藥物基因組學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫

1、藥物基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫1、 Drugbankhttp:/www.drugbank.ca/2、dgidb/3、 pharmGKB/4、cancercommon5、ChEMBL https:/www.ebi.ac.uk/chembldb/6、mycancergenome/7、TTD.sg/group/cjttd/8、guidetopharmcologyhttp:/www.guidetopharmacology.

2、org/9、clearityfoundation/10、 CIViC/#/home11、 DoCM /1 Drugbank藥物和藥物靶標(biāo)資源庫。DrugBank是一個獨特的生物信息學(xué)/化學(xué)信息學(xué)資源，它結(jié)合了詳細的藥物（例如化學(xué)制品）數(shù)據(jù)和綜合的藥物靶點（即：蛋白質(zhì)）信息。該數(shù)據(jù)庫包含了超過4100個藥物條目，包括超過800個FDA認可的小分子和生物技術(shù)藥物，以及超過3200個試驗性藥物。此外，超過1.4萬條蛋白質(zhì)或藥物

3、靶序列被鏈接到這些藥物條目。每個DrugCard條目包含超過80個數(shù)據(jù)域，其中一半信息致力于藥物/化學(xué)制品數(shù)據(jù)，另一半致力于藥物靶點和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)。許多數(shù)據(jù)域超鏈接到其他數(shù)據(jù)庫（KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot和GenBank）和各種結(jié)構(gòu)查看小應(yīng)用程序。該數(shù)據(jù)庫是完全可搜索的，支持大量的文本、序列、化學(xué)結(jié)構(gòu)和關(guān)系查詢搜索。DrugBank的潛在應(yīng)用包括模擬藥物靶點發(fā)現(xiàn)、藥物設(shè)計、藥物對接或篩選、藥物代謝預(yù)測、藥物相互作用預(yù)測和普通藥學(xué)教育。DrugBank可以在http:/www.drugbank.ca使用。廣泛應(yīng)用于計算機輔助的藥物靶標(biāo)的發(fā)現(xiàn)、藥物設(shè)計、藥物分子對接或

4、篩選、藥物活性和作用預(yù)測等。 在查詢中，每一種藥物對應(yīng)1個DrugCard，即我們所得到的檢索結(jié)果。每一個DrugCard都包含的數(shù)據(jù)信息分為藥物、靶標(biāo)和酶三部分。 藥物信息包括了該藥物的CAS號、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D結(jié)構(gòu)、logP、logS、pKa、熔點、吸收性、Caco-2細胞穿透性、藥物類別和臨床使用、性質(zhì)描述、劑型與給藥途徑、半衰期、體內(nèi)的生物轉(zhuǎn)化、毒性、作用于哪些生物體、食物對服用的影響、與其它藥物的相互作用、作用機理、代謝途徑、藥理學(xué)特征、與蛋白質(zhì)的結(jié)合情況、溶解度、物質(zhì)形態(tài)、同義詞、關(guān)于合成的相關(guān)文獻等，還與ChEBI、GenBank、PubChem等

5、外部數(shù)據(jù)庫有鏈接。 靶標(biāo)的信息包括ID、名稱、靶標(biāo)基因的名稱、蛋白質(zhì)序列、殘基數(shù)目、分子量、等電點、功能和活性、參與的代謝途徑和反應(yīng)、體內(nèi)分布、靶標(biāo)信號、跨膜區(qū)域、靶標(biāo)基因序列及其在GenBank、HGNC等外部數(shù)據(jù)庫中的ID和鏈接、參考文獻，以及在GenBank和Swiss-Prot中的鏈接。酶的信息包括名稱、蛋白質(zhì)序列、基因名稱、在Swiss-Prot 等數(shù)據(jù)庫中的鏈接。在DrugBank的主界面上，在Browse菜單下可以瀏覽數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容，其中PharmaBrowse為用戶提供了分類瀏覽的功能。這為藥劑師、醫(yī)生以及尋找潛在藥物的研究人員提供了方便。在Search下拉菜單下，就是

