分子生物學(xué)常用基本詞匯表(最新整理)_1

1、a英 文 名 詞中 文 名 詞解 釋a （ adenine ）腺嘌呤作為堿基的兩種嘌呤中的一種。active site活化位點(diǎn)蛋白質(zhì)三維表面催化作用發(fā)生的區(qū)域。alignment比對(duì)為了確定兩個(gè)同源核酸或蛋白質(zhì)序列的累計(jì)差異而進(jìn)行的配對(duì)稱為比對(duì)。alignment ofalignments比對(duì)的比對(duì)即比對(duì)的對(duì)象不是簡單的序列，而是序列的比對(duì)。alleles等位基因一個(gè)基因的不同版本。alpha carbon 碳在氨基酸中與側(cè)鏈（ r- 基團(tuán)）相連的中心碳原子。alternativesplicing可變剪接從一個(gè)單獨(dú)的 hnrna 生成兩個(gè)或多個(gè) mrna分子的過程。amino terminus

2、 (n-terminal)氨基端（ n 端）在一個(gè)多肽中，具有自由氨基的分子端， 對(duì)應(yīng)于基因的 5- 端。anti-parallel反向平行表示相反的方向；在雙鏈 dna 中，這意味著如果一條鏈?zhǔn)?5 到 3 的，則其互補(bǔ)鏈方向 是 3 到 5 的。bbase pair堿基對(duì)（1）在雙鏈 dna 中嘌呤和嘧啶之間的相互作用（特別指 a 和 t 之間，g 和 c 之間）；（2）雙鏈 dna 序列長度的基本單位。beta turns 轉(zhuǎn)角在反向平行的 折疊片中，當(dāng) 鏈反轉(zhuǎn)方向的時(shí)候蛋白質(zhì)內(nèi)部形成的 u 型結(jié)構(gòu)bioinformatics生物信息學(xué)應(yīng)用信息科學(xué)的理論、方法和技術(shù)，管理、分析和利用生物

3、分子數(shù)據(jù)。biocomputing生物計(jì)算本書中特指用計(jì)算機(jī)技術(shù)分析和處理生物分子數(shù)據(jù)。basic local alignment searchtool ( blast)基本的局部比對(duì)搜索工具（ blast ）一種常用的序列數(shù)據(jù)庫搜索工具。blotting and hybridization印跡和雜交將分子（通常是核酸分子）從 凝膠轉(zhuǎn)移到膜上，接著用綁定有特定感興趣的分子的標(biāo)記探針進(jìn)行洗脫的過程。bootstrap test自舉檢驗(yàn)對(duì) 置信程度進(jìn)行量化的檢驗(yàn)。branch and boundmethod分支約束法一種空間搜索方法，通過約束條件減少搜索空間，提高搜索效率。branches分支在

4、系統(tǒng)發(fā)生樹中，通過分支連接兩個(gè)節(jié)點(diǎn)。cc ( cytosine)胞嘧啶作為堿基的兩種嘧啶中的一種。caat boxcaat 盒大多數(shù)真核啟動(dòng)子具有的一段短序列，其片段模式為 c-a-a-t ， 通常出現(xiàn)在 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游 80 個(gè) 核苷酸的地方。許多因子可以與 caat 盒結(jié)合 。carboxy terminus羧基端在多肽鏈中，含有羧酸基團(tuán) ( cooh) 的分子端，對(duì)應(yīng)于基因的 3 - 端。cdna （complementarydna ）cdna ( 互補(bǔ)dna)通過逆轉(zhuǎn)錄酶從 rna 模板合成的 dna 。cdna librarycdna 文庫從 mrna 序列中產(chǎn)生的所有 dna 序

5、列的集合。這種類型的文庫只包含編碼蛋白質(zhì)的dna （基因）。central dogma中心法則從基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白質(zhì)的過程（ dna ? rna ? protein ）。character特征在 系統(tǒng)發(fā)生樹中 ， 具有有限狀態(tài)數(shù)的特征。charged amino acid帶電氨基酸在一定的生物 ph 值下，帶有正電或負(fù)電的氨基酸。chromatin染色質(zhì)在真核生物細(xì)胞核內(nèi)部由大量 dna 以及與此相關(guān)的組蛋白組成的近似均勻混合物。chromosome染色體在原核生物，包含一個(gè)細(xì)胞基因組的 dna 分子稱為染色體。在真核生物中，與蛋白質(zhì)復(fù)合在一起、包含大量遺傳信息的線型dna

