第六講序列分析一般程序中的一個(gè)實(shí)例

1、 對(duì)一條新的基因序列進(jìn)行生物信息學(xué)的分析前言對(duì)從真菌tabescens中克隆出一個(gè)基因的全長(zhǎng)cDNA進(jìn)行生物信息的分析，預(yù)測(cè)這個(gè)未知cDNA的功能目前因特網(wǎng)上有許多生物學(xué)信息庫(kù)，采用不同的算法，對(duì)生物學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行從序列水平到結(jié)構(gòu)層次，進(jìn)而到功能的多種分析。本章的分析主要利用這些數(shù)據(jù)庫(kù)和相關(guān)軟件完成。材料和儀器（1）生物技術(shù)實(shí)驗(yàn)室從一株產(chǎn)-甘露聚糖酶的新菌種A.tabescens EJLY2098克隆出一個(gè)全長(zhǎng)cDNA（命名為man）（2）可以連接國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)的計(jì)算機(jī)核酸序列的基本分析運(yùn)用DNAMAN軟件分析核酸序列的分子質(zhì)量、堿基組成和堿基分布。同時(shí)運(yùn)用BioEdit（版本）軟件對(duì)m

2、an做酶切譜分析。堿基同源性分析運(yùn)用NCBI信息庫(kù)的BLAST程序?qū)an進(jìn)行堿基同源性分析(Translated query tien database(blastx)網(wǎng)站如下：參數(shù)選擇：TRANSLATEDquery-PROTEIN database blastx； nr;stander1開放性閱讀框（ORF）分析利用NCBI的ORF Finder程序?qū)an做開放性閱讀框分析，網(wǎng)址如下：參數(shù)選擇：Genetic Codes：1 Standard對(duì)蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)功能域分析運(yùn)用簡(jiǎn)單模塊構(gòu)架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Too

3、l,SMART）對(duì)manORF出的蛋白質(zhì)序列進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域分析。該數(shù)據(jù)庫(kù)由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)。12網(wǎng)址如下：運(yùn)用NCBI的BLAST程序再對(duì)此蛋白質(zhì)序列進(jìn)行rpsBlast分析參數(shù)選擇：Search Database：CDD v2.0711937PSSMs Expect：0.01Filter：Low complexitySearch mode：multiple hits 1pass同源物種分析用DNAMAN軟件將蛋白質(zhì)序列與GHF5的-甘露聚糖酶序列和GHF6的-甘露聚糖酶序列序列比對(duì)，根據(jù)結(jié)果繪出系統(tǒng)進(jìn)化樹，并進(jìn)行分析。蛋白質(zhì)一級(jí)序列的基本分

4、析運(yùn)用BioEdit（版本）軟件對(duì)man ORF翻譯的蛋白的一些基本性質(zhì)，對(duì)分子量、等電點(diǎn)、氨基酸組成等作出分析。二級(jí)結(jié)構(gòu)和功能分析信號(hào)肽預(yù)測(cè)利用丹麥科技大學(xué)（DTU）的CBS服務(wù)器蛋白質(zhì)序列的信號(hào)肽（signal peptide）預(yù)測(cè)，進(jìn)入Prediction Serves 頁(yè)面。網(wǎng)址如下：參數(shù)選擇：Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard；疏水性分析利用瑞士生物信息學(xué)研究所（Swiss Institute of Bioinformatics， SIB）的ExPASy服務(wù)器上的ProtScale程序13對(duì)ORF 翻譯后的氨基酸序列做疏水性分析網(wǎng)

5、址如下：參數(shù)選擇：蛋白質(zhì)溶解能力和PROSITE motif search的分析利用美國(guó)哥倫比亞大學(xué)（Columbia University）的PredictProtein服務(wù)器（PHD）14對(duì)ORF 翻譯后的氨基酸序列通過發(fā)郵件的方式獲得蛋白質(zhì)溶解能力和PROSITE motif search分析的結(jié)果。網(wǎng)址如下：磷酸化位點(diǎn)分析磷酸化和去磷酸化是細(xì)胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)的重要方式，利用丹麥科技大學(xué)（DTU）的CBS服務(wù)器上的NetPhos2.0 Server程序15做磷酸化位點(diǎn)分析。NetPhos2.0 Server程序是基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法，對(duì)蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三種氨基酸殘基可能成為的磷

