試驗(yàn)1MaterialsStudio軟件簡(jiǎn)介及基本操作要點(diǎn)

1、計(jì)算材料學(xué)實(shí)驗(yàn)講義實(shí)驗(yàn)一：Materials Studio軟件簡(jiǎn)介及基本操作一、前言1.計(jì)算材料學(xué)概述隨著科學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展，科學(xué)研究的體系越來(lái)越復(fù)雜，理論研究往往不能給出復(fù)雜體 系解析表達(dá)，或者即使能夠給出解析表達(dá)也常常不能求解， 傳統(tǒng)的解析推導(dǎo)方法已不敷應(yīng)用， 也就失去了對(duì)實(shí)驗(yàn)研究的指導(dǎo)意義。反之，失去了理論指導(dǎo)的實(shí)驗(yàn)研究，也只能在原有的工 作基礎(chǔ)上，根據(jù)科研人員的經(jīng)驗(yàn)理解、分析與判斷，在各種工藝條件下反復(fù)摸索，反復(fù)實(shí)驗(yàn)， 最終造成理論研究和實(shí)驗(yàn)研究相互脫節(jié)。近年來(lái)，隨著計(jì)算機(jī)科學(xué)的發(fā)展和計(jì)算機(jī)運(yùn)算能力 的不斷提高，為復(fù)雜體系的研究提供了新的手段。在材料學(xué)領(lǐng)域，隨著對(duì)材料性能的要求不斷的提

2、高，材料學(xué)研究對(duì)象的空間尺度在不斷 變小，納米結(jié)構(gòu)、原子像已成為材料研究的內(nèi)容，對(duì)功能材料甚至要研究到電子層次，僅僅 依靠實(shí)驗(yàn)室的實(shí)驗(yàn)來(lái)進(jìn)行材料研究已難以滿足現(xiàn)代新材料研究和發(fā)展的要求。然而計(jì)算機(jī)模 擬技術(shù)可以根據(jù)有關(guān)的基本理論，在計(jì)算機(jī)虛擬環(huán)境下從納觀、微觀、介觀、宏觀尺度對(duì)材 料進(jìn)行多層次研究，進(jìn)而實(shí)現(xiàn)材料服役性能的改善和材料設(shè)計(jì)。因此，計(jì)算材料學(xué)應(yīng)運(yùn)而生， 并得到迅速發(fā)展，目前已成為與實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)具有同樣重要地位的研究手段。計(jì)算材料學(xué)是材料科學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)的交叉學(xué)科，是一門(mén)正在快速發(fā)展的新興學(xué)科，是 關(guān)于材料組成、結(jié)構(gòu)、性能、服役性能的計(jì)算機(jī)模擬與設(shè)計(jì)的學(xué)科， 是材料科學(xué)研究里的“計(jì) 算機(jī)

3、實(shí)驗(yàn)”。計(jì)算材料學(xué)主要包括兩個(gè)方面的內(nèi)容：一方面是計(jì)算模擬，即從實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)出發(fā)， 通過(guò)建立數(shù)學(xué)模型及數(shù)值計(jì)算，模擬實(shí)際過(guò)程；另一方面是材料的計(jì)算機(jī)設(shè)計(jì)，即直接通過(guò) 理論模型和計(jì)算，預(yù)測(cè)或設(shè)計(jì)材料結(jié)構(gòu)與性能。計(jì)算材料科學(xué)是材料研究領(lǐng)域理論研究與實(shí) 驗(yàn)研究的橋梁，不僅為理論研究提供了新途徑，而且使實(shí)驗(yàn)研究進(jìn)入了一個(gè)新的階段。計(jì)算材料學(xué)的發(fā)展是與計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)的迅猛發(fā)展密切相關(guān)的。從前，即便使用大型 計(jì)算機(jī)也極為困難的一些材料計(jì)算，如材料的量子力學(xué)計(jì)算等，現(xiàn)在使用微機(jī)就能夠完成， 可以預(yù)見(jiàn)，將來(lái)計(jì)算材料學(xué)必將有更加迅速的發(fā)展。另外，隨著計(jì)算材料學(xué)的不斷進(jìn)步與成 熟，材料的計(jì)算機(jī)模擬與設(shè)計(jì)已不僅僅是材

