DB37T-動物疫病鑒別檢測技術(shù) 第2部分：兔出血癥病毒經(jīng)典型與兔出血癥病毒2型草案報批稿

Q/LB.□XXXXX-XXXXDB37/TXXXX—XXXX前言本文件按照GB/T1.1—2020《標準化工作導(dǎo)則第1部分：標準化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》給出的規(guī)定起草。本文件是DB37/TXXXX《動物疫病鑒別檢測技術(shù)》的第2部分。DB37/TXXXX已經(jīng)發(fā)布了以下部分：——第1部分：豬瘟強毒與豬瘟疫苗弱毒；——第2部分：兔出血癥病毒經(jīng)典型與兔出血癥病毒2型；——第3部分：禽腺病毒Ⅰ群與禽腺病毒Ⅲ群。請注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機構(gòu)不承擔(dān)識別專利的責(zé)任。本文件由山東省畜牧獸醫(yī)局提出并組織實施。本文件由山東省畜牧業(yè)標準化技術(shù)委員會歸口。引言動物疫病是影響山東省畜牧業(yè)健康發(fā)展的重要因素之一。不同病原或者相同病原的不同血清型/基因型引起疫病的臨床病癥具有一定程度的相似性，同時，有些疫病弱毒疫苗的使用干擾了病原的檢測。動物疫病鑒別檢測技術(shù)標準的建立，規(guī)定了對不同病原、相同病原的不同血清型/基因型以及弱毒疫苗株的鑒別檢測，為山東省動物疫病精準防控提供了技術(shù)支持，對于促進畜牧業(yè)健康發(fā)展具有重要意義。兔出血癥（Rabbithaemorrhagicdisease，RHD）是由杯狀病毒科（Caliciviridae）、兔病毒屬（Lagovirus）成員兔出血癥病毒（Rabbithaemorrhagicdiseasevirus，RHDV）引起的一種急性、強傳染性、病死率高達40%～90%的傳染病，其典型病變包括呼吸系統(tǒng)出血，實質(zhì)器官淤血、腫大、出血等，我國將其列為二類動物疫?。ㄖ腥A人民共和國農(nóng)業(yè)農(nóng)村部公告第573號），嚴重威脅著我國養(yǎng)兔業(yè)的健康發(fā)展。1984年，由RHDV經(jīng)典型引起的RHD首先在我國暴發(fā)，繼而在各大洲廣泛流行，并不斷發(fā)生遺傳演變，但抗原性保持相對穩(wěn)定。2010年，由RHDV2變異型引發(fā)的兔出血癥首先在法國暴發(fā)，不僅導(dǎo)致育肥兔大量死亡，以RHDV經(jīng)典型株制備的滅活疫苗無法提供完全免疫保護，可見其抗原性發(fā)生較大變異，之后RHDV2在歐洲、非洲、大洋洲部分國家開始流行，在瑞典、葡萄牙、澳大利亞等國，RHDV2變異型已經(jīng)取代RHDV經(jīng)典型成為主要流行毒株。我國于2020年5月在四川省確診了由RHDV2變異型引發(fā)的疫病，作為世界第一養(yǎng)兔大國，若該變異毒株發(fā)生大規(guī)模流行，勢必加大防控難度。因此，建立一種可鑒別HDV經(jīng)典型與RHDV2型的檢測技術(shù)對于該病的防控具有重要意義?！秳游镆卟¤b別檢測技術(shù)》擬由三個部分構(gòu)成：第1部分：豬瘟強毒與豬瘟疫苗弱毒。目的在于規(guī)范豬瘟強毒與豬瘟疫苗弱毒SYBRGreenI熒光RT-PCR鑒別檢測技術(shù)的操作，便于檢測技術(shù)在豬瘟臨床診斷、流行病學(xué)調(diào)查、檢驗檢疫、豬瘟疫苗質(zhì)量控制等方面的穩(wěn)定應(yīng)用。第2部分：兔出血癥病毒經(jīng)典型與兔出血癥病毒2型。目的在于規(guī)范兔出血癥病毒經(jīng)典型與兔出血癥病毒2型實時熒光RT-PCR鑒別檢測技術(shù)的操作，便于檢測技術(shù)在兔瘟臨床診斷、流行病學(xué)調(diào)查、檢驗檢疫等方面的穩(wěn)定應(yīng)用。