結(jié)構(gòu)生物學(xué)大分子模擬詳解

結(jié)構(gòu)生物學(xué)大分子模擬詳解演示文稿本文檔共65頁；當(dāng)前第1頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分優(yōu)選結(jié)構(gòu)生物學(xué)大分子模擬本文檔共65頁；當(dāng)前第2頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分生物大分子的計(jì)算機(jī)模擬方法量子力學(xué)分子力學(xué)分子動(dòng)力學(xué)概率統(tǒng)計(jì)＋熱力學(xué)統(tǒng)計(jì)物理本文檔共65頁；當(dāng)前第3頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分量子力學(xué)量子力學(xué)是微觀世界物質(zhì)運(yùn)動(dòng)的普遍規(guī)律一個(gè)分子體系的狀態(tài)可以用Schrodinger方程來表示，通過求解Schrodinger方程可以得到分子體系的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)量子力學(xué)的計(jì)算方法：從頭計(jì)算；密度泛函理論；半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法本文檔共65頁；當(dāng)前第4頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分量子力學(xué)方法的特點(diǎn)：計(jì)算結(jié)果精確度高，限于計(jì)算機(jī)的計(jì)算能力，能夠計(jì)算的體系小從頭計(jì)算方法：100個(gè)原子；半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算：1000-10,000個(gè)目前，生物大分子體系還不能只用量子力學(xué)方法模擬，但與分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)結(jié)合后發(fā)展了一些新的方法本文檔共65頁；當(dāng)前第5頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分分子力學(xué)分子力學(xué)是一種近似處理方法忽略電子的運(yùn)動(dòng)，將體系的勢能看作是原子核位置的函數(shù)力場：分子體系的勢能函數(shù)分子的勢能=鍵伸縮能+鍵角扭曲能+扭轉(zhuǎn)勢能+非鍵相互作用項(xiàng)本文檔共65頁；當(dāng)前第6頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分函數(shù)形式和參數(shù)力場是經(jīng)驗(yàn)的“原子”的定義特點(diǎn)：針對局域能量極小，不是整個(gè)系統(tǒng)能夠計(jì)算含有大量原子的體系簡單有效，目前應(yīng)用得最廣泛本文檔共65頁；當(dāng)前第7頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分分子動(dòng)力學(xué)分子動(dòng)力學(xué)是建立在牛頓力學(xué)基礎(chǔ)上的一種分子模擬方法將分子體系的運(yùn)動(dòng)看作是在勢能面中質(zhì)點(diǎn)的運(yùn)動(dòng)，求解運(yùn)動(dòng)方程可得到體系中所有原子的軌跡，從軌跡中可計(jì)算得到各種性質(zhì)本文檔共65頁；當(dāng)前第8頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分特點(diǎn)：可以搜索很大的構(gòu)象空間，模擬時(shí)間在納秒級應(yīng)用分子模型的動(dòng)力學(xué)變化研究大分子體系低能構(gòu)象的模建X射線晶體學(xué)和NMR中的結(jié)構(gòu)優(yōu)化本文檔共65頁；當(dāng)前第9頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分第一節(jié)生物大分子的計(jì)算機(jī)模擬生物大分子的計(jì)算機(jī)模擬方法比較建模(comparativemoddelingmethod);反向折疊法(inversefoldingorthreading);從頭預(yù)測法(abinitiopredictionmethod)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模建核酸結(jié)構(gòu)的模擬本文檔共65頁；當(dāng)前第10頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模建模建（modeling）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本概念蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的從頭計(jì)算同源和比較模建方法蛋白質(zhì)折疊類型識別法蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法準(zhǔn)確性的評估應(yīng)用實(shí)例本文檔共65頁；當(dāng)前第11頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分模建（modeling）蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)模建是從氨基酸序列出發(fā)理論預(yù)測蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)模建研究的意義中心法則的延伸—第二遺傳密碼蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)測定的速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于序列測定的速度，使理論預(yù)測的方法成為一種迫切的需要蛋白設(shè)計(jì)、藥物開發(fā)本文檔共65頁；當(dāng)前第12頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分到2007年3月，已知的蛋白質(zhì)序列超過60萬條，而測定了三維結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)僅為4萬多個(gè)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的測定已經(jīng)成為生命科學(xué)發(fā)展的“瓶頸”本文檔共65頁；當(dāng)前第13頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本概念蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)單元