4、料物理以及材料計(jì)算理論學(xué)家的熱門(mén)研究課題， 更將成為一般材料研究人員的一個(gè)重要研究工具。由于模型與算法的成熟，通用軟件的出現(xiàn),使得材料計(jì)算的廣泛應(yīng)用成為現(xiàn)實(shí)。因此，計(jì)算材料學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)的掌握已成為現(xiàn)代材料工作 者必備的技能之一。2.計(jì)算機(jī)模擬方法簡(jiǎn)介按照時(shí)間和空間尺度的不同，計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)分為量子力學(xué)層次、統(tǒng)計(jì)力學(xué)層次、介觀 層次和宏觀層次，主要包含量子力學(xué)方法、半經(jīng)驗(yàn)分子軌道方法、密度泛函理論、分子力學(xué) 方法、分子動(dòng)力學(xué)方法、Monte Carlo方法、耗散動(dòng)力學(xué)方法、介觀動(dòng)力學(xué)方法、有限元方法、 有限差分方法等。aEContinuum mechanicsfor modeling materi

5、alsfar bulk materialsProcessing simulationMolecular mechanics ormolecular dynamics for molecules or atomsQuantum mechanicsfor electrons* Molecular modeJing10%Space計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)的層次分布圖（1）密度泛函理論量子力學(xué)方法是以原子分子的微觀結(jié)構(gòu)模型為基礎(chǔ)，在合理的近似條件下，利用量子力 學(xué)原理和必要的數(shù)學(xué)處理方法與計(jì)算方法，描述和計(jì)算原子分子的結(jié)構(gòu)、電荷分布、電子能 級(jí)以及分子能量等性質(zhì)。其核心是求解分子的薛定諤方程。進(jìn)入20世紀(jì)90年

6、代，以密度泛函為基礎(chǔ)的密度泛函理論方法迅速發(fā)展起來(lái)，它改變了以往其他量子化學(xué)計(jì)算方法以軌道波 函數(shù)為基的特點(diǎn)，轉(zhuǎn)而以電子的密度函數(shù)為基，大大提高了計(jì)算效率，并迅速得到廣泛應(yīng)用。密度泛函理論的基本思想是原子、分子和固體的基態(tài)性質(zhì)可用粒子密度函數(shù)來(lái)描述。1927年H. Thomas和E. Fermi作了最初的嘗試，將能量表示為電子密度的泛函。1965年,Hohe nberg-Kohn定理證明了多粒子體系的基態(tài)性質(zhì)是粒子密度的唯一泛函，也就是說(shuō)多粒子 系統(tǒng)的基態(tài)性質(zhì)由密度泛函唯一確定，能量泛函對(duì)粒子數(shù)密度的變分是確定系統(tǒng)基態(tài)的途徑 但是，仍存在以下三個(gè)方面的問(wèn)題：如何確定粒子數(shù)密度函數(shù)，如何確定動(dòng)能

7、泛函，如何確定交換關(guān)聯(lián)能泛函；對(duì)于問(wèn)題、，W. Kohn和L. J. Sham提出了解決方案，并由此得到Kohn-Sham方程，該方程成為密度泛函方法的基礎(chǔ)方程；而問(wèn)題一般通過(guò)采用所謂的 局域密度近似(Local Density Approximation，簡(jiǎn)稱(chēng)LDA )方法來(lái)解決。在 Kohn-Sham方程的 框架下，可將其多電子系統(tǒng)的基態(tài)特征問(wèn)題在形式上轉(zhuǎn)化為有效單電子問(wèn)題，但這只有在找 出準(zhǔn)確的交換關(guān)聯(lián)勢(shì)能泛函表達(dá)式時(shí)才有實(shí)際意義。因此，交換關(guān)聯(lián)泛函在密度泛函理論中 占有重要地位。根據(jù)密度泛函近似的基本思路(Kohn-Sham方程)，系統(tǒng)總能量與電子密度函數(shù)之間的關(guān) 系可表示為E 二 E

8、jr)】 Ev(r)l Ej(r)l Exc 匕(r)l式中，Et h(r) 1為經(jīng)典動(dòng)能項(xiàng)，Ej；-(r) 1包括核與核的排斥勢(shì)能和核與電子的吸引能，Ej；-(r)l是電子間的靜電庫(kù)侖相互作用勢(shì)，Exc b(r) 1是交換關(guān)聯(lián)能。Exch(r) 1又可分為兩部分，即交 換積分項(xiàng)和相關(guān)積分項(xiàng)，分別對(duì)應(yīng)于同自旋與混合自旋的相互作用EXC(EXC) EC(：)式中，EXC(D、EX(。、EC()三項(xiàng)都是電子密度的函數(shù)，決定上式右側(cè)的函數(shù)分別稱(chēng)為交換函數(shù)和相關(guān)函數(shù)，這兩種函數(shù)又分別有兩部分構(gòu)成， 一部分是只和有關(guān)的局域函數(shù)， 另一部分是和亍與二都有關(guān)的梯度函數(shù)。(2) 分子力學(xué)方法分子力學(xué)以分子模型