6、酸化位點(diǎn)作出預(yù)測(cè)，網(wǎng)址如下：跨膜區(qū)分析蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)。12利用丹麥科技大學(xué)（DTU）的CBS服務(wù)器上的TMHMM Server v. 2.0程序進(jìn)行蛋白序列跨膜區(qū)分析。網(wǎng)址如下：參數(shù)選擇：Extensive with graphics亞細(xì)胞定位通過WoLF PSORT工具基于其氨基酸序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位點(diǎn)網(wǎng)址如下：參數(shù)選擇：Fungi；From Text Area二硫鍵分析運(yùn)用SCRATCH Protein Predictor 對(duì)蛋白質(zhì)的二硫鍵做出分析。網(wǎng)址如

7、下：/baldig/scratch/index.html參數(shù)選擇：Dlpro(Disulfide Bonds)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)運(yùn)用PBIL LYON-GERLAND信息庫(kù)對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)（Secondary structure prediction），主要用Hopfield神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（HNN）預(yù)測(cè)。網(wǎng)址如下：結(jié)果從一株產(chǎn)-甘露聚糖酶的新菌種A.tabescens EJLY2098獲得的全長(zhǎng)cDNA序列如下：ACGCGGGGGAAAGATGCATCTGCTCGCTTTTCTGTCTCTGAGTACATTCCTGTGCTCTGCGTTCGCTGCTG

8、TTCCTGAGTGGGGCCAATGTGGCGGCATTGGATGGACAGGACAGACCACTTGCGTTAGTGGTACAGTATGCGCAGCTCTCAATGACTATTATTCTCAATGTGTGCCTGGAACGGCCACAACAACGGCCGCTCCCACGACTGCTACATCAACAACCATTTCTTCCACTTCTCGCACAACTGCTACGTCGACCACAGCTTCCGCACCATCTTCTACTGGCTTTGTAACTACCTCTGGCACAGAGTTCCGCCTCAACGGTGCCAAATTTACTATCTTCGGCGCCAACTCATACTGGGTCGGGT

9、TGATGGGCTATAGCACTACAGATATGAATAAAGCCTTCGCAGACATCGCGGCTACAGGTGCCACCGTCGTCCGCACATGGGGCTTCAATGAGGTAACGAGTCCTAACGGGATTTATTACCAGAGTTGGTCCGGAAGTACACCAACTATCAACACAGGTTCTACGGGTCTTCAAAACTTTGATGCCGTCGTCGCTGCTGCTGCTGCACATGGCTTGAGGCTTATTGTTGCCATAACGAACAACTGGTCCGACTATGGTGGAATGGATGTATACGTTAACCAAATTGTCGGGTCTGGCTCTG

10、CGCACGATTTATTCTATACCGACTGTGAGGTTATATCTACTTACATGAACTACGTCAAGACCTTCGTCTCGCGCTATGTGAACGAACCTACTATTTTAGGTTGGGAGCTTGCAAATGAACCTAGATGCAAGGGGAGTACCGGGACGACCTCTGGATCATGCACTGCAACGACTATCACAAAATGGGCCGCGGCAATTTCAGCGTACATCAAGTCGATCGATCCCAACCATCTTGTCGGGATAGGAGATGAAGGGTTCTACAATGAACCTAGCGCACCAACATATCCATATCAAGGTAGCG

11、AAGGTATCGATTTTGATGCAAATTTGGCCATTAGTAGCATTGATTTCGGTACATTCCATTCCTATCCTATCAGCTGGGGTCAAACCACTGATCCTCAGGGATGGGGTACGCAATGGATCGCTGATCATGCAACGTCAATGACAGCTGCGGGAAAGCCCGTAATCTTAGAGGAGTTTGGAGTCACCACTAATCAAGCAACTGTTTATGGCGCCTGGTATCAGGAAGTTGTCTCTTCGGGTCTTACTGGTGCTCTTATTTGGCAAGCTGGTTCTTATTTATCATCCGGAGCTACTCCGGACG

