Vector-NTI-中文使用說明書

1、Vector NTI 7.0 User's Manual軟件包中文翻譯者：宋厚輝大學(xué)前言Introduction1. 程序附帶的數(shù)據(jù)庫Vector NTI database包括：DNA/RNA、蛋白質(zhì)、切酶、寡核苷酸、凝膠mark。此外程序還提供數(shù)據(jù)庫開發(fā)Database Explorer功能，用戶可以自己修改、添加、拷貝感興趣的各類數(shù)據(jù)庫。2. 創(chuàng)立新分子有四種方法A . 用 GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII 等格式輸入 DNA或氨基酸。B. 手工粘帖，然后保存到數(shù)據(jù)庫中C. 從其他分子、接頭、載體中剪切、拼接構(gòu)鍵D .

2、從DNA或RNA分子的編碼區(qū)翻譯成蛋白質(zhì)3. 關(guān)于新分子的序列特征圖譜：利用Gen Ba nk/Ge nPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA 等格式輸入的分子都能顯示出序列和結(jié)構(gòu)圖，但自己手工粘帖的沒有，需要自己編輯第一章 Chapter 1Tutorial: Display Win dows顯示窗口目的：創(chuàng)立顯示窗口，并對圖、序列和文本進(jìn)展操作?1.登錄 Vector NTI安裝后首次登錄，系統(tǒng)將提示是否允許填充空庫，點0K。這樣 DNA molecules, proteins,enzymes, oligos, and gel markers將組成NTI的數(shù)據(jù)庫。并出

3、現(xiàn)以下兩個窗口。? 2.觀察出現(xiàn)的 Vector NTI工作窗口和 Database Explorer 窗口上面的第一個窗口為工作窗口，由菜單欄和工具條兩欄，移動鼠標(biāo)到工具欄任意選項處，鼠標(biāo)自動顯示每個工具條的功能。第二個窗口為 exlporinglocal vector NTI database,顯示的是上次翻開的DNA/RNA 或蛋白分子。3. Create a Display Win dow for pBR322激活 exlporinglocal vector NTI database 窗口中的 DNA/RNA Molecules (MAIN) 數(shù)據(jù)庫，找到pBR322分子并雙擊翻開。顯

4、示如下窗口:? 4.觀察pBR322顯示窗口、圖形區(qū)標(biāo)住限制上面的窗口由文本區(qū)對分子信息的文字描述，雙擊文件夾可以看到 性切酶位點等和序列區(qū)全序列與酶切位點三個局部組成。?5.顯示窗口的管理通過拖拉標(biāo)尺，改變窗口、或每個顯示區(qū)的相對大小? 6.轉(zhuǎn)換pBR322 s圖形區(qū)：在工具欄左邊的 active pane 右側(cè)有三個按鈕，用鼠標(biāo)點當(dāng)中那個graphics pa ne?7.對pBR322 s 結(jié)構(gòu)圖進(jìn)展操作：用戶可以嘗試點擊此時圖形的大小會發(fā)生變化。選區(qū)設(shè)定：菜單Editset selectio n, 輸 入1OObp TOOObp,然后OK.可以看到選取在圖形中用扇型框圈了起來.將鼠標(biāo)移到

5、選取的5 '端,可以看到匕習(xí),通過拖拉可以延長或縮短選區(qū)圍，同樣在3端也能做到。如果用戶一次只想移動一個堿基用直接拖拉就可能不方便,假設(shè)用戶想在5端移動一個堿基，首先將鼠標(biāo)放到處，然后按住shift和鍵盤右側(cè)的 或箭頭，那么按一次箭頭移動一個堿基距離。如 果一次想移動10個堿基，那么同時按住shift+ctrl+ 箭頭。如果用戶只是粗 略選擇，可以直接將鼠標(biāo)移到圖中，用十字花拖動。將鼠標(biāo)移到圖的TCr處, 此時鼠標(biāo)箭頭變成眄，并顯示TCr代表的含義，如果用戶此時按下鼠標(biāo)，那么TCr的編碼區(qū)將被選中8.檢查 pBR322 s nucleotide序列Display Setup 按鈕，顯示