a螺旋

b折疊股（b-strand）和b折疊片（b-sheet）環(huán)（loop）

b-轉(zhuǎn)角（b-turn）蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)可以通過旋轉(zhuǎn)鍵的扭角來確定主鏈扭角：f,y,w側(cè)鏈扭角：c1,c2,…本文檔共65頁；當(dāng)前第14頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)分子的二級結(jié)構(gòu)(SecondaryStructure)本文檔共65頁；當(dāng)前第15頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的二級(Secondary)結(jié)構(gòu)是指肽鏈的主鏈在空間的排列,或規(guī)則的幾何走向、旋轉(zhuǎn)及折疊。它只涉及肽鏈主鏈的構(gòu)象及鏈內(nèi)或鏈間形成的氫鍵。（即多肽鏈本身的折疊和盤繞方式）主要有-螺旋、-折疊、-轉(zhuǎn)角1．蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)本文檔共65頁；當(dāng)前第16頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分SecondaryStructuralElements本文檔共65頁；當(dāng)前第17頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分a-helices-sheetsTurnsRandomcoil(itsneither!)本文檔共65頁；當(dāng)前第18頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分

肽鍵的鍵長介于單鍵和雙鍵之間，具有部分雙鍵的性質(zhì)，不能自由旋轉(zhuǎn)。

酰胺平面本文檔共65頁；當(dāng)前第19頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分螺旋α－螺旋結(jié)構(gòu)最常見、含量最豐富的二級結(jié)構(gòu)

本文檔共65頁；當(dāng)前第20頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分本文檔共65頁；當(dāng)前第21頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分-螺旋

-helix在-螺旋中肽平面的鍵長和鍵角一定；肽鍵的原子排列呈反式構(gòu)型；相鄰的肽平面構(gòu)成兩面角；本文檔共65頁；當(dāng)前第22頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分多肽鏈中的各個(gè)肽平面圍繞同一軸旋轉(zhuǎn)，形成螺旋結(jié)構(gòu)，螺旋一周，沿軸上升的距離即螺距為0.54nm,含3.6個(gè)氨基酸殘基；兩個(gè)氨基酸之間的距離為0.15nm;肽鏈內(nèi)形成氫鍵，氫鍵的取向幾乎與軸平行，第一個(gè)氨基酸殘基的酰胺基團(tuán)的-CO基與第四個(gè)氨基酸殘基酰胺基團(tuán)的-NH基形成氫鍵。蛋白質(zhì)分子為右手-螺旋。-螺旋本文檔共65頁；當(dāng)前第23頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分螺旋■-螺旋的末端是極性的，通常位于蛋白質(zhì)分子的表面。-螺旋在蛋白質(zhì)分子中的長度變化很大，可以從4個(gè)到40個(gè)不等?！鲈诘鞍踪|(zhì)分子結(jié)構(gòu)中觀察到-螺旋幾乎都是右手螺旋，短的左手螺旋偶爾也會出現(xiàn)?！?螺旋中的氫鍵均指向相同的方向?？傮w效應(yīng)是產(chǎn)生一個(gè)有意義的凈偶極。-螺旋的氨基端可提供部分正電荷，羧基端可以提供部分負(fù)電荷?！霾煌陌被釟埢鶎τ?螺旋有著傾向性的偏好和厭惡?！?螺旋在蛋白質(zhì)分子中的分布是有傾向性的。本文檔共65頁；當(dāng)前第24頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分螺旋-螺旋中的氫鍵均指向相同的方向，即肽單位沿螺旋軸處于相同的取向。由于肽單位有來自不同的NH和C＝O基團(tuán)的偶極運(yùn)動(dòng)，這些偶極運(yùn)動(dòng)也是沿著螺旋軸的方向，總體效應(yīng)是產(chǎn)生一個(gè)有意義的凈偶極。-螺旋的氨基端可提供部分正電荷，羧基端可以提供部分負(fù)電荷，這些電荷可以攻擊反電荷的配基。帶負(fù)電荷的配基尤其當(dāng)它們包含磷酸基團(tuán)時(shí)，通常結(jié)合到-螺旋的氨基端。這樣的配基相互作用在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中是比較常見的。本文檔共65頁；當(dāng)前第25頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分螺旋除了脯氨酸外，-螺旋中的所有氨基酸殘基的側(cè)鏈均處于螺旋的外側(cè)。由于脯氨酸主鏈的環(huán)狀結(jié)構(gòu)，往往引起-螺旋的有意義的彎曲。當(dāng)然，并非所有的-螺旋的彎曲都是由于脯氨酸殘基的存在。不同的氨基酸殘基對于-螺旋有著傾向性的偏好和厭惡：Ala,Glu,Lue,Met等對-螺旋有著傾向性的偏好，Pro,Gly,Ser等傾向于不參加-螺旋。本文檔共65頁；當(dāng)前第26頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分回折本文檔共65頁；當(dāng)前第27頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分-折疊-折疊是由兩條或多條幾乎完全伸展的肽鏈平行排列，通過鏈間的氫鍵交聯(lián)而形成的。肽鏈的主鏈呈鋸齒樁折疊構(gòu)象在-折疊中，-碳原子總是處于折疊的角上，氨基酸的R基團(tuán)處于折疊的棱角上并與棱角垂直，兩個(gè)氨基酸之間的軸心距為0.35nm；