12、ACGGATATGCAATTTATCCTGATGATCCTGTATATTCCCTGGAAACCTCCTATGCGGTTACATTGAAAGCGCGGGCGTAGGATAGGGTACAGAATAAATTTTGCTCCGATGTGGTACTGTAGCCGAGCGGCTTGACTATGTGAATAAAAATAGCACTGTTGTCACGATCGATCAACACCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA核酸序列的基本分析核酸序列的基本分析結(jié)果如下：SEQ New: 1483 bp;Composition 388 A; 358 C; 351 G; 386 T; 0 OTHERP

13、ercentage: 26.2% A; 24.1% C; 23.7% G; 26.0% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 457.73 dsDNA: 914.24ORIGIN1 ACGCGGGGGA AAGATGCATC TGCTCGCTTT TCTGTCTCTG AGTACATTCC TGTGCTCTGC61 GTTCGCTGCT GTTCCTGAGT GGGGCCAATG TGGCGGCATT GGATGGACAG GACAGACCAC121 TTGCGTTAGT GGTACAGTAT GCGCAGCTCT CAATGACTAT TATT

14、CTCAAT GTGTGCCTGG181 AACGGCCACA ACAACGGCCG CTCCCACGAC TGCTACATCA ACAACCATTT CTTCCACTTC241 TCGCACAACT GCTACGTCGA CCACAGCTTC CGCACCATCT TCTACTGGCT TTGTAACTAC301 CTCTGGCACA GAGTTCCGCC TCAACGGTGC CAAATTTACT ATCTTCGGCG CCAACTCATA361 CTGGGTCGGG TTGATGGGCT ATAGCACTAC AGATATGAAT AAAGCCTTCG CAGACATCGC421 GGC

15、TACAGGT GCCACCGTCG TCCGCACATG GGGCTTCAAT GAGGTAACGA GTCCTAACGG481 GATTTATTAC CAGAGTTGGT CCGGAAGTAC ACCAACTATC AACACAGGTT CTACGGGTCT541 TCAAAACTTT GATGCCGTCG TCGCTGCTGC TGCTGCACAT GGCTTGAGGC TTATTGTTGC601 CATAACGAAC AACTGGTCCG ACTATGGTGG AATGGATGTA TACGTTAACC AAATTGTCGG661 GTCTGGCTCT GCGCACGATT TATTC

16、TATAC CGACTGTGAG GTTATATCTA CTTACATGAA721 CTACGTCAAG ACCTTCGTCT CGCGCTATGT GAACGAACCT ACTATTTTAG GTTGGGAGCT781 TGCAAATGAA CCTAGATGCA AGGGGAGTAC CGGGACGACC TCTGGATCAT GCACTGCAAC841 GACTATCACA AAATGGGCCG CGGCAATTTC AGCGTACATC AAGTCGATCG ATCCCAACCA901 TCTTGTCGGG ATAGGAGATG AAGGGTTCTA CAATGAACCT AGCGCAC

17、CAA CATATCCATA961 TCAAGGTAGC GAAGGTATCG ATTTTGATGC AAATTTGGCC ATTAGTAGCA TTGATTTCGG1021 TACATTCCAT TCCTATCCTA TCAGCTGGGG TCAAACCACT GATCCTCAGG GATGGGGTAC1081 GCAATGGATC GCTGATCATG CAACGTCAAT GACAGCTGCG GGAAAGCCCG TAATCTTAGA1141 GGAGTTTGGA GTCACCACTA ATCAAGCAAC TGTTTATGGC GCCTGGTATC AGGAAGTTGT1201 CT

18、CTTCGGGT CTTACTGGTG CTCTTATTTG GCAAGCTGGT TCTTATTTAT CATCCGGAGC1261 TACTCCGGAC GACGGATATG CAATTTATCC TGATGATCCT GTATATTCCC TGGAAACCTC1321 CTATGCGGTT ACATTGAAAG CGCGGGCGTA GGATAGGGTA CAGAATAAAT TTTGCTCCGA1381 TGTGGTACTG TAGCCGAGCG GCTTGACTAT GTGAATAAAA ATAGCACTGT TGTCACGATC1441 GATCAACACC TAAAAAAAAA