6、molecular display setup對話框:移動標(biāo)尺，盡可能將更多的 PBR322現(xiàn)在對序列顯示的樣式進(jìn)展設(shè)定：點擊序列顯示出來，并點擊序列中任何一處用戶可以對序列的顏色、大小、10個一組顯示還是15個一組默認(rèn)是10個 堿基一組，結(jié)構(gòu)圖的顏色、限制酶切圖譜注意剛開始顯示的PBR322上限制酶并不多、ORF、Motif等進(jìn)展設(shè)置?，F(xiàn)在我們打算把序列字體的顏色由黑 色變成綠色，顯示全部 PBR322的酶切圖。操作如下：在剛剛的窗口中點restriction map下面的RMap setup 按鈕，在出現(xiàn)的對話框中點 Add,再在出現(xiàn)的對話框中點 select all ，然后 OK。 點s

7、equenee 下面的 sequenee setup, 可以看到序列長度的設(shè)置等，在 color欄中選green, 路點OK。此時顯示如 下：anslanJid工AfWWWWUi-Hij©5*1"TAWVWMAW2jllpBF»322l+l Jll Lcncial D窯scjiptiionLJnn 自 田HdFtlElItl 二J Feature Mop岡 二 RiTi lpiEliwn M*p回-J NoiifB (both ttiond*Sil nkiilv I jmn!rntiqi.J|14 于卜匕;r-甲;曙322DRi&*wmI"he如

8、斗1、和lkg同17峠WrTTl HfdllTstH*V«i 呼曲 fAWEDp刃卵日叩口T嘛TruSImWhwwWvEcdAICIJhimr4s«ljwWW -JWWAw-mAWW"TCTCATOTT TOAAGCTTA TrATCGATiA GCTTTAATGC GGTAGTT"AT CACAGTTAAAmGTd 匚 urJAJCT&TCGHT JIGTXjCTATT CGJLJlJLTTji匚G 匚匚ATCfLjLLTJL GTTGTCJJITTT HHCG1I1T- attM£tiniMi 03<l-M*dfWtfVa ：

9、) ! l t !lBstNI£MlFillipi«r阡1i i21Reaiy1251 bp冋4»:旋.|町中立隹iMidi mYi “fI斗 Eipkriri. . -£ £： 一 呷農(nóng)王科 SB -l:5°Hfil 'Y'RYBiMliUlF NW|WWWU>£>»¥-TWWhaUjrWWVMapIIFotlta ''! * "*_丄f硼我們發(fā)現(xiàn)限制酶是大大的多了，不過美中缺乏的是序列顯示的是兩條鏈 互補(bǔ)鏈，實際上一條鏈就夠了，還有最好再和編碼的氨

10、基酸一切顯示。正鏈和這好辦:先選中全序列Ctrl-A，看到工具條中的Tra nslate Direct圖標(biāo)了沒，點它。哈哈果然翻譯成功了。不要忘了看二I左右兩側(cè)的圖標(biāo)喲，點點jjj Mdeizule Edt 牟忖 士血 GeI Lj-I:匕臥 Aswrnbc Tuck WfdoW/* Vtrtnr NTI畫丨也丨加力滄Cf誌為專世比之必釦於逋帶ghTant;圄回國|回葫打曲3K|滋場醴|糜汩4B J 1| |IG zJ 1商皿口曲；看。注意用戶在發(fā)表文章的時候，一般在文章中發(fā)表自己克隆或表達(dá)的DNA序列，在DNA序列下面還有氨基酸序列，哈哈，這不幫你做到了。什么？切酶 怎么去掉，剛剛你怎么加上

