2016版100多種基因突變100多種融合基因WHO2016版血液腫瘤分類標(biāo)準(zhǔn)中的基因融合/異位共明確列出的融合基因有110多種；融合基因家族（FG-FM）概念的提出ABL1-FMALK-FMCSF1R-FMFGFR1-FMJAK1-FMBCL6-TLCD274-TL？BCL2-FGEPOR-TL？MYC-TLPDCD1LG2-TLCRLF2-TLGATA2-MECOMIG@-TLTCR@-TLBIRC3-MALT1CBFA2T3-GLIS2CBFB-MYH11CTLA-CD28DEK-NUP214DUSP22-IRF4ITK-SYKKAT6A-CREBBPMYB-GATA1PICALM-MLLT10RBM15-MKL1RUNX1-RUNX1T1STIL-TAL1JAK2-FMKMT2A-FMNTRK3-FMPDGFRA-FMPDGFRB-FMTCF3-FMTYK2-FMETV6-RUNX1MNX1-ETV6TBL1XR1-TP63NUP98-FMZNF384-FM中華醫(yī)學(xué)雜志，約稿，待發(fā)表融合基因篩查V2.6：快速診斷和鑒別診斷白血病1.AML1-EAP(1)5.BCR-FGFR1(1)9.E2A-PBX1(2)13.MLL-AF1p(4)17.MLL-AF9(8)21.MLL-PTD(5)2.AML1-ETO(1)3.AML1-MDS1(2)7.DEK-CAN(1)4.BCR-ABL1(6)8.E2A-HLF(3)6.CBFB-MYH11(8)10.FIP1L1-PDGFRA(5)14.MLL-AF1q(4)18.MLL-AFX(4)11.MLL-AF10(18)15.MLL-AF4(12)19.MLL-ELL(8)12.MLL-AF17(1)16.MLL-AF6(4)20.MLL-ENL(4)24.NPM-RARA(2)28.PML-RARA(5)32.TEL-ABL1(2)36.ZNF198-FGFR1(1)22.NPM-ALK(1)23.NPM-MLF1(1)25.NUP98-HOXA9(1)

26.NUP98-HOXD13(1)

27.PLZF-RARA(2)29.RPN1-EVI1(1)33.TEL-AML1(2)1.IKZF1del(9)30.SET-CAN(1)34.TEL-PDGFRB(1)2.ERGdel(2)31.SIL-TAL1(1)35.TLS-ERG(5)融合基因的長尾現(xiàn)象frequenciesof

positivefusiongenes00.020.040.060.080.10.120.140.16RUNX1-RUNX1T1PML-RARA15.06%7.53%CBFB-MYH11KMT2A-PTD5.04%4.91%KMT2A-MLLT3FUS-ERG2.04%1.56%1.34%KMT2A-MLLT10KMT2A-MLLT4DEK-NUP214KMT2A-ELL1.21%0.96%0.80%KMT2A-MLLT11SET-NUP214KMT2A-AFF1KMT2A-MLLT6KMT2A-MLLT10.26%0.22%0.10%0.06%0.06%NUP98-HOXA9

0.06%BCR-ABL1

0.06%NPM1-MLF1

0.03%NPM1-RARA

0.03%NUP98-HOXD13

0.03%ZBTB16-RARA

0.03%RPN1-MECOM

0.03%STIL-TAL1

0.03%XueChen,Fang

Wang,Yang

Zhang…HongxingLiu.XueChen,Fang

Wang,Yang

Zhang…HongxingLiu.Retrospectiveanalysisof36fusiongenesin2,479Chinesepatientsofdenovoacutelymphoblasticleukemia.LeukemiaResearch.2018(72):99-104.Panoramicviewofcommonfusiongenesinalargecohort(3515)ofChinesedenovoacutemyeloidleukemiapatientsLeukemia&Lymphoma.2019,60(4):1071-8.融合基因篩查V3.0：52種FGs，IKZF1-del，ERG-del，MLL-PTDPhLike-FGsBCR-JAK2(1)TEL-JAK2(3)PCM1-JAK2(1)TEL-ABL1(2)RARA-FMNUP98-FMMLL(KMT2A)-FM

AML1;BCR;CAN;E2A-FMsFIP1L1-RARA(1)NPM1-RARA(1)NUP98-HOXA9(3)

MLL-AF1p(8)NUP98-HOXA11(1)

