《轉(zhuǎn)錄組分析劉志強(qiáng)》課件

轉(zhuǎn)錄組分析劉志強(qiáng)歡迎來到本次轉(zhuǎn)錄組分析PPT課程。本課將介紹NGS流程，差異表達(dá)基因分析，常用生物信息學(xué)工具以及實(shí)戰(zhàn)案例。什么是轉(zhuǎn)錄組分析？定義研究特定生物在特定生理或環(huán)境因素下基因轉(zhuǎn)錄特征及相應(yīng)功能的高通量測(cè)定技術(shù)。優(yōu)勢(shì)快速、精準(zhǔn)地檢測(cè)同源物種或不同生長階段等基因變遷對(duì)生物體的影響，有效開啟生命科學(xué)的新篇章。應(yīng)用從基因水平探究個(gè)體之間的差異基礎(chǔ)上，研究不同性狀和類型的生物，如葉綠體結(jié)構(gòu)研究、腫瘤標(biāo)志物篩選、量子點(diǎn)熒光成像等諸多方面。NGS流程建庫目的：提取DNA，隨機(jī)斷裂，加入接頭。測(cè)序目的：?jiǎn)味?雙端測(cè)序。分析目的：對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行過濾、比對(duì)、注釋、可視化等處理。數(shù)據(jù)預(yù)處理1Qualitycontrol進(jìn)行質(zhì)控，去除低質(zhì)量的reads。2Trimming去除接頭、重復(fù)序列等，獲得更加準(zhǔn)確的reads。3Mapping將去除接頭后的reads比對(duì)到參考基因組上。4Normalization處理樣本間的技術(shù)變異。差異表達(dá)基因分析Microarray依據(jù)已知基因的表達(dá)探針，比較兩組RNA的相對(duì)水平，定位差異表達(dá)的基因。RNA-seq將RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA，基于高通量測(cè)序的原理，對(duì)差異基因進(jìn)行定量測(cè)定分析。生物信息學(xué)工具CLCGenomicsWorkbench提供高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)分析，包括堿基質(zhì)量控制、去除接頭、去除低質(zhì)量reads等功能。DAVID功能富集分析工具，可以發(fā)掘轉(zhuǎn)錄本對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)的活性，找出分子通路和發(fā)揮作用的基因。Cufflinks將RNA-seqreads比對(duì)到參考基因組上，來確定轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)量以及剪接等。實(shí)戰(zhàn)案例講解1研究目的探究不同物種間基因表達(dá)譜差異，研究三葉草逆境生理。2樣本處理與篩選將受逆境和正常處理的樣本分別測(cè)序，去除低質(zhì)量和含有芯片污染的reads。3分析結(jié)果在大量生物學(xué)信息學(xué)工具的協(xié)調(diào)幫助下，鑒定了一批重要的逆境反應(yīng)基因和分子標(biāo)志物?？偨Y(jié)轉(zhuǎn)錄組分析是一種研究組織或細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄特征的技術(shù)。本課程介紹了NGS流程、數(shù)據(jù)預(yù)處理、差異表達(dá)基因分析、