6、Drug Bank的4類檢索方式。ChemQuery允許用戶通過繪制結(jié)構(gòu)圖或書寫SMILES、分子式進行結(jié)構(gòu)搜索。在檢索過程中還可以對搜索藥物類型、分子量范圍、搜索結(jié)果相似度、結(jié)果數(shù)量最大值等進行設(shè)置。TextQuery則為文本檢索功能。文本檢索支持邏輯運算符連接及在特定領(lǐng)域內(nèi)搜索。例如，在“dextromethorphan”中檢索混合物，可以鍵入“mixtures：dextromethorphan”，即用分號在后面輸入領(lǐng)域，同時可以加入邏輯運算符，例如，在“dextrome thorphan”和“doxylamine”2個領(lǐng)域進行檢索，可以鍵入“mixtures:dext

7、romethorphan AND mixtures:doxylamine”。SeqSearch為用戶提供了通過序列檢索蛋白質(zhì)的功能。Data Extractor是1個組合檢索工具。用戶可以對DrugCard所包含的信息進行選擇性的組合檢索（1）   Browse按鈕：Drug Browse、Category Browse、Geno Browse、Reaction Browse、Pathway Browse、Class Browse、Target Browse；（2）   Search按鈕：ChemQuer

8、y Structure Search、Interax Interaction Search、Sequence Search、Advanced Search、MS Search、MS/MS Search、GC/MS Search、1D NMR Search、2D NMR Search；（3）   其他Tool按鈕：HMDB、T3DB、SMPDB、FooDB、PPT-DB、CSF、Serum Metabolome、CCDB、YMDB、BMDB、ECMDB、MarkerDB、BacMap、Ref-DB。Drug Browse： 小分子藥物、生物技術(shù)藥物、顯示藥物在Dru

9、gBank中的ID、藥物名稱、分子量、化學(xué)式、化學(xué)結(jié)構(gòu)、藥物類型、治療癥狀。Drugs：顯示ID、藥物名稱、治療疾病Drugs and Targets：顯示ID、藥物名稱、作用位點（靶標(biāo)）、靶標(biāo)類型總結(jié)：可以查找藥物名稱、分子量、化學(xué)式、分子結(jié)構(gòu)、藥物所屬類型、靶標(biāo)、靶標(biāo)類型、治療疾病、代謝途徑等，還可鏈接到相關(guān)網(wǎng)站。（較實用）Drug Browse：藥名、分子量、化學(xué)式、化學(xué)結(jié)構(gòu)、藥物分類、藥效Geno Browse：藥物名稱，相互作用的基因/酶，SNP位點、等位基因名稱、堿基變化、副作用Pathway Browse：可查看代謝通路Classification Browse：藥物分類Targ

10、et Browse：查靶標(biāo)及靶標(biāo)分類和詳細細節(jié)（藥物分類、藥理學(xué)等）2 ChEMBL 生物活性藥物類小分子數(shù)據(jù)庫。總結(jié)：輸入分子結(jié)構(gòu)或已知靶標(biāo)描述或靶標(biāo)蛋白，每條記錄都包括分子的分類、名稱、ChEMBI ID、功能、毒性、亞細胞定位、結(jié)構(gòu)、序列、參考文獻等。（偏向于化學(xué)）3 clearityfoundation關(guān)于卵巢癌的公益網(wǎng)站。治療卵巢癌復(fù)發(fā)、有關(guān)腫瘤分子信息、臨床試驗、卵巢癌診斷和治療分析、新型靶向制劑的臨床開發(fā)、治療結(jié)果。（基本無用）4 DoCM位點突變數(shù)據(jù)庫，總結(jié)：查找染色體、基因、疾病、突變類型、氨基酸、起始位置、參考文獻（稍微簡單了點）5 CIViCSearch：查找描

11、述、疾病名稱、疾病DOID、藥物PubChem ID、藥物名稱、 證據(jù)水平、基因名、PubChem ID、突變位點等查找相關(guān)信息?？偨Y(jié)：evidence ID、基因、氨基酸變化、描述、病名、藥物、evidence level（A：經(jīng)過驗證的；B：臨床；C：臨床前；D：個體研究；E：推理的）、evidence type (predictive、diagnostic、prognostic）、evidence direction(supports、dose not support)、clinical significance(sensitivice/resistance or non-response/better outcome/poor outcome/positive/negative)、variant