產(chǎn)前外顯子組測序遺傳咨詢及報(bào)告規(guī)范

5產(chǎn)前外顯子組測序遺傳咨詢及報(bào)告規(guī)范本標(biāo)準(zhǔn)旨在規(guī)定產(chǎn)前遺傳學(xué)診斷中外顯子組測序（ES）的檢測前咨詢、知情同意書、數(shù)據(jù)分本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了產(chǎn)前遺傳學(xué)診斷中，外顯子組測序（ES）的應(yīng)用前提、知情同意、檢測前中后本標(biāo)準(zhǔn)適用于具備產(chǎn)前診斷資質(zhì)（分子遺傳）的醫(yī)院或與其合作建立的大學(xué)分子診斷實(shí)驗(yàn)室以及獨(dú)立醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所等機(jī)構(gòu)在開展NGS測序技術(shù)對胎兒標(biāo)本進(jìn)行程規(guī)范管理（包括但不局限于數(shù)據(jù)分析、結(jié)果判讀以及報(bào)告出具過程下列文件對于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版GB/T34798-2017核酸數(shù)基因序列中能夠編碼產(chǎn)生蛋白質(zhì)氨基酸序列的部分，在人類基因組中往往呈不連續(xù)的片段分外顯子組測序exomesequencing；ES基于大規(guī)模并行測序的原理，在基因組范圍內(nèi)對某一部分編碼序列或者全部編碼序列進(jìn)關(guān)檢測，用于分析存在于基因組中的某些變異的一臨床/醫(yī)學(xué)外顯子組測序技術(shù)clinical/medicalexomesequenc6基于下一代測序技術(shù)，對目前已明確的與疾病相關(guān)的基因編碼以及相關(guān)非編碼序列進(jìn)行打包全外顯子組測序wholeexomeseque基于下一代測序技術(shù)，對所有已知的人類基因編全基因組測序wholegenomesequen基于下一代測序技術(shù)，對整個(gè)人類基因組序列進(jìn)行全覆蓋檢測的一NT——頸項(xiàng)透明層（NuchalTranslucency）DNA——脫氧核糖核酸（DeoxyribonucleicAciPCR——聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PolymerSTR——短串聯(lián)重復(fù)序列（ShortTandeSNP——單核苷酸多態(tài)性（SingleNuSOP——標(biāo)準(zhǔn)操作流程（StandardOperationPOMIM——在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫（OnlineMendelianDGV——人類基因組結(jié)構(gòu)變異數(shù)據(jù)庫（DatabaseofGenomicVariaACMG——美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)（AmericanCollegeofMedicalGeneticsandNomenclature）HGVS——人類基因組變異協(xié)會(huì)（HumanGenomeVariationSociety）CHPO——中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語聯(lián)盟（ChineseHumanPhenotypeOntologyConsortLDT——實(shí)驗(yàn)室自建方法檢測（LaboraLOF——喪失功能（LossofFunct5檢測前咨詢、知情同意書及產(chǎn)前診斷申請單要求7學(xué)發(fā)現(xiàn)胎兒存在結(jié)構(gòu)畸形的情況進(jìn)行相關(guān)遺傳病因?qū)W篩查。對于有過不良孕產(chǎn)史但本次妊娠未見胎兒畸形的情況、孕婦或家屬想排查遺傳病以及緩減焦慮的情況，目前階段暫不推薦使用該項(xiàng)檢胎兒表型信息主要以超聲等影像學(xué)檢查結(jié)果作為參考依據(jù)，因此超聲檢查指標(biāo)及檢測原因等協(xié)商，對于成年期腫瘤以及與胎兒表型不相關(guān)的父母遺傳病攜帶狀態(tài)等意外發(fā)現(xiàn)情況是否需要報(bào)對于外單位已有的檢測結(jié)果應(yīng)當(dāng)有應(yīng)對和評(píng)估機(jī)制以及相關(guān)處理流程和SOP。