11、去的就怎么解除吧，看看我下面的圖不就是辦到了:9.對pBR322 ' s text文本描述進(jìn)展操作拖動標(biāo)尺，使文本區(qū)盡可能拉大。選中Restriction Map文件夾，然后找到色1Expand Branch工具條中的文件夾是一樣的，都是翻開的意思，還有它左邊的按鈕。按鈕，點它。其實這和雙擊restriction map 在找到 Feature Map按鈕?？吹絋C(R) 了沒，記住它。文件夾，然后按因，在第7章中將詳細(xì)表達(dá)如何將這段基因克隆到載體這是一個四環(huán)素抗性基PUC19 中。10.將pBR322 ' s文本區(qū)和圖區(qū)、序列區(qū)連接起來可以讓你一個一個的細(xì) 細(xì)品位PBR322

12、 的每個細(xì)小結(jié)構(gòu)，全部看可能會眼花，那就一個一個的看吧激活文本區(qū)，然后找到 區(qū)上的任何標(biāo)記都沒了Link Panes丨按鈕，點它。完了， PBR322的圖 成了一個圓圈。還有，序列區(qū)的酶切標(biāo)記也沒了。哈哈,不用急，先點文本區(qū)的Restriction Map文件夾，然后點按鈕翻開文件夾里面的分支?，F(xiàn)在看看，酶切標(biāo)記又重新顯示出來了。激活圖形區(qū)，找到丄JSta ndard Arran geme nt丨按鈕了沒，點它。會發(fā)現(xiàn)酶切圖譜顯示的方式和剛剛不一樣了，這是標(biāo)準(zhǔn)方式。在文本區(qū)中選中feature map 文件夾，點，發(fā)現(xiàn)丄蘭翻開，發(fā)現(xiàn)圖形又變了。依次關(guān)掉 feature map中的其他文件夾，只

13、留TCR，此時圖中只有TCR 個標(biāo)記了。最后別忘了再點一下鏈條圖又回到原樣。如以下列圖:看看上面的時鐘都 23 : 12 了，該睡覺了，明天繼續(xù)。11. 打印 pBR322' s 文本 description, 圖形 map, 和序列 sequenee打印文本：先激活文本區(qū)，就是active pane 右邊的第一個按鈕，或者直接用鼠標(biāo)在本文區(qū)點一下，然后按expand branch夾,然后點打印。同樣要想打印圖形或序列,按鈕翻開文本區(qū)的所有文件先激活其所在的選區(qū)，然后按打印機(jī)圖標(biāo)即可12. 為41BB_HUMAN創(chuàng)立顯示窗口點擊窗口下面的exploringlocal vector NT

14、I database圖標(biāo)，翻開翻開Explorer 窗口，點擊窗口左上角的下拉式菜單， 選Protein Molecules (MAIN) 數(shù)據(jù)庫。找到41BB_HUMAIN并雙擊。翻開窗口如下：窗口顯示結(jié)構(gòu) 和DNA序列的顯示窗口一致，也包括文本區(qū)，圖形區(qū)和序列區(qū)三局 部。菜單和工具條也根本一樣。在文本區(qū)中雙擊Analysis文件夾，那么蛋白自動分析結(jié)果以表格的形式在下面顯示出來。下面我們把這兩個表格拷貝到 word文檔中， 先用shift+鼠標(biāo)將兩個表格選中，然后點工具條中的照相機(jī) camera丨命令，在 出現(xiàn)的對話框中可以看到序列的range中的selection 已被選中，點Copy.

15、，然后翻開一個word文檔，粘帖ctrl-V,那么表格被完整的拷貝到 word文檔中了。 如下所示：Len gth255 aaMolecular Weight27897.66 m.w.1 microgram =35.845 pMolesMolar Exti nction coefficie nt112501 A280 corr. to2.48 mg/mlA280 of 1 mg/ml0.40 AUIsoelectric Poi nt8.13Charge at pH 73.72Ami no Acid(s)Number count% by weight% by freque ncyCharged

16、(RKHYCDE)8336.6832.55Acidic (DE)2510.859.80Basic (KR)2914.4311.37Polar (NCQSTY)9034.0835.29Hydrophobic(AILFWV)6727.0626.27A Ala113.024.31C Cys259.339.80D Asp114.514.31E Glu146.345.49F Phe168.146.27G Gly214.858.24H His20.960.78I Ile72.832.75K Lys135.855.10L Leu218.488.24M Met31.381.18N Asn124.884.71P