19、AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAA對(duì)其所做對(duì)其所做的酶切譜分析結(jié)果如下： 對(duì)DQ286392的酶切圖（見附錄1） 單酶切統(tǒng)計(jì)，見下表：Restriction table:Enzyme Recognition frequency Positions_AccI GTmk_AC 2 258, 640AloI GAACnnnnnnTCCnnnnnnn_nnnnn 1 632AloI GGAnnnnnnGTTCnnnnnnn_nnnnn 1 600AlwI GGATCnnnnn_ 5 833, 885, 1056, 1095, 1290ApoI rAATT_y 3 333, 992, 1

20、368BanI GGyrC_C 4 327, 348, 429, 1179BbeI G_GCGCC 2 352, 1183BbsI GAAGACnnnnnn_ 1 531BbvI GCAGCnnnnnnnnnnnn_ 7 53, 156, 551, 554, 557, 560, 1103BceAI ACGGCnnnnnnnnnnnnnn_ 3 199, 211, 540BcgI CGAnnnnnnTGCnnnnnnnnnn_nn 3 1003, 998, 1294BcgI GCAnnnnnnTCGnnnnnnnnnn_nn 3 969, 1032, 1260BclI TGATC_A 1 109

21、4BfrBI ATGCAT 1 17BglI GCCn_nnnnGGC 1 91BmrI ACTGGGnnnn_n 1 371BpuEI CTTGAGnnnnnnnnnnnnnn_nn 1 605BsaHI GrCG_yC 2 349, 1180BsaJI CCnnG_G 2 859, 1309BsaWI wCCGG_w 3 501, 1254, 1265BsaXI ACnnnnnCTCCnnnnnnn_nnn 1 215BsaXI GGAGnnnnnGTnnnnnnnnn_nnn 1 185BseMII CTCAGnnnnnnnn_nn 3 30, 67, 1080BseRI GAGGAGn

22、nnnnnnn_nn 1 1155BseYI CCCAG_C 1 1045BsgI GTGCAGnnnnnnnnnnnnnn_nn 1 559BsiEI CG_ryCG 3 199, 889, 1440BsiHKAI G_wGCwC 2 57, 1223BslI CCnn_nnnnnGG 4 81, 449, 963, 1272BsmAI GTCTCnnnnn_ 3 40, 743, 1205BsmBI CGTCTCnnnnn_ 1 743BsmFI GGGACnnnnnnnnnnnnnn_ 1 827Bsp1286I G_dGChC 2 57, 1223BspCNI CTCAGnnnnnnn

23、_nn 3 31, 68, 1079BspEI TCCGG_A 3 501, 1254, 1265BsrI ACTG_Gn 4 290, 366, 618, 1220BsrBI CCGCTC 2 201, 1399BsrDI GCAATG_nn 1 1089BstF5I GGATG_nn 4 108, 641, 1077, 1251BstZ17I GTATAC 1 641Bsu36I CCTnA_GG 1 1066BtgI CCryG_G 1 859BtsI GCAGTG_nn 1 832Cac8I GCnnGC 4 25, 781, 1234, 1345ClaI ATCG_AT 3 889,

24、 979, 1440EaeI yGGCC_r 3 184, 196, 997EagI CGGCC_G 1 196EarI CTCTTCnnnn_ 1 1208EciI GGCGGAnnnnnnnnn_nn 1 306FauI CCCGCnnnnnn_ 2 1112, 1336FokI GGATGnnnnnnnnnnnnn_ 4 115, 648, 1084, 1238FspI TGCGCA 2 143, 673HaeII r_GCGCy 2 352, 1183Hin4I GAynnnnnvTCnnnnnnnn_nnnnn 3 690, 1079, 1111Hin4I GAbnnnnnrTCnn

25、nnnnnn_nnnnn 3 722, 1079, 1111HincII GTyrAC 2 259, 647HpaI GTTAAC 1 647HphI GGTGAnnnnnnn_n 1 1145Hpy8I GTnnAC 5 259, 510, 641, 647, 752Hpy188III TCnn_GA 10 75, 502, 728, 823, 908, 1191 1255, 1266, 1290, 1435HpyF10VI GCn_nnnnnnGC 11 67, 92, 418, 430, 452, 562, 571 574, 871, 997, 1099KasI GGCGC_C 2 34

26、8, 1179MboII GAAGAnnnnnnn_n 5 223, 271, 335, 531, 1195MlyI GAGTCnnnnn 2 479, 1159MmeI TCCrACnnnnnnnnnnnnnnnnnn_nn 1 643MnlI CCTCnnnnnn_n 9 311, 330, 455, 580, 692, 830, 1075 1133, 1328MscI TGGCCA 1 999MslI CAynnnnrTG 1 50MspA1I CmGCkG 3 861, 1045, 1116MwoI GCnn_nnnnnGC 11 66, 91, 417, 429, 451, 561,

27、 570 573, 870, 996, 1098NarI GGCG_CC 2 349, 1180NlaIV GGnnCC 5 84, 329, 350, 431, 1181NsiI A_TGCAT 1 19PleI GAGTCnnnnn_ 2 478, 1158PshAI GACnnnnGTC 1 735PvuI CG_ATCG 2 889, 1440PvuII CAGCTG 2 1045, 1116SacII CC_GCGG 1 862SalI GTCGA_C 1 257SfaNI GCATCnnnnnnnnn_ 5 4, 26, 542, 786, 977SfcI CTryA_G 4 38

28、0, 388, 424, 1389SfoI GGCGCC 2 350, 1181SmlI CTyrA_G 1 584TatI wGTAC_w 2 42, 507TspDTI ATGAAnnnnnnnnn_nn 5 411, 732, 802, 934, 949TspGWI ACGGAnnnnnnnnn_nn 1 1288TspRI _nnCAsTGnn 3 839, 1064, 1432Enzymes that cut five or fewer timesEnzyme Recognition frequency Positions_AccI GTmk_AC 2 258, 640AloI GA

29、ACnnnnnnTCCnnnnnnn_nnnnn 1 632AloI GGAnnnnnnGTTCnnnnnnn_nnnnn 1 600AlwI GGATCnnnnn_ 5 833, 885, 1056, 1095, 1290ApoI rAATT_y 3 333, 992, 1368BanI GGyrC_C 4 327, 348, 429, 1179BbeI G_GCGCC 2 352, 1183BbsI GAAGACnnnnnn_ 1 531BceAI ACGGCnnnnnnnnnnnnnn_ 3 199, 211, 540BcgI CGAnnnnnnTGCnnnnnnnnnn_nn 3 10

30、03, 998, 1294BcgI GCAnnnnnnTCGnnnnnnnnnn_nn 3 969, 1032, 1260BclI TGATC_A 1 1094BfrBI ATGCAT 1 17BglI GCCn_nnnnGGC 1 91BmrI ACTGGGnnnn_n 1 371BpuEI CTTGAGnnnnnnnnnnnnnn_nn 1 605BsaHI GrCG_yC 2 349, 1180BsaJI CCnnG_G 2 859, 1309BsaWI wCCGG_w 3 501, 1254, 1265BsaXI ACnnnnnCTCCnnnnnnn_nnn 1 215BsaXI GG

31、AGnnnnnGTnnnnnnnnn_nnn 1 185BseMII CTCAGnnnnnnnn_nn 3 30, 67, 1080BseRI GAGGAGnnnnnnnn_nn 1 1155BseYI CCCAG_C 1 1045BsgI GTGCAGnnnnnnnnnnnnnn_nn 1 559BsiEI CG_ryCG 3 199, 889, 1440BsiHKAI G_wGCwC 2 57, 1223BslI CCnn_nnnnnGG 4 81, 449, 963, 1272BsmAI GTCTCnnnnn_ 3 40, 743, 1205BsmBI CGTCTCnnnnn_ 1 74

32、3BsmFI GGGACnnnnnnnnnnnnnn_ 1 827Bsp1286I G_dGChC 2 57, 1223BspCNI CTCAGnnnnnnn_nn 3 31, 68, 1079BspEI TCCGG_A 3 501, 1254, 1265BsrI ACTG_Gn 4 290, 366, 618, 1220BsrBI CCGCTC 2 201, 1399BsrDI GCAATG_nn 1 1089BstF5I GGATG_nn 4 108, 641, 1077, 1251BstZ17I GTATAC 1 641Bsu36I CCTnA_GG 1 1066BtgI CCryG_G