-pleatedsheet本文檔共65頁；當(dāng)前第28頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分-折疊結(jié)構(gòu)的氫鍵主要是由兩條肽鏈之間形成的；也可以在同一肽鏈的不同部分之間形成。幾乎所有肽鍵都參與鏈內(nèi)氫鍵的交聯(lián)，氫鍵與鏈的長軸接近垂直。-折疊有兩種類型。一種為平行式，即所有肽鏈的N-端都在同一邊。另一種為反平行式，即相鄰兩條肽鏈的方向相反。-折疊本文檔共65頁；當(dāng)前第29頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分-sheets-sheetsfulfillthehydrogenbondingpotentialofthemain-chainatoms,exceptattheedges.Adjacentstrandsareusuallycloseinsequence.Properties:DistancebetweenCa'sis~3.6?inanextendedstrandDistancebetweenstrands~4.6?Strandsarenotflat.Theyhaveacharacteristicright-handedtwistHowaresheetsdefined?Antiparallelb-sheetParallelb-sheet本文檔共65頁；當(dāng)前第30頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分反平行回折平行回折蛋白質(zhì)分子的另一種主要結(jié)構(gòu)成分是回折，這種結(jié)構(gòu)是蛋白質(zhì)分子中若干段區(qū)域的稱為-鏈的多肽鏈形成的。在回折中，-鏈處于伸展?fàn)顟B(tài)，一條鏈的C＝O與另一條鏈的NH形成氫鍵。-鏈可以有兩種方式形成回折：一種是所有的-鏈均具有相同的方向(平行回折)，另一種是相互靠近的兩條-鏈具有相反的方向(反平行回折)。除了位于兩側(cè)的-鏈外，所有肽鏈上的C＝O基團(tuán)和NH基團(tuán)均形成了氫鍵?；卣郾疚臋n共65頁；當(dāng)前第31頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分回折回折也可以混合的平行和反平行的形式存在。幾乎所有的回折，不管是平行的、反平行的、或者是混合的，均存在著鏈的扭曲，這種扭曲通常大部分是右手的。E.colithioredoxinAgkistrodonacutusserineproteaseAgkistrodonacutuszinc-metalloproteinase本文檔共65頁；當(dāng)前第32頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分-轉(zhuǎn)角