9、為基礎(chǔ)，采用經(jīng)驗(yàn)是函數(shù)表征結(jié)構(gòu)單元之間的相互作用，通過(guò)求解 牛頓方程，描繪出實(shí)體相點(diǎn)的運(yùn)動(dòng)軌跡，從中篩選出能量極值點(diǎn)和相應(yīng)的分子構(gòu)象，計(jì)算平 衡和非平衡性質(zhì)。它忽略了電子運(yùn)動(dòng)，把體系能量看作是原子核坐標(biāo)的函數(shù)，其貢獻(xiàn)來(lái)自諸 如鍵伸縮、單鍵鍵角的張合以及旋轉(zhuǎn)等等。該方法從本質(zhì)上說(shuō)是能量最小值方法，即在原子 間相互作用勢(shì)的作用下，通過(guò)改變粒子分布的幾何位型，以能量最小為判據(jù)，從而獲得體系 的最佳結(jié)構(gòu)。分子力學(xué)中用力場(chǎng)來(lái)描述分子中各原子間的相互作用。所謂力場(chǎng)是指描述各種形式的相互 作用對(duì)分子能量影響的函數(shù)，其有關(guān)參數(shù)、常數(shù)和表達(dá)式通常稱(chēng)為力場(chǎng)。一般力場(chǎng)的表達(dá)式 為E Estretch bend Et

10、orsion /dw elec 式中，Estretch為鍵的伸縮能，Ebend.為鍵的彎曲能，二者均采用諧振子模型；Etorsion-為鍵的扭曲勢(shì)，它采用傅立葉級(jí)數(shù)形式來(lái)描述；Evdw、Eelec為非鍵作用項(xiàng)，分別表示范德華相互作用和靜電相互作用。（3）分子動(dòng)力學(xué)方法分子動(dòng)力學(xué)模擬方法的基本思想是把物質(zhì)看成由原子和分子組成的粒子系統(tǒng)（man y-bodysystems），從該體系的某一假定的位能模型出發(fā)，并假定體系粒子的運(yùn)動(dòng)遵循經(jīng)典力學(xué)或量 子力學(xué)描述的規(guī)律，若已知粒子的所有受力作用，則可以求解出運(yùn)動(dòng)方程而得到系統(tǒng)中全體 粒子在相空間中的軌道，然后統(tǒng)計(jì)得到系統(tǒng)的熱力學(xué)參數(shù)、結(jié)構(gòu)和輸運(yùn)特性等。其

11、基本步驟是首先將由N個(gè)粒子構(gòu)成的系統(tǒng)抽象成 N個(gè)相互作用的質(zhì)點(diǎn)，每個(gè)質(zhì)點(diǎn)具有 坐標(biāo)（通常在笛卡兒坐標(biāo)系中）、質(zhì)量、電荷及成鍵方式，按目標(biāo)溫度根據(jù) Boltzma nn分布隨 機(jī)指定各質(zhì)點(diǎn)的初始速度，然后根據(jù)所選用的力場(chǎng)中的相應(yīng)的成鍵和非鍵能量表達(dá)形式對(duì)質(zhì) 點(diǎn)間的相互作用能以及每個(gè)質(zhì)點(diǎn)所受的力進(jìn)行計(jì)算。接著依據(jù)牛頓力學(xué)計(jì)算出各質(zhì)點(diǎn)的加速 度及速度，從而得到經(jīng)一指定積分步長(zhǎng)后各質(zhì)點(diǎn)新的坐標(biāo)和速度，這樣質(zhì)點(diǎn)就移動(dòng)了。經(jīng)一 定的積分步數(shù)后，質(zhì)點(diǎn)就有了運(yùn)動(dòng)軌跡。設(shè)定時(shí)間間隔對(duì)軌跡進(jìn)行保存。最后可以對(duì)軌跡進(jìn) 行各種結(jié)構(gòu)、能量、熱力學(xué)、動(dòng)力學(xué)、力學(xué)等的分析，從而得到感興趣的計(jì)算結(jié)果。其優(yōu)點(diǎn) 在于系統(tǒng)中粒子的

