英文科技論文寫作

1、英文科技論文寫作的方法 通常來講，研究生和博士后從他的導(dǎo)師那兒得到研究方向。經(jīng)過多次反復(fù)試驗(yàn)，得到一些好的結(jié)果。接下來他們需要對(duì)得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行總結(jié)和分析，寫成論文。一篇精寫的論文更容易被高檔雜志接受。而寫得不好的論文很可能被退稿。論文的數(shù)量和質(zhì)量是學(xué)生和導(dǎo)師事業(yè)發(fā)展的敲門磚。不成文，便成仁，是學(xué)術(shù)生涯的寫照。 很多學(xué)生以為當(dāng)結(jié)果到手的時(shí)候研究就結(jié)束了。他們寫的草稿，常常把原始數(shù)據(jù)放在一起，沒有對(duì)方法和數(shù)據(jù)進(jìn)行詳細(xì)分析，沒有對(duì)當(dāng)今論文的評(píng)述。事實(shí)上，寫作是研究不可分割的一部分。此刻是弄懂方法的成功與失敗，尋找結(jié)果的解釋及其隱含的意義，以及與其他相關(guān)研究進(jìn)行比較的時(shí)候。 我們?yōu)槭裁葱枰趯懽魃先绱?/p>

2、認(rèn)真努力？原因很簡(jiǎn)單。一個(gè)研究結(jié)果只有在被別人使用時(shí)才有意義。而想被別人使用，文章必須能引起其他科學(xué)家的興趣，而且得保證其他人能看懂并可以重復(fù)和再現(xiàn)你的結(jié)果。只有可以被理解的研究才會(huì)被重復(fù)，也只有可以被再現(xiàn)的工作才能導(dǎo)致別人的引用和跟蹤。而你的論文被引用的數(shù)量常常用來衡量研究的影響力。從某種角度看，寫作就象是把你的工作成果推銷給其他的科學(xué)家。 為了更好的推銷，科學(xué)論文必須滿足它獨(dú)特的顧客：由聰明能干的科學(xué)家組成的尖端讀者。它必須能先說服（通常也是競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手的）同行們，因?yàn)樗麄兊脑u(píng)審是文章在發(fā)表前的第一道關(guān)口。同時(shí)，它也必須滿足一般讀者的要求。為了達(dá)到這個(gè)目標(biāo)，我們首先要理解他們需要什么？ 讀者需

3、要什么 你的文章的潛在讀者可能有剛進(jìn)入這領(lǐng)域的新手，大學(xué)生和研究生，也有專家（潛在審稿人)，他們對(duì)你的領(lǐng)域會(huì)有不同程度的了解。因此，寫文章的時(shí)候應(yīng)該力求簡(jiǎn)單到可以被新手理解，同時(shí)深刻到可以引起專家的興趣。 所有的科學(xué)家（不論是學(xué)生還是他們的導(dǎo)師)往往都很忙。大量期刊雜志使他們不可能仔細(xì)閱讀每一篇論文。他們通常希望能在最短時(shí)間內(nèi)找到文章最重要的信息。典型的情況是如果文章標(biāo)題不吸引人，他們或許就會(huì)跳過這篇論文，如果文章的摘要沒有包含重要的新方法或新結(jié)果，他們不會(huì)去讀這篇文章。即使已經(jīng)決定要讀的論文，他們也會(huì)跳過很多段落直接去找自己最感興趣的地方。因此，保證文章的結(jié)構(gòu)能使讀者很快找到所需的信息非常重

4、要。文章的關(guān)鍵在于結(jié)構(gòu)，不在于語法。語法錯(cuò)誤易改，結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤則往往讓人無從下手，不知所云。我審過一些國(guó)內(nèi)同行的論文，結(jié)構(gòu)問題很常見。 總之，一篇文章只有在不需太多努力就可以理解的情況下才會(huì)被廣泛地引用。文章清晰的關(guān)鍵就是使讀者能在他們想找的地方找到他們需要的東西。這也就是說，要想讓讀者不費(fèi)力理解你的論文，你必須費(fèi)力去滿足他們的期望. 讀者期望什么 讀者對(duì)句子的期望 1. 讀者希望在句子的開始看到熟悉的信息。句子是文章的最小功能單元。最容易理解的句子是整句都在說讀者知道的東西。但這對(duì)科技論文是不可能的，因?yàn)橹挥行碌臇|西才會(huì)被發(fā)表。事實(shí)上科技論文通常會(huì)包含很多新術(shù)語。所以一個(gè)容易理解的句子應(yīng)該從讀者