-turn

蛋白質(zhì)分子中肽鏈出現(xiàn)180的回折，又稱為β－彎曲、鏈回轉(zhuǎn)或發(fā)夾結(jié)構(gòu)。在-轉(zhuǎn)角部分，由四個(gè)氨基酸殘基組成;彎曲處的第一個(gè)氨基酸殘基的-C=O和第四個(gè)殘基的–N-H之間形成氫鍵，形成一個(gè)不很穩(wěn)定的環(huán)狀結(jié)構(gòu)。這類結(jié)構(gòu)主要存在于球狀蛋白分子中。本文檔共65頁；當(dāng)前第33頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分

β－轉(zhuǎn)角靠第一個(gè)氨基酸殘基的C=O和第四個(gè)氨基酸殘基的NH形成氫鍵維持穩(wěn)定，多數(shù)存在于球狀蛋白質(zhì)分子的表面。

本文檔共65頁；當(dāng)前第34頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分無規(guī)則卷曲也稱自由回轉(zhuǎn)或無規(guī)則線團(tuán)本文檔共65頁；當(dāng)前第35頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)分子表面的環(huán)區(qū)域本文檔共65頁；當(dāng)前第36頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)分子表面的環(huán)區(qū)域（LOOP）大多數(shù)蛋白質(zhì)分子是由-螺旋和/或回折構(gòu)成的。這些-螺旋和/或回折通常由不同長度和不規(guī)則形狀的環(huán)區(qū)域相連接。螺旋與回折的組合形成了分子的穩(wěn)定的疏水內(nèi)核，環(huán)區(qū)域位于分子的表面。主鏈上的這環(huán)區(qū)域的C＝O和NH基團(tuán)一般不相互形成氫鍵，而是與溶劑中的水分子形成氫鍵。暴露于溶劑中的環(huán)區(qū)域的殘基通常是一些帶電的和親水的殘基，據(jù)此進(jìn)行的環(huán)區(qū)域的預(yù)測可信度往往比對-螺旋和回折的預(yù)測還要高。本文檔共65頁；當(dāng)前第37頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分不同種屬的蛋白質(zhì)氨基酸殘基序列同源比較表明，某些殘基的插入/缺失往往發(fā)生在環(huán)區(qū)域。在分子進(jìn)化的過程中，蛋白質(zhì)分子的內(nèi)核要比環(huán)區(qū)域更穩(wěn)定。由于環(huán)區(qū)域具有連接螺旋、回折的功能，故環(huán)區(qū)域通常參與形成蛋白質(zhì)的“結(jié)合部位”或酶的“活性中心”?？贵w的抗原結(jié)合部位的“發(fā)夾環(huán)”鋅金屬蛋白酶的“Met-turn”蛋白質(zhì)分子表面的環(huán)區(qū)域本文檔共65頁；當(dāng)前第38頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)可以通過旋轉(zhuǎn)鍵的扭角來確定本文檔共65頁；當(dāng)前第39頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分多肽鏈折疊的主鏈構(gòu)象角本文檔共65頁；當(dāng)前第40頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分描述蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的扭角NHONHfywc1c2本文檔共65頁；當(dāng)前第41頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的從頭計(jì)算從頭計(jì)算法（abinitio）搜索分子的構(gòu)象空間，找到最合適的構(gòu)象基本假設(shè)：天然構(gòu)象=能量最低構(gòu)象搜索構(gòu)象空間的方法蛋白質(zhì)的簡化模型特點(diǎn)：不依賴于已知的結(jié)構(gòu)模式，是一種普適的解決方法，目前尚處于探索階段本文檔共65頁；當(dāng)前第42頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分同源和比較模建方法根據(jù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的相似性，以已知蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)為模板構(gòu)建未知蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)在進(jìn)化過程中蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的保守性遠(yuǎn)大于序列的保守性，當(dāng)兩個(gè)蛋白質(zhì)的序列同源性/相似性高于35%時(shí)，一般情況下它們的三維結(jié)構(gòu)基本相同同源模建方法是目前最常被采用的也是最成功的結(jié)構(gòu)預(yù)測方法本文檔共65頁；當(dāng)前第43頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分主要步驟確定模板確定未知蛋白質(zhì)與已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的序列比對確定結(jié)構(gòu)保守性的主鏈結(jié)構(gòu)片斷構(gòu)建結(jié)構(gòu)變化的區(qū)域側(cè)鏈模建用能量計(jì)算的方法進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化本文檔共65頁；當(dāng)前第44頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分同源和比較模建方法影響同源模建質(zhì)量的因素序列相似性大?。ú迦牒蛣h除片斷）>30%序列比對的準(zhǔn)確性序列比對（sequencealignment）將兩個(gè)或多個(gè)序列之間的相似區(qū)域和保守性位點(diǎn)對齊以分析它們的相似程度在同源模建中非常重要，影響結(jié)構(gòu)預(yù)測的準(zhǔn)確性程序：BLAST/Fasta本文檔共65頁；當(dāng)前第45頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分生物信息學(xué)的基本策略1、從相似性推斷同源性相似性（similarity）