17、 Pro186.387.06Q Gln125.404.71R Arg168.586.27S Ser227.128.63T Thr176.246.67V Val113.974.31W Trp10.630.39Y Tyr21.120.78B Asx239.399.02Z Glx2611.7410.20X Xxx00.000.0013. 為1B14_HUMAN創(chuàng)立顯示窗口窗口，找到重新回至U exploringlocal vector NTI database1B14_HUMAN分子并雙擊翻開。如以下列圖：注意該蛋白分子圖形上的各種特征顯示的十分緊湊，大有眼花繚亂的感覺，為了方便起見，我們可以按剛剛

18、介紹的link命令來逐一顯示各個feature。操作方法和DNA分子一致。關(guān)閉窗口，完畢，當(dāng)最后一個窗口關(guān)閉是屏幕提示 this will end your vector NTI session,點確定OK關(guān)閉。第二章：Chapter 2Tutorial: Molecule Operatio ns分子操作目的：對 pBR322 的 general data, feature map, and sequenee進(jìn)展編輯注意蛋白質(zhì)和 DNA分子的操作是一樣的1. 登錄Vector NTI 程序剛剛說完，不用再教了吧2. 翻開pBR322 的顯示窗口再羅嗦一遍吧，程序vector NTIExplor

19、i nglocal vector NTI DatabaseDNA/RNAMolecules (MAIN) PBR322 ，雙擊。3. 對pBR322' s的常用數(shù)據(jù)general data丨進(jìn)展編輯在文本區(qū)的最上面，雙擊 PBR322 名字，彈出下面窗口：Edit pBR322Gerieral DhlA/HNAMolecufe j Usm Fields | CermeHte | keywords 旳DMAr Linear C RNAExtra-Chranriosarrie FleplitatiorPBaGteria廠Vsast 廠 Anima 1/Cther EukaryoticR e

20、plicon TjpePFlasmid廠Pliagemid廠Cosmid廠Virus廠Phage廠ChiornosomeDescription：IaTCC 37017.ATCC31344: Cloiing vector plasmid pBR322, complete genome.K匚 mricel |I Help1st:給PBR322加關(guān)鍵詞：點keywords,在彈出的關(guān)鍵詞窗口中輸入 My own plasmid ，點 Add?；氐?DNA/RNA Molecular窗口，將最下面的description中的容替換成 My pBR322 。點OK確定。注意屏幕的左上角pBR322* ，

21、在PBR322的后面有一個星號，說明現(xiàn)在顯示的是PBR322的修飾形式?，F(xiàn)在我們要在數(shù)據(jù)庫中保存這一結(jié)果：菜單molecularsave as，在彈出的對話框中輸入序列的名字MyPBR322 ，點OK。這時發(fā)現(xiàn)星號不見了，說明結(jié)果已保存到數(shù)據(jù)庫中，這時 數(shù)據(jù)庫中關(guān)于PBR322 的DNA分子有兩個，一個是原始的 PBR322 就是 最初翻開的那個，另一個就是我們保存的那個my PBR322 。3. 編輯 My pBR322 ' s 序列激活序列區(qū)，菜單edit set selection,在對話框中輸入圍21-40，點OK。 會發(fā)現(xiàn)序列選區(qū)含有 ClaI禾口 HindIII 兩個酶切位

22、點。點擊菜單edit newReplace Sequenee 21 bp-40 bp ，將窗口中第 23 禾口 24 位的 TC刪除分別用AA代替，窗口將顯示如下：注意該窗口左下腳顯示有：inserted 2,delete 2，什么意思都不用說了。點OK，注意序列中的Clal位點立刻消失了。如以下列圖所示:5. 將My pBR322的修改結(jié)果取消，不保存到數(shù)據(jù)庫注意剛剛修改完后，在屏幕左上角My pBR322 的后面，有一個星號，說明當(dāng)前顯示的分子已經(jīng)修改，下面將修改結(jié)果取消，點擊菜單molecularRevert To Saved ，點OK確定。此時數(shù)據(jù)庫將剛剛的修改結(jié)果取消了。如果需要保存