MLL-AF1q(4)AML1-EAP

(1)AML1-ETO(1)AML1-MDS1(2)AML1-MTG16(2)BCR-ABL1(6)BCR-FGFR1(1)DEK-CAN(1)NUMA-RARA(1)

NUP98-HOXA13(1)

MLL-AF4(10)PLZF-RARA(2)NUP98-HOXC11

(1)

MLL-AF6(4)NUP98-HOXD13(1)

MLL-AF9(16)EBF1-PDGFRB(1)

PML-RARA(3)TEL-PDGFRB(3)

PRKAR1A-RARA(2)

NUP98-NSD1(1)

MLL-AF10(18)STAT5B-RARA

(1)

NUP98-PMX1(2)

MLL-AF17(18)MLL-AFX1(4)SET-CAN(1)CALM-AF10(2)MLL-ELL(6)E2A-HLF(2)OtherFGsTEL-PDGFRA(1)

CBFA2T3-GLIS2(1)FIP1L1-PDGFRA(4)

CBFB-MYH11(10)ZNF198-FGFR1(1)

SIL-TAL1

(2)MLL-ENL(8)MLL-PTD(3)MLL-SEPT6(5)NPM1-MLF1(1)E2A-PBX1(2)E2A-ZNF384(2)TEL-AML1(4)TLS-ERG(6)WHO2016版血液腫瘤分類標(biāo)準(zhǔn)中的體細(xì)胞基因突變；共103種基因ALKBRAFCREBBPCSF3RCXCR4CYCD3DDX41DKC1DNMT3AELA2EP300ETNK1ETV6EZH2FLT3FOXO1GATA

1GATA

2GATA

3GFI1GNA13GSKIPHAX1ID3KITPHF6PIGAPLCG2PPM1DSTAT

3STAT5BTCF3TERCTERTANKRD26

BRCA1APCKMT2CKMT2DKRASMAP2K1

PRPF8MEF2BMLLBRCA2BTKCALRCARD11CBLCCND1CD28CD58CD79ACDKN1CDKN2CEBPACHD8ARID1BARID2ASXL1ATG2BATMB2MBCL2BCL6BCORBCORL1BIRC3BLMPTPN11RHOARUNX1SBDSSETBP1SF3B1TET2TNFAIP3TNFRSF14TP53TRAF3U2AF1ZAP70ZRSF2IDH1IDH2MPLMYCMYD88NF1NOTCH1

SH2B3NOTCH2

SRP72IKZF1IL7RJAK1JAK2JAK3KDM6ANPM1NRASSRSF2STAG2血液腫瘤突變組分析58種；86種ALKANKRD26BIRC3ASXL1BRAFASXL2CALRATMB2MCBLBCL2BCL6CARD11CCND1CCND3CRLF2ETNK1GATA

2JAK1CD28CD58CD79BDDX41FBXW7ID3CDKN1BDNMT3AFLT3CEBPAEGFRCREBBPEP300GATA

1IL7RCSF3RETV6CXCR4EZH2FOXO1IDH2GATA

3JAK2GNA13JAK3IDH1KDM6AMYD88PAX5KITKMT2DNOTCH1PIGAKRASNOTCH2PIK3CASF3B1TCF3MAP2K1NPM1POT1MEF2BNRASPTENMPLNF1NT5C2PTPN11SRSF2TNFRSF14PHF6RHOASTAT

3TP53RUNX1STAT5BU2AF1SETBP1STAT

6WHSC1SH2B3TET2SRP72TNFAIP3ZRSF2WT1XPO1基因突變的長尾現(xiàn)象：看起來少，其實(shí)并不少NEJM.2016;374(23):2209-21.發(fā)現(xiàn)約4%的AML患者CSF3R突變陽性與髓系分化相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子異常高度伴隨；這些患者有可能獲益于已上市的靶向藥近膜區(qū)突變對JAK抑制劑敏感胞漿內(nèi)尾區(qū)突變對Dasatinib敏感發(fā)現(xiàn)約5%的ALL有FLT3突變突變類型與AML中有差異，這些患者有可能獲益于靶向治療0.30.250.20.150.10.050AMLB-ALLT-ALLITDTKDJM-INDELJM-PMPatientsconcomitantwithFLT3-JM-INDELmutations.張陽,張羽,王芳,陳雪...劉紅星.投稿中.“個(gè)體化用藥指紋圖”用基因組指紋解鎖個(gè)體化用藥的正確姿勢17種基因32個(gè)位點(diǎn)3