Similar：havingcharacteristicsincommon

--Merriam-WebsterDictionary同源性（homology）:Asimilarityoftenattributabletocommonorigin

--Merriam-WebsterDictionary同源進(jìn)化上有共同的起源本文檔共65頁；當(dāng)前第46頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分哪些共同特征?（1）分子生物學(xué)的中心法則DNARNA蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄翻譯遺傳信息：貯存在DNA的核苷酸序列中進(jìn)化中被復(fù)制以及發(fā)生變異的是基因的核苷酸序列（以及相應(yīng)的蛋白質(zhì)序列）因此，按照分子生物學(xué)的基本原理，我們應(yīng)該根據(jù)核苷酸序列或者氨基酸序列上的共同特征來判斷序列的是否同源最簡單:序列一致性(sequenceidentity)本文檔共65頁；當(dāng)前第47頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分同源蛋白應(yīng)該具有相對保守的功能（催化同類化學(xué)反應(yīng)、結(jié)合同類型的其他分子等）蛋白質(zhì)功能依賴于三維結(jié)構(gòu)按照上述原理，我們同樣應(yīng)該能夠根據(jù)三維結(jié)構(gòu)上的共同特征來判斷蛋白質(zhì)分子是否同源。最簡單:主鏈原子位置的均方根偏差(RMSD)哪些共同特征?（2）本文檔共65頁；當(dāng)前第48頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分生物信息學(xué)的基本策略（2）2、發(fā)現(xiàn)和利用不同特征間的關(guān)聯(lián)關(guān)系（Guiltybyassociation）序列整體特征序列同源性結(jié)構(gòu)整體特征序列局部特征（如motif）結(jié)構(gòu)局部特征功能模式例如：本文檔共65頁；當(dāng)前第49頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分關(guān)聯(lián)關(guān)系的發(fā)現(xiàn)：數(shù)據(jù)搜集、特征提取與數(shù)據(jù)建模、參數(shù)估計(jì)的過程。知識發(fā)現(xiàn)。關(guān)聯(lián)關(guān)系的利用：數(shù)據(jù)檢索、統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)、實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的過程。知識利用。例：根據(jù)序列預(yù)測蛋白質(zhì)在核內(nèi)的定位序列motif蛋白在細(xì)胞核內(nèi)定位（核定位信號，NLS，nuclearlocalizationsignal)本文檔共65頁；當(dāng)前第50頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分?jǐn)?shù)據(jù)搜集實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析實(shí)驗(yàn)觀察到的NLS有沒有共同點(diǎn)？這些共同點(diǎn)是否足以區(qū)分核蛋白和非核蛋白？能否根據(jù)序列間的進(jìn)化關(guān)系對實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行擴(kuò)展？本文檔共65頁；當(dāng)前第51頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分根據(jù)進(jìn)化特征對結(jié)構(gòu)功能進(jìn)行預(yù)測保守性絕對保守相對保守(變異速率相對較慢,變異類型受到約束)非保守協(xié)變性或關(guān)聯(lián)性ConservationanalysisPhylogeneticprofilingEvolutionarytracing…基本策略（3）本文檔共65頁；當(dāng)前第52頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分可以在不同層次分析進(jìn)化過程中的保守性與協(xié)變性給定位點(diǎn)上的氨基酸/核苷酸同源蛋白質(zhì)分子間的保守性給定序列模式或結(jié)構(gòu)模式在蛋白質(zhì)家族內(nèi)或家族間的保守性給定二級結(jié)構(gòu)單元（蛋白質(zhì)、RNA）在蛋白質(zhì)家族或超家族間的保守性給定蛋白質(zhì)分子在物種間的保守性。。。本文檔共65頁；當(dāng)前第53頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分從相似性--〉同源性序列相似，或者結(jié)構(gòu)相似發(fā)現(xiàn)和利用不同特征間的關(guān)聯(lián)NLS模式與核定位利用同源序列對序列模式進(jìn)行擴(kuò)展Swissprot數(shù)據(jù)庫（uniProt知識庫）覆蓋率、正確率是兩個(gè)重要指標(biāo)利用進(jìn)化特征保守性／協(xié)變性ConSurf對蛋白質(zhì)序列各個(gè)位點(diǎn)的保守性進(jìn)行分析，并投影到三維結(jié)構(gòu)上，可能與功能相關(guān)聯(lián)本文檔共65頁；當(dāng)前第54頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分BLAST序列比對的實(shí)例Score=233bits(593),Expect=4e-61Identities=118/251(47%),Positives=162/251(64%),Gaps=9/251(3%)Query:29IGIYKWHYSGLNRWHGAGSTADFQKIIQERCDTYTQTIRPGSRSRNCQAIRQAFMSAFIS88+G+WS+G+TI+RCTYT++PR+++C+IFSAF+SSbjct:40VGVLTWRQSSM------GATDHVSAIVLGRCLTYTRNMHPELRNQDCKKILNTFTSAFVS93