5、熟悉的信息（或剛剛提過的）開始而以新信息結(jié)束，并在它們之間平滑地過渡。好文章的所有句子都應(yīng)該這樣從舊到新地平滑過渡。幫助你寫好一句開頭的金科玉律是問問你自己：“我以前有沒有提過這個(gè)概念？”大多數(shù)文章很難讀是因?yàn)楹芏嘈赂拍钤跊]有被介紹之前就使用了。例如： Samples for 2-dimensional projection of kinetic trajectories are shown in Figure 7. The coil states are loosely gathered while the native states can xxxx a black cluster wit

6、h extreme high density in 2-dimensional projection plane. 這里從第一句到第二句信息無法流動(dòng)?！癟he coil states” 不知道是從何而來的。讀者會(huì)發(fā)現(xiàn)下面改動(dòng)后的句子更容易明白。 Kinetic trajectories are projected onto xx and yy variables in Figure 7. This figure shows two populated states. One corresponds to loosely gathered coil states while the other

7、is the native state with a high density. 在這個(gè)新段里，新插入的第二句使每句均能從舊信息出發(fā)到新信息結(jié)束。第一句與第二句之間以“Figure”相連而第二句與第三句之間以“two states”相連。而新信息“coil states”則出現(xiàn)在第三句的最后。整段環(huán)環(huán)相連，成為一個(gè)整體。再看一個(gè)例子：The accuracy of the model structures is given by TM-score. In case of a perfect match to experimental structure, TM-score would be.

8、在第二個(gè)句子里，舊信息“TM-score”被埋在中間，被新信息“a perfect match to experimental structure”打斷了。這里建議修改如下： The accuracy of the model structures is measured by TM-score, which is equal to 1 if there is a perfect match to the experimental structure. 科技寫作中的最大問題就是新舊信息順序顛倒。新信息和舊信息對(duì)作者來說可能不是很好區(qū)分，因?yàn)樗浅Ｊ煜に械男畔ⅰ?為了避免這種問題，不管什么時(shí)候

9、，每當(dāng)你開始寫新句，你應(yīng)該問問自己，這些詞前面有沒有被提到過。一定要把提到過的放前面，沒提過的放后面。 2. 讀者想在主語之后立刻看到行為動(dòng)詞。對(duì)一個(gè)說明誰在做什么的句子，讀者需要找到動(dòng)詞才能理解。如果動(dòng)詞和主語之間相隔太遠(yuǎn)，閱讀就會(huì)被尋找動(dòng)詞打斷。而打斷閱讀就會(huì)使句子難以理解。這里有個(gè)例子： The smallest URFs (URFA6L), a 207-nucleotide (nt) reading frame overlapping out of phase the NH2-terminal portion of the adenosinetrip hosphatase (ATPas

10、e) subinit 6 gene has been identified as the animal equivalent of the recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene. 同樣的句子，將動(dòng)詞放在主語之后： The smallest of the URFs is URFA6L, a 207-nucleotide (nt) reading frame overlapping out of phase the NH2-terminal portion of the adenosinetriphosphatase (ATPase)

11、 subinit 6 Gene; it has been identified as the animal equivalent of the recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene. 這樣新的句子就更加平衡了。盡量避免過長(zhǎng)的主語和過短的賓語。這就像頭重腳輕的人很難站穩(wěn)。短的主語緊跟著動(dòng)詞加上長(zhǎng)的賓語效果會(huì)更好。 3. 讀者期望每句只有一個(gè)重點(diǎn)，這個(gè)重點(diǎn)通常在句尾。比較下面兩個(gè)句子，我們可以感覺到他們著重強(qiáng)調(diào)不同的東西。 URFA6L has been identified as the animal equivalent of t

12、he recently discovered yeast H+-ATPasesubunit 8 gene. Recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene has a corresponding animal equivalent gene URFA6L. 很明顯，前面的句子是關(guān)于一個(gè)最近發(fā)現(xiàn)的酵母基因，而第二句則著重強(qiáng)調(diào)了它有一個(gè)和動(dòng)物一致的基因。另外一個(gè)例子： The enthalpy of hydrogen bond xxxxation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG

13、) and 2-deoxycytidine (dC) has been determined by direct measurement. 這個(gè)句子看起來好像是強(qiáng)調(diào)“direct measurement”。 這不太像是原作者的目的。顛倒一下會(huì)使句子更加平衡。 We have directly measured the enthalpy of hydrogen bond xxxxation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC). 新的句子更簡(jiǎn)單而且更短，同時(shí)避免了頭重腳輕的癥狀。總之

14、，句尾是讀者對(duì)該句最后的印象。把最好的，最重要的，和想要讀者記住的東西放在句尾。 讀者對(duì)段落的期望 每一個(gè)段落都應(yīng)該只講一個(gè)故事。在一段里表述多個(gè)觀點(diǎn)會(huì)使讀者很難知道該記住什么、這段想表達(dá)什么。一段的第一句要告訴讀者這一段是講什么的。這樣讀者想跳過這段就可以跳過。一段的最后一句應(yīng)該是這段的結(jié)論或者告訴讀者下一段是什么。段落中的句子應(yīng)該由始到終通過邏輯關(guān)系連接，實(shí)現(xiàn)由舊信息到新信息的流動(dòng)。比如這一段： The enthalpy of hydrogen bond xxxxation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-d

15、eoxycytidine (dC) has been determined by direct measurement. dG and dC were derivatized at the 5 and 3 hydroxyls with triisopropylsilyl groups to obtain solubility of the nucleosides in non-aqueous solvents and to prevent the ribose hydroxyls from xxxxing hydrogen bonds. From isoperibolic titration

16、measurements, the enthalpy of dC:dG base pair xxxxation is -6.650.32 kcal/mol. 很難知道作者在這段里想表達(dá)什么。從這段的起始和結(jié)束看來，焓(enthalpy)應(yīng)該是他想表達(dá)的重點(diǎn)。下面是重新組合后的段落。 We have directly measured the enthalpy of hydrogen bond xxxxation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC). dG and dC were

17、derivatized at the 5 and 3 hydroxyls with triisopropylsilyl groups; these groups serve both to solubilize the nucleosides in non-aqueous solvents and to prevent the ribose hydroxyls from xxxxing hydrogen bonds. The enthalpy of dC:dG base pair xxxxation is -6.650.32 kcal/mol according to isoperibolic

18、 titration measurements, 首句描述了整段的主題。原段里的第一句顛倒是為了1） 使新信息“dG”和“dC” 在句子最后并強(qiáng)調(diào)他們。 2）更好地跟下面一句銜接。 原段里的第二句被分成兩部分，這樣每一部分只表達(dá)了一個(gè)觀點(diǎn)。最后一句時(shí)總結(jié)整段。 再看另一個(gè)例子： Large earthquakes along a given fault segment do not occur at random intervals because it takes time to accumulate the strain energy for the rupture. The rates

19、at which tectonic plates move and accumulate strain at their boundaries are approximately unixxxx. Therefore, in first approximation, one may expect that large ruptures of the same fault segment will occur at approximately constant time intervals. If subsequent main shocks have different amounts of

20、slip across the fault, then the recurrence time may vary, and the basic idea of periodic main shocks must be modified. 在這個(gè)例子里，前兩句共同闡明了積累張力的速度（Rate Of Strain Accumulation)。然而，第一句里的舊信息并沒有放在第二句的開始。讀者讀到第三句的時(shí)候通常就不明白這段到底要講什么了。更清晰的描述應(yīng)該如下： Large earthquakes along a given fault segment do not occur at random

21、 intervals because it takes time to accumulate the strain energy for the rupture. The rates of strain accumulation at the boundaries of tectonic plates are approximately unixxxx. Therefore, nearly constant time intervals (at first approximation) would be expected between large ruptures of the same f

22、ault segment. However?, the recurrence time may vary; the basic idea of periodic main shocks may need to be modified if subsequent main shocks have different amounts of slip across the fault. 新段現(xiàn)在著重闡明了地震的發(fā)生頻率。下劃線標(biāo)明了以前描述過的舊信息。很明顯，新舊信息的連接是理解這段的關(guān)鍵。 從舊信息到新信息的流動(dòng)是使讀者輕松閱讀的最佳方式。寫文章的目的不是去測(cè)試讀者的閱讀能力，而是考驗(yàn)作者的表達(dá)能