23、修改結(jié)果那么在 molecular菜單中選save as 命令6. 如何插入新的序列片段通常在編輯序列的時候需要在序列圖譜中插入一段基因或者一段特征序列，先找到序列中的AP(R) 標(biāo)志3293 bp-4156 bp丨禾口 TC(R) 標(biāo)志86-1276 bp ，菜單 edit Set Caret Position ，輸入 200，將光標(biāo)打到 200bp 處，下面我們要在此位置處輸入10個T堿基。點菜單edit new insert sequenee 200bp,在出現(xiàn)的對話框中輸入 10個T，點OK，然后又出現(xiàn)一個對話框，問你是否確認(rèn)當(dāng)前的序列已經(jīng)修改CDS TC(R) isaffected

24、by sequenee editing， Delete, Delete All, Keep, andKeep All ，點keep.我們發(fā)現(xiàn)在200bp序列處多了 10個T。我們將鼠標(biāo)移 到AP R處，我們發(fā)現(xiàn)其位置已經(jīng)順時針移了10個堿基3303 bp-4166bp。其實，在原始序列中一旦插入一段序列后，系統(tǒng)會自動改變圖譜中各特 征的相對位置，如果插入的序列位于某一特征序列的部，我們點Keep,NTI會自動向3端移動?，F(xiàn)在我們將鼠標(biāo)移到 TCR處，發(fā)現(xiàn)其3'端已經(jīng)后移了 10個 堿基1286，不過5'端沒動喲。如以下列圖所示：7. 編輯TC(R) 信號特征將鼠標(biāo)移到圖形的TC

25、r處，當(dāng)箭頭變成“手的形狀時雙擊或者點鼠標(biāo)右鍵， 選feature properties ,在出現(xiàn)的對話框中用戶可以修改TCr的位置、名稱和描述。我們將名稱name丨由TC(R)改成Old TC(R)，然后在最下面的 descriptio n中輸入描述：“ 10 bp fragme nt in serted",點 OK。那么圖形結(jié)構(gòu)變成：SO SEQ恥眈 H II C?aI(25)j?in d nr <30)XTQKI砂柵妙嗨切辰詐My pBR3224371 bp8. 刪除P2_P信號，并參加新的序列特征在圖譜中找到 P2P，選中，點鼠標(biāo)右鍵，選 Delete Feature

26、From Fmap或者從edit菜單中選擇此命令，此時NTI將提示P2_P will be deletedfrom the feature map,點OK確定。我們發(fā)現(xiàn)圖譜中P2P已經(jīng)沒有了下面我們我為PBR322序列參加一個新的特征：editset selecti onadd featuresFMap進(jìn)入。在出現(xiàn)的對話框 feature name NTI默認(rèn)的特征類型feature type輸入3000-3500bp ，點OK。在工具條中找到上日按鈕，點它。也可以從 editnewadd feature to中輸入New Feature ，注意 丨為Misc. Feature，用戶可以從列表

27、中選擇自己認(rèn)可的特征。最后點 0K。如圖:下面將My pBR322的修改結(jié)果保存到數(shù)據(jù)庫中：菜單molecularsaveas,如果不想改名的話點 OK，NTI將提示My pBR322已經(jīng)存在，是否覆蓋，點 overwrite.9. 修改My pBR322 的起始坐標(biāo)這樣可使剛剛插入的10bp片段和最初的PBR322 具有一致的坐標(biāo)系菜單 MoleculeoperationsAdvaneed (DNA/RNA)ChangeStarting Coordinate。在出現(xiàn)的對話框 new start( 新的起始點位置)輸入：11因為剛剛插入了 10bp，所以起始點是1+10=11。點OK，此時NT

