Chem3D常用功能使用教程課件分享

1、chem3d常用功能使用教程（課件分享）作者：作者：dr.fengdr.fengchem3d常用功能使用教程（課件分享）chem3d常用功能使用教程（課件分享）2chem3d起始界面chem3d常用功能使用教程（課件分享）3主界面主界面chem3d起始界面chem3d常用功能使用教程（課件分享）4工具欄模型窗口模型類型三維視圖chemdraw切換圖標(biāo)工具欄模型數(shù)據(jù)窗口擴(kuò)大（縮?。┐翱谙⒋翱跔顟B(tài)欄chem3d常用功能使用教程（課件分享）5選擇軌跡球單鍵雙鍵三鍵虛鍵文本橡皮大小調(diào)整chem3d常用功能使用教程（課件分享）6顯示設(shè)置chem3d常用功能使用教程（課件分享）7視頻設(shè)置模型顯示設(shè)置立體

2、顯示彈出信息配體顯示結(jié)構(gòu)顯示原子標(biāo)記原子顯示色彩選項(xiàng)chem3d常用功能使用教程（課件分享）8顯示設(shè)置屬性model type線狀模型棒狀模型球棍模型圓柱鍵模型比例模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）9帶狀模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）10view/setting/model dispaly 菜單或菜單或f6鍵：五種鍵：五種wire framesticksball-stickscylindrical bondsspace filling chem3d常用功能使用教程（課件分享）11帶狀模型常用于生物分子chem3d常用功能使用教程（課件分享）12代表用紅藍(lán)兩種色彩的立體顯

3、示代表用深色顯示模型，就是對(duì)于模型的部分按觀察者的角度不同著色代表顯示兩個(gè)立體結(jié)構(gòu)完全相同的模型代表模擬現(xiàn)實(shí)的角度觀察模型，使模型更接近真實(shí)代表顯示模型的時(shí)候?qū)⒑竺娴牟糠忠躁幱靶问奖硎?，這樣模型的立體感更強(qiáng)。chem3d常用功能使用教程（課件分享）13chem3d常用功能使用教程（課件分享）14選擇【單鍵】工具，在模型窗口向右按動(dòng)圓柱鍵模型1. 利用鍵工具建立模型建立3d模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）15線狀模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）16棒狀模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）17球棍模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）18比例模型chem3d常

4、用功能使用教程（課件分享）19選擇【軌跡球】工具，使分子模型在模型窗口沿x、y軸旋轉(zhuǎn) x、y軸旋轉(zhuǎn)指示chem3d常用功能使用教程（課件分享）20選擇【軌跡球】工具并按“alt”鍵，使分子模型在模型窗口沿z軸旋轉(zhuǎn) z軸旋轉(zhuǎn)指示chem3d常用功能使用教程（課件分享）21模型結(jié)構(gòu)信息 光標(biāo)位于原子上，自動(dòng)顯示原子信息chem3d常用功能使用教程（課件分享）22工具欄顯示原子的符號(hào)和標(biāo)號(hào)chem3d常用功能使用教程（課件分享）23光標(biāo)位于鍵上，自動(dòng)顯示鍵信息模型結(jié)構(gòu)信息 chem3d常用功能使用教程（課件分享）24模型的進(jìn)一步信息 顯示鍵長(zhǎng)變化顯示鍵角變化顯示二面角顯示所有沒有相鄰的原子的距離ch

5、em3d常用功能使用教程（課件分享）25模型的鍵長(zhǎng)數(shù)據(jù) chem3d常用功能使用教程（課件分享）26模型的鍵長(zhǎng)和鍵角數(shù)據(jù) chem3d常用功能使用教程（課件分享）27乙烯模型中的雙鍵信息 chem3d常用功能使用教程（課件分享）28鍵級(jí)改動(dòng) chem3d常用功能使用教程（課件分享）29顯示氫及孤對(duì)電子 chem3d常用功能使用教程（課件分享）30不顯示氫及孤對(duì)電子的環(huán)己烷原子名稱及序數(shù)chem3d常用功能使用教程（課件分享）31選擇工具，雙擊原子，按順序改變?cè)有蛱?hào)chem3d常用功能使用教程（課件分享）32隱藏或顯示其它原子隱藏或顯示其它原子居中居中移動(dòng)到移動(dòng)到色彩調(diào)節(jié)色彩調(diào)節(jié)顯示元素符號(hào)顯