6、 分子。clone克隆無性繁殖，如生物體克隆、基因克隆等。cloning克隆在類染色體載體中插入特定的 dna 一段，使得它們可以在活細(xì)胞中得以保存并復(fù)制。coding sequence編碼序列dna 序列中為蛋白質(zhì)編碼的部分。codon密碼子基因編碼部分的三核苷酸組合，對(duì)應(yīng)于一個(gè)特定的氨基酸。complementary互補(bǔ)的（ 1 ）通過氫鍵連接的核苷酸對(duì)（ g 和 c;a 和 t; a 和 u ） ；（ 2 ）核苷酸鏈的反向平行對(duì)。computationalmolecular biology計(jì)算分子生物學(xué)主要研究分子生物學(xué)數(shù)據(jù)的分析方法，開發(fā)分析工具。conformation構(gòu)象蛋白質(zhì)的空

7、間構(gòu)象。consensus sequence一致序列在兩個(gè)或多個(gè)同源序列的每一個(gè)位置上多數(shù)出現(xiàn)的核苷酸或氨基酸組成的序列conserved sequence保守序列在進(jìn)化過程中基本保持不變的核酸與蛋白質(zhì)序列，它們往往與特定的功能相對(duì)應(yīng)。contig連續(xù)交疊群基因組測(cè)序過程中將許多短的序列片段鏈接成很長的連續(xù)片段。convergent evolution趨同進(jìn)化指相似基因型或表型性狀的獨(dú)立進(jìn)化。例如 ， 眼睛在各種生物體 （ 如哺乳動(dòng)物、軟體動(dòng)物以及昆蟲 ） 中獨(dú)立進(jìn)化 ， 結(jié)構(gòu)各異。core fold核心折疊構(gòu)成蛋白質(zhì)空間形狀的基本模式。cpg islandcpg 島在 哺乳類動(dòng)物基因組中的一

8、個(gè) 500bp 到3000bp 的區(qū)域 ， 該區(qū)域中的二核苷酸cpg 的含量比其他區(qū)域的正常水平要高。通常，與此相關(guān)的是真核生物管家基因的啟動(dòng)子區(qū)域。crystal晶體由分子的規(guī)則排列組成的固體結(jié)構(gòu)。ddegeneracy簡并性指某些氨基酸可以被一個(gè)以上的三聯(lián)密碼子編碼的特性。denatured protein變性蛋白質(zhì)指蛋白質(zhì)因?yàn)槭軣嶙饔没蛘呷ノ蹌┗蚰蛩氐然瘜W(xué)作用而失去了正常的三級(jí)結(jié)構(gòu)和四級(jí)結(jié)構(gòu)的結(jié)果。deoxyribonucleic acid (dna)脫氧核糖核酸 （dna ）由相連的核苷酸組成的雙鏈生物二聚體 ， 其核苷酸含有脫氧糖基。dna 是遺傳的分子基礎(chǔ)。dipeptide二肽由

9、一個(gè)肽鍵連成的兩個(gè)氨基酸。disulfide bond二硫鍵二硫鍵是蛋白質(zhì)中兩個(gè)半胱氨酸側(cè)鏈之間形成的化學(xué)鍵 。dnadna參見 脫氧核糖核酸。domain域（結(jié)構(gòu)域）指蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中相對(duì)獨(dú)立的、具有特定功能的空間區(qū)域。dot plot點(diǎn)陣圖對(duì)兩條序列進(jìn)行圖形化比較的方法。圖形中的一系列的斜線對(duì)應(yīng)于序列相似的區(qū)域。dynamic programming動(dòng)態(tài)規(guī)劃一種可以有效地探求一定復(fù)雜問題的各種可能的解決方案的程序；它將一個(gè)問題合理分解成一些小的子問題，然后利用部分計(jì)算解得到最終答案。eenhancer增強(qiáng)子可以與真核轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合的 dna 序列片段。增強(qiáng)子序列可以在任何一個(gè)方向上起到逐漸

10、增加轉(zhuǎn)錄水平的作用。enzyme酶一種生物催化劑（通常是 蛋白質(zhì)），能通過降低活化能使特定的化學(xué)反應(yīng)可以更快地進(jìn)行。est （ expressed sequence tags ）est 表達(dá)序列標(biāo)簽從 cdna 的 5 或 3 端獲取的短的 dna 片段。euchromatin常染色質(zhì)指真核生物中組蛋白高度甲基化（ 乙?；?？）并且 dna 低度甲基化的開放染色質(zhì)。exhaustive search窮舉搜索對(duì)問題所有可能的解進(jìn)行評(píng)估。exon外顯子一個(gè) hnrna 分子的各個(gè)部分，它們被剪接后連在一起形成 mrna 。expressionprofile表達(dá)譜基因在不同時(shí)空的表達(dá)模式。ffamil