=1.85×10

(千萬億)73215本院患者常用的

種藥伏立康唑環(huán)孢素環(huán)磷酰胺氨甲

蝶呤霉酚酸酯嘌呤類他克莫司《臨床血液學(xué)檢驗(yàn)》,2015,人民衛(wèi)生出版社；劉紅星,周楓葉,張陽.白血病·淋巴瘤,2016,25(7):385-8,393.；ChenJQ,WangF,ChenX,LiuHX.JClinPatholForecast.2018;1(1):1002.血液腫瘤診斷分型；預(yù)后判斷；指導(dǎo)用藥；療效監(jiān)測為什么提倡融合基因、基因突變篩查，而不是靠猜？WES/WGS/WTS是全面的篩查持續(xù)發(fā)展的分子醫(yī)學(xué)服務(wù)體系已開展或部分開展擬開展腫瘤新生抗原預(yù)測（免疫細(xì)胞治療）初診或未曾全面檢測的患者預(yù)期克隆性細(xì)胞比例>20%免疫組庫標(biāo)簽序列（淋巴腫瘤）融合基因篩查36種原癌基因表達(dá)N種基因突變篩查58種；86種個(gè)體化用藥指紋圖N種分析N種端粒長度CNVCNVTMBTMB腫瘤新生抗原預(yù)測（免疫細(xì)胞治療）融合基因定量原癌基因表達(dá)N種基因突變篩查58種；86種個(gè)體化用藥指紋圖N種分析免疫組庫標(biāo)簽序列鑒定或MRD端粒長度血液學(xué)復(fù)發(fā)預(yù)期克隆性細(xì)胞比例>20%10-5N種靶向治療繼發(fā)耐藥突變檢測原癌基因定量基因突變定量特定基因型CNV10-3~-5靶向治療繼發(fā)耐藥突變檢測免疫組庫融合基因定量治療后監(jiān)測10-410-3~-4MRD10-5組織配型HLA、KIR移植相關(guān)遺傳病嵌合率TREC

