CHIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)方法簡(jiǎn)介教程

ChromatinImmunoprecipitationAssay

(ChIP)染色質(zhì)免疫沉淀試驗(yàn)基因體現(xiàn):反式因子和順式作用元件之間互相作用。真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的互相作用是闡明真核基因體現(xiàn)機(jī)制的基本途徑。概述原理措施比較舉例

基因表達(dá)調(diào)控功能基因組學(xué)

染色質(zhì)免疫沉淀試驗(yàn)(CHIP)研究體內(nèi)DNA－蛋白質(zhì)互相作用的重要工具。它不僅可以敏捷地檢測(cè)目的蛋白與特異DNA片段的結(jié)合狀況，還可以用來(lái)研究組蛋白與基因體現(xiàn)的關(guān)系。概述原理措施比較舉例CHIP原理在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段通過(guò)免疫學(xué)措施沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段對(duì)目的片斷的純化與檢測(cè)概述原理措施比較舉例概述原理措施比較舉例操作環(huán)節(jié)一、固定在活細(xì)胞狀態(tài)下，用甲醛固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物，然后用化學(xué)（微球菌酶）或者機(jī)械（超聲波）的手段將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段。二、免疫沉淀運(yùn)用目的蛋白質(zhì)的特異抗體通過(guò)抗原-抗體反應(yīng)形成DNA-蛋白質(zhì)-抗體復(fù)合體，然后沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段。三、純化與檢測(cè)經(jīng)蛋白質(zhì)與DNA解偶聯(lián)，DNA片段純化等處理后，用PCR等措施檢測(cè)DNA與蛋白質(zhì)的結(jié)合狀況.概述原理措施比較舉例概述原理措施比較舉例注意事項(xiàng)超聲波破碎條件的選擇抗體量的選擇PCR反應(yīng)條件的選擇概述原理措施比較舉例Input對(duì)照陽(yáng)性對(duì)照：如組蛋白抗體陰性對(duì)照：陰性引物條件選擇對(duì)照設(shè)置比較：蛋白質(zhì)-DNA互相作用常用措施凝膠電泳遷移率變化分析（EMSA）DNaseⅠ足跡法（footprinting）染色質(zhì)免疫沉淀試驗(yàn)(CHIP)體內(nèi)體外概述原理措施比較舉例EMSACHIP由于許多轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白有相似或相同的DNA結(jié)合位點(diǎn)，EMSA獲取的結(jié)果不一定能真實(shí)地反映體內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白和DNA結(jié)合的狀況。能真實(shí)完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白，是目前確定與特定蛋白結(jié)合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結(jié)合的蛋白質(zhì)的最好方法。概述原理措施比較舉例應(yīng)用舉例概述原理措施比較舉例MantovaniF,ToccoF,GirardiniJ,etal.TheprolylisomerasePin1orchestratesp53acetylationanddissociationfromtheapoptosisinhibitoriASPP.NatStructMolBiol.Oct;14(10):912-920.概述原理措施比較舉例SalehA,Alvarez-VenegasR,AvramovaZ.Anefficientchromatinimmunoprecipitation(ChIP)protocolforstudyinghistonemodificationsinArabidopsisplants.NatProtoc.;3(6):1018-1025.擴(kuò)展應(yīng)用舉例CHIP-on-chip概述原理措施比較舉例ChiSW,ZangJB,MeleA,DarnellRB.ArgonauteHITS-CLIPdecodesmicroRNA-mRNAinteractionmaps.Nature.Jul23;460(7254):479-486.概述原理措施比較舉例crosslinkingim