DNA序列比對同源性分析圖解BLAST

1、1 、進(jìn)入網(wǎng)頁： /BLAST/2 、點(diǎn)擊 Search for short, nearly exact matches3 、 在 search 欄中輸入引物系列：3'注：文獻(xiàn)報道 ABCG2 的引物為 5'-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-5'-TGCCCATCACAACATCATCT-3 '（1 ）輸入方法可先輸入上游引物，進(jìn)行blast 程序，同樣方法在進(jìn)行下游引物的 blast 程序。這種方法叫繁瑣，而且在結(jié)果分析特異性時要看能與上游引物的匹配的系列，還要看與下游引物匹配的系 列 之后看兩者的

2、交叉。5' 3'。2 ）簡便的做法是同時輸入上下游引物：有以下兩種方法。輸入上下游引物系列都從A 、輸入上游引物 空格 輸入下游引物B 、輸入上游引物 回車 輸入下游引物4 、 在 options for advanced blasting中：select from 欄通過菜單選擇 Homo sapiensExpect 后面的數(shù)字改為 105 、在 format 中：select from 欄通過菜單選擇 Homo sapiensExpect 后面的數(shù)字填上 0 106 、點(diǎn)擊網(wǎng)頁中最下面的 “ BLAST ！7 、出現(xiàn)新的網(wǎng)頁，點(diǎn)擊 Format ！8 、 等待若干秒之后，出

3、現(xiàn) results of BLAST的網(wǎng)頁。該網(wǎng)頁用三種形式來顯示 blast 的結(jié)果（ 1 ）圖形格式：圖中代表這些序列與上游引物匹配、并與下游引物互補(bǔ)的得分值都位于40 50 分圖中代表這些序列與上游引物匹配的得分值位于40 50 分，而與下游引物不互補(bǔ)圖中代表這些序列與下游引物互補(bǔ)的得分值小于40 分，而與上游引物不匹配通過點(diǎn)擊相應(yīng)的 bar 可以得到匹配情況的詳細(xì)信息。2 )結(jié)果信息概要：從左到右分別為：A 、數(shù)據(jù)庫系列的身份證：點(diǎn)擊之后可以獲得該序列的信息B 、系列的簡單描述C、高比值片段對( high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低

4、由大到小排列。得分的計算公式匹配的堿基 ×2 0.1 。舉例：如果有 20 個堿基匹配，則其得分為 40.1 。D 、 E 值：代表被比對的兩個序列不相關(guān)的可能性。E 值最低的最有意義，也就是說序列的相似性最大。設(shè)定的 E值是我們限定的上限， E 值太高的就不顯示了E 、最后一欄有的有 UEG 的字樣，其中：U 代表： Unigene 數(shù)據(jù)庫E 代表： GEO profiles 數(shù)據(jù)庫G 代表： Gene 數(shù)據(jù)庫3 )結(jié)果詳細(xì)信息： 圈出來的部分代表序列的信息 第一個大括號代表上游引物與該序列的正鏈的匹配情況： 共有 21 個堿基匹配，得分 42.1 分，E 值為 0.020上游引物

5、與序列的 2143 2163 位點(diǎn)匹配 第二個大括號代表下游引物與該序列的負(fù)鏈的匹配情況： 共有 20 個堿基匹配，得分 40.1 分，E 值為 0.077 下游引物與該序列的 29360 29379 位點(diǎn)互補(bǔ) 注意點(diǎn)：上游引物為 20 個堿基，為什么會變成 21 個堿基呢？這是因?yàn)橄掠我锏牡谝粋€堿基為 T ，剛好與系 列的 2163 位點(diǎn)的 T 匹配，因此下游引物的開頭的第一個堿基被當(dāng)成了上游引物了。同理，上游引物的 最后一個堿基為 G，被當(dāng)成了下游引物了。通過尋找有沒有與120 位點(diǎn)、20 40 位點(diǎn)完全匹配的序列，就可以避免這個因素的干擾了。為什么與上下游引物匹配的 ABCG2 序列有多種？A 、 為同一個基因來源的不同的 mRNA 片段B 、 為該基因的 DNA 系列C、 為同一個基因來源的不同的 cDNA 片段。結(jié)果判斷：驗(yàn)證文獻(xiàn)報道的引物是否正確：如果你可以在所顯示的結(jié)果中找出你的目的基因，一般說明你的引物正 確性沒問題。如果你 blast 后沒有發(fā)現(xiàn)你的目的基因，或者分值很低，該引物就可能不適合用 檢測該對引物是否可與其它序列匹配，引起 PCR 的非特異性擴(kuò)增。如果找到了你的目