咨詢醫(yī)生應(yīng)當(dāng)性、外顯率和表現(xiàn)度的差異等特殊情況而導(dǎo)致對預(yù)后及表型預(yù)測的困難，以及可能存在h)可能檢測到腫瘤易感性變異、遲發(fā)性疾病相關(guān)的基因、基因組變異，告知是否書面報(bào)告i)在不涉及病人隱私及利益的前提下，標(biāo)本和數(shù)據(jù)有可8j)知情告知及擬開檢查申請單的臨床咨詢醫(yī)生、孕婦分別簽字（知聯(lián)系電話、申請科室、申請醫(yī)生、申請日期、樣本類型、臨床初步診斷（如有）c)胎兒超聲或磁共振等影像學(xué)信息：盡可能詳細(xì)、建議復(fù)印或拍照胎兒影像f)標(biāo)本的接收情況：實(shí)驗(yàn)室核對申請單及標(biāo)本信息應(yīng)當(dāng)根據(jù)胎兒異常情況和孕周盡早決定檢測方案和取材方式，如早孕期檢出的胎兒結(jié)構(gòu)畸形c)產(chǎn)前臍血標(biāo)本：STR分型實(shí)驗(yàn)或d)流產(chǎn)或死胎組織標(biāo)本：建議盡早取材，e)雖然胎兒及父母ES可以分辨有無樣本交叉污染，但鑒于成本和檢測周期考慮，所有行9c)非胎源性標(biāo)本，如臍血中混有大量母血，絨毛中以評(píng)估檢測方案的精密度和準(zhǔn)確度等指標(biāo)，并制定現(xiàn)行有效的SOP，如SOP有修改，應(yīng)當(dāng)重新進(jìn)分析流程進(jìn)行性能確認(rèn)[12,13]。對于使用無國家藥品監(jiān)督管理局（NationalMedicalProductsAdministration，NMPA）醫(yī)療器械注冊證的儀器和試劑開展檢測時(shí)，應(yīng)當(dāng)依照LDT[14]進(jìn)行項(xiàng)目要求參加每年度國家衛(wèi)健委臨檢中心組織的室間質(zhì)評(píng)，以評(píng)估實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)檢測、分析9產(chǎn)前外顯子組測序的數(shù)據(jù)分析規(guī)范產(chǎn)前ES下機(jī)數(shù)據(jù)應(yīng)當(dāng)進(jìn)行兩條獨(dú)立的生信管線分析，采用兩套不同開源軟件、商業(yè)軟件或自建算法進(jìn)行含數(shù)據(jù)質(zhì)控、過濾和注釋等全流程雙人雙線獨(dú)立分析再匯總報(bào)告。所采用的生信分析測序）驗(yàn)證的含變異位點(diǎn)的樣本的檢出敏感性和特異性等指標(biāo)。評(píng)估分析生信管線的精密度、準(zhǔn)9.1產(chǎn)前外顯子組測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制測序平臺(tái)的相關(guān)測序錯(cuò)誤率、有效數(shù)據(jù)量，覆蓋情況（未覆蓋區(qū)域以及低深度區(qū)域）；覆蓋均一）；矯正和驗(yàn)證，需要對每個(gè)樣本建立臨床級(jí)別的數(shù)據(jù)質(zhì)量關(guān)鍵指標(biāo)來定義其可以接受的敏感度（sensitivity）和特異度（specificity）。對于有異常的數(shù)據(jù)質(zhì)量關(guān)鍵指標(biāo)，需要有明確的預(yù)9.2變異分類原則OMIM、Genereviews、Uniprot等數(shù)據(jù)庫報(bào)道情況、實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部數(shù)據(jù)庫收錄情況、普通人群頻率一個(gè)或多個(gè)可信來源（公共數(shù)據(jù)庫或文獻(xiàn)）已明確其致病性，即使該基因的變異存在外顯不全和表現(xiàn)度差異也應(yīng)判定為致病性。需要特別注意，致病性變異（pathogenic）并非臨床表型相可能致病多篇文獻(xiàn)已證實(shí)或權(quán)威數(shù)據(jù)庫報(bào)道為良性變異，特別是良性特性已經(jīng)非常明確或是常見的多可能良性臨床意義不明確9.2.3變異分類依據(jù)變異致病性證據(jù)鏈和良性證據(jù)鏈參見表1，各級(jí)證據(jù)的強(qiáng)弱程度根據(jù)PVS1：當(dāng)一個(gè)疾病的致病機(jī)制為功能喪失【注：1）該基因的LOF是否是導(dǎo)致該疾病PS2：患者的新發(fā)變異，且無家族史(經(jīng)雙親執(zhí)行標(biāo)準(zhǔn)[23]評(píng)級(jí)時(shí)不使用PS1和PM5證據(jù)亦至達(dá)到2.PS2與PM6互相排斥，只能取其一，基因內(nèi)CNV證據(jù)鏈?zhǔn)褂眯薷慕ㄗh[22]PVS1_stand-alone可以單獨(dú)判或者OR值來評(píng)估，建議位點(diǎn)OR大于5.0且PM1：位于熱點(diǎn)突變區(qū)域，和/或位于已PM3：在隱性遺傳病中，在反式位置上檢測PM4：非重復(fù)區(qū)框內(nèi)插入/缺失或終止密），使用PS3建議依照ClinGen規(guī)范[24]證者例數(shù)來計(jì)算[19]對于常染色體隱性遺的熱點(diǎn)區(qū)域建議使用，如KCNQ4基因第271-292氨基酸[16]0.002%和0.07%[16]，部分PM5：新的錯(cuò)義突變導(dǎo)致氨基酸變化，此變變PM6：未經(jīng)父母樣本驗(yàn)證的新發(fā)變異使用一次。】[25]），用PP2證據(jù)[26][27]4.