23、力。不能怪人沒看懂，只能怪自己沒寫清楚。常常聽到這樣的抱怨：那審稿人連這都不懂! 審稿人也可以說：連這個(gè)也寫不清楚。 讀者對(duì)表格和圖示的期望一些沒有耐心的讀者會(huì)直接通過圖表來判斷一篇文章是否值得一讀。怎樣能使讀者不需讀正文就能理解圖表是至關(guān)重要的。對(duì)于表來說，由于我們是從左向右閱讀的，我們熟悉的信息應(yīng)該出現(xiàn)在左邊而新的信息出現(xiàn)在右邊。例如，下面列出的表1和表2是僅僅調(diào)換了兩列。比較一下那個(gè)表格更易理解。 審稿人要什么? 文章在發(fā)表前必須經(jīng)過審稿人的評(píng)審。他們一般是相關(guān)領(lǐng)域的專家甚至是你的競(jìng)爭(zhēng)者。他們會(huì)盡力尋找你文章中的毛病。有時(shí)，由于不同的觀點(diǎn)和競(jìng)爭(zhēng)的需要，審稿人或許會(huì)試圖阻止你的文章發(fā)表。因

24、此，文章必須寫得理由充足。在被別人挑剔之前，自己必須首先雞蛋里挑骨頭，預(yù)先回答審稿人的可能質(zhì)疑。 怎樣滿足審稿人？ 1). 只提出“一”個(gè)中心命題。論文里的觀點(diǎn)太多，不但不好寫，問題也容易多，讀者也不易記住你要說什么。 2). 在這個(gè)中心命題的基礎(chǔ)上，用一個(gè)迷人(但決不能夸張)的標(biāo)題來吸引審稿人的興趣。審稿人只審批感興趣的論文。如果你不能引起審稿人的興趣，那最好不要發(fā)表那篇文章。編輯們有時(shí)候會(huì)很郁悶，因?yàn)檎也坏接信d趣的審稿人。無償審稿也只有科學(xué)界才有。 3). 合理解釋每一個(gè)參數(shù)，合理說明每一個(gè)步驟。審稿人沒時(shí)間考慮細(xì)節(jié)。程序和參數(shù)的合理化顯示出你知道你在做什么，而不是湊數(shù)據(jù)。即使你是在湊數(shù)據(jù)

25、，也要把湊數(shù)據(jù)的過程合理化。 4). 問問你自己是否提供了足夠重復(fù)你工作的所有細(xì)節(jié)。審稿人(或讀者)越容易再現(xiàn)你的工作，他就越可能接受你的文章。當(dāng)然，審稿人并不會(huì)真正去重做你的工作，但你必須通過你的描述使他相信可以重做。 5). 必須有說服力！盡量做徹底而不是半成品的工作！用多方面測(cè)試來證明你的中心命題。要使文章象律師證明無罪官司，預(yù)先回答一切可能提出的疑問。 6). 引用所有重要的研究工作，特別是經(jīng)典力作。寫作的時(shí)候要再做全面文獻(xiàn)檢索。為了達(dá)到這些目標(biāo)，寫科學(xué)論文的時(shí)候必須遵照一定的框架結(jié)構(gòu)。 文章的結(jié)構(gòu) 典型的科學(xué)論文包括標(biāo)題，摘要，引言，方法/實(shí)驗(yàn)步驟，結(jié)果，討論，感謝，和參考文獻(xiàn)。這樣

26、的結(jié)構(gòu)是用來幫助讀者快速找到他們感興趣的信息。把信息放錯(cuò)地方會(huì)使讀者糊涂。常犯的錯(cuò)誤是混淆事實(shí)(結(jié)果)和解釋(討論)。討論是對(duì)結(jié)果的解釋及說明它的意義，而不是重復(fù)結(jié)果的描述。 一篇論文是從摘要，引言開始，這里建議從方法和結(jié)果部分開始寫，因?yàn)槟銓?duì)方法和結(jié)果最熟悉，此外只有更好地理解方法和結(jié)果，才能確定中心命題。而標(biāo)題，引言和討論的寫作都需要中心命題。我們應(yīng)該從最熟悉的事情開始，就像讀者從他們最熟悉的地方開始理解一樣。 方法/實(shí)驗(yàn)步驟 如果文章是關(guān)于新的方法，技術(shù)，或算法，要非常詳細(xì)地寫它的新穎之處。要用有邏輯的、合理的方式來描述它。這會(huì)幫助讀者抓住新方法的要領(lǐng)。如果這個(gè)方法使用參數(shù)，則要把每一個(gè)