28、I會提示當(dāng)前坐標(biāo)已被修改，是否繼續(xù)，點OK確定?，F(xiàn)在我們會發(fā)現(xiàn)顯示窗口中 TCR 的位置已經(jīng)變成了76bp T276bp，還有APR的位置3293 bp -4156bp，這都和最初的PBR322 一致。如以下列圖：10.退出顯示窗口，關(guān)閉 NTI第三章：Chapter 3Tutorial: Working With A Molecule's Graphical Representation對分子圖形的展示進(jìn)展操作目的：以DNA分子為例，對分子圖形的展示進(jìn)展操作蛋白質(zhì)的操作和DNA類似，為pBR322 圖形創(chuàng)立一個展示 窗口，并保存到分子文檔中1. 登錄Vector NTI 程序2. 通

29、過新窗口翻開PBR322與前兩章的翻開方式略有不同在NTI主窗口中，點擊工具條最左邊的翻開文件夾或者 molecularOpen在彈出的 Open窗口中點擊database DNA/RNAs，在列表中找到 PBR322，然后OK。3. 顯示窗口的調(diào)整比方我們想觀察圖象的詳細(xì)情況，首先用標(biāo)尺拖動圖形窗口，至于序列和文本區(qū),可以很小，因為我們的目的是看圖。然后點讓圖形放大或縮小，直到滿意為止，如果用戶想一步步的看放大效果，可以按住shift的同時點4. 修改圖形的自動排列設(shè)置按住ctrl的同時，點Sta ndard Arran geme nt，用戶可以根據(jù)彈出的小菜單，來選擇圖形線條的粗細(xì)和字體的

30、大小，直到滿意為止。5. 修改圖形的編碼區(qū)信號CDS signals丨設(shè)置點中圖形中任意編碼區(qū)粗箭頭，然后按鼠標(biāo)右鍵，在彈出的下拉菜單中，選CDS Display Setup，用戶可以在彈出的 Graphics Display Setup對話框中修改所選編碼區(qū)的名稱、顏色標(biāo)記、箭頭的粗細(xì)等，實際上NTI默認(rèn)的就很好了。用戶也可以通過點 more來進(jìn)展更多的修改比方字體和大小等，和word中字體的處理很相似，修改完后一路OK點下去即可。注意這種修改只是針對本窗口中的分子，對其他分子沒有影響。比方我們將箭頭填充成蘭色。下面我們保存這一設(shè) 置：點擊.巨'display setup丨右側(cè)的小三

31、角形 符號，在彈出的菜單中選Save點NO。現(xiàn)在再點擊Settings As，然后在彈出的窗口中給剛剛的設(shè)置風(fēng)格取個名字，不妨叫 blue，點0K，注意此時NTI會提示是否保存其他沒用過的風(fēng)格,display setup丨右側(cè)的小三角形符號我們會發(fā)現(xiàn)blue已經(jīng)在下拉菜單上了注意這種改變一改就是好幾個箭頭一塊改，如果只想改一個箭頭的顏色，請看第6條6. 翻開圖片編輯方式NTI提供了兩種編輯圖片的方式，分子編輯方式默認(rèn)和圖片編輯方式。激活圖形區(qū)然后按edit picture丨按鈕。然后點中 圖形中任意標(biāo)記或者箭頭，按住鼠標(biāo)右鍵，在彈出的下拉菜單中選properties屬性或者style風(fēng)格等，進(jìn)

32、展設(shè)置，注意此時設(shè)置的僅僅是所選的箭頭或者標(biāo)記，而不是整個分子在第5條中設(shè)確實是整個分子，請注意比較，也就是第5條的方法是分子編輯方式，兩種方式的轉(zhuǎn)換通過按鈕丨。7. 將TCR箭頭變成蘭色網(wǎng)格操作如下：點中fill ，按右圖方式選擇:占中5八、ITCR箭頭，按住鼠標(biāo)右鍵，選properties點OK如果是中文操作系統(tǒng)，OK二確定8. 放大TC(R)箭頭點中TCR后，當(dāng)鼠標(biāo)在箭頭附近移動時，會出現(xiàn)兩種十字形標(biāo)記:同時，拖動過鼠標(biāo)拖動墮可以改變箭頭的胖瘦，而拖動那么可以改變箭頭的相對位置移 到圓或圓外。如果想讓箭頭按圓圈轉(zhuǎn)動，可以在按住ctrl+shift 注意這種拖動并不能修改分子本身，僅僅是改