Query:89KDPCKATKEDYNSLINLAPPTVPCGQQVFWSKTKELAHEYAK-RRRLMTLEDTLLGYLAD147KDPCTKEDYLI+LTVPC++FWS++KELAH+Y++++TLEDTLLGY+ADSbjct:94KDPCNITKEDYQPLIDLVTQTVPCNKTLFWSRSKELAHQYSGIQKEMFTLEDTLLGYIAD153本文檔共65頁；當(dāng)前第55頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分同源和比較模建方法互聯(lián)網(wǎng)上的同源模建服務(wù)器SWISS-MODELEMBL

本文檔共65頁；當(dāng)前第56頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)折疊類型識別法蛋白質(zhì)的折疊模式是有限的自然界中蛋白質(zhì)家族的數(shù)目大約為23100個(gè)，現(xiàn)有的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分屬600個(gè)家族，其中折疊模式只有約300種估計(jì)蛋白質(zhì)的折疊模式的總數(shù)在幾百到一千種蛋白質(zhì)折疊類型識別法：又名反向折疊法（threading）本文檔共65頁；當(dāng)前第57頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分針對那些沒有明顯的同源性但又采取類似結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)將一個(gè)序列與蛋白質(zhì)折疊庫中的所有結(jié)構(gòu)類型進(jìn)行匹配，找出最接近的一種需要構(gòu)建非重復(fù)的蛋白質(zhì)折疊模式庫常用的程序THREADER:http://insulin.brunel.ac.uk/~jones/

蛋白質(zhì)折疊類型識別網(wǎng)站：本文檔共65頁；當(dāng)前第58頁；編輯于星期二\18點(diǎn)46分蛋白質(zhì)逆折疊模建

(1).反向折疊法Inversefolding;orThreading主要原理：將未知空間結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)的氨基酸序列，和已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行匹配，找出一種或幾種匹配最好的結(jié)構(gòu)，作為未知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的預(yù)測結(jié)構(gòu)。

實(shí)現(xiàn)過程：總結(jié)出已知的獨(dú)立的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模式，作為未知結(jié)構(gòu)進(jìn)行匹配的模板，然后用對現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫的