DB21-T3253-2020-小反芻獸疫病毒實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)方法-遼寧省

ICS11.220DB21B41遼寧省地方標(biāo)準(zhǔn)DB21/T3253—2020小反芻獸疫病毒實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)方法Developmentthemethodofreal-timefluorescentRT-PCRfordetectionofPPRV遼寧省市場(chǎng)監(jiān)督管理局發(fā)布DB21/T3253—2020目次前123456789言..............................................................................II范圍................................................................................1規(guī)范性引用文件......................................................................1縮略語..............................................................................1原理................................................................................1儀器和器材..........................................................................1試劑和引物..........................................................................2操作步驟............................................................................2試驗(yàn)成立條件與結(jié)果判定..............................................................4檢測(cè)過程中防治交叉污染的措施........................................................410廢棄物處理.........................................................................5IDB21/T3253—2020前言本標(biāo)準(zhǔn)按照GB/T1.1—2009給出的規(guī)則起草。本標(biāo)準(zhǔn)由動(dòng)物衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)（遼寧）提出。本標(biāo)準(zhǔn)由遼寧省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳歸口。本標(biāo)準(zhǔn)起草單位：遼寧省農(nóng)業(yè)發(fā)展服務(wù)中心、洛陽萊普生信息科技有限公司、遼寧佰瑞生物科技有限公司。本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人：鄧文超、石霖、魏園園、吳繼陽、張皓淳、王冰、張?chǎng)?、王竹、劉金玲、董娜、高原、楊作豐、彭瀟瀟、姚偉、里里、陳騰、胡影。本標(biāo)準(zhǔn)發(fā)布實(shí)施后，任何單位和個(gè)人如有問題和意見建議，均可以通過來電和來函等方式進(jìn)行反饋，我們將及時(shí)答復(fù)并認(rèn)真處理，根據(jù)實(shí)際情況依法進(jìn)行評(píng)估及復(fù)審。歸口管理部門通訊地址：遼寧省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳（沈陽市和平區(qū)太原北街2號(hào)），聯(lián)系電話標(biāo)準(zhǔn)起草單位通訊地址：遼寧省動(dòng)物及產(chǎn)品檢疫中心（沈陽市沈河區(qū)萬柳塘路105號(hào)甲），聯(lián)系電話IIDB21/T3253—2020小反芻獸疫病毒實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)方法1范圍本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了小反芻獸疫病毒實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)方法的技術(shù)要求。本標(biāo)準(zhǔn)適用于在生物安全Ⅱ級(jí)（BSL-2）以上的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行小反芻獸疫病毒病的診斷、監(jiān)測(cè)及流行病學(xué)調(diào)查，適用于反芻動(dòng)物血液血清、淋巴結(jié)及口鼻棉拭子中小反芻獸疫病毒核酸的RT-PCR檢測(cè)。2規(guī)范性引用文件下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅所注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB/T19495.2-2004轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)要求中華人民共和國農(nóng)業(yè)部公告第302號(hào)（《獸醫(yī)實(shí)驗(yàn)室生物安全技術(shù)管理規(guī)范》）農(nóng)業(yè)部關(guān)于印發(fā)《病死及病害動(dòng)物無害化處理技術(shù)規(guī)范》的通知（農(nóng)醫(yī)發(fā)[2017]25號(hào)）3縮略語DEPC：焦炭酸二乙酯（diethylpyrocarbonate）RT-PCR：反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（reversetranscriptionpolymerasechainreaction）dNTP：脫氧核糖核苷三磷酸（deoxy-ribonucleosidetriphosphate）PBS：磷酸鹽緩沖液（phosphatebuffersolution）TAE：三羥甲基氨基甲烷-乙酸電泳緩沖液（Trisacetate-EDTAbuffer）4本方法針對(duì)小反芻獸疫病毒高度保守區(qū)域設(shè)計(jì)特異性引物和探針，在反應(yīng)體系中含小反芻獸疫病毒基因組模板的情況下，PCR反應(yīng)得以進(jìn)行并釋放熒光信號(hào)。