12、運(yùn)動(dòng)有正確的物理依據(jù)，準(zhǔn)確性高，可同時(shí)獲得系統(tǒng)的動(dòng)態(tài)與熱力學(xué)統(tǒng)計(jì) 信息，并可廣泛地適用于各種系統(tǒng)及各類(lèi)特性的探討。（4）耗散動(dòng)力學(xué)方法1992年，Hoogerbrugge和Koelman提出了一種新型分子模擬方法， 他們把分子動(dòng)力學(xué)與 格子氣體自動(dòng)控制方法有機(jī)地結(jié)合起來(lái)，提出了針對(duì)復(fù)雜流體介觀層次上的模擬方法，被稱(chēng) 為耗散粒子動(dòng)力學(xué)（DPD）方法。通過(guò)保留體系運(yùn)動(dòng)方程積分的主要部分而首先積分出最小的 空間自由度，找到了一個(gè)能夠在介觀的時(shí)間與空間尺度上模擬復(fù)雜流體的方法。在DPD體系中，珠子通過(guò)軟勢(shì)與其它珠子之間發(fā)生相互作用，其中每一個(gè)珠子表示體系中的一個(gè)小區(qū)域。并假設(shè)其運(yùn)動(dòng)遵從牛頓定律，即珠子

13、上的合力為其直接相互作用及它與其它珠子之間的耗散 力和隨機(jī)力之和。通過(guò)對(duì)其運(yùn)動(dòng)方程積分，得到體系的動(dòng)力學(xué)行為沿著一個(gè)通過(guò)相空間的拋 物線運(yùn)動(dòng)，利用柔性（soft）勢(shì)能函數(shù)進(jìn)行能量計(jì)算，平衡性質(zhì)可由沿該軌跡作適當(dāng)平均計(jì)算得 出。DPD的特色在于：（1）引入了非?！败洝钡牧Ｗ娱g相互作用勢(shì)，從而使選用較大的時(shí)間 步長(zhǎng)成為可能。不過(guò)，過(guò)大的時(shí)間步長(zhǎng)，容易引起較大的離散化誤差。因此，謹(jǐn)慎地選擇時(shí)間步長(zhǎng)，以在保證模擬穩(wěn)定性的前提下，使時(shí)間步長(zhǎng)盡可能大是很重要的；（2）引入了一個(gè)具有Galilei不變性的熱浴，減小粒子之間的相對(duì)速度，并且在每一對(duì)粒子之間加入隨機(jī)力補(bǔ) 償能量。由于隨機(jī)力是作用于一對(duì)粒子之間的

14、，因此滿足牛頓第三定律，從而整個(gè)體系的動(dòng) 量是守恒的。弓I入的這個(gè)熱浴，在滿足 Fluctuation-Dissipation關(guān)系的條件下，使DPD方法可 以正確地表述動(dòng)量傳遞，而這一點(diǎn)對(duì)于復(fù)雜流體的動(dòng)力學(xué)是非常重要的。3. Materials Studio 軟件介紹Materials Studio軟件包由美國(guó)Accelrys公司出品，是專(zhuān)門(mén)為材料科學(xué)領(lǐng)域研究者開(kāi)發(fā)的一 款可運(yùn)行在PC上的模擬軟件。該產(chǎn)品提供了全面完善的模擬環(huán)境，集量子力學(xué)、分子力學(xué)、 介觀模型、分析工具模擬和統(tǒng)計(jì)相關(guān)為一體，可以幫助解決當(dāng)今催化劑、聚合物、固體及表 面、晶體與衍射、化學(xué)反應(yīng)等材料和化學(xué)研究領(lǐng)域的一系列重要問(wèn)題

