序列比對(duì),構(gòu)建進(jìn)化樹.doc

1從NCBI上下載某個(gè)基因在其他物種的序列比如，下載caveolin基因在其他物種的序列NCBI地址：/在search一欄的下拉列表中選擇Nucleotide,for后面的一欄中輸入自己要查詢的基因。完畢，點(diǎn)擊GO確認(rèn)?？傻玫揭幌陆Y(jié)果：每一條記錄分別是某個(gè)物種的caveolin的序列，以第10條記錄為例，稱為GenBank 登錄號(hào)。為拉丁文的人類的字母，表示物種，表示基因名稱（caveolin基因家族共有3個(gè)主要基因，分別稱為1，2，3）表示此序列為cDNA,不含內(nèi)含子。 下圖中的NEXT表示翻頁(yè)，查看剩余的記錄。打開第10條記錄可看到下圖：現(xiàn)在你需要保存下來(lái)得就是上面的這一串（堿基）核酸序列。復(fù)制黏貼（包括上面表示順序的數(shù)字）到TXT文本中備用。打開DNAMAN軟件，左上角點(diǎn)擊file-new，出現(xiàn)下圖：可以把先前從NCBI下載的序列（保存到TXT文本中得）復(fù)制到箭頭指示處，得到：并按照上圖左上角file-save as(注意此文件得保存名稱為保存的此物中得名稱)，已上是DNAMAN軟件中seq序列格式的保存方法。2 序列編輯和比對(duì)（DNAMAN軟件）你們實(shí)驗(yàn)PCR得到的序列只是某個(gè)基因上的一部分，所以為了進(jìn)行不同物種間的比對(duì)，要把下載下來(lái)的其他物種的某個(gè)基因的序列進(jìn)行刪減，以使兩段基因是大約相同長(zhǎng)度的片段進(jìn)行比對(duì)。以人類caveolin1基因?yàn)槔f(shuō)明一下。按照1，2，3得順序依次打開，得到下圖：點(diǎn)擊上圖中的1，你會(huì)得到下圖，點(diǎn)擊2是清楚所有剛才選進(jìn)比對(duì)的序列（為了重新選擇序列），3是有選擇的刪除某個(gè)序列。當(dāng)然，把你的所有準(zhǔn)備的序列保存好以后，從查找范圍這個(gè)下拉列表中尋找你要比對(duì)的序列?？梢园醋trl點(diǎn)擊你要比對(duì)的幾個(gè)序列（同時(shí)選中）選完點(diǎn)擊 打開。再點(diǎn)下圖中得確定鍵。得到下圖：找好這兩個(gè)物種重合的那個(gè)核苷酸的序號(hào)（前后兩段都是），然后打開你保存的seq格式的序列，數(shù)出剛才比對(duì)重合部分的后端的堿基數(shù)，把這個(gè)堿基后面的序列刪掉，再用此方法把比對(duì)重合部分前段得序列刪掉，保存。注：此處比對(duì)得兩個(gè)序列一個(gè)是你實(shí)驗(yàn)得到的基因序列，另一個(gè)是從NCBI下載的其他物種的序列，一般情況下你試驗(yàn)得到的測(cè)序序列會(huì)短于下載的其他物種的序列，所以要在這里進(jìn)行下載的序列的編輯。把你已經(jīng)編輯好的序列按照上述比對(duì)方法（用你的實(shí)驗(yàn)得到的序列和同基因在其他物種的序列（并且是你已經(jīng)掐頭去尾編輯過(guò)的）兩兩比對(duì)，可以得出某個(gè)基因在兩兩物種之間的同源性）如下圖：橢圓中的數(shù)字就是某基因在兩個(gè)物種間的同源性。另一種獲得兩物種某基因之間同源性的方法是：打開NCBI網(wǎng)站/點(diǎn)擊箭頭指示的blast，得到：點(diǎn)擊箭頭指示處在1空白處黏貼上你的測(cè)序序列，2處選中，點(diǎn)擊下面的blast你將得到一個(gè)你測(cè)序序列與多個(gè)物種間某個(gè)基因的同源性。如下圖：1為物種名稱及描述，2為同源性為了進(jìn)行比對(duì)，要把序列格式轉(zhuǎn)化成FASTA格式。轉(zhuǎn)化方法：新建TXT格式文檔，第一排開始先寫一個(gè)大于號(hào)（）,緊接著是寫上物種名稱。如上圖。另起一行，把該物種的某基因的序列拷貝上。注：這里的要拷貝過(guò)來(lái)的序列是經(jīng)過(guò)上一步的掐頭去尾的序列，得到：然后保存。方法：文件-另存為-保存類型選所有文件-文件名：物種名稱.Fasta3 序列比對(duì)與進(jìn)化樹構(gòu)建，（可拷貝到你的論文中的圖片）打開Clustaxl軟件，單擊在左上角的文件，載入序列，就可載入一條fasta格式的序列了。載入完一條之后再點(diǎn)擊添加序列就可載入第二條序列，后面要載入更多的序列也是點(diǎn)擊添加序列。載入完你要比對(duì)的序列后點(diǎn)擊編輯下的選定全部序列，接著點(diǎn)擊比對(duì)-進(jìn)行完全比對(duì)。得到：點(diǎn)擊 對(duì)齊 1是進(jìn)化樹文件的保存路徑和名稱，2是序列比對(duì)文件的路徑和名稱。保存完這兩個(gè)文件，可以用MEGA軟件分別打開它們。下圖為序列比對(duì)文件打開后的界面：1為選定的格式，2為文件保存的名稱和路徑。用MEGA軟件打開此文件。得到這樣一個(gè)界面：1是指物種名稱，2處的星號(hào)是指物種間同源的序列部分，星號(hào)空缺的地方是指不一樣的堿基。把全部序列比對(duì)的界面一次截屏黏貼到你論文中。下面打開的是進(jìn)化樹的文件，界面如下：可以通過(guò)截圖把下面這個(gè)圖拷貝到你論文