基因組學(xué)在系統(tǒng)分類(lèi)中的應(yīng)用

基因組學(xué)在系統(tǒng)分類(lèi)中的應(yīng)?

教育就是當(dāng)一個(gè)

人把學(xué)校所學(xué)全

部忘光之后剩下

的東西思考題1：?物多樣性的本質(zhì)是什么Zeng

et

al.,

2014DNA、RNA、蛋?質(zhì)等?物?分?是?命的基礎(chǔ)物種之間區(qū)別的本質(zhì)是擁有不同的基因組分類(lèi)學(xué)邏輯方法的演化經(jīng)典分類(lèi)學(xué)

?

外部形態(tài)?

主觀描述數(shù)量分類(lèi)學(xué)

?

性狀?

量化分子系統(tǒng)分類(lèi)學(xué)

?

ATCG?

系統(tǒng)發(fā)生分子系統(tǒng)學(xué)：利用分子序列（核酸、蛋白）推斷生命有機(jī)體間的演化關(guān)系舉例：分子系統(tǒng)學(xué)深刻地改變了人們對(duì)蕨類(lèi)

分類(lèi)系統(tǒng)的認(rèn)識(shí)石松類(lèi)蕨類(lèi)種子植物NATURE

|

VOL

409

|

1

FEBRUARY

2001

|Pryer

et

al.,

nature,

2001Outline?

基礎(chǔ)概念?

如何獲取分子序列?

如何構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)?

系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)1962諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)中?法則轉(zhuǎn)錄翻譯基因的結(jié)構(gòu)、表達(dá)調(diào)控一個(gè)植物細(xì)胞有幾個(gè)基因組？基因組&關(guān)鍵詞?

?

基本單位：

結(jié)構(gòu)單元：堿基染色體?

穩(wěn)定性保持機(jī)制

半保留復(fù)制Why？“來(lái)?于同?個(gè)個(gè)體，每?個(gè)細(xì)胞的基因組都是相同的”轉(zhuǎn)錄組&關(guān)鍵詞?

概念：所有mRNA的“集合”?

Percent

of

genome:

1%?

?

時(shí)間特異性

空間特異性??茛

Batrachium

bungei基因表達(dá)差異的?個(gè)?平1.有/無(wú)2.高/低?、如何獲取分?序列途徑一PCR已知序列途徑二高通量測(cè)序未知序列建庫(kù)測(cè)序拼接注意：RNA極易降解??！拼接&組裝ORF預(yù)測(cè)基因功能注釋三、如何構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的基本概念?

冠群?

干群?

共同祖先

?

單系?

并系獲得分子系統(tǒng)樹(shù)的步驟推薦書(shū)籍如何選擇基因?

基因的進(jìn)化速率（近緣物種、遠(yuǎn)緣物種）

?

物種間基因的親緣關(guān)系（直系同源基因）

?

雜交事件（質(zhì)體基因、核基因）,

:

799,,

,RNA

(RNA

editing)(Wendel

&

Doyle,

1998;

Philippe

et

al.,

2005a)3,,,?

1995Haemophilus

influenzae

Rd.(Fleischmann

et

al.,

1995),,

2008

1

,

866,系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)

phylogenomics?

?

定義：在系統(tǒng)發(fā)育分析中基于?強(qiáng)度的測(cè)序和/或已有的

基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得的?規(guī)?；蚨鄠€(gè)基因座位數(shù)據(jù)

信息的?種分析?法,

?的是構(gòu)建可靠的物種系統(tǒng)

發(fā)育樹(shù)或了解個(gè)別基因樹(shù)的進(jìn)化過(guò)程。是??基因組學(xué)和系統(tǒng)發(fā)育學(xué)相結(jié)合的交叉學(xué)科。核?思想利?基因組信息構(gòu)建物種（或基因）

間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系技術(shù)路線物種基因組信息（基因序列）直系同源基因篩選

matrix構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)Phylogenomics

is

a

good

solution

to

resolvedeep

relationships一項(xiàng)大型基因組研究項(xiàng)目12月在頂級(jí)期刊Science雜志上公布了最新成果。

這一項(xiàng)目歷時(shí)

四年多，完成了48種鳥(niǎo)類(lèi)的基因組測(cè)序，并由此構(gòu)建了迄今為止最完備的鳥(niǎo)類(lèi)進(jìn)化樹(shù)，相

關(guān)研究共發(fā)布了23篇文章，其中8篇將在Science雜志同期刊發(fā)，另外15項(xiàng)成果將在

Genome

Biology以及GigaScience等雜志上發(fā)表。1kp

project/app/Bl