15、。Materials Studio軟件是高度模塊化的集成產(chǎn)品，用戶可以自由定制、購(gòu)買(mǎi)自己的軟件系統(tǒng)，以滿足研究工作的不同 需要。目前該軟件被廣泛應(yīng)用于石化、化工、制藥、食品、石油、電子、汽車(chē)和航空航天等 工業(yè)及教育研究部門(mén)。Materials Studio采用了大家非常熟悉的 Microsoft標(biāo)準(zhǔn)用戶界面，允許用戶通過(guò)各種控制 面板直接對(duì)計(jì)算參數(shù)和計(jì)算結(jié)果進(jìn)行設(shè)置和分析。目前，Materials Studio軟件主要以下幾個(gè)功能模塊：Visualizer模塊：提供了搭建材料結(jié)構(gòu)模型所需要的所有工具，可以操作、觀察及分析結(jié) 構(gòu)模型，并提供軟件的基本環(huán)境和分析工具，是該軟件的核心模塊。COMPA

16、SS模塊：第一個(gè)由凝聚態(tài)性質(zhì)以及孤立分子的各種從頭算和經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù)等參數(shù)化 并經(jīng)驗(yàn)證的從頭算力場(chǎng)?？梢栽诤艽蟮臏囟?、壓力范圍內(nèi)精確地預(yù)測(cè)孤立體系或凝聚態(tài)體系 中各種分子的結(jié)構(gòu)、構(gòu)象、振動(dòng)以及熱物理性質(zhì)。Discover模塊：軟件分子力學(xué)計(jì)算引擎。使用多種分子力學(xué)和動(dòng)力學(xué)方法，以仔細(xì)推導(dǎo) 的力場(chǎng)作為基礎(chǔ)，可準(zhǔn)確地計(jì)算出最低能量構(gòu)型、分子體系的結(jié)構(gòu)和動(dòng)力學(xué)軌跡等。Amorphous Cell模塊：允許對(duì)復(fù)雜的無(wú)定型系統(tǒng)建立有代表性的模型，并對(duì)主要性質(zhì)進(jìn) 行預(yù)測(cè)。通過(guò)觀察系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和性質(zhì)之間的關(guān)系，可以對(duì)分子的一些重要性質(zhì)有更深入的了解，從而設(shè)計(jì)出更好的新化合物和新配方。DMol3模塊：獨(dú)特的密度泛函（D

17、FT）量子力學(xué)程序，是唯一可以模擬氣相、溶液、表 面及固體等過(guò)程及性質(zhì)的商業(yè)化量子力學(xué)程序，應(yīng)用于化學(xué)、材料、化工、固體物理等許多 領(lǐng)域?？捎糜谘芯烤啻呋?、多相催化、半導(dǎo)體、分子反應(yīng)等，也可預(yù)測(cè)諸如溶解度、蒸氣壓、配分函數(shù)、溶解熱、混合熱等性質(zhì)。可計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度?；趦?nèi)坐標(biāo)的算法強(qiáng)健 高效，支持并行計(jì)算。CASTEP模塊：先進(jìn)的量子力學(xué)程序，廣泛應(yīng)用于陶瓷、半導(dǎo)體以及金屬等多種材料。 可研究：晶體材料的性質(zhì)（半導(dǎo)體、陶瓷、金屬、分子篩等）、表面和表面重構(gòu)的性質(zhì)、表 面化學(xué)、電子結(jié)構(gòu)（能帶及態(tài)密度、聲子譜）、晶體的光學(xué)性質(zhì)、點(diǎn)缺陷性質(zhì)（如空位、間 隙或取代摻雜）、擴(kuò)展缺陷（晶粒間界、位錯(cuò)

18、）、成分無(wú)序等?？娠@示體系的三維電荷密度 及波函數(shù)、模擬STM圖像、計(jì)算電荷差分密度。MS4.0版本中加入了更方便的自旋極化設(shè)置， 可用于計(jì)算磁性體系。DPD模塊：耗散粒子動(dòng)力學(xué)（Dissipative particle dynamics，DPD）是對(duì)包括全部流體動(dòng) 力學(xué)相互作用流體粒子體系進(jìn)行模擬的動(dòng)力學(xué)程序。勢(shì)能的粗?；幚矸椒ㄊ箤?duì)較大時(shí)間和 空間尺度體系的模擬成為可能。DPD采用周期邊界條件使對(duì)無(wú)窮大體系的模擬更加有效。可 以使用平面墻來(lái)研究體系受限所帶來(lái)的影響，而 Lees-Edwards周期邊界可以用來(lái)模擬體系的 剪應(yīng)力過(guò)程。同時(shí)可以得到界面張力和臨界膠束濃度等，也可以通過(guò)可視化界面

