多序列比對(duì)軟件Clustalw使用方法

1、多序列比對(duì)軟件Clustalw使用方法2011 年 06 月 23 日 星期四 16:44Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有進(jìn)化相關(guān)性這一假設(shè)。比對(duì)過程中，先對(duì)所有的序列進(jìn)行兩兩比對(duì)并計(jì)算它們的相似性分?jǐn)?shù)值，然后根據(jù)相似性分?jǐn)?shù)值將它們分成若干組，并在每組之間進(jìn)行比對(duì)，計(jì)算相似性分?jǐn)?shù)值。根據(jù)相似性分?jǐn)?shù)值繼續(xù)分組比對(duì)，直到得到最終比對(duì)結(jié)果。比對(duì)過程中，相似性程度較高的序列先進(jìn)行比對(duì)，而距離較遠(yuǎn)的序列添加在后面。作為程序的一部分，Clusal 可以輸出用于構(gòu)建進(jìn)化樹的數(shù)據(jù)。Clustal程序有許多版本， ClustalW(Thompson 等， 1994) ，根據(jù)對(duì)親緣關(guān)系較近的序列間空

2、位情況，確定如何在親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的序列之間插入空位。同樣，相似性較高的序列比對(duì)結(jié)果中的殘基突變信息，可用于改變某個(gè)特殊位置空位罰分值的大小，推測(cè)該位點(diǎn)的序列變異性。ClustalW 是一種漸進(jìn)的多序列比對(duì)方法，先將多個(gè)序列兩兩比對(duì)構(gòu)建距離矩陣，反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系; 然后根據(jù)距離矩陣計(jì)算產(chǎn)生系統(tǒng)進(jìn)化指導(dǎo)樹，對(duì)關(guān)系密切的序列進(jìn)行加權(quán); 然后從最緊密的兩條序列開始，逐步引入臨近的序列并不斷重新構(gòu)建比對(duì)，直到所有序列都被加入為止。ClustalX是 CLUSTAL多重序列比對(duì)程序的Windows版本。 Clustal X為進(jìn)行多重序列和輪廓比對(duì)和分析結(jié)果提供一個(gè)整體的環(huán)境。軟件下載地址 :使用步驟如下 :Step 1:軟件初始化界面Step 2: 選擇 1 進(jìn)入如下界面Step 3: 輸入序列名進(jìn)入如下界面Step 4: 選擇 2 進(jìn)入如下界面Step 5: 選擇 9 進(jìn)入如下界面Step 6: 選擇 1 進(jìn)入如下界面Step 7: 選擇 4 進(jìn)入如下界面Step 8: 選擇 0 進(jìn)入如下界面Step 9: 直接按 Enter 鍵后 進(jìn)入如下界面Step 10: 輸入 X 鍵后 進(jìn)入如下界面Step 11: 輸入 H 鍵后 進(jìn)入如下界面Step 12: 輸入 X 鍵后 進(jìn)入如下界面Ste