大白菜BrTCP基因的克隆及生物信息學(xué)分析的中期報(bào)告

大白菜BrTCP基因的克隆及生物信息學(xué)分析的中期報(bào)告1.前言蔬菜作為重要的食品類別，在全世界都有廣泛的種植和消費(fèi)。而大白菜作為我國(guó)重要的蔬菜品種，其營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和食用效果備受好評(píng)。然而，作為一種重要的農(nóng)作物，大白菜在生長(zhǎng)和發(fā)育過(guò)程中也面臨著各種生物逆境應(yīng)激，例如低溫、干旱、鹽堿等問(wèn)題。因此，研究大白菜的逆境應(yīng)對(duì)機(jī)制，對(duì)于提高大白菜的抗逆性能和產(chǎn)量具有重要意義。植物基因表達(dá)與調(diào)控是其中一個(gè)重要的逆境應(yīng)對(duì)機(jī)制。而TCP家族基因是植物命運(yùn)決定的重要因素，在大白菜的生長(zhǎng)和發(fā)育中具有廣泛的作用。本文通過(guò)克隆大白菜的BrTCP基因，并進(jìn)行了相關(guān)的生物信息學(xué)分析。下面將進(jìn)行具體的介紹。2.材料與方法2.1實(shí)驗(yàn)材料從研究所分類園藝組提供的大白菜材料中選取健壯的大白菜植株，取其花器官（包括花萼、花瓣、雄蕊和雌蕊）并將其保存在液氮中。2.2總RNA的提取和cDNA合成從大白菜花器官中提取總RNA，并通過(guò)酚氯仿法純化。將總RNA轉(zhuǎn)錄成cDNA，反應(yīng)所需的原料有：總RNA、隨機(jī)六聚體、dNTP、M-MLV酶、RNaseinhibitor，其中RNase使用的量很小，只需使用1U/sample即可。2.3大白菜BrTCP基因的PCR擴(kuò)增使用大白菜cDNA作為模板，通過(guò)PCR擴(kuò)增大白菜BrTCP基因。PCR反應(yīng)體系為50μL，其中BrTCP基因的引物序列為：F：TGGTTTGTGGAGAGGCTG，R：TCACCAGAAGTGGTGTGG。PCR反應(yīng)分為3步，首先是DNA的變性，反應(yīng)溫度95℃，反應(yīng)時(shí)間5min；其次是引物的結(jié)合，反應(yīng)溫度為60℃，反應(yīng)時(shí)間為30s；最后進(jìn)行擴(kuò)增，反應(yīng)溫度為72℃，反應(yīng)時(shí)間為1min，反應(yīng)共30個(gè)周期。2.4基因克隆與測(cè)序?qū)rTCP基因擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行研究所分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室測(cè)序，其序列的GC含量、長(zhǎng)度和蛋白質(zhì)分子量等數(shù)據(jù)測(cè)定。根據(jù)結(jié)果，對(duì)BrTCP基因克隆進(jìn)行優(yōu)化處理，制備出純度高、含量穩(wěn)定的克隆DNA。2.5基因序列的生物信息學(xué)分析將BrTCP基因的核苷酸序列和氨基酸序列提交到GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行homology比對(duì)分析，確認(rèn)其同源性和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。3.結(jié)果3.1大白菜BrTCP基因的PCR擴(kuò)增通過(guò)使用大白菜cDNA作為模板，成功擴(kuò)增出了大白菜BrTCP基因。擴(kuò)增出的BrTCP基因特異性強(qiáng)，沒(méi)有出現(xiàn)其他雜帶帶。3.2基因序列的測(cè)序和生物信息學(xué)分析對(duì)BrTCP基因進(jìn)行測(cè)序和生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)其長(zhǎng)度為1004個(gè)堿基，蛋白質(zhì)序列的長(zhǎng)度為334個(gè)氨基酸。生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示，大白菜BrTCP基因與擬南芥TCP20蛋白最近的相似性是82.84%?；诖耍茰y(cè)大白菜BrTCP基因可能在植物的生長(zhǎng)和發(fā)育過(guò)程中具有重要作用。4.討論本文通過(guò)克隆出大白菜BrTCP基因，并進(jìn)行了相應(yīng)的生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，大白菜BrTCP基因與其他植物的TCP基因具有顯著的相似性，可能在植物生長(zhǎng)和發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮重要的作用。該研究為進(jìn)一步探究大白菜逆境應(yīng)對(duì)機(jī)制提供了