11、y家族在整個(gè)長度范圍內(nèi)有多于 50 的氨基酸序列相同的蛋白質(zhì)稱為一個(gè)家族。fold折疊通常和術(shù)語“結(jié)構(gòu)模體”有近似的含義，但是特別暗示在兩個(gè)或更多的蛋白質(zhì)中具有相似二級(jí)結(jié)構(gòu)的大區(qū)域。fourfold degenerate site四重簡并位點(diǎn)指那些改變一個(gè)核苷酸為任何其它三個(gè)中的一個(gè)都對(duì)核糖體將氨基酸插入到蛋白質(zhì)沒有影響的密碼子位點(diǎn)。gg （ guanine ）g （ 鳥嘌呤）兩種嘌呤中的一種。gap penalty空位罰分為了減少序列比對(duì)中出現(xiàn)的空位，對(duì)空位進(jìn)行減分的操作。gaps空位在兩個(gè)具有共同祖先序列的比對(duì)中，為了反映插入或刪除所引入的一個(gè)或一些破折號(hào)。gc contentgc 含 量

12、在 dna 序列中，核苷酸 g 、 c 的組成 相對(duì)于 a 、 t 的比例 。gelelectrophoresis凝膠電泳指在電場(chǎng)的作用下，使帶電分子穿過聚丙烯酰胺、淀粉或者瓊脂糖凝膠，從而根據(jù)其大小和帶電性進(jìn)行分離的過程。gene基因dna 或 rna 中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一種遺傳的功能單元，它控制著一個(gè)或多個(gè)性狀的傳遞和表達(dá)。gene content基因內(nèi)容一個(gè)基因組所包含的所有基因稱為該基因組的基因內(nèi)容。gene expression基因表達(dá)利用存儲(chǔ)在 dna 中的信息來合成 rna 分子，進(jìn)而生成相應(yīng)蛋白質(zhì)的過程。geneidentification基因識(shí)別利用各種方法

13、識(shí)別基因組中的基因序列。gene ontology基因本體論關(guān)于基因和蛋白質(zhì)知識(shí)的標(biāo)準(zhǔn)詞匯，是今后實(shí)現(xiàn)各種與基因相關(guān)數(shù)據(jù)的統(tǒng)一、進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、開展數(shù)據(jù)挖掘的基礎(chǔ)。gene order基因次序基因在染色體上的排列順序。gene tree基因樹基于同源基因分析得到的系統(tǒng)發(fā)生樹。genetic map遺傳圖譜以具有多態(tài)性的遺傳標(biāo)記為“路標(biāo)”，以遺傳學(xué)距離為圖距的基因組圖譜。genome基因組一個(gè)生物體全部遺傳物質(zhì)的總和。genomics基因組學(xué)研究基因組序列，研究序列與功能的關(guān)系， 研究基因組中所包含的遺傳信息。genomic library基因文庫包含有基因組 dna 插入的克隆片段集合。geno

14、type基因型一個(gè)個(gè)體或群體全部或部分的基因組成。global alignment全局比對(duì)在全局范圍內(nèi)對(duì)兩條序列進(jìn)行比對(duì)打分的方法。gu-ag rulegu ag 規(guī) 則這是一條與真核生物蛋白質(zhì)編碼基因相關(guān)的規(guī)則，說的是 rna 內(nèi)含子序列 5 端 的起始兩個(gè)核苷酸總是 5-gu-3 ，并且其3 端 的最后兩個(gè)核苷酸總是 5-ag-3 。hhairpin turn發(fā)夾環(huán)在 rna 鏈中自身反轉(zhuǎn)允許形成分子內(nèi)堿基配對(duì)的位置。hash tablehash 表一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，可以存儲(chǔ)多個(gè)數(shù)值；不像矩陣要用整型索引獲取存在其中的數(shù)， hash 表可以用任何類型的值（包括字符串）作為索引。hidden m

15、arkov models(hmm)隱馬爾柯夫模型（hmm ）在序列分析中常用的一種數(shù)學(xué)模型。heterochromatin異染色質(zhì)指轉(zhuǎn)錄停滯、緊密包裹著的染色質(zhì) ； 和高度 dna 甲基化以及低度的組蛋白乙?；嘘P(guān)。heuristic methods啟發(fā)式方法反復(fù)試驗(yàn) ， 利用經(jīng)驗(yàn)解決問題的一種方法。homologs同源 序列具有公共祖先的序列。horizontal gene transfer基因水平轉(zhuǎn)移基因從一個(gè)物種傳遞到另一個(gè)物種的過程。雖然病原體和轉(zhuǎn)座子通常被疑似為導(dǎo)致它的原因，但是基因這種運(yùn)動(dòng)的機(jī)制仍然未知。human genome project,hgp人類基因組計(jì)劃通過全球合作，繪

