實(shí)驗(yàn)六蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測PPT課件

1、復(fù)旦大學(xué) 實(shí)驗(yàn)六：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測實(shí)驗(yàn)六：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測杜杜 娟娟基因與蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析基因與蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析2實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目六：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目六：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測一、 實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮鸵螅?掌握蛋白質(zhì)二級、三維結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器的使用和結(jié)果分析； 掌握常用大分子空間結(jié)構(gòu)顯示軟件的使用方法；3實(shí)驗(yàn)內(nèi)容實(shí)驗(yàn)內(nèi)容1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 以人基質(zhì)金屬蛋白酶以人基質(zhì)金屬蛋白酶mmp14(matrix metalloproteinase )序列為例，介紹序列為例，介紹sopma的的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法。二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法。 人基質(zhì)金屬蛋白酶人基質(zhì)金屬蛋白酶mmp14(mat

2、rix metalloproteinase, mmp14)氨基酸序列的氨基酸序列的fasta形式形式可從可從ncbi的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫獲得的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫獲得(gi|4826834|ref|np_004986.1|matrix metalloproteinase 14 preproprotein homo sapiens)。45人民衛(wèi)生出版社人民衛(wèi)生出版社8年制及年制及7年制臨床醫(yī)學(xué)等專業(yè)用年制臨床醫(yī)學(xué)等專業(yè)用生物信息學(xué)生物信息學(xué)（3 3） 查看結(jié)果，主要含有查看結(jié)果，主要含有alpha helix (hh)alpha helix (hh) - -螺旋螺旋，extended strand (ee)e

3、xtended strand (ee)延伸鏈，延伸鏈，beta turn (tt)beta turn (tt) - -轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)角，角，random coil(cc)random coil(cc)無規(guī)卷曲。其中無規(guī)卷曲。其中hhhh有有150150個氨基酸個氨基酸，占，占25.77%25.77%；eeee有有110110個氨基酸，占個氨基酸，占18.90%18.90%；tttt有有5252個個氨基酸，占氨基酸，占8.93%8.93%；cccc有有270270個氨基酸，占個氨基酸，占46.39%46.39%。hhhh、cccc和和eeee貫穿于整個氨基酸貫穿于整個氨基酸鏈鏈，tttt主要分布在氨基酸鏈

4、的主要分布在氨基酸鏈的第第300300個氨基酸之后。個氨基酸之后。67第一步：進(jìn)入第一步：進(jìn)入swiss-model三級結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器主頁三級結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器主頁 第二步：選擇第二步：選擇“start modeling” 粘入粘入mmp14蛋白蛋白質(zhì)序列；在這里可以填寫質(zhì)序列；在這里可以填寫e-mail地址，將結(jié)果發(fā)送地址，將結(jié)果發(fā)送至電子郵箱，也可以在新的網(wǎng)頁上直接展示；至電子郵箱，也可以在新的網(wǎng)頁上直接展示；8mspaprpprclllplltlgtalaslgsaqsssfspeawlqqygylppgdlrthtqrspqslsaaiaamqkfyglqvtgkadadtmkamrrpr

5、cgvpdkfgaeikanvrrkryaiqglkwqhneitfciqnytpkvgeyatyeairkafrvwesatplrfrevpyayireghekqadimiffaegfhgdstpfdgeggflahayfpgpniggdthfdsaepwtvrnedlngndiflvavhelghalglehssdpsaimapfyqwmdtenfvlpdddrrgiqqlyggesgfptk粘貼粘貼protein.txt中中一條蛋白質(zhì)序列一條蛋白質(zhì)序列mmp輸入用戶輸入用戶email（選填）（選填）910選擇選擇1slm作為模板作為模板1112模板的模板的pdb代碼代碼下載建好的結(jié)下載建

6、好的結(jié)構(gòu)模型構(gòu)模型查看模板信息查看模板信息查看雙序列比對查看雙序列比對結(jié)果結(jié)果131415與模板序列比對結(jié)果，并與模板序列比對結(jié)果，并顯示二級結(jié)構(gòu)區(qū)域顯示二級結(jié)構(gòu)區(qū)域161. 對于以下蛋白質(zhì)序列，這是來自于什么物種的什么蛋白？用sopma方法預(yù)測這個蛋白的二級結(jié)構(gòu)，將預(yù)測結(jié)果第一部分整理到實(shí)驗(yàn)報告里； 第36位是什么氨基酸？處于什么二級結(jié)構(gòu)？第186-192區(qū)間的氨基酸處于什么二級結(jié)構(gòu)？2. 用swiss model 預(yù)測其三級結(jié)構(gòu)，利用pymol觀察所得三級結(jié)構(gòu)，寫出所用的模版蛋白pdb代碼，將二者雙序列比對的結(jié)果整理到實(shí)驗(yàn)報告里。mgntllealnvrvvgngervlvlahgfgtd

7、qsawqrilpyflphfriilydlvcagsvnpdyfdfrryttldafvddllnildalgvdrcayvghsvsamigilasirrpelftklvligasprflndhdyhggfeegeiekvfsameanydawvhgfaplsvgadvpaavrefsrtlfnmrpditlfvsrtifnsdlrgvlglvkvpcciiqtakdvsvptsvalylknhlggrntvemlnveghlphlsapmllapvlrralsr 3. 利用pymol觀察并做出所得到三維結(jié)構(gòu)的圖，蛋白用cartoon顯示，這個蛋白包含多少個螺旋和折疊？圖片整理到實(shí)驗(yàn)報告中。將sopma的預(yù)測的結(jié)果和swiss model預(yù)測的結(jié)果進(jìn)行對比，兩者結(jié)論是否相同？ 作作 業(yè)業(yè)17實(shí)驗(yàn)報告 到網(wǎng)絡(luò)教