33、變位置而已，如果想修改分子中的標(biāo) 記，請使用第二章介紹的方法?，F(xiàn)在，拖來拖去是不是將箭頭拖的亂七八糟了，那就按取消吧。如以下列圖：曲茁F.I相PI PLYffF" / ROP如14(2曲心HYEFF9. 修改TC(R)標(biāo)記的格式將鼠標(biāo)移到TCr標(biāo)記上，雙擊。顯示下面的對話框就是屬性點Font,選擇斜體18號字，點0K 。 TCR將顯示如以下列圖:NTIArran geme nt丨按鈕，使標(biāo)記的信號回到標(biāo)準(zhǔn)位置，如果圖片已經(jīng)修改,還會不厭其煩的提示是否繼續(xù)，點確定吧。10. 參加文本注釋你肯定把看到窗口工具條最右側(cè)的“回形針符號了沒，點它說什么，沒反響？哈哈，那 二忘了，如果沒反響，點

34、二Ll后再點回形針肯定行，在彈出的對話框中輸入“ Clone into pUC19點OK。此時參加的注釋出現(xiàn)在圓圈的中央,用鼠標(biāo)拖到TCr的下面即可什么？字體太小，哈哈，點中鼠標(biāo)右鍵從properties 中選擇字體的大小和顏色。如以下列圖：如果覺得不爽，可以先選中剛剛添加的文本，點菜單editDelete Annotation進(jìn)展刪除。注意以上修改的僅僅是顯示的界面，NTI并不能將修改的顯示結(jié)果保存 到數(shù)據(jù)庫中，所以用戶也可以發(fā)現(xiàn)在左上角并沒有*號標(biāo)記，也就是數(shù)據(jù)庫中的分子沒有改變，如果想讓它改變的話，只能將文件存到文檔文件中了。11. 將pBR322分子顯示結(jié)果保存到文檔文件中菜單Mole

35、culesave assave as file, 名稱NTI已經(jīng)給起好了，就是pBR322.gb。選擇好要保存的目錄，點0K。如果感覺剛剛創(chuàng)立的blue比較爽,可以在保存前選擇右側(cè)的三角按鈕選擇blue此時系統(tǒng)會提示是否創(chuàng)立html文件描述分子，點yes這樣我們可以和朋友通過in ternet進(jìn)展交流了注意該文檔完全與數(shù)據(jù)庫相關(guān)聯(lián)，其顯示的信息與數(shù)據(jù)庫中的信息一致。但風(fēng)格與 數(shù)據(jù)庫不同，比方箭頭的顏色、字體的大小等當(dāng)然由用戶決定?，F(xiàn)在用戶可以 先關(guān)閉文檔然后再翻開就可以發(fā)現(xiàn)顯示的風(fēng)格和數(shù)據(jù)庫中的風(fēng)格完全不同不過容 還是一樣的。注意：對于原先數(shù)據(jù)庫中沒有的分子比方用戶根據(jù)自己的需要自 己構(gòu)建或從

36、GENBANK 下載的，并不能直接修改顯示風(fēng)格，如果想修改其顯示風(fēng) 格，先將該分子保存到數(shù)據(jù)庫中，這樣就可以了退出程序目的：將本地數(shù)據(jù)發(fā)送到第四章Chapter 4Vector NTI工具和 in ternet連接in ter net上，并進(jìn)展BLAST 搜索，序列對排、比較和分析等1. 登錄 Vector NTI2. 在新窗口翻開 pBR322窗口切記選中pBR322注意：如果不是通過exploringPBR322 ，那么最終的搜索結(jié)果3. 通過 exploringlocal vector NTI database整個分子并利用 BLAST搜索工具進(jìn)展序列比較 窗口，而是通過NTI主窗口 “翻開命令，翻開不會直接顯示在屏幕上，而是發(fā)到用戶指定的email中，但結(jié)果都是一樣的選中后，點 exploringlocal vector NTI database窗口中的 ToolsCompare Agai nst Ge nBa nk via BLAST on NCBI Ser