6、示元素符號(hào)顯示元素編號(hào)顯示元素編號(hào)顯示實(shí)心球顯示實(shí)心球顯示點(diǎn)陣表面顯示點(diǎn)陣表面調(diào)整鍵長(zhǎng)調(diào)整鍵長(zhǎng)破壞鍵破壞鍵調(diào)整鍵級(jí)調(diào)整鍵級(jí)就近結(jié)合就近結(jié)合添加質(zhì)心添加質(zhì)心顛倒顛倒調(diào)整矩陣調(diào)整矩陣隱藏所選部分隱藏所選部分隱藏非選部分隱藏非選部分顯示所有原子顯示所有原子顯示鄰近原子顯示鄰近原子顯示背面顯示背面定義基團(tuán)定義基團(tuán)chem3d常用功能使用教程（課件分享）33利用【鍵】工具建立的結(jié)構(gòu)，鍵角及鍵長(zhǎng)可能不正常，應(yīng)【整理結(jié)構(gòu)】chem3d常用功能使用教程（課件分享）34環(huán)己烷的椅式構(gòu)象chem3d常用功能使用教程（課件分享）35使用【文本】工具輸入結(jié)構(gòu)式2. 利用文本工具建立模型chem3d常用功能使用教程（課

7、件分享）36按【enter】自動(dòng)轉(zhuǎn)化為模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）37括號(hào)表示支鏈chem3d常用功能使用教程（課件分享）38chem3d常用功能使用教程（課件分享）39整理結(jié)構(gòu)chem3d常用功能使用教程（課件分享）40簡(jiǎn)單優(yōu)化觀察分子變化chem3d常用功能使用教程（課件分享）414-甲基-2-戊醇模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）42建立1，2-雙甲基環(huán)戊烷模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）43chem3d常用功能使用教程（課件分享）44整理結(jié)構(gòu)chem3d常用功能使用教程（課件分享）45建立ibuprofen(布洛芬)模型h3cchch3ch2chc

8、oohch3chem3d常用功能使用教程（課件分享）46chem3d常用功能使用教程（課件分享）47建立十肽菌素模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）48chem3d常用功能使用教程（課件分享）49建立十二丙氨酸醇分子模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）50chem3d常用功能使用教程（課件分享）51改變顯示方式模型類型窗口：chem3d常用功能使用教程（課件分享）52設(shè)為線狀模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）53chem3d常用功能使用教程（課件分享）54設(shè)為帶狀模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）55a-螺旋模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）56使

9、用子結(jié)構(gòu)建立模型3. 利用子結(jié)構(gòu)建立模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）57子結(jié)構(gòu)模型庫(kù)chem3d常用功能使用教程（課件分享）58選擇所需的子結(jié)構(gòu)，然后復(fù)制chem3d常用功能使用教程（課件分享）59粘貼復(fù)制結(jié)果chem3d常用功能使用教程（課件分享）60在子結(jié)構(gòu)上進(jìn)行編輯chem3d常用功能使用教程（課件分享）614. 使用模板建立模型chem3d常用功能使用教程（課件分享）62chem3d常用功能使用教程（課件分享）63chemdraw中畫出的分子結(jié)構(gòu)復(fù)制粘貼到chem3d中5. chemdraw和chem3d信息轉(zhuǎn)換chem3d常用功能使用教程（課件分享）64chem3d中畫出

10、的分子模型復(fù)制粘貼到chemdraw中chem3d常用功能使用教程（課件分享）65（1）查找原子的范德瓦爾斯半徑 【view】【atom types.tbl】窗口，找到各種元素在不同環(huán)境的半徑計(jì)算功能演示計(jì)算功能演示chem3d常用功能使用教程（課件分享）66chem3d常用功能使用教程（課件分享）67chem3d常用功能使用教程（課件分享）68（2）觀察分子的大小建立苯模型。執(zhí)行【view】【connolly molecular】彈出suface對(duì)話框；【solid】選項(xiàng)可以選擇分子表面的類型；【resolution】滑動(dòng)到右邊，其值為100 chem3d常用功能使用教程（課件分享）69ch