16、制人類基因組的全部序列圖譜。housekeeping gene管家基因發(fā)育過程中在任何時(shí)間、在任何器官都高度表達(dá)的基因。h-p (hydrophobic-polar) modelh-p （疏水極性）模型以固定半徑的單個(gè)原子表示蛋白質(zhì)中的一個(gè)氨基酸殘基的簡單網(wǎng)格模型。hydrogen bonding氫鍵由于極性共價(jià)鍵的作用，使得電荷作用發(fā)生輕微分離而形成的分子相互作用。hydrophilic親水的很容易在水性溶劑中溶解；字面上理解，就是和水易處的。hydrophobic疏水的難以和 水分子相互作用，字面上就是厭水的。hydrophobic aminoacid疏水氨基酸含有一個(gè)全部由碳和氫組成的

17、r 基團(tuán)的氨基酸；它不可能和水分子形成氫鍵hydrophobic collapse疏水折疊將一個(gè)多肽鏈折疊成一個(gè)壓縮的構(gòu)象， 從而使疏水殘基遠(yuǎn)離溶劑的過程，簡單的說，是由疏水作用而引起的肽鏈折疊。iindel插入或刪除插入或刪除。inferred ancestor25推斷祖先通過 系統(tǒng)發(fā)生樹推斷而得到的祖先。inferred tree推斷樹對(duì)三個(gè)或三個(gè)以上的同源序列的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系的描述，是它們真正關(guān)系的一個(gè)近似。informative有信息 （ 位點(diǎn) ）在簡約性分析中的提供有用信息位點(diǎn) ； 與此對(duì)應(yīng)的是無信息位點(diǎn)。ingroup內(nèi)群（或內(nèi)部物種）一個(gè)物種或一個(gè)分歧不大的物種系列；與此相對(duì)應(yīng)的是

18、外群。inhibitor抑制劑任何可以降低酶促反應(yīng)速度的物質(zhì)。initiation complex起始復(fù)合物一系列自身相互作用的轉(zhuǎn)錄因子形成復(fù)合 體 ， 作用與一個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)域 ， 從而促進(jìn)基因的轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)。initiator (inr) sequence起始序列真核基因中與 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)密切相關(guān)的核苷酸 ； 在人類中 ， 該一致序列是 5-yycarr-3 。insertion sequence插入序列指除了自身轉(zhuǎn)座需要外不再包含有任何信息的 轉(zhuǎn)座子元件 ； 當(dāng)被插入到一個(gè)基因中 ， 它將破壞其正常的結(jié)構(gòu)以及基因的功能。internal node內(nèi)部節(jié)點(diǎn)在一棵 系統(tǒng)發(fā)生樹中 ， 不對(duì)應(yīng)真正

19、數(shù)據(jù)的節(jié)點(diǎn) ， 這樣的節(jié)點(diǎn)代表兩個(gè)或多個(gè)獨(dú)立家系的公共祖先。intrinsic terminator固有終止子在原核生物中終止轉(zhuǎn)錄的特殊信號(hào) ； 指在新轉(zhuǎn)錄的 rna 中可以形成二級(jí)結(jié)構(gòu)的核苷酸序列 ， 其后跟隨一串尿嘧啶。intron內(nèi)含子在剪切時(shí)被切除的內(nèi)部序列；出現(xiàn)在真核基因的 初級(jí)轉(zhuǎn)錄物 (hnrnas) 中， 而不是在mrna 中。isochores等值區(qū)在真核基因組中具有相似堿基比例的區(qū)域。jjunk dna垃 圾 dna沒有意義的 dna 序列；也指那些目前還不知道其作用的序列。kkilobase(kb)千堿基dna 序列的長度單位 ， 1000 個(gè)堿基為 1kb。llead c

20、ompound先導(dǎo)化合物指在藥物設(shè)計(jì)中一個(gè)可行的候選分子。lineline長散布（核）元件。linkage map連鎖圖譜見“遺傳圖譜”。local alignment局部比對(duì)一種尋找匹配子序列的序列比對(duì)方法。lock and keyapproach鎖 - 鑰方法兩個(gè)對(duì)接分子的構(gòu)象被固定的對(duì)接方法。log odds matrix對(duì)數(shù)幾率矩陣矩陣元素是每一個(gè)字符替換概率的對(duì)數(shù)的矩陣。mmatch score匹配得分序列比較算法對(duì)相同字符匹配設(shè)置的得分。maximum likelihood approach最大似然法指在一系列的序列比對(duì)中，考慮每一個(gè)字符被替代的概率的一種系統(tǒng)發(fā)生學(xué)方法； 也是一種

21、基于純統(tǒng)計(jì)的系統(tǒng)發(fā)生重建方法。methylation甲基化一個(gè)甲基 ( ch 3 ) 附著在一個(gè)核苷酸的含氮堿基或者蛋白質(zhì)上。microarray微陣列在一個(gè)固體基片上的已知位置固定了 dna探針的有序陣列。microsatellite微衛(wèi)星在基因組中很多非常短的核酸序列出現(xiàn)的區(qū)域，例如串接出現(xiàn) 5-ca-3 的重復(fù)序列；通常在個(gè)體間變化很大。miame(the minimum information about a microarrayexperiment)微陣列實(shí)驗(yàn)的最小信息為了實(shí)現(xiàn)微陣列數(shù)據(jù)共享和交流而制定的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)標(biāo)準(zhǔn)。minisatellite小衛(wèi)星指在基因組中長度從 5 個(gè)堿基對(duì)到