表型一般不用于判斷位點(diǎn)致病性，除非是相關(guān)疾病表型很特異，且遺傳方式ACAD9,GJB2,HFE,MEFV,PIBF1,ACAD5,BTD）[28]或基因的BS1應(yīng)用頻率有建議，如RASopathy，等位基因頻率>0.025[29-30]RepeatMasker工具欄查詢重復(fù)區(qū)域位基因產(chǎn)物無影響，包括保守性預(yù)測、進(jìn)化預(yù)測、剪接位點(diǎn)影響等?！咀ⅲ河捎谧鲱A(yù)測時(shí)許多生物信息算法使用相同或非常相似的輸入，每個(gè)算法不應(yīng)該算作一個(gè)獨(dú)立的標(biāo)準(zhǔn)。BP4在任何一個(gè)變異的評(píng)估中只能使用一(b)2個(gè)中等(PM1～PM6)和≥2個(gè)支(v)2個(gè)中等(PM1～PM6)和≥2個(gè)支持(PP19.3數(shù)據(jù)分析流程因組注釋數(shù)據(jù)庫、變異數(shù)據(jù)庫等，各個(gè)軟件和數(shù)據(jù)庫應(yīng)當(dāng)備注版本號(hào)和日較大差異，小至數(shù)個(gè)基因的panel到全外顯子CNV檢測時(shí)會(huì)面臨信號(hào)不連續(xù)和斷點(diǎn)不準(zhǔn)確的問題，WGS可以較為全面的檢測CNV。從下機(jī)數(shù)據(jù)到鑒于胎兒表型信息不足、胎兒的快速發(fā)育變化以及目前醫(yī)學(xué)對于疾病的認(rèn)知水平所限，產(chǎn)前的基因（查詢網(wǎng)址：/kb/gene-validity其余基因上的發(fā)現(xiàn)應(yīng)該在檢測前知情同意書限定的范圍內(nèi)進(jìn)行報(bào)告，且僅在結(jié)果附表中做為額外發(fā)現(xiàn)報(bào)告（如結(jié)果描述中需寫明基因名（規(guī)范名稱，避免使用舊稱）、轉(zhuǎn)錄本號(hào)、變異位置（須規(guī)范）和類型（編碼區(qū)變異需注明氨基酸改變）。所有對基因變異的描述均應(yīng)當(dāng)依照人類基因組變異協(xié)會(huì)InternationalSystemforHumanCy），），范名稱，避免使用舊稱）、轉(zhuǎn)錄本號(hào)、變異位置（須規(guī)范）和類型（編碼區(qū)變異需注明氨基酸改對“范圍內(nèi)”基因所檢測到評(píng)價(jià)為“致病性”和“可能致病性”的涉及一個(gè)或數(shù)個(gè)外顯子的需要對每一個(gè)變異的臨床意義提供說明，含分類依據(jù)或代表性病例的相關(guān)產(chǎn)前產(chǎn)后臨床表現(xiàn)并給與書面咨詢意見詳見附錄C）所涉及疾病的相關(guān)特異性表型（如“草莓頭”、“臼齒征”）與胎兒超聲超聲或MRI表現(xiàn)部分吻合的，可以報(bào)告，但臨床意義描述不可帶有傾向性度較低，且變異位點(diǎn)所在基因?yàn)殡[性遺傳致病方式，又未能發(fā)現(xiàn)另一個(gè)“致病性”或“可能致病”對“范圍內(nèi)”基因的“良性”或“可能良性”的變異建議不對“范圍外”基因的“致病性”和“可能致病性”變異，建議以意外發(fā)現(xiàn)形式報(bào)告。以下情a)兒童期發(fā)病的疾病（如代謝?。┫嚓P(guān)變異b)成年后發(fā)?。ㄈ缗两鹕┗蛞赘行约膊。ㄈ缛橄侔┫嚓P(guān)變異不建議報(bào)告；對“范圍外”基因的“臨床意義不明確”建議結(jié)合臨床具體情況以意外發(fā)現(xiàn)形式報(bào)b)變異相關(guān)非特異性表型（如“腸管回聲增強(qiáng)”、“脈絡(luò)叢囊腫”）與胎且變異所在基因?yàn)殡[性遺傳致病方式，又未能發(fā)現(xiàn)另一個(gè)“致病性”或“可能致病”或“意義不明確”位點(diǎn)的，可以不報(bào)告；對“范圍外”基因的“良性”或“可能良性”建議不報(bào)嵌合變異的報(bào)告與否遵照以上原則進(jìn)行。需要注明嵌合比例、組織來源以及變異位點(diǎn)的測序深度。若區(qū)域測序深度不夠，不足以判斷嵌合，不建議報(bào)告嵌合，應(yīng)建議進(jìn)一步深度的情況下進(jìn)行，否則不建議報(bào)告胎兒性別。如果涉及意外發(fā)現(xiàn)的伴性遺傳致病變異及可能致病變異，建議報(bào)告.對于不符合遺傳規(guī)律的變異案例，首先需要排除實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)的問題，比如樣本錯(cuò)當(dāng)胎兒與父母間存在不符合孟德爾遺傳規(guī)律的遺傳現(xiàn)象時(shí)，如能證實(shí)為父母存在嵌合重分析原始數(shù)據(jù)的機(jī)制，建議重分析間隔周期為一年，檢測報(bào)告在必要時(shí)可根據(jù)臨床需求進(jìn)行更b)基本信息部分：樣本編號(hào)；受檢者姓名；孕婦年齡；唯一身份識(shí)別號(hào)；送檢科室；申請c)臨床診斷：超聲或核磁共振等影像學(xué)信息，臨床初步診斷的據(jù)鏈應(yīng)當(dāng)作為報(bào)告附件一并提供。需要強(qiáng)調(diào)的是，致病變異可能由于遺傳異質(zhì)性、外顯h)遺傳咨詢意見：針對檢測結(jié)果給出后續(xù)建議，如出生預(yù)后、治療方案、疾病管理、再發(fā)i)具有產(chǎn)前診斷分子遺傳資質(zhì)實(shí)驗(yàn)室技師、具有產(chǎn)前診斷資質(zhì)且副高以上的遺傳咨詢醫(yī)師建議建立完善的隨訪體系，追蹤胎兒結(jié)局，記錄活產(chǎn)兒或引產(chǎn)、流產(chǎn)物的詳細(xì)表型。