Genemapper 微衛(wèi)星分析中文操作指南.doc

GeneMapper 軟件微衛(wèi)星分析中文簡(jiǎn)易操作手冊(cè) 設(shè)定微衛(wèi)星分析方法：1. 登錄軟件2. 創(chuàng)建分析所需kit、panel和marker等參數(shù)；3. 創(chuàng)建新文件，導(dǎo)入數(shù)據(jù)；4. 設(shè)置分析參數(shù)；5. 執(zhí)行初始分析；5. 創(chuàng)建Bin以及Bin Set； 微衛(wèi)星分析流程：分析并檢查結(jié)果：1. 編輯分析方法；2. 分析數(shù)據(jù)；3. 查看結(jié)果；打印并導(dǎo)出數(shù)據(jù)（可選）：1. 打印結(jié)果；2. 導(dǎo)出結(jié)果。軟件術(shù)語(yǔ)介紹：術(shù)語(yǔ)定義Analysis Parameters軟件中分析樣品所使用的特定設(shè)置；用于計(jì)算片段大小和基因型，這些特定設(shè)置包括analysis method, size standard 和panelbin在marker 內(nèi)設(shè)定等位基因的片段大小和顏色bin set等位基因特定實(shí)驗(yàn)條件下一組binmarker微衛(wèi)星標(biāo)記，通過(guò)位點(diǎn)名稱、片段大小、熒光標(biāo)記和重復(fù)長(zhǎng)度進(jìn)行設(shè)定panelMarker組合kitpanel 組合一 設(shè)定微衛(wèi)星分析方法：1. 登錄GeneMapper軟件：1.1 選擇開(kāi)始 - All Programs - Applied Biosystems - GeneMapper-GeneMapper ；或雙擊桌面快捷方式 打開(kāi)軟件；1.2 登錄GeneMapper軟件：用戶名默認(rèn)為gm，在Passwprd中輸入密碼，點(diǎn)擊OK進(jìn)入GeneMapper軟件2 創(chuàng)建分析所需kit、panel和marker等參數(shù): 2.1 點(diǎn)擊軟件上方工具欄Tools，選擇Panel Manager；2.2 在Panel Manager對(duì)話框中，選中1 Panel Manager，點(diǎn)擊2 新建 Kit；于New Kit對(duì)話框中依次輸入Kit名稱，Kit類型，并點(diǎn)擊OK保存設(shè)置；2.3 在Panel Manager對(duì)話框中，選中1 STR KIT，點(diǎn)擊2 新建 Panel；3中輸入Panel名稱；2.4 選中1 STR panel，點(diǎn)擊2 新建Marker，在3 位置依次輸入Marker Name (Marker名稱) ，Dye Color (熒光標(biāo)記種類) ，Min Size，Max Size (片段最小值和最大值) ，Marker Repeat (重復(fù)次數(shù)) ；2.5 重復(fù)2.4步驟，完成所有Marker設(shè)置， 點(diǎn)擊OK保存；3. 創(chuàng)建新文件，導(dǎo)入數(shù)據(jù)： 3 .1 點(diǎn)擊1 新建文件夾，在2 Project Type中文件夾類型選擇Microsatellite ，點(diǎn)擊OK；3.2 導(dǎo)入數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊1 Add Samples To Project 添加數(shù)據(jù)，在彈出的對(duì)話框中選擇待分析數(shù)據(jù)，通過(guò)3 Add To List 添加到右邊的面板中，點(diǎn)擊4 Add完成數(shù)據(jù)添加；4. 設(shè)置分析參數(shù)：4.1 完成數(shù)據(jù)添加后，在1 位置，Analysis Method中選擇New Analysis Method 新建分析方法；在彈出的對(duì)話框中選擇分析類型 2 Microsatellite，點(diǎn)擊OK確認(rèn)；4.2 設(shè)置分析參數(shù)：在Analysis Method Editor中，點(diǎn)擊1 General，填寫(xiě)2 Name（分析方法名稱）；之后點(diǎn)擊3 Allele，在將4 Bin Set選擇none；其它參數(shù)為軟件默認(rèn)，不需要 修改；點(diǎn)擊OK確認(rèn)；4.3 選定好之前設(shè)定的分析方法，在后續(xù)的欄目中設(shè)定Panel 和Size Standard（分子量?jī)?nèi)標(biāo)）；4.4 完成分析參數(shù)設(shè)定后，選中Analysis Method，Panel和Size Standard欄目，點(diǎn)擊1File，選擇2Fill Down；此時(shí)，Analysis Method，Panel和Size Standard欄目會(huì)使用之前選定的分析參數(shù)；也可以使用鼠標(biāo)分別選擇；4.5 保存分析文件：點(diǎn)擊File，選擇Save Project，輸入文件夾名稱：5. 執(zhí)行初始分析：5.1 點(diǎn)擊分析按鈕1，分析數(shù)據(jù)：5.2 在1 Genotypes中查看初步分析結(jié)果，或通過(guò)2 Display Plots選項(xiàng)查看樣品分型圖：5.3 在樣品分型圖界面中，Plot Setting選擇 Microsatellite Default；通過(guò)軟件上方的快捷按鈕編輯數(shù)據(jù)顯示方式：6 創(chuàng)建Bin Set：6.1 打開(kāi)ToolsPanel Manager，選中1 STR Kit，點(diǎn)擊2 新建Bin Set，在彈出的New Bin Set 對(duì)話框 3中輸入Bin Set名稱：6.2 添加參考數(shù)據(jù)：6.2.1 確保1 Bin Set已選擇新建的Bin Set，選中2 STR Panel，此時(shí)會(huì)顯示出之前新建的每個(gè)Marker，點(diǎn)擊3 Add Reference Data 添加參考數(shù)據(jù)；6.2.3 在Add Microsatellite Reference Data對(duì)話框中，選擇1 參考數(shù)據(jù)，通過(guò)2 Add To List 添加至右面的面板中，點(diǎn)擊3 Add，完成添加：6.3 生成Bin Set：完成參考數(shù)據(jù)添加后，點(diǎn)擊1 Auto Bin，之后使用軟件默認(rèn)參數(shù)，點(diǎn)擊2 OK，自動(dòng)生成Bin Set：6.4 編輯Bin Set：分別選中每個(gè)Marker 1 查看其對(duì)應(yīng)的Bin，選中2 Bin，右鍵進(jìn)行Bin的編輯或者刪除，也可通過(guò)軟件3處的快捷圖標(biāo)進(jìn)行Bin的編輯；完成后點(diǎn)擊OK生成Bin Set；二 分析并檢查結(jié)果：1. 編輯分析方法：點(diǎn)擊軟件上方快捷圖標(biāo)1 Analysis Method Editor，將Allele中的2 Bin Set修改為之前新建的Bin Set，其他參數(shù)保持默認(rèn)，點(diǎn)擊OK；2. 點(diǎn)擊分析按鈕再次分析數(shù)據(jù)，通過(guò)Genotypes查看分型結(jié)果，或選中數(shù)據(jù)通過(guò)Display Plots查看樣品分型圖；選中需要查看的數(shù)據(jù)，否則無(wú)法查看Samples Plot：查看樣品分型圖：三 打印并導(dǎo)出數(shù)據(jù)（可選）：1. 在View中選擇不同的界面（Samples，G