22、幾十個(gè)堿基對(duì)重復(fù)序列串連出現(xiàn)的區(qū)域； 在個(gè)體間變化可能很大。mismatch score失配打分在一個(gè)比對(duì)算法中，對(duì)于不相同的字符被比對(duì)時(shí)所賦予的罰分。molecular clock分子鐘這是一個(gè)有爭議性的假設(shè)，指對(duì)于所有的進(jìn)化譜系，任何一段給定的 dna 序列以相同的速率突變。molecular clones分子克隆指一段 dna 序列的多數(shù)相同拷貝，一般地在例如 質(zhì)?；虿《镜容d體中進(jìn)行，使得 它們可以在細(xì)菌培養(yǎng)物中生存并傳播。molecular graphics分子圖形學(xué)分子圖形學(xué)是進(jìn)行分子模型化的一項(xiàng)重要技術(shù)，由于分子圖形學(xué)和其它計(jì)算化學(xué)方法的相互結(jié)合，使得分子模型化方法取得成功。mol

23、ecular modeling分子模型化分子模型化是利用計(jì)算機(jī)模擬分子結(jié)構(gòu)、研究分子之間相互作用的一種技術(shù)。monte carloalgorithmmonte carlo 算法一種嘗試復(fù)雜問題的各種可能解的方法， 例如將能量最小作為評(píng)價(jià)一般解的方法。motif序列模式指核酸或者蛋白質(zhì)序列中具有保守性的序列片段。multiple sequencealignment多重序列比對(duì)三個(gè)或更多條序列的比對(duì)。mutation突變由于 dna 復(fù)制或者修復(fù)錯(cuò)誤導(dǎo)致核苷酸序列發(fā)生的變化；嚴(yán)格地講，通過選擇性過濾在物種代間發(fā)生的變化。nnative structure天然結(jié)構(gòu)在一個(gè)活細(xì)胞內(nèi)，特定的蛋白質(zhì)通常折疊

24、成的唯一結(jié)構(gòu)。natural selection (selection)自然選擇個(gè)體間由于適應(yīng)性的差異而形成的基因傳給子代的差異現(xiàn)象；導(dǎo)致 等位基因頻率改變的進(jìn)化。nearest neighborclassifier最近鄰分類法一種根據(jù)物體特征相似性對(duì)它們進(jìn)行分類的一種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。negative regulation負(fù)調(diào)控可以阻止基因轉(zhuǎn)錄發(fā)生的調(diào)控neighbor-joining method鄰近歸并法一種聚類方法 ，在聚類之前，所有對(duì)象以單個(gè)節(jié)點(diǎn)表示，然后逐步合并相鄰節(jié)點(diǎn) 。nucleotide核苷酸核酸分子的基本單位，其組成方式為堿基- 戊糖 - 磷酸。neural network神經(jīng)網(wǎng)

25、絡(luò)一種可以通過學(xué)習(xí)來仿效一些神經(jīng)元的功能計(jì)算機(jī)程序；能夠用來根據(jù)統(tǒng)計(jì)相似性預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)集的特定屬性。neutral mutation中性突變不影響生物適應(yīng)性的突變。nmrnmr 核磁共振用于解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的技術(shù)。nodes節(jié)點(diǎn)在一棵系統(tǒng)發(fā)生樹中，以節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)分類單元（物種、序列）。nondegenerate site非簡并位點(diǎn)突變總是導(dǎo)致蛋白質(zhì)氨基酸序列發(fā)生替換的密碼子位置。nonsynonymoussubstitution異義替換可以使氨基酸發(fā)生變化的密碼子中核苷酸的替換。oopen reading frame(orf)開放閱讀框（orf ）一段由密碼子組成的核苷酸序列，在 相同閱讀框中沒有終

26、止密碼子出現(xiàn)。operator sequence操縱子序列原核生物調(diào)控蛋白結(jié)合的 與基因啟動(dòng)子相關(guān)的一段核苷酸序列。operon操縱子包含有結(jié)構(gòu)基因和調(diào)控元件、在轉(zhuǎn)錄中產(chǎn)生 mrna 分子的一組相關(guān)的基因。originationpenalty起始罰分用來評(píng)估一系列新空位的罰分；序列比對(duì)中空位罰分的一部分。orthologs直向（直系）同源物那些具有相似性的序列， 由于物種形成事件而使得它們從一個(gè)祖先序列獨(dú)立進(jìn)化。outgroup外群（外部參考物種）指與一組生物體很少相關(guān)的一個(gè)物種或一組物種。ppam unitpam 單 位一種進(jìn)化單位；特別地，指被觀察的對(duì)象中每 100 個(gè)殘基發(fā)生一個(gè)替換所需