KREC；單項(xiàng)微生物宏基因組單項(xiàng)panel1panel2單位點(diǎn)、單基因；基因Panel檢測；多態(tài)性、變異、定量分析轉(zhuǎn)錄組（WTS）約21000多個(gè)基因表達(dá)（定量）、mRNA結(jié)構(gòu)變異分析外顯子組（WES）約基因組的2%，約2.1萬個(gè)基因編碼區(qū)及臨近序列，少部分深內(nèi)含子或非編碼區(qū)序列100×，500×；可分析SNV、剪接位點(diǎn)變異、INDEL、CNV等全基因組（WGS）全部基因組序列，約30億堿基；30×，10×，3×；可分析SNV、剪接位點(diǎn)變異、INDEL、CNV、結(jié)構(gòu)變異等有時(shí)我們質(zhì)疑做更多檢查（抗體、基因、FISH探針等）的意義事實(shí)上是獲得信息的能力和成本在限制我們包括十幾或幾十個(gè)基因的部分編碼區(qū)（突變熱點(diǎn)）包括約2.1萬個(gè)基因的編碼區(qū)WES/WGS/WTS的成本和周期在快速下降；越來越普及<1000美元；5天30億美元；15年~100美元；1天面向消費(fèi)者大規(guī)模免費(fèi)？20年前200820122015201820252038HGP（人類基因組計(jì)劃）千人基因組計(jì)劃英國：10萬基因組計(jì)劃美國：百萬基因組計(jì)劃其他各國政府主導(dǎo)的萬人、十萬人、千萬人基因組測序計(jì)劃若干。。。迪拜將實(shí)行全民基因組計(jì)劃深圳羅湖啟動(dòng)全民基因組測序項(xiàng)目TTAAATCTGGATTTAGATTCTAAGGAAAATACTTGCTTATGGATTTAAAAAAATTCTTCCTCATTGAATGTATTTTCTTGTTCCTACTTCGTTCTCCATCTTTACTCATTCTTTTCTTTTACCTTTTTCTCTTGAARAATGAAAGCCTTGGCCAAGGCACTTTTACAAAGATTTTTAAAGGCGTACGAAGAGAAGTAGGAGACTACGGTC新時(shí)代的新挑戰(zhàn)AACTGCATGAAACARAAGTTCTTTTAAAAGTTCTGGAWAAAGCACACAGAAACTATTCAGAGGTGTGTATGTTCTTTATATTGTTCATGTAGTTTATGCTGTTTAAAGATGTGCTCTCATATGCATACAACGTACTCATGTGTGCAGCTTTTCAAAATTGTAATTTTTAAATGTGTCAAGGACTTTTCTGAGGATACATTCTTGTGGGGC如何從海量的背景信息中發(fā)現(xiàn)真正有意義的信息？數(shù)據(jù)解讀成為最大的痛點(diǎn)TATAGAATTACAGGGTTYGAAAAYTACCGGATTAAAAAAATTAATTCCAAACTAATTATGTTTAGCATTATRTTAGGAGTGTTATTACATTTCTGCATATACTGTGGCCTTGATTTTCAAACTTGGCTCCCCAGAGCTTTATGGGTTACACAGAGGCTCCTCTACAATTACATTTATTTGAAAAAAAAACAAAAAACCAAGTTTCAAAGGCACTGTACTAAGGAACATGCTTAGTGAAATCTAGATGCCTCTGGGCATCATCCAGAGATGCTAGCTGGCAGACCCCGTGGCCAGTTGCCAGAGCTCTGAACATAGCAAGATATGATACTTACAATATCTTAAAGGGTGTTGGTGTTAGAAGATGATGTGAAAAGTTCAAGCCAAAGAGTTGTTCTAATCCAGAATACCACAGTATTGGTGATTGTGATTCACTAATCATACCCAGGGGTTCTAGTCACAGTTTAGTTGAATTAGAGTGATGTTAAAACTATGCTAGTATCCTGACACAGATGTCRTGATATTTTATCTGCACATTCTTAATTCTTTAGCAAGTGTTATTTAAAGGCTACATCCATCTACCTCAGTKTCCTATATCTATCTCTGACATCTACCTCTAGTTGTACTTCTGTCCTCTATTTCAGGTGTTATGGGTCAAGCCTGTTTGACTGGCATTATTCATGATTCCTGTACCACTCTTGCTCTCTCTCACTTTGATCTCCATATTCCAGGCTTACACAGGGGTTTCCTCAGAACGTTGATGGCAGTTGCAGGTCCATATAACTTTATTATGGCAGAGAGAATTTTCTGAACTATTTATGGACAACATGATGAGCAAGCTTTCTCACAAGCATTTGGTTTTAAATTATGGAGCATCTGTTTTTGTTTATATAGAAAATTCAGTTTCAGGATCACAGCGTAGGACTATTCAGTTATATCTTGTGAAAAAGGAAAGCAATGAAGACATTGTATCCTCATCTATAGTCATGCTGAAAGTAGGAGAAAGTGCATCAAACAATGTKTCTGGTGTCAJAK2

V617FTTCTTTGTACTTTTTTTTTTCCTTAGTCTTTCTTTGAAGCAGCAAGTAGAGACGAGAGTAAGTAAAACTACAGGCTTTCTAATGCCTTTCTCAGAGTAAACTATAATTTAACAGGAGTTAAGTATTTTTGAAACTGAAAACACTGGTTACAATGCCCAAACAATAGAGTATTATAGTAAACAAATGTCTATAAAACATTTTGTGTTCATGATAGCAAAAGAGATTATGGCAGGKTCAACATAACATTGGAATAACTGGCCTTTTCAGTACAAACTTATCTGGAATTATGAAGACAAAGCATATAAATGRTACACTTAATTTTTAATGGAACTGACAGAAATGATTAYGTTGATATGATACTAGATATATTTTTTGGCTAAATTTAGGTGTTCACAGAAACTACTAAAAGTATAAATCGTACCCCATGCTTTAATACTATACAGGCATGCCTCATTTTATTGCACCTTGCTWTATTGTGCTTCTTAGATATTGTATTTTTTACATATTGAAGGTTTAYGGCAACCCAGTGTCTAGCAACTCTGTCAGCAACATTTTCCCAACAGCRTGTGCTCATTTCATGTCTCTGTGTCATATTTTGGTAATTCTAGCAACATTTCAAACTTTAAAAAAATCATATGGTGATCTGTGATCAGTAATCTTTAATGCTAGTATTGTAATTATTCTGGGGTGTCCCAAACAGAGAGAATATAAGAAGGCAAACTTCATAGATGAATGCARTGTGTGCTCTGACTGCTCCATCAATGAGCCATTCCTCTGTCTCTCTCCCTCTCCTGGGGCCTCCCTATTCCCTGAGACAACAATATTAAAATTAGGCCATTTAATAATCACACAATGRTCTTTAAATGTTCAAGTGAAAGGAAGATTCACCCGTCTCTCACTTTAAATGGAAAGCTAGAAATGAAGCAGCAAACGCTGATGTGGAAGCTGCAGCAGTTATCCAGAAGATCTAGCAAAGACCATTGATGAAGATGGCTTAGAGAGGAAGGCATGCTGAAAGCCAAGACAAGCTGAAAGCTAGGCCTCTTGCACTAAAAAGGCAAGTTATGAATCCMAAGGAAAAGTCCTTGAAGGAAACTGAAAGTGCTACTCCTGTGAGCACATAAATTACAAGAAAGT腫瘤基因組分析