對攜帶出生后的情況、智力發(fā)育和體格發(fā)育等）。建議至少在孕24周左右（三維彩超情況）、出生后再次告知檢測范圍和檢測方法，陽性報(bào)告應(yīng)對“致病”、“可能致病”和“意義不明”的具體含義進(jìn)行清楚告知；對于基因及變異，根據(jù)咨詢者需求爭取解釋明白；咨詢意見部分應(yīng)當(dāng)就涉及疾病的表型、一般病程、治療方式及預(yù)后等方面進(jìn)行解釋。陰性報(bào)告應(yīng)當(dāng)給予下一步檢測或干預(yù)策無可避免的，醫(yī)師會(huì)遇到咨詢者攜帶外單位檢測報(bào)告來尋求咨詢。此時(shí)醫(yī)師應(yīng)當(dāng)在保留足夠的時(shí)間看清楚外單位報(bào)告所寫內(nèi)容的前提下進(jìn)行咨詢，必要時(shí)可預(yù)約下次咨詢。外單位報(bào)告僅能就所寫內(nèi)容進(jìn)行客觀解釋，不宜過分解讀，如確有必要，可以建議重新分析數(shù)據(jù)[醫(yī)師應(yīng)當(dāng)就患胎狀況的再發(fā)風(fēng)險(xiǎn)合理評(píng)估、充分解釋。對于陰性報(bào)告應(yīng)當(dāng)告知?dú)堄囡L(fēng)險(xiǎn)；對于陽性報(bào)告，尤其涉及外顯不全和嵌合變異位點(diǎn)的時(shí)候應(yīng)當(dāng)妊娠患胎的孕婦很可能有心理焦慮的問題，尤其是多次妊娠出現(xiàn)問題的家庭。醫(yī)師應(yīng)當(dāng)對心理焦慮給予足夠的重視和疏導(dǎo)。注意咨詢言語，盡可能避免“都怪…”等問責(zé)心母胎醫(yī)學(xué)專業(yè)醫(yī)師的審核。對于復(fù)雜疑難病例，應(yīng)當(dāng)建立長效的會(huì)診機(jī)制，由多個(gè)相關(guān)專業(yè)技術(shù)建議實(shí)驗(yàn)室建立并定期更新內(nèi)部和外部數(shù)據(jù)庫，對陰性病例、可能致病和臨床意義不明確的遺傳病是指由遺傳物質(zhì)發(fā)生改變而引起的疾病，種類繁多，致死、致殘率高，大多缺乏有效地治療手段。遺傳病可能遺傳自父母，也可能是胚胎發(fā)育過程中產(chǎn)生的變異。不同遺傳病有多種不同的遺傳方式，大都有可能遺），3.本檢測應(yīng)用的DNA來自受檢者血液或其他體細(xì)胞，而非生殖細(xì)胞，因此4.鑒于檢測技術(shù)和醫(yī)學(xué)認(rèn)知水平所限，目前產(chǎn)前ES僅限于超聲或核磁發(fā)現(xiàn)胎于有過不良孕產(chǎn)史但本次妊娠未見胎兒畸形的情況、孕婦或家屬想排查遺傳病以及緩減焦慮的情況，不推薦使用6.本檢測僅依據(jù)醫(yī)生或孕婦申請單上臨床信息內(nèi)容7.本檢測報(bào)告范圍為與胎兒表型相關(guān)的ClinGen數(shù)據(jù)庫提示具有“強(qiáng)證據(jù)（strong/definitive）”以變異以意外發(fā)現(xiàn)形式報(bào)出。對“意義不明確”變異需結(jié)合臨床具體情況以意外發(fā)現(xiàn)形式報(bào)告9.本檢測結(jié)果未檢出明確致病位點(diǎn)并不代表胎出生后無其他異常，需要綜合多項(xiàng)檢測報(bào)告和胎兒影像信息進(jìn)行綜合評(píng)估、隨訪及遺傳咨詢，必要時(shí)可補(bǔ)充臨床10.由于胎兒超聲影像受到許多因素限制，胎兒遺傳性疾病的基因型與表型相關(guān)性有限，變異與臨床疾病相關(guān)性11.本檢測仍然是一個(gè)不斷發(fā)展的領(lǐng)域，變異解讀受制于文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)庫的及時(shí)性、新基因發(fā)現(xiàn)、疾病復(fù)雜程度、臨床案例增加及醫(yī)學(xué)科學(xué)發(fā)展的限制，同時(shí)變異位點(diǎn)的致病性可能會(huì)隨時(shí)間的推移而改變，后續(xù)可能需要進(jìn)行位3.本檢測相信所提供的臨床信息全部準(zhǔn)確6.考慮到檢測的復(fù)雜性和可能產(chǎn)生的影響，在檢測過程中及知曉檢測結(jié)果后，受檢者可能會(huì)出現(xiàn)不同程度的精神8.受檢者同意在去掉所有個(gè)人信息后,檢測數(shù)據(jù)可用于非盈利目的科研，相關(guān)標(biāo)本允許醫(yī)院及檢測機(jī)構(gòu)對檢測涉及2.