第3部分：禽腺病毒Ⅰ群與禽腺病毒Ⅲ群。目的在于規(guī)范禽腺病毒Ⅰ群與Ⅲ群PCR鑒別檢測技術(shù)的操作，便于檢測技術(shù)在禽腺病毒病臨床診斷、流行病學(xué)調(diào)查、檢驗檢疫等方面的穩(wěn)定應(yīng)用。動物疫病鑒別檢測技術(shù)第2部分：兔出血癥病毒經(jīng)典型與兔出血癥病毒2型范圍本文件描述了兔出血癥病毒（Rabbithaemorrhagicdiseasevirus,RHDV）經(jīng)典型與兔出血癥病毒2型（Rabbithaemorrhagicdiseasevirus2,RHDV2）實時熒光反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)（Real-timeRT-PCR）鑒別檢測方法。本文件適用于兔及其產(chǎn)品中RHDV經(jīng)典型與RHDV2型的鑒別檢測。規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，注日期的引用文件，僅該日期對應(yīng)的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB/T6682?分析實驗室用水規(guī)格和試驗方法NY/T541?獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運輸技術(shù)規(guī)范DB63/T1652病害動物及病害動物產(chǎn)品無害化處理技術(shù)規(guī)程術(shù)語和定義本文件沒有需要界定的術(shù)語和定義。試驗原理在游離狀態(tài)下，SYBRGreenI染料只發(fā)出微弱的熒光，與雙鏈DNA結(jié)合后熒光信號大幅度增強。在PCR反應(yīng)過程中，SYBRGreenI染料與擴增的雙鏈DNA產(chǎn)物結(jié)合后發(fā)出熒光，且伴隨擴增產(chǎn)物的指數(shù)型上升，熒光強度也隨之上升并被熒光PCR儀檢測從而獲得熒光擴增曲線，之后進行擴增產(chǎn)物熔解溫度（Tm）曲線分析，由于擴增產(chǎn)物GC含量差異導(dǎo)致Tm值不同。本文件引物可通用檢測RHDV經(jīng)典型與RHDV2型靶基因，但由于RHDV擴增產(chǎn)物GC含量高于RHDV2擴增產(chǎn)物，導(dǎo)致Tm值明顯高于后者，并依此適用于RHDV經(jīng)典型與RHDV2型的鑒別檢測。試劑或材料除非另有說明，所用試劑均為分析純。水：GB/T6682，一級。TRIzol試劑。氯仿。異丙醇。反轉(zhuǎn)錄酶M-MuLV及5×反轉(zhuǎn)錄酶反應(yīng)緩沖液：反轉(zhuǎn)錄酶濃度200?U/μL，均-20?℃保存。RNA酶抑制劑：50?U/μL，-20?℃保存。脫氧核糖核苷三磷酸（dNTP）：為dATP、dGTP、dCTP、dTTP混合物，均為10?mmol/L。2X?SYBR?Green?PCR?Mix：-20?℃保存。75?%乙醇：取無水乙醇75?mL，加滅菌水至100?mL，混勻，室溫保存。焦碳酸二乙酯（DEPC）水：取1?mL?DEPC加入水中至1?000?mL，充分震蕩混勻，靜置24?h后，121?℃高壓滅菌15?min，4?℃保存?zhèn)溆谩Ａ姿猁}緩沖溶液（PBS）：取NaCl?8?g，KCl?0.2?g，KH2PO4?0.2?g，Na2HPO4?12H2O?2.9?g，依次溶于800?mL水中，用鹽酸調(diào)pH值至7.4，定容至1?000?mL，置于高壓滅菌鍋121?℃滅菌20?min，4?℃保存。乙二胺四乙酸二鉀（EDTA-K2）抗凝劑：取EDTA-K2·2H2O?1.5?g，溶于80?mL水中，充分溶解后定容至100?mL，置于高壓滅菌鍋121?℃滅菌20?min，室溫保存。一次性無菌注射器（2.5?mL）。