19、或者數(shù)值結(jié) 果來(lái)進(jìn)行分析。MesoDyn模塊：MesoDyn是一個(gè)介觀尺度動(dòng)力學(xué)方法，用于研究跨越長(zhǎng)時(shí)間過(guò)程的大體 系。此方法使用源自化學(xué)組分梯度和朗文噪音的組分密度場(chǎng)方法。體系的微相分離、膠束和 自組裝過(guò)程都可以使用MesoDyn程序進(jìn)行研究。在固定幾何結(jié)構(gòu)的剪應(yīng)力和受限影響都可以 進(jìn)行研究。MesoDyn的應(yīng)用包括：涂料，化妝品，混合聚合材料，表面溶劑，復(fù)雜藥物傳輸 以及其它領(lǐng)域。此外，Materials Studio 軟件還包括 Reflex （晶體衍射）、Sorption （吸附）、Forcite （經(jīng) 典分子力學(xué)）、QSAR （構(gòu)效關(guān)系）等模塊。軟件的模塊化模式可使研究人員非常方便的

20、選 擇適合自己的研究工具，同時(shí)良好的用戶界面也將人們從以往繁瑣的編程中解脫出來(lái)，極大 地提高了工作效率。二、實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?）了解計(jì)算機(jī)在材料科學(xué)與工程領(lǐng)域的應(yīng)用。（2）理解計(jì)算機(jī)模擬的概念、方法及基本原理。（3）掌握Materials Studio軟件的基本操作。三、實(shí)驗(yàn)內(nèi)容1. 創(chuàng)建工程(1) 雙擊，或者開(kāi)始一所有程序一 Accelrys Materials Studio Materials studio；(2) 選擇Create a new project創(chuàng)建一個(gè)新工程，如下圖所示：(3) 點(diǎn)擊確定，選擇新工程保存路徑，并將該工程命名為New projecto (注意：新工程可保存在電腦上任

21、意硬盤(pán)位置，但必須保證路徑全為英文，如D:fileNew project)（4）點(diǎn)擊OK，新工程創(chuàng)建完畢，如下圖所示。了解軟件界面上各部分基本功能2. 從軟件數(shù)據(jù)庫(kù)中導(dǎo)入分子和晶體結(jié)構(gòu)（1） 選擇菜單 file importstructures organics-選擇 benzene雙擊，即可導(dǎo)入苯的分子結(jié)構(gòu)，如下所示（2）運(yùn)用工具欄 ：4j，?”可進(jìn)行旋轉(zhuǎn)、放大、更改顯示方式等操作。例如點(diǎn)擊吐，（或者鼠標(biāo)放在分子處右擊，選擇Display Style），出現(xiàn)如下對(duì)話框：0 Display StyleDisplay styleC NoneLinaLine width: 6r stickColo

22、fing廠 Custom:二二 ”i* Color by:| Element+廣 Ball and stickStick radius:Sall radium:r CPKCPK scale:P Polyhedron# Bond olderEditing: 12 atomsHelp(3)選擇ball a nd stick,相應(yīng)的結(jié)構(gòu)以球棍形式顯示，如下圖所示:S Bieplay Style區(qū)Atom 1Dijpapgoing廣 None廣 Cuslcm:i：|2r Lhe捋 Mwby-UrwMh |TT廣 Stick|EtenmxJ審 Qond DICfelS-lick radiis- |Q.2

23、曲諭由：r CPKHz Fr PcMiaflonEdling: 12-abormKtlp(4)同樣的方法，可以從數(shù)據(jù)庫(kù)中導(dǎo)入聚合物、晶體結(jié)構(gòu)等，如下圖所示:3手動(dòng)構(gòu)建分子結(jié)構(gòu)和晶體結(jié)構(gòu)。(1)以構(gòu)建丁烷分子為例，菜單欄中選擇file new,選擇3D Atomistic,點(diǎn)擊確定。此時(shí)文件名出現(xiàn)在左側(cè)的 Project Explorer中，名稱(chēng)為3D Atomistic Document，在其上單擊鼠標(biāo) 右鍵，選擇Rename改名為butane并進(jìn)行保存。(2)選擇工具欄 佑”弘，選擇sketch atom，選擇C原子，然后在文檔區(qū) 域繪制分子，并以球棍形式顯示，如下圖所示：-At;然后點(diǎn)擊工具欄中三，進(jìn)行自動(dòng)加H原子，點(diǎn)擊 門(mén) 按鈕對(duì)分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步調(diào)整，分子 構(gòu)建完畢。如下圖所示：