我了解本檢測的技術(shù)局限性，我并未得到該項(xiàng)檢測技術(shù)百分之百準(zhǔn)確的許諾，并且檢測結(jié)果僅對本次送檢樣本），受檢者/法定監(jiān)護(hù)人簽名_______________**單位名**產(chǎn)前外顯子組測序申請單實(shí)驗(yàn)室編號(hào)：的標(biāo)本同時(shí)送檢**單位**產(chǎn)前外顯子組測序報(bào)告實(shí)驗(yàn)室編號(hào):920039403孕婦姓名:***年齡:**歲診療卡號(hào)/住院號(hào):*****送檢科別/單位:***送檢時(shí)間:2020-05-19標(biāo)本類型:臍血檢查目的:全外顯子檢測（父母子）送檢醫(yī)生:***臨床診斷:***************************孕婦基因型:******孕婦丈夫基因型:******先證者基因型:******胎兒取材母體DNA污染鑒定結(jié)果:D13S305、D18S978、D21S11等11個(gè)STR位點(diǎn)測序分析提示無母體DNA污染病史概要:超聲提示胎兒NF8.0mm。孕婦本人雙下肢稍彎曲，身高130cm，其丈夫身高160cm，孕婦母親身高155cm，父親165cm，姑姑110cm，弟弟173cm,兩個(gè)姐姐均160cm。檢測結(jié)果：920039401*******父親未檢測到與臨床表型相關(guān)的基因明確致病變異920039402*******母親未檢測到與臨床表型相關(guān)的基因明確致病變異920039403*******--疑似致病:RAF1基因(NM_002880)c.788T>A(p.V263D)雜合【遺傳咨詢意見】1.本次檢測結(jié)果及遺傳咨詢意見均基于現(xiàn)有臨床資料，為了保證結(jié)果分析的順利進(jìn)行，我們認(rèn)為臨床信息準(zhǔn)確可靠。2.RAF1基因突變與(1)擴(kuò)張型心肌病1NN型、(2)Leopard綜合征2型、(3)Noonan綜合征5型(OMIMID:615916/611554/611553)相關(guān)，呈AD遺傳。(1)臨床表現(xiàn)主要為左心室射血分?jǐn)?shù)降低，二尖瓣反流，室性心律失常和擴(kuò)張型心肌??；(2)臨床表現(xiàn)主要為身材矮小，雀斑樣痣，面部、眼部異常，心肌或瓣膜異常等；(3)臨床表現(xiàn)主要為身材矮小，面部、眼部異常，先天性心臟病，肥厚型心肌病，發(fā)育遲緩，NT增厚等。3.以上變異未見相關(guān)病例報(bào)道，請結(jié)合臨床解釋基因結(jié)果。建議孕婦家族成員行相應(yīng)位點(diǎn)檢測。4.建議進(jìn)一步遺傳咨詢。【核心結(jié)果解讀】根據(jù)美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)(ACMG)指南(Richardsetal.,2015)，提示基因RAF1的c.788T>A突變?yōu)橐粋€(gè)疑似致病突變位點(diǎn)，與常染色體顯性遺傳疾病Noonansyndrome5（努南綜合征2.證據(jù)鏈1）RAF1:NM_002880.3:exon7:c.788T>A:p.V263D變異：疑似致病（PS2+PM1+PM2+PP3）強(qiáng)致病性證據(jù)PS2：該變異為家系樣本中經(jīng)雙親驗(yàn)證的新發(fā)變異；中等致病性證據(jù)PM1：該變異發(fā)生于關(guān)鍵功能域[PMID:29493581]；中等致病性證據(jù)PM2：該變異在人類外顯子數(shù)據(jù)庫(ExAC)、參考人群千人基因組(1000G)和人群基因組突變頻率數(shù)據(jù)庫(gnomAD)中沒有發(fā)現(xiàn)；支持致病性證據(jù)PP3：經(jīng)GERP等對其進(jìn)行保守性預(yù)測，結(jié)果顯示該位點(diǎn)進(jìn)化上保守，具有潛在的功能影響；經(jīng)SIFT和Polyphen等對其進(jìn)行蛋白功能預(yù)測，結(jié)果顯示為有害；該已知致病突變在HGMD數(shù)據(jù)庫中評(píng)定為DM；該已知致病突變在ClinVar數(shù)據(jù)庫中評(píng)定為P[PMID:22821648]。疾病特征與本案例表型相符度：部分相符經(jīng)公共數(shù)據(jù)庫查詢，基因RAF1(OMIM:164760)的突變會(huì)導(dǎo)致常染色體顯性遺傳疾病Noonansyndrome5（努南綜合征5型）(OMIM:611553,Schulzetal.,2012)。Noonansyndrome5（努南綜合征5型）主要表現(xiàn)為：羊水過多、隱睪、寬嘴、巨頭畸形、內(nèi)眥贅皮、下頜前突、眼距過寬、低位耳、頸蹼、短頸、下斜瞼裂、上瞼下垂、胸骨異常、智力殘疾、全面發(fā)育遲緩、羊水過多、房間隔缺陷、肥厚性心肌病、肺動(dòng)脈狹窄、面部形狀異常、卷曲樣發(fā)、肘外翻、色素痣、身材矮小、鼻梁凹陷、前額突出、心律失常、厚嘴唇?！酒渌糠忠馔獍l(fā)現(xiàn)位點(diǎn)結(jié)果】基因位點(diǎn)染色體位置（參考基因組版本）人群頻率（數(shù)據(jù)庫）親本來源該表格是選擇與表型相關(guān)或致病可能性較高的位點(diǎn)列出，結(jié)果僅供臨床參考?！緳z測范圍及聲明】1.本報(bào)告結(jié)果只對本次送檢樣品負(fù)責(zé)。2.本檢測主要針對外顯子組區(qū)域及剪切邊界15bp范圍內(nèi)的單堿基變異(SNVs)和外顯子區(qū)域50bp以內(nèi)的插入/缺失(InDels)、染色體非整倍體以及100Kb以上基因組拷貝數(shù)變異(CNVs)。