無核酸酶離心管（1.5?mL）。商品化病毒核酸提取試劑盒。陽性對照樣品和陰性對照樣品：RHDV陽性對照樣品為RHDVAV34株（購自中國獸醫(yī)藥品監(jiān)察所）肝組織毒，-20?℃保存，RHDV2陽性樣品為VP60基因體外轉(zhuǎn)錄的無感染性RNA，-80?℃保存；陰性對照樣品為RHDV、RHDV2陰性的兔肝組織懸液，-20?℃保存。檢測RHDV與RHDV2的通用引物：Primer-F5’-CAACCGGACTGTTTGTGATGGC-3’；Primer-R5’-ACGCGAACATGATGGGTGTGTT-3’。儀器設(shè)備Ⅱ級生物安全柜A型。電子天平：精度0.01?g。高速冷凍離心機：轉(zhuǎn)速≥12?000?r/min。微型低速離心機：轉(zhuǎn)速6?000?r/min。冰箱：-20?℃。超低溫冰箱：-80?℃。高壓滅菌鍋。熒光PCR檢測儀。樣品肝組織樣品病死兔的病變肝組織樣品采集、保存和運輸按照NY/T541執(zhí)行。血液樣品活兔血液樣品采集：將活兔固定，選擇耳緣靜脈清晰的一側(cè)耳朵，剃毛并消毒，壓迫耳根使靜脈充盈，用一次性無菌注射器（2.5?mL）針頭穿刺靜脈采血1.8?mL，并將新鮮血液與乙二胺四乙酸二鉀抗凝劑混合，體積比為9:1（V:V）。血液樣品保存和運輸按照NY/T541執(zhí)行。試驗步驟樣品處理肝臟樣品在Ⅱ級生物安全柜A型處理。電子天平稱取1.00?g?±?0.05?g樣品，剪碎后加入10倍體積PBS，充分研磨成組織勻漿，裝入1.5?mL無核酸酶離心管中，置高速冷凍離心機4?℃、12?000?r/min離心5?min，取上清液提取核酸。血液樣品將血液樣品裝入1.5?mL無核酸酶離心管中，-20?℃冷凍30?min后置室溫融化5?min，反復(fù)3次，4?℃、12?000?r/min離心5?min，取上清液提取核酸。檢畢樣品按照DB63/T1652處理。核酸提取核酸提取方法說明待檢樣品、陰性對照及陽性對照樣品的RNA可使用TRIzol試劑提取，也可使用商品化病毒核酸提取試劑盒并按照說明書提取。TRIzol試劑提取樣品RNA根據(jù)待檢樣品、陽性對照和陰性對照的份數(shù)總和取1.5?mL無核酸酶離心管，編號后每管加入600?μL的TRIzol試劑。將待檢樣品、陰性對照、陽性對照樣品上清液各200?μL加到相應(yīng)離心管中，顛倒充分混勻。每管加入氯仿200?μL，顛倒充分混勻，4?℃、12?000?r/min離心15?min。吸取8.2.3各管中的上清液（避免吸出中間層）400?μL，轉(zhuǎn)移至新的編號離心管中，每管加入等體積-20?℃預(yù)冷30?min的異丙醇，顛倒充分混勻。4?℃、12?000?r/min離心15?min，棄去上清液，倒置于吸水紙上瀝干，不同樣品離心管應(yīng)在吸水紙的不同位置瀝干。逐管加入?-20?℃預(yù)冷30?min的75%乙醇1?mL，顛倒洗滌。4?℃、12?000?r/min離心10?min，棄去上清液，倒置于吸水紙上瀝干，不同樣品離心管應(yīng)在吸水紙的不同位置瀝干。微型低速離心機4?000?r/min離心10?s，將管壁上的殘余液體甩至管底部，用微量移液器吸棄。室溫干燥3?min，每管加入焦碳酸二乙酯（DEPC）水25?μL溶解RNA，冰浴備用。提取的RNA應(yīng)盡快進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，長時間保存放置-80?℃超低溫冰箱。熒光RT-PCR檢測反轉(zhuǎn)錄（RT）反應(yīng)反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系為20?μL。a）第一階段：在無核酸酶PCR管中加入提取的RNA溶液?10?μL，脫氧核糖核苷三磷酸（dNTP）?1.0?μL，引物Primer-R（10?