11、em3d常用功能使用教程（課件分享）70chem3d常用功能使用教程（課件分享）71chem3d常用功能使用教程（課件分享）72chem3d常用功能使用教程（課件分享）73view/solvent accessible 菜單菜單甲苯結(jié)構(gòu)甲苯結(jié)構(gòu) chem3d常用功能使用教程（課件分享）74（3）計(jì)算分子體積建立苯模型。執(zhí)行【analyze】【compute properties】在【available properties】選框中雙擊【connolly solvent-excluded volume sve-chempropstd】選項(xiàng)，使之加入到【selected properties】框中

12、。單擊ok， chem3d常用功能使用教程（課件分享）75chem3d常用功能使用教程（課件分享）76chem3d常用功能使用教程（課件分享）77chem3d常用功能使用教程（課件分享）78chem3d常用功能使用教程（課件分享）79chem3d常用功能使用教程（課件分享）80(4) 檢查結(jié)構(gòu)能量chem3d常用功能使用教程（課件分享）81模型旋轉(zhuǎn)對(duì)位交叉chem3d常用功能使用教程（課件分享）82總能量計(jì)算chem3d常用功能使用教程（課件分享）83空間位阻能：0.977kcal/mol計(jì)算結(jié)果chem3d常用功能使用教程（課件分享）84模型的二面角數(shù)據(jù)chem3d常用功能使用教程（課件分享

13、）85數(shù)據(jù)與模型對(duì)應(yīng)chem3d常用功能使用教程（課件分享）86顯示原子符號(hào)及序號(hào)chem3d常用功能使用教程（課件分享）87按動(dòng)旋轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)相應(yīng)改變chem3d常用功能使用教程（課件分享）88(5) 分子軌道(homo及l(fā)umo)首先用雙鍵畫出乙烯分子chem3d常用功能使用教程（課件分享）89顯示軌道時(shí)必須選擇chem3d常用功能使用教程（課件分享）90選擇分子軌道chem3d常用功能使用教程（課件分享）91選擇homo軌道homo軌道顯示軌道選項(xiàng)homo和lumo各6個(gè)能量隨所選軌道不同而不同實(shí)心顯示（絲網(wǎng)顯示圓點(diǎn)顯示半透明顯示）chem3d常用功能使用教程（課件分享）92乙烯分子的homo

14、軌道chem3d常用功能使用教程（課件分享）93選擇lumo軌道lumo軌道顯示chem3d常用功能使用教程（課件分享）94乙烯分子的lumo軌道chem3d常用功能使用教程（課件分享）95chem3d常用功能使用教程（課件分享）96chem3d常用功能使用教程（課件分享）97chem3d常用功能使用教程（課件分享）98chem3d常用功能使用教程（課件分享）99chem3d常用功能使用教程（課件分享）100chem3d常用功能使用教程（課件分享）101chem3d常用功能使用教程（課件分享）102從頭算程序：從頭算程序：gamess gaussian 需另外安裝這兩個(gè)程序。需另外安裝這兩個(gè)程序。半經(jīng)驗(yàn)或分子力學(xué)計(jì)算半經(jīng)驗(yàn)或分子力學(xué)計(jì)算 mechanics mopac (am1, mindo/3, mndo, pm3)計(jì)算方式：計(jì)算性質(zhì)，最小能，過渡態(tài)優(yōu)化，光譜分析計(jì)算方式：計(jì)算性質(zhì)，最小能，過渡態(tài)優(yōu)化，光譜分析chem3d常用功能使用教程（課件分享）103 模型的輸入和輸出：以nacl晶體為例： 【file】【template】選擇【nacl crystal.c3t】選擇以【space filling】顯示模型。可保存多種格式，默認(rèn)格式.c3t?？纱鏋閖pg等。 還有動(dòng)畫顯示功能，可讓其繞x軸、y軸、z軸轉(zhuǎn)動(dòng)，這樣可以從不同角度顯示結(jié)構(gòu)，更具立體感。【analyze