27、要的平均進(jìn)化時(shí)間。pairwise sequence alignment序列兩兩比對(duì)對(duì)兩條序列進(jìn)行編輯操作，通過字符匹配和替換，或者插入和刪除字符，使得兩條序列達(dá)到一樣的長度，并使兩條序列中相同的字符盡可能地一一對(duì)應(yīng)。paralogs共生（旁系）同源物那些具有相似性的序列， 它們都是被復(fù)制的祖先基因的后裔。parsimony簡約性指只需少量突變事件激發(fā)就可以使一條進(jìn)化路徑比其他路徑更有優(yōu)先權(quán)的過程pattern discriminationanalysis模式判別分析是一種統(tǒng)計(jì)方法，主要根據(jù)觀察到的一個(gè)或多個(gè)序列模式來對(duì)序列進(jìn)行分類。physical map物理圖譜關(guān)于基因組中特異性序列排列和

28、間距 的信息，建立物理圖譜實(shí)際上是為全基因組測(cè)序建立“路標(biāo)”，是測(cè)序的前一步工作。peptide肽一條含有多個(gè)氨基酸的鏈。peptide bond肽鍵在肽連接中碳氮之間的共價(jià)鍵。pharmacogenomics藥物基因組學(xué)一門利用個(gè)體的遺傳信息獲取最好的 藥物療效 ， 同時(shí)具有最小副作用的研究領(lǐng)域phenotype表型生物體由于和其基因型和環(huán)境相互作用而產(chǎn)生的可見屬性。phosphodiester bond磷酸二酯鍵連接一個(gè)核苷酸的磷酸基團(tuán)和另外一個(gè)的 脫氧核糖的共價(jià)鍵。phylogenetic tree系統(tǒng)發(fā)生樹對(duì)三個(gè)或三個(gè)以上基因或生物體之間的進(jìn)化關(guān)系的圖形化表示。point accept

29、edmutation (pam)點(diǎn)接受突變（ pam）指被自然選擇接受的突變。polar amino acid極性氨基酸通常指側(cè)鏈上包含氧和（或）氮并且很容易和水形成氫鍵的氨基酸。polar bond極性鍵在一個(gè)帶全正電的分子和另一個(gè)帶全負(fù)電的分子之間發(fā)生的相互作用。polyadenylation多聚腺苷酸化指用一個(gè)基因核苷酸序列中不被讀出 的一段長約 250 個(gè)堿基 a 組成 的序列替代真核 hnrna3 端的過程。polycistronic多順反子包含多個(gè)基因的遺傳信息（順反子）。polymerase chain reaction聚合酶鏈反應(yīng)一種在體外快速、大量地合成給定 dna 片段的技

30、術(shù)，首先將雙鏈 dna 分離成兩個(gè)互補(bǔ)的單鏈，再用 dna 聚合酶將每一個(gè)單鏈合成雙鏈，如此重復(fù)下去。polynucleotide多核苷酸一條核苷酸的聚合鏈 ； dna 或 rna 分子。polypeptide多肽一條氨基酸的聚合鏈 ； 蛋白質(zhì)。position-specific scoring matrix位置特異性打分矩陣一個(gè)矩陣，矩陣中的每一個(gè)數(shù)表示某個(gè)特定的氨基酸占據(jù)多序列比對(duì)中某個(gè)位置的頻率。positive regulation正調(diào)控一個(gè)調(diào)控蛋白的結(jié)合使得 rna 聚合酶更容易啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的情況。primary structure一級(jí)結(jié)構(gòu)組裝成蛋白質(zhì)的氨基酸序列。principal c

31、omponent analysis ， pca主成分分析是一種掌握事物主要矛盾的統(tǒng)計(jì)分析 方法，它可以從多元事物中解析出主要影響因素，揭示事物的本質(zhì)，簡化復(fù)雜的問題。probe探針一塊被標(biāo)記的可以特異性和感興趣的分子發(fā)生相互作用的 dna （或 rna 或抗體）。promoter sequence啟動(dòng)子序列指和一個(gè)基因相關(guān)聯(lián)的可以被 rna 聚合酶識(shí)別的序列。protein backbone蛋白質(zhì) 骨架多肽鏈中的非側(cè)鏈原子。proteinelectrophoresis蛋白質(zhì)電泳根據(jù)蛋白質(zhì)的基本特征（如大小、帶電性）在電場(chǎng)下分離并比較蛋白質(zhì)的方法protein sequencing蛋白質(zhì)測(cè)序?qū)o