μmol/L）1.0?μL，無核酸酶水2.5?μL，65?℃作用5?min，然后冰浴2?min。b）第二階段：依次加入5×反轉(zhuǎn)錄酶反應(yīng)緩沖液?4?μL、RNA酶抑制劑（40?U/μL）0.5?μL、反轉(zhuǎn)錄酶M-MuLV（200?U/μL）?1.0?μL，混勻后低速離心10?s，50?℃反應(yīng)30?min，然后85?℃作用5?min終止反應(yīng)。c）反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物應(yīng)在20?min內(nèi)進行熒光PCR擴增，剩余產(chǎn)物應(yīng)放置-80?℃冰箱保存，以便復(fù)核（如有必要）。熒光PCR檢測反應(yīng)體系的配制樣品檢測反應(yīng)體系為20.0?μL，配制見表1。表1?熒光PCR檢測反應(yīng)液體系熒光PCR反應(yīng)液組分1個檢測反應(yīng)體系的使用量μL2X?SYBR?Green?PCR?Mix10.0Primer-F（10?μmol/L）0.4Primer-R（10?μmol/L）0.4RT產(chǎn)物（待檢樣品、陰性對照、陽性對照）2.0水7.2總體積20.0加樣將制備的陰性對照、待檢樣品、陽性對照RT產(chǎn)物各2?μL依次分別加入對應(yīng)熒光PCR檢測反應(yīng)管中，扣緊管蓋，混勻后低速離心10?s。測定選擇熒光PCR檢測儀SYBR?Green?I檢測通道，將配制好的熒光PCR管按順序放入熒光PCR檢測儀。反應(yīng)程序如下：——第一階段：95?℃?2?min；——第二階段：95?℃?20?s，55?℃?10?s，72?℃?20?s，40個循環(huán)，每次循環(huán)72?℃延伸時收集熒光信號；——第三階段：熔解曲線分析，按照各品牌儀器設(shè)備推薦程序進行。結(jié)果判定結(jié)果分析條件設(shè)定根據(jù)儀器噪聲情況對閾值設(shè)定進行調(diào)整，以閾值線剛好過陰性對照樣品的擴增曲線最高點為準。質(zhì)控標準質(zhì)控標準同時滿足以下條件，試驗有效，否則無效。a）陰性對照應(yīng)無Ct（或Cp）值或Ct（或Cp）>35，且無特異性熔解曲線。b）RHDV陽性對照的Ct（或Cp）值應(yīng)≤30，并出現(xiàn)典型的擴增曲線及熔解曲線，且Tm=84.90?℃（RHDV擴增曲線與熔解曲線見附錄A的A.1）。c）RHDV2陽性對照的Ct（或Cp）值應(yīng)≤30，并出現(xiàn)典型的擴增曲線及熔解曲線，且Tm=82.60?℃（RHDV2擴增曲線與熔解曲線見附錄A的A.2）。結(jié)果描述及判定被檢樣品是否感染RHDV描述及判定檢測結(jié)果符合以下描述時，分別判定RHDV陰性或RHDV陽性。a）無Ct（或Cp）值或Ct（或Cp）>35，判為陰性；若Ct（或Cp）值≤35，且無特異性熔解曲線，判為陰性。b）Ct（或Cp）值≤30，出現(xiàn)典型的擴增曲線，且熔解曲線Tm值為85.0?℃±0.5?℃，表示樣品中存在RHDV核酸，判為陽性（RHDV樣品擴增曲線與熔解曲線見附錄A的A.3）。c）30<Ct（或Cp）值≤35，且熔解曲線與陽性對照相符，判定為疑似，再次檢測仍介于此區(qū)間，判定為陽性。被檢樣品是否感染RHDV2描述及判定檢測結(jié)果符合以下描述時，分別判定RHDV2陰性或RHDV2陽性。a）無Ct（或Cp）值或Ct（或Cp）>35，判為陰性；若Ct（或Cp）值≤35，且無特異性熔解曲線，判為陰性。b）Ct（或Cp）值≤30，且出現(xiàn)典型的擴增曲線，熔解曲線Tm值為83.0?℃±0.4?℃，表示樣品中存在RHDV2核酸，判為陽性（RHDV2樣品擴增曲線與熔解曲線見附錄A的A.3）。c）30<Ct（或Cp）值≤35，且熔解曲線與陽性對照相符，判定為疑似，