VS.

尋找黑洞大量基因序列背景（10G；90G）中找尋吞噬生命的基因黑洞（關(guān)鍵致病序列）砥礪前行，擼起袖子加油干！2017.11.16成立基因組學(xué)分析團(tuán)隊(duì)新思維新模式新收獲陳雪張陽王芳曹泮翔聶代靜吳祁生陳佳琦WGS鑒定范可尼貧血患者微缺失突變先證者CNV1

CNV2先證者父親CNV1

CNV2先證者母親CNV2

CNV1對照CNV1

CNV2*

*

**CNV1（父系遺傳）：FANCA

mRNAdelExon37（139bp）CNV2（母系遺傳）：發(fā)生了可變剪接，兩個(gè)FANCA-VPS9D1

融合轉(zhuǎn)錄本W(wǎng)ES鑒定先天免疫失調(diào)相關(guān)基因突變先證者STAT

3c.833G>A雜合突變STAT3

c.833G>ASTAT3

c.833G>ASTAT3

c.833G>A父親

雜合突變祖父陰性祖母陰性A

novelNPM1-RARG-NPM1chimericfusion

in

acute

myeloidleukemia

resemblingacute

promyelocyticleukemiaA69-year-oldmanwas

admittedbecauseoftwo-weekhistoryofastheniaanddizziness.

Hb123g/L,

Plt204×109/L,WBC1.5×109/L.Fibrinogen1.72g/L

(2.00-4.00);fibrindegradationproducts20μg/ml(0-5.0);D-dimer5.25μg/ml(0-0.23)Prothrombintime12.4seconds(8.9-13.3seconds);activatedpartialthromboplastin32.2seconds(25.0-45.0BMsmears:56%ofhypergranularpromyelocytes.Thesecellsdemonstratedstronganddiffusereactivitytomyeloperoxidasecytochemicalstaining,whichoftencoveredthenucleusandconsistentwiththecharacteristicsofAPL.Theblastcellswere

positivefor

CD13,CD33,CD45,CD9,CD64andcytoplasmicmyeloperoxidase,partiallypositiveforHLA-DR,CD117,CD56andCD123,butnegative

for

CD34,CD14,CD38,CD11b,CD16andotherT-orB-lymphoidrelatedmarkers.SuggesteddiagnosisofhypergranularAPL.Butthekaryotypewas

normalandPML-RARAandotherRARA-FGwas

negative.Xue

Chen,Fang

Wang,Yang

Zhang…HongxingLiu,Wei

Wang.BritishJournalofCancer,

2019,DOI:10.1038/s41416-019-0456-zIdentificationofNPM1-RARG-NPM1chimericfusionandgenomicbreakpointby

PCRandWGSThreeNPM1-RARG-NPM1chimericfusiontranscriptsThiscaseTriadicfusions

among

ZNF384,EWSR1

and

EHMT1genes

in

a

pediatricB-cell

precursoracute

lymphoblasticleukemia

patientwith

Ph

like

chromosome女，7歲，ALL。初診時(shí)染色體核型正常，治療后復(fù)發(fā)時(shí)出現(xiàn)Ph染色體，BCR-ABL1陰性。46,XX46,XX,t(9;22)(q34;q11.2)Triadic