利用儀器對(duì)PCR過程中相應(yīng)通道的信號(hào)強(qiáng)5臺(tái)式冷凍離心機(jī)（離心范圍0～20000r/min）冰箱：4℃±1℃，-20℃±1℃，-80℃±1℃1DB21/T3253—20205.3全自動(dòng)熒光定量PCR儀（ABI7000、ABI7300、ABI7500、ABI7900、BIO-RadCFX384Touch、BIO-RadCFX96Touch等）5.45.5離心管：15mL、1.5mL和0.2mL。微量可調(diào)移液器：100～1000μL，20～200μL，10～100μL，5～50μL，2～20μL，0.5～10μL，0.2～2μL。6試劑和引物6.1RNA抽提試劑：Trizol外觀為淡粉色，于4～8℃保存。6.26.36.4氯仿：-20℃預(yù)冷。異丙醇：-20℃預(yù)冷。DEPC水：去離子水中加入0.1%DEPC，37℃作用1h或室溫過夜，121±1℃高壓滅菌15min。6.575%乙醇：用無水乙醇和DEPC水配制，-20℃預(yù)冷。6.66.7陽性對(duì)照：PPRV細(xì)胞培養(yǎng)物。陰性對(duì)照：滅菌水。6.8PrimeScriptTMoneStepRT-PCRkitVer.2試劑盒。6.9PBS：磷酸鹽緩沖液（0.02mol/LpH7.2）。引物：用于RT-PCR反應(yīng)的引物濃度為20μmol/L。注：本標(biāo)準(zhǔn)中使用的試劑，除另有說明外，所有實(shí)驗(yàn)使用的試劑等級(jí)均為不含RNA或RNase的分析純或生化試劑；所有試劑均用無RNA酶污染的無菌的容器分裝。7采樣時(shí)要將拭子深入口腔、鼻腔來回刮3~5次，取口腔、鼻腔分泌液，將拭子放入有1.0mLPBS的采用靜脈采血方法，使用無菌注射器抽取羊只血液樣品置于離心管中待檢或者靜置后取上清待檢。取少量樣品（2~3g）于研缽或勻漿器中研磨,加10mLPBS混勻，然后將研磨勻漿轉(zhuǎn)入無菌離心管中，4℃，3000r/min離心10min取上清液轉(zhuǎn)入無菌的1.5mL離心管中，編號(hào)待檢。2DB21/T3253—2020采集或處理的樣品在2～8℃條件下保存應(yīng)不超過24h；若需長(zhǎng)期保存，應(yīng)放置-80℃冰箱，但應(yīng)避免反復(fù)凍融（凍融不超過3次）。采集的樣品密封后，采用保溫壺或保溫桶加冰密封，在6～8h之內(nèi)運(yùn)送到實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)。按照《獸醫(yī)實(shí)驗(yàn)室生物安全技術(shù)管理規(guī)范》進(jìn)行樣品的生物安全標(biāo)識(shí)。7.2熒光RT-PCR檢測(cè)7.2.1RNA提取RNA的提取可采用手動(dòng)提取或者使用商品化試劑盒提取，但是注意提取時(shí)設(shè)立陽性對(duì)照、陰性對(duì)照。7.2.1.1手動(dòng)提取RNA的操作步驟7.2.1.1.1將750μLTrizol加入1.5mL滅菌離心管中，然后加入250μL待檢樣品，顛倒混勻后室溫靜置3～5min。7.2.1.1.27.2.1.1.2再加入250μL氯仿，混勻器上振蕩混合15s（或用手反復(fù)顛倒混勻），4℃下13000r/min離心15min。7.1.1.1.3小心吸取450μL上清液轉(zhuǎn)移至裝有500μL異丙醇的1.5mL滅菌離心管中，顛倒混勻。-20℃室溫靜置15min，4℃13000r/min離心10min。7.1.1.1.4棄上清液，加入1mL75%的DEPC乙醇，4℃下13000r/min離心10min。重復(fù)洗滌2次。7.1.1.1.54000r/min離心10s，用微量移液器小心將殘余液體吸干，室溫干燥3～10min。7.1.1.1.6干燥后用20μLDEPC水溶解管壁上的RNA，冰上保存?zhèn)溆?；若需長(zhǎng)期保存應(yīng)放置-70℃冰反應(yīng)體系的成分：去離子水7.5ul，上游引物PPRVF0.5ul，下游引物PPRVR0.5ul，探針PPRVP(10umol/L)0.5ul，2╳qPCRMasterMix12.5ul，Taq聚合酶0.5ul，反轉(zhuǎn)錄酶0.5ul，加入PCR反應(yīng)管后震蕩離心混勻。打開PCR反應(yīng)管蓋，加入PCR反應(yīng)液20μL,加入樣本模板5μL，陽性對(duì)照和陰性對(duì)照也各加5μL，記錄加樣順序。蓋好PCR管蓋，將PCR反應(yīng)液與樣本模板振蕩混勻后，4℃，2000r/min，離心10s。將PCR反應(yīng)管轉(zhuǎn)移到PCR區(qū)進(jìn)行上機(jī)。開機(jī)預(yù)熱并檢驗(yàn)儀器性能。取樣本準(zhǔn)備區(qū)準(zhǔn)備好的PCR反應(yīng)管，放置在儀器樣品槽相應(yīng)位置，并記錄放置順序。3DB21/T3253—20207.2.4.3按表1設(shè)置儀器擴(kuò)增相關(guān)參數(shù)，進(jìn)行PCR擴(kuò)增表1儀器擴(kuò)增相關(guān)參數(shù)體系信號(hào)采集反應(yīng)體系設(shè)為25μL小反芻獸疫病毒—FAM通道采集熒光信號(hào)。階段條件50℃：10min循環(huán)數(shù)反轉(zhuǎn)錄預(yù)變性11PCR反應(yīng)條件95℃：3min95℃：5sPCR55℃：60s45（此階段結(jié)束時(shí)采集熒光信號(hào)）8試驗(yàn)成立條件與結(jié)果判定試驗(yàn)成立條件8.1陽性對(duì)照：Ct值≤30，有明顯指數(shù)增長(zhǎng)，呈典型的S