如何使用mega.doc

用MEGA4做進(jìn)化樹的步驟1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索 ，獲得所需要的序列，并保存為txt格式。2.對(duì)所搜到的序列名稱進(jìn)行修改：注意種名保留例如：H2-8。利用CLUSTAL X 軟件進(jìn)行多序列比對(duì)，同時(shí)進(jìn)行修飾序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列變整齊。如下圖所示對(duì)序列名稱進(jìn)行修改修飾后如下：3、修飾好保存，會(huì)有兩個(gè)格式的文件.aln、.dnd保存，打開MEGA4。4、MEGA4只能打開meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比對(duì)文件轉(zhuǎn)換過來，我們?cè)谶@里用aln格式（Clustal的輸出文件）轉(zhuǎn)換meg文件。點(diǎn)File:Convert to MEGA Format.打開轉(zhuǎn)換文件對(duì)話框，如下圖所示：5、選擇文件和轉(zhuǎn)換文件對(duì)話框，選擇aln文件，點(diǎn)OK。如下圖所示：保存到文件夾6、轉(zhuǎn)換好的meg文件，點(diǎn)存盤保存meg文件，meg文件會(huì)和aln文件保存在同一個(gè)目錄，如下圖所示：7、關(guān)閉轉(zhuǎn)換窗口，回到主窗口，現(xiàn)在點(diǎn)面板上的“Click me to activate a data file”打開剛才的meg文件 。如下圖所示：8、程序會(huì)自動(dòng)識(shí)別序列的類型，如果識(shí)別錯(cuò)誤，請(qǐng)手工選擇數(shù)據(jù)類型。然后點(diǎn)OK就行了。如下圖所示：有錯(cuò)誤的地方可手工刪除：可刪除9、數(shù)據(jù)輸入之后的樣子，窗口下面有序列文件名和類型10、現(xiàn)在可以開始做系統(tǒng)進(jìn)化樹了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap驗(yàn)證的進(jìn)化樹分析，Bootstrap驗(yàn)證是對(duì)進(jìn)化樹進(jìn)行統(tǒng)計(jì)驗(yàn)證的一種方法，可以作為進(jìn)化樹可靠性的一個(gè)度量。各種算法雖然不同，但是操作方法基本一致。如下圖所示：所得系統(tǒng)樹如下：也可以切換樹的顯示模式調(diào)整樹顯示選項(xiàng)，比如樹枝的粗細(xì)，字體以及字體大小等最后通過得出的系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行分析，可看出物種之間的親緣關(guān)系，每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表其各分支的最近共同祖先，節(jié)點(diǎn)間的線段長(zhǎng)度對(duì)應(yīng)演化距離。距離越近，同源性越高，距離