3.本檢測不包含poly結(jié)構(gòu)、串聯(lián)重復(fù)序列、富含GC區(qū)域以及存在同源相似序列（假基因），同時(shí)對50bp以上的插入/缺失(InDels)存在一定的局限性。4.由于外顯子組捕獲的技術(shù)局限性，目前外顯子組檢測不能保證覆蓋100%的外顯子區(qū)域。5.報(bào)告結(jié)果不能排除因母源污染造成的影響以及低比例嵌合的可能性，結(jié)果僅供臨床參考。（strong/definitive）”以上的基因的致病性或疑似致病性變異位點(diǎn)；對臨床意義不明確變異建議結(jié)合具體情況報(bào)出。此范圍外的基因的致病性或疑似致病性變異以意外發(fā)現(xiàn)形式報(bào)出。對臨床意義不明確變異結(jié)合臨床具體情況以意外發(fā)現(xiàn)形式報(bào)出。對于數(shù)據(jù)庫或文獻(xiàn)中認(rèn)為的良性/可能良性變異不在報(bào)告中列出。7.對于檢測到的腫瘤易感性變異、遲發(fā)性疾病相關(guān)基因、基因組變異，根據(jù)協(xié)商決定是否書面報(bào)告此類結(jié)果?？赡芤?yàn)檫z傳/表型異質(zhì)性、外顯率和表現(xiàn)度差異等特殊情況而導(dǎo)致對預(yù)后及表型預(yù)測困難的情況。8.本檢測陰性結(jié)果不排除由單親二體UPD；染色體平衡易位、倒位、環(huán)狀；生殖細(xì)胞嵌合；表觀遺傳學(xué)；多基因病及其他非遺傳因素（感染、藥物、輻射等環(huán)境因素）引起的可能性。9.檢測數(shù)據(jù)分析僅依據(jù)醫(yī)生或患者提供的臨床信息，同時(shí)變異解讀受制于文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)庫的及時(shí)性，所報(bào)告的變異與臨床疾病相關(guān)性需要由臨床醫(yī)生結(jié)合患者表型綜合分析。10.不排除因?yàn)榛蚬δ艿难芯窟M(jìn)展而更改檢測結(jié)果臨床意義的可能。檢驗(yàn)者:****審核者:****醫(yī)師簽名：****醫(yī)師簽名：****報(bào)告日期:20**-**-**備注：此報(bào)告僅對此送檢標(biāo)本負(fù)責(zé)！結(jié)果僅供醫(yī)生參考。由醫(yī)師簽名后此報(bào)告方能生效！本附件擬初次圈定產(chǎn)前ES報(bào)告范圍，所列基因有兩個(gè)來源：1、ClinGen校對基因-疾病相關(guān)證據(jù)強(qiáng)度strong以上清單（/kb/gene-validity2020年8月3日檢索，共586個(gè)），此處省略，請根據(jù)需要自行檢索；2、未經(jīng)ClinGen校對，但OMIM數(shù)據(jù)庫中收錄的基因，且有產(chǎn)前（prenatal）或胎兒（fetus,fetal）相關(guān)記錄，提及胎兒表型、有產(chǎn)前診斷記錄或明確的出生致死致殘疾病相關(guān)基因（,2020年8月3日檢索校對，共487個(gè)基因羅列如下：OMIM基因號(hào)基因名OMIM號(hào)基因基因名OMIM基因號(hào)基因名100690CHRNA1600709IARS1607194PTF1A100720CHRND600722PPT1607261EVC2100730CHRNG600725SHH607295MYO18B102545ACTG2600829INPPL1607379NF2102610ACTA1600838FOXN1607423POMT1106150AGT600856CDKN1C607439POMT2106165AGTR1600857SDHA607440FKTN107323ALDH7A1600890HADHA607465CDAN1107400SERPINA1600900SGCB607542KCNQ1107580TFAP2A600922MYLK607585108370ASNS600993SMAD4607608SMPD1108746ATP6V1E1601002GSS607623NPC1112264BMP1601015NPC2607759ITGA2B114190CALCRL601019SLC6A9607783MESD117143CENPE601150DDX11607800ABCA12120120COL7A1601215607830FRAS1120130COL4A1601296MUSK607839GBE1120140COL2A1601309PTCH1608053ETFA120150COL1A1601313PKD1608111FANCL120160COL1A2601411SGCD608124XYLT1120280COL11A1601428RNU4ATAC608148120436MLH1601570WNT7A608160SOX9121011GJB2601573EZH2608166SEMA3E123101MSX2601620TBX5608272NEU1124015POR601623UBE3A608303LGI4125647DSP601656608307CPS1126340ERCC2601683COQ7608310ASL126375DNMT1601