fusionsidentifiedby

WTS,WGS

andconfirmedby

PCRTTAAATCTGGATTTAGATTCTAAGGAAAATACTTGCTTATGGATTTAAAAAAATTCTTCCTCATTGAATGTATTTTCTTGTTCCTACTTCGTTCTCCATCTTTACTCATTCTTTTCTTTTACCTTTTTCTCTTGAARAATGAAAGCCTTGGCCAAGGCACTTTTACAAAGATTTTTAAAGGCGTACGAAGAGAAGTAGGAGACTACGGTCAACTGCATGAAACARAAGTTCTTTTAAAAGTTCTGGAWAAAGCACACAGAAACTATTCAGAGGTGTGTATGTTCTTTATATTGTTCATGTAGTTTATGCTGTTTAAAGATGTGCTCTCATATGCATACAACGTACTCATGTGTGCAGCTTTTCAAAATTTATAGAATTACAGGGTTYGAAAAYTACCGGATTAAAAAAATTAATTCCAAACTAGGCCTTGATTTTCAAACTTGGCTCCCCAGAGCTTTATGGGTTACACAGAGGCTCCACTGTACTAAGGAACATGCTTAGTGAAATCTAGATGCCTCTGGGCATCATCCACAAGATATGATACTTACAATATCTTAAAGGGTGTTGGTGTTAGAAGATGATGTGATTGTGATTCACTAATCATACCCAGGGGTTCTAGTCACAGTTTAGTTGAATTAGTCTGCACATTCTTAATTCTTTAGCAAGTGTTATTTAAAGGCTACATCCATCTACGGCTGTAGGTAGGTGTTAGTCACACATGTAGAGACTATAAAACTAATTAACGGCAATCAGNGS組學(xué)分析CTCTATTTCAGGTGTTATGGGTCAAGCCTGTTTGACTGGCATTATTCATGATTCCAGGGGTTTCCTCAGAACGTTGATGGCAGTTGCAGGTCCATATAAAGGGACCAA用最強(qiáng)大腦還原疾病基因組的真相CTTTATTATGGCAGAGAGAATTTTCTGAACTATTTATGGACAACAGTCAAACAATGATGAGCAAGCTTTCTCACAAGCATTTGGTTTTAAATTATGGAGTATGTKTCTCATCTGTTTTTGTTTATATAGAAAATTCAGTTTCAGGATCACAGCTAGGTGTCAGTAGGACTATTCAGTTATATCTTGTGAAAAAGGAAAGCAATGAAGTTAAAAGTAAAACATTTTGTGTTCATGATAGCAAAAGAGATTATGGCAGGKTCAACATAACATGCATATAAATGRTACACTTAATTTTTAATGGAACTGACAGAAATGATTAYGTTGCTAAAAGTATAAATCGTACCCCATGCTTTAATACTATACAGGCATGCCTCATTTGAAGGTTTAYGGCAACCCAGTGTCTAGCAACTCTGTCAGCAACATTTTCCCAACATTTCAAACTTTAAAAAAATCATATGGTGATCTGTGATCAGTAATCTTTAATGCAAACTTCATAGATGAATGCARTGTGTGCTCTGACTGCTCCATCAATGAGCCATTATTAAAATTAGGCCATTTAATAATCACACAATGRTCTTTAAATGTTCAAGTGAACAAACGCTGATGTGGAAGCTGCAGCAGTTATCCAGAAGATCTAGCAAAGACCATTGATGAAGATGGCTTAGAGAGGAAGGCATGCTGAAAGCCAAGACAAGCTGAAAGCTAGGCCTCTTGCACTAAAAAGGCAAGTTATGAATCCMAAGGAAAAGTCCTTGAAGGAAACTGAAAGTGCTACTCCTGTGAGCACATAAATTACAAGAAAGT臨床藥理：十余種藥物濃度檢測；營養(yǎng)評估真實(shí)世界的伊馬替尼血藥濃度：約1/3的患者需要調(diào)整用藥劑量N=8710本實(shí)驗(yàn)室302份標(biāo)本實(shí)測結(jié)果CML的治療：總體已經(jīng)很好了，還可以更好嗎？Haematologica2016101:541-58Blood.2012;120(4):737-47CML精準(zhǔn)醫(yī)療的下一步TDM指導(dǎo)的Imatinib日劑量幫助CML患者獲得更高的分子生物學(xué)緩解率Median[C]

(ng/ml)

InitialAssessment

M3M6M9M12605(487-786)591(517-722)605(460-720)646(576-894)1032(899-1143)