27、參數(shù)(或參數(shù)的取值)合理化，或者是以前用過的，或者可以從物理或數(shù)學(xué)推導(dǎo)出來，或者通過了廣泛的測(cè)試及優(yōu)化。如果無法保證它的合理性，那就必須描述改變它會(huì)造成的影響(實(shí)際的結(jié)果應(yīng)該在結(jié)果部分或討論部分，方法部分僅包含影響的描述)。如果沒有測(cè)試它們的合理性，你應(yīng)該解釋為什么(做的代價(jià)太貴了？太費(fèi)時(shí)間了？或者需要延期到將來做)。參數(shù)改變?cè)斐傻挠绊懣梢院饬糠椒ㄊ欠馬obust。 Robust的方法應(yīng)該是在參數(shù)改變很大的時(shí)候，結(jié)果也不會(huì)太大變化。 對(duì)于新方法的發(fā)展，你同樣需要設(shè)計(jì)不同的方法來測(cè)試。讓人信服就需要做盡可能多的測(cè)試。你所能找到或設(shè)計(jì)的測(cè)試越多，你的工作就越會(huì)被其他人所接受和使用。 當(dāng)完成了方法部

28、分以后，問一問自己以下的問題：1)新的術(shù)語是不是都定義了？2)如果你是第一次讀這部分，你能否得到重復(fù)整個(gè)工作的所有信息？記住，不要隱藏任何竅門或使用的捷徑。人們?nèi)绻荒苤貜?fù)你的結(jié)果的話就不會(huì)相信你的論文。永遠(yuǎn)不要弄虛作假！別人不是傻子。一山更比一山高。聰明的大有人在。如果你偽造數(shù)據(jù)，心存僥幸不會(huì)被人發(fā)現(xiàn)。如果真的沒人發(fā)現(xiàn)的話，那就是沒有任何人想重復(fù)或使用你的結(jié)果，那只能說明你的結(jié)果根本不值得發(fā)表，毫無意義。若要人不知，除非己莫為，這是千真萬確的真理。 結(jié)果部分 當(dāng)你開始寫結(jié)果部分時(shí)，先考慮一下結(jié)果的意義。也就是說，你理解你的結(jié)果嗎？這些結(jié)果是不是告訴了你更深刻的東西？你能從很多不同角度來理解結(jié)

29、果嗎？你能設(shè)計(jì)證明或者反駁你的一些解釋的新測(cè)試嗎？ 如果你發(fā)現(xiàn)了新現(xiàn)象，你必須證明你的結(jié)果不是你方法制造出來的(討論部分的一個(gè)好內(nèi)容)。它可以在不同的條件下重復(fù)嗎？如果你發(fā)展了一個(gè)新方法，你必須證明這個(gè)方法的重要性。它是否改進(jìn)了現(xiàn)有的方法？你的結(jié)果部分必須用不同的角度或多重測(cè)試來支持新發(fā)現(xiàn)或驗(yàn)證新方法的重要性。 一旦你對(duì)結(jié)果有更好的理解，你需要決定賣點(diǎn)，也就是說這篇文章最有意義的一個(gè)觀點(diǎn)是什么？確定這篇文章的中心命題之后要組織所有的段落來證明、支持它，用數(shù)據(jù)(有必要的話再加數(shù)據(jù))來證明它。同時(shí)也要排除其他可能性。放棄與中心命題無關(guān)的數(shù)據(jù)，即使這些數(shù)據(jù)是很辛苦得來的。 標(biāo)題 當(dāng)你有了中心命題之后

30、，就該決定文章的標(biāo)題了。標(biāo)題可以為你的方法，你的結(jié)果或結(jié)果的隱含意義做廣告。文章的標(biāo)題一般只有一句。應(yīng)該把最重要，最吸引人的信息放進(jìn)標(biāo)題。比如，標(biāo)題 “Steric restrictions in protein folding: an alpha-helix cannot be followed by a contiguous beta-strand” 主要突出了結(jié)果。另一方面，標(biāo)題“Interpreting the folding kinetics of helical proteins” 突出了結(jié)果的含義。用標(biāo)題 “Native proteins are surface-molten s

31、olids: Application of the Lindemann criterion for the solid versus liquid state” 的話，同時(shí)突出了方法和結(jié)果的含義。注意標(biāo)題 “Native proteins are