719TBX4608329MYRF126650SLC26A3601728PTEN608441SYNE1130410ETFB601735SMARCD1608603GLDN133530ERCC5601758PEX12608626STRADA134797FBN1601785PMM2608667NIPBL134934FGFR3601860HSD17B4608669BNC2136350FGFR1601897ZNF148608699BMPER136352FLT4601902ORC1608744SLC25A24136850FH601920JAG1608750ALG3137167GGCX602021PPP1R12A608755TSEN54138250ALDH18A1602023CLCNKB608786PC141800HBA1602054TBX1608801GCDH141900HBB602063TALDO1608892CHD7142200HBG1602115FGF10608945FREM2142250HBG2602117NDN608958ADA142994MNX1602136PEX1609058MMUT147370IGF1R602149PITX1609309MSH2147440IGF1602346CNTNAP1609317TRIM36147470IGF2602375MRPL12609332TTC7A147556ITGA6602410BRPF1609353ESCO2147557ITGB4602421CFTR609367KIFBP147570IFNG602486POP1609382IER3IP1147670INSR602490NRIP1609390FIG4147700IDH1602536RAB3GAP1609412ERCC8150325LAMB2602630TGIF1609413ERCC6150330LMNA602667NBN609449NDE1151443LIFR602690SDHD609575ACADVL153454PLOD1602694NDUFS4609577CUL7157660RMRP602716NPHS1609591RIT1159555KMT2A602744GNPAT609712PKLR160760MYH7602769DNMT3A609720CRB2160775MYH9602775SHOC2609721PKD1L1161650NEB602858DHCR7609797BICD2164757BRAF602860BUB1B609855COASY164761RET602880GDF1609883MKS1164770CSF1R602937CITED2609884TMEM67164790NRAS603051AGPS610000CEP55164870ERBB2603073ZIC2610087PRMT7164874FOXG1603157PIK3R2610107OSGEP165240GLI3603197PNPLA6610178KIAA0586167420PRRX1603287PNPO610308B3GLCT170993PEX2603297DYNC2H1610326RNASEH2B171760ALPL603371GLE1610339P3H1172400GPI603381FLNB610436RTTN172480PSPH603464CDK10610516GLYCTKPOU1F1603474RPS19610693HYLS1173335ENPP1603507LRP6610745STRA6173350PLG603590LARGE1610804SLC35D1173470ITGB3603604PLA2G6610865FLVCR2174763POLG603646COX15610936PSAT1176300TTR603647BCS1L610937RPGRIP1L176310PBX1603673PTCH2611061FAM20C176730INS603707MOCS1611204CCDC88C176876PTPN11603711CYP7B1611254KIF7176943FGFR2603714SIX3611279KIF14179820REN603722ELP1611458GLB1180901RYR1603729SGPL1611499GUSB182279SNRPN603756ABCG2611565KIAA1109182282SNRPB603780RECQL4611654CSPP1182530SOS1603785MPDZ612013CC2D2A185620SURF1603799CHST3612243ADGRG6188450TG603861SLC25A15612316188830PRKAR1A603868RAB27A612325ICK190020HRAS604063ITGA8612349190151ERBB3604115KCNQ1OT1612360NDUFAF5190990TPM2604285AGXT612753CCBE1191092TSC2604322SLC17A5612758TAPT1191170TP53604366DNAI1613018194363XRCC4604404GPC6613111CTSA231675ETFDH604500ZNHIT3613165CANT1232000PCCA604501TRIP4613363WDR34232050PCCB604505TRIP11