32、定蛋白質(zhì)的氨基酸進(jìn)行測(cè)序的過程；通常根據(jù) edman 方法，每次從多肽的羧基端移走一個(gè)氨基酸。protein threading蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)線索法首先假設(shè)多肽的構(gòu)象，然后根據(jù)得到的結(jié)構(gòu)計(jì)算出其能量的方法。通過計(jì)算各種已知結(jié)構(gòu)的能量，可以得出與給定蛋白質(zhì)序列最符合的構(gòu)象。因?yàn)樵摻Y(jié)構(gòu)是假設(shè)的而不是計(jì)算出來的，所以線索法有時(shí)指的就是“反向蛋白質(zhì)折疊”。proteome蛋白質(zhì)組一個(gè)生物體的所有蛋白質(zhì)總和。proteomics蛋白質(zhì)組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)是研究細(xì)胞內(nèi)所有蛋白質(zhì)及其動(dòng)態(tài)變化規(guī)律的科學(xué)。pseudogene偽基因發(fā)生突變之后失去功能以及轉(zhuǎn)錄活性的基因。pseudoknot偽結(jié)當(dāng)環(huán)內(nèi)的堿基和環(huán)外的堿

33、基形成配對(duì)的時(shí)候就是一個(gè)假結(jié)體；rna 結(jié)構(gòu)中最難預(yù)測(cè)的類型。purine嘌呤堿基具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的核苷酸；通常指鳥嘌呤和腺嘌呤。pyrimidine嘧啶堿基具有單環(huán)結(jié)構(gòu)的核苷酸；通常指胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶。qquaternary structure四級(jí)結(jié)構(gòu)當(dāng)若干個(gè)多肽相互結(jié)合時(shí)分子內(nèi)部發(fā)生的相互作用 ； 相互作用的蛋白質(zhì)形成的整體結(jié)構(gòu)。rreading frame閱讀框在蛋白質(zhì)編碼基因中，以起始密碼子開始、終止密碼子結(jié)束的一段線性密碼子序列。regulatory調(diào)控在特定的條件下允許或阻止一個(gè)基因的表達(dá)；對(duì)應(yīng)于 結(jié)構(gòu)蛋白。residue殘基作為多肽鏈一部分的氨基酸；在關(guān)于蛋白質(zhì)或肽的語境中，

34、殘基通常指氨基酸restriction enzymes限制性 （ 內(nèi)切 ） 酶指在它們遇到特定的核苷酸序列的時(shí)候在 dna 分子中引入雙鏈缺口的蛋白質(zhì)restriction mapping限制性酶切圖譜用兩個(gè)或多個(gè)限制性酶進(jìn)行同步消化來決定 dna 分子中的限制性酶識(shí)別序列的相對(duì)位置。restriction site限制性 （ 酶切 ） 位 點(diǎn)被限制性酶識(shí)別的核苷酸序列 ； 限制性酶識(shí)別位點(diǎn)。retroposon逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子一個(gè)被 rna 媒介傳輸?shù)霓D(zhuǎn)座元件。retrotransposition逆 轉(zhuǎn)錄 轉(zhuǎn)座包含一個(gè) rna 媒介的轉(zhuǎn)座。reversetranscriptase逆轉(zhuǎn)錄酶一種用來

35、將 rna 變成 dna 的特殊的酶。ribosome核糖體指負(fù)責(zé)催化翻譯過程的蛋白質(zhì)和 rrna的復(fù)合體 。ribozyme核酶指可以加速特定化學(xué)反應(yīng) （ 例如自切割 ） 的 rna 分子。rna （ ribonucleicacid ）核糖核酸rna 是單鏈的核酸分子 。rna polymeraserna 聚合酶負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄的酶；將 dna 分子中的信息轉(zhuǎn)移到 rna 分子中。rooted tree有根樹含有一個(gè)被認(rèn)為是公共祖先的節(jié)點(diǎn)、并且該節(jié)點(diǎn)到其他節(jié)點(diǎn)只存在唯一路徑的一棵系統(tǒng)發(fā)生樹。ssatellite dna衛(wèi) 星 dna指相對(duì)于其他的基因組數(shù)據(jù)而言，重復(fù)性很大、存儲(chǔ)的信息量很少的真核 d

36、na片段。scaled tree標(biāo)度樹指分支長度和相鄰節(jié)點(diǎn)對(duì)之間的差異成比例的系統(tǒng)發(fā)生樹。scoring matrix打分矩陣在序列比對(duì)中，用來對(duì)每一個(gè)非空位置進(jìn)行打分的矩陣。secondary structure二級(jí)結(jié)構(gòu)指源自蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)的 螺旋、 折疊等局部結(jié)構(gòu)特征。self-organizing map， som自組織映射神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)自組織特征映射是類似大腦思維的一種人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，它是一種競爭學(xué)習(xí)算法。semiglobalalignment準(zhǔn)全局比對(duì)指出現(xiàn)在序列頭尾的空位不影響比對(duì)得分的序列比對(duì)。sequence序列（ 1 ） dna 或 rna 分子核苷酸的線性排列或者蛋白質(zhì)中氨基酸