1002(784-1205)

935(737-1073)

1000(846-1098)M3M6M9M12538(508-568)395(387-402)400(400-400)611(563-658)392(383-401)398(385-410)607(545-668)391(381-401)389(376-402)600(535-665)391(381-401)382(370-395)IM標(biāo)準(zhǔn)劑量用藥時(shí)，約2/3的CML患者達(dá)不到有效的血藥濃度個(gè)體化調(diào)整IM劑量有助于達(dá)到理想血藥濃度并且并沒有帶來毒副作用的顯著增加；第12個(gè)月時(shí)MMR：A1(63%)VS.A2(37%)p=0.031；A1VS.A2p=0.12法國OPTIM研究報(bào)道

Blood2015126:133微生物培養(yǎng)鑒定和基因分析人類皰疹病毒（HHV1-8）篩查及定量分析呼吸道病毒13聯(lián)檢測呼吸道病原菌13聯(lián)檢測出血性膀胱炎病毒（BKV，JCV，SV40）檢測其他HPVB19、HTLV等單項(xiàng)基于NGS和宏基因組的微生物分析中國實(shí)驗(yàn)血液學(xué)雜志，已接收一例原發(fā)CNS的淋巴母細(xì)胞淋巴瘤的MICM整合診斷CFCFCFBMCF成功地對一例以中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀發(fā)病（曾被診斷為結(jié)核性腦膜炎4+月）的患者的腦脊液標(biāo)本進(jìn)行了快速的MICM綜合檢查。根據(jù)檢查結(jié)果診斷為：“原發(fā)于中樞神經(jīng)系統(tǒng)的伴t(1;19)(q23;p13)易位和E2A-PBX1融合基因陽性的淋巴母細(xì)胞性淋巴瘤”?；颊哂肕TX+IDA鞘注、Dex+L-ASP化療后次日頭痛消失，15日后下肢肌力恢復(fù)至基本正常。1療程化療后，行含放療預(yù)處理的allo-HSCT治療，現(xiàn)持續(xù)緩解近10年。兒童B-ALL：治好了的，還可以更好嗎？證據(jù)藥物名稱檢測基因位點(diǎn)結(jié)果提示等級2A3c.677C>T藥物毒性風(fēng)險(xiǎn)/代謝能力藥物毒性風(fēng)險(xiǎn)/代謝能力代謝能力MTHFRc.1298A>Cc.1075A>Cc.430C>Tc.681G>Ac.750T>Cc.2320T>Cc.313A>Gc.1196A>G3CYP2C9*3CYP2C19*2CYP2B63代謝能力環(huán)磷酰胺3藥物毒性風(fēng)險(xiǎn)/代謝能力代謝能力33代謝能力美國，NEnglJMed2015;373:1541-52.GSTP1XRCC12A3療效/藥物毒性風(fēng)險(xiǎn)療效/藥物毒性風(fēng)險(xiǎn)CharlesSklar,MD，DanielleNovetskyFriedman,MD.Endocrinopathiesincancersurvivorsandothersexposedtocytotoxictherapiesduringchildhood.Uptodate.(Thistopiclastuptodate:Jun28,2018)/contents/endocrinopathies-in-cancer-survivors-and-others-exposed-to-cytotoxic-therapies-during-childhood#!藥物基因組分析和血藥濃度監(jiān)測讓一面天使一面魔鬼的藥，盡多展現(xiàn)天使的一面我院曾有患者用半量伏立康唑10天出現(xiàn)嚴(yán)重肝功損害，但肺部霉菌感染好轉(zhuǎn)；改為1/4量治療2周后肺部真菌感染完全吸收。后經(jīng)查是CYP2C19*2純合弱代謝基因型。目前我院伏立康唑起始劑量都用半量，同時(shí)檢查CYP2C19*2基因型，如果是弱代謝基因型，繼續(xù)半量，出現(xiàn)副作用換藥或用1/4量?；颊邉⒛?，男，31歲，體重50kg。2016年12月，無明顯誘因出現(xiàn)胸悶伴前區(qū)疼痛，軀干骨痛。診斷為BCR-ABL1陽性的B-ALL，給予化療+達(dá)沙替尼治療。2017年2月，復(fù)查骨髓形態(tài)完全緩解。2017年5月，復(fù)查骨髓形態(tài)，三系增生減低，融合基因定量1.09%。甲