613441TCN2238300GLDC604580FBLN5613468ASAH1238310AMT604588NEK1613497LIPA243305INVS604592TCIRG1613524SDCCAG8252800IDUA604597GRIP1613629PIEZO2300005MECP2604610BLM613665ACKR1300011ATP7A604613TBX18613742G6PC300017FLNA604614TBX19613815CYP21A2300037GPC3604766NPHS2613846TCTN2300072USP9X604831EVC613899FANCC300080RBM10604896MKKS613915ZBTB42300121DCX605010SPINK5614010IMPAD1300126DKC1605011ADAMTS3614068IFT43300160DDX3X605031PLK4614123TMCO1300169AIFM1605073TRIM37614140SPECC1L300170OFD1605202NANS614184DIS3L2300188MED12605248MCOLN1614215ASCC1300197ATP6AP1605270SGSH614218WDR81300205EBP605283MAGEL2614258POLR3A300248IKBKG605284TSC1614295BICC1300265ZIC3605313RBM8A614423TMEM237300275NSDHL605377DMPK614571C5ORF42300292FOXP3605427TRPV4614631CRPPA300294MBTPS2605481ASPM614757IFITM5300371ABCD1605490LONP1614783POC1A300377DMD605497614949TMEM231300392605522LMBR1614982SMCHD1300394605593SF3B4615247POMK300401PLP1605610PNKP615291B3GALT6300403NDUFB11605622PCDH12615292FAM111A300415MTM1605802ZEB2615316IBA57300451EDA605880KAT6B615322NRROS300461OTC605881SLC35C1615340KLHL40300481CYBB605906LDB3615462WDR60300485BCOR605925PCNT615521300502PDHA1605981UBR1615587NUP188300535OCRL605984EED615759KIDINS220300552MID1606034RNASEH2A615787NADK2300629AP1S2606036ARNT2615944C2CD3300658NDP606045IFT122615951ZSWIM6300746F9606097PIGN616112LMOD3300823IDS606144RAB23616144WDR73300826606374B3GAT3616146TGDS300841F8606418DHCR24616215CREB3L1300897ZC4H2606463GBA616254CLPB300951RNF113A606480ZMPSTE24616365SCYL2305371606521SLC25A19616615CSGALNACT1308000HPRT1606566MYLK2617083DYNC2LI1308840L1CAM606580617094IFT52309550FMR1606596FKRP617371ZNF462309850MAOA606609TREX1617608ALPK3311770PIGA606622SMARCAL1618227LRRC56313700AR606680TRPV6618570TRIM71600011EPHB4606681NSD1600529AUH600014SMARCA2606692TRAF7600548HSPA9600024LBR606702PKHD1600650CPT2600037OTX2606718SLC26A2600667FZD2600098RRAS2606800GAA600678MSH6600185BRCA2606822POMGNT1607035SUFU600236CENPF606847TCOF1607093MTHFR600259PMS2606879PHGDH607117MCPH1600359KCNJ1606938UROS607139FANCA600414PEX5606941ALG9607186SEC24D600463ALDH1A3606979COG8600509ABCC8607008ACADMPerinatalQualityFoundation.JointPositionStatementfromth2018;38(1):6-9.doi:10.1002/pd.52020;22(4):675-680.doi:10.1038/s41436-019-GenetMed.2020;22(3):453-461.doi:10.1038/s41436-019-066Counselors,PerinatalQualityFoundation,andSocietyforMater