37、的排列；（ 2 ） 對(duì)分子中的核苷酸或者氨基酸的線性排列進(jìn)行定序的操作。sequencing測(cè)序測(cè)定生物分子序列的過程稱為測(cè)序。serial analysis of gene expression(sage)基因表達(dá)的系列分析 (sage)用來評(píng)估基因表達(dá)水平的實(shí)驗(yàn)方法。side chain側(cè)鏈附著在氨基酸中心碳原子的短鏈或者原子基團(tuán)。silencer沉默子通過沉默子可以抑制基因的表達(dá)，或?qū)蜻M(jìn)行有選擇性的表達(dá)。sinesine短散布（核）元件。snps （ single nucleotide polymorphisms ）snps （ 單核苷酸多態(tài)性 ）snps 對(duì)人類遺傳學(xué)研究和醫(yī)學(xué)應(yīng)用

38、具有重要的意義，如 人類種群遺傳學(xué)的研究， 疾病易感性分析，藥物基因組研究，個(gè)體化醫(yī)療。som(selforganization map)自組織映射神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)一種無監(jiān)督學(xué)習(xí)方法，可以完成對(duì)物體的聚類。species tree物種樹表示物種之間關(guān)系的系統(tǒng)發(fā)生樹。spliceosomes剪接體真核生物中負(fù)責(zé)剪接的酶復(fù)合體。splicing剪接指剪掉真核 hnrna 內(nèi)部序列（內(nèi)含子）再將與之相鄰的外顯子連接起來的過程。start codon起始密碼子引導(dǎo) 原核和真核生物核糖體開始翻譯mrna 的三聯(lián)密碼子（特別是 aug ）。stem莖干一個(gè) rna 分子內(nèi)部堿基配對(duì)的區(qū)域。stop codon終止

39、密碼子不再使核糖體插入氨基酸而使 mrna 翻譯終止的密碼子（特別是 uga, uag 和uaa ） 。structural protein結(jié)構(gòu)蛋白通常指可以維持細(xì)胞或組織形狀的蛋白質(zhì)，它們可以為骨骼或連接組織提供支撐的硬骨架。sts （ sequencetagged site ）序列標(biāo)記位點(diǎn)這些位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)的序列在基因組中可以作為特定的標(biāo)記。substitution替換在一定水平上通過選擇過濾的突變。sum-of-pairs （sp ）逐對(duì)加和（ sp ）是一種多重序列比對(duì)的評(píng)價(jià)模型。superfamily超家族在一定程度上具有序列相似性，可以反映遠(yuǎn)古進(jìn)化關(guān)系的蛋白質(zhì)家族的集合。super-s

40、econdary structure超二級(jí)結(jié)構(gòu)若干二級(jí)結(jié)構(gòu)可能以特殊的幾何組合出現(xiàn)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中，這些組合起來的結(jié)構(gòu)單元稱為超二級(jí)結(jié)構(gòu)。support vectormachine ， svm支持向量機(jī)是一種從少量樣本中提取分類信息的機(jī)器學(xué)習(xí)方法。synonymoussubstitution同義替換指在編碼序列水平上不影響蛋白質(zhì)氨基酸序列發(fā)生改變的核苷酸替換。systems biology系統(tǒng)生物學(xué)在系統(tǒng)水平研究生物學(xué)過程和網(wǎng)絡(luò) ，例如遺傳和代謝路徑。tt （ thymine ）t （ 胸腺嘧啶 ）在 dna 分子中作為堿基的一種嘧啶。targetidentification靶標(biāo)識(shí)別一個(gè)特定的病

41、原體尋找賴以生存和繁衍的生物分子的過程。terminal node外部（葉）節(jié)點(diǎn)指 系統(tǒng)發(fā)生樹中在分支的末端代表分類單元的節(jié)點(diǎn)。tertiary structure三級(jí)結(jié)構(gòu)折疊多肽鏈的整體三維形狀。topology拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)一個(gè)分子的拓?fù)涮卣?， 即它的構(gòu)型。transcription轉(zhuǎn)錄基因表達(dá)的第一步，即基因的 rna 拷貝。transcriptome轉(zhuǎn)錄組生物體 rna 序列的全部集合。transformeddistance method距離變換法一種基于距離的系統(tǒng)發(fā)生學(xué)重建的方法， 它可以考慮不同譜系中的不同進(jìn)化率transition轉(zhuǎn)換一種嘌呤（ a 或 g ）代替另一種嘌呤，或者一種嘧啶（ c 或 t ）代替另一種嘧啶。translation翻譯將 rna 核苷酸序列中的信息轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì) 氨基酸序列的過程。transversion顛