33、 1 859BtsI GCAGTG_nn 1 832Cac8I GCnnGC 4 25, 781, 1234, 1345ClaI ATCG_AT 3 889, 979, 1440EaeI yGGCC_r 3 184, 196, 997EagI CGGCC_G 1 196EarI CTCTTCnnnn_ 1 1208EciI GGCGGAnnnnnnnnn_nn 1 306FauI CCCGCnnnnnn_ 2 1112, 1336FokI GGATGnnnnnnnnnnnnn_ 4 115, 648, 1084, 1238FspI TGCGCA 2 143, 673HaeII r_GCGCy

34、2 352, 1183Hin4I GAynnnnnvTCnnnnnnnn_nnnnn 3 690, 1079, 1111Hin4I GAbnnnnnrTCnnnnnnnn_nnnnn 3 722, 1079, 1111HincII GTyrAC 2 259, 647HpaI GTTAAC 1 647HphI GGTGAnnnnnnn_n 1 1145Hpy8I GTnnAC 5 259, 510, 641, 647, 752KasI GGCGC_C 2 348, 1179MboII GAAGAnnnnnnn_n 5 223, 271, 335, 531, 1195MlyI GAGTCnnnnn

35、 2 479, 1159MmeI TCCrACnnnnnnnnnnnnnnnnnn_nn 1 643MscI TGGCCA 1 999MslI CAynnnnrTG 1 50MspA1I CmGCkG 3 861, 1045, 1116NarI GGCG_CC 2 349, 1180NlaIV GGnnCC 5 84, 329, 350, 431, 1181NsiI A_TGCAT 1 19PleI GAGTCnnnnn_ 2 478, 1158PshAI GACnnnnGTC 1 735PvuI CG_ATCG 2 889, 1440PvuII CAGCTG 2 1045, 1116SacI

36、I CC_GCGG 1 862SalI GTCGA_C 1 257SfaNI GCATCnnnnnnnnn_ 5 4, 26, 542, 786, 977SfcI CTryA_G 4 380, 388, 424, 1389SfoI GGCGCC 2 350, 1181SmlI CTyrA_G 1 584TatI wGTAC_w 2 42, 507TspDTI ATGAAnnnnnnnnn_nn 5 411, 732, 802, 934, 949TspGWI ACGGAnnnnnnnnn_nn 1 1288TspRI _nnCAsTGnn 3 839, 1064, 1432Enzymes tha

37、t do not cut:_AarI, AatII, Acc65I, AclI, AfeI, AflII, AflIII, AgeI, AhdI, AleI, AlwNI, ApaIApaLI, AscI, AseI, AsiSI, AvaI, AvrII, BaeI, BaeI, BamHI, BanII, BbvCI, BciVIBglII, BlpI, Bme1580I, BmgBI, BmtI, BplI, BpmI, Bpu10I, BsaI, BsaAI, BsaBI, BsiWIBsmI, BspHI, BspMI, BsrFI, BsrGI, BssHII, BssSI, Bs

38、tAPI, BstBI, BstEII, BstXIBstYI, DraI, DraIII, DrdI, Eco57I, EcoICRI, Eco57MI, EcoNI, EcoO109I, EcoRI, EcoRVFalI, FseI, FspAI, HgaI, HindIII, KpnI, MfeI, MluI, NaeI, NcoI, NdeI, NgoMIV, NheINotI, NruI, NspI, PacI, PciI, PflMI, PmeI, PmlI, PpiI, PpiI, PpuMI, PsiI, PspOMIPsrI, PsrI, PstI, RsrII, SacI,

39、 SanDI, SapI, SbfI, ScaI, SexAI, SfiI, SgrAI, SmaISnaBI, SpeI, SphI, SrfI, SspI, StuI, StyI, SwaI, TaqII, TaqII, Tth111I, XbaI, XcmIXhoI, XmaI, XmnI, ZraI堿基同源性分析DQ286392序列的BLASTX分析結(jié)果（見圖1）：圖1DQ286392序列的BLASTX分析結(jié)果 Score ESequences producing significant alignments: (Bits) Valuegi|82659769|gb|ABB88954.1| mannanase Armillariella tabescens 768 0.0 gi|7208638|emb|CAB76904.1| CEL4a mannanase Agaricus bisporus 532 2e-149gi|1679597|emb|CAA90423.1| CEL4b mannanase Agaricus bisporus 528 3e-148gi|11062