非編碼RNA研究專題09ceRNA實戰(zhàn)(1)數(shù)據(jù)獲取與分析_第1頁
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?ceRNA實戰(zhàn)1——數(shù)據(jù)獲取與分析解螺旋|知識金牌解

螺

旋

| 陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知識金牌本期課程知識金牌存儲芯片及測序的DB解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長NCBI GEO、SRAEBI

ENACAS

BIGD知識金牌GEO簡介解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長GEO全名是Gene

Expression

Omnibus，它是NCBI下面的一個專門存儲中、高通量數(shù)據(jù)庫的公共倉庫研究者可以自由地把實驗室里產(chǎn)生的芯片、NGS乃至定量PCR數(shù)據(jù)上傳到這里供全球科研工作者共享現(xiàn)在我們可以注意到的一點是很多雜志在接收文章時越來越多地要求作者把數(shù)據(jù)先放到公共數(shù)據(jù)庫里去了，文內(nèi)提供數(shù)據(jù)庫索引號知識金牌一個利器：GEO2R解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長簡單點說GEO2R是在線分析GEO內(nèi)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)。這個工具統(tǒng)采用R語言來運行，準確講是GEOquery和limma這兩個R包GEOquery負責數(shù)據(jù)的讀取Limma負責數(shù)據(jù)的分析知識金牌GEO2R的優(yōu)勢解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長GEO2R最大的優(yōu)點就是它是一個在線的工具不需要我們懂太多的R語言和芯片、NGS分析知識可以依靠鍵鼠進行“傻瓜式”簡單的操作適合臨床醫(yī)生等研究者在線進行簡單的探索知識金牌GEO2R的不足解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長無法進行詳盡的、個性化的數(shù)據(jù)分析只適合進行簡單的數(shù)據(jù)探索，很少會一步滿足我們的需求知識金牌進入GEO2R進入GEO2R的方法有兩種：直接從網(wǎng)址進入，地址是/geo/geo2r/從GEO的數(shù)據(jù)記錄頁面（也就是GSE結果頁面）進入 以GSE71343為例，先進入這個GSE實驗記錄頁面

/geo/query/acc.cgi?acc=GSE71343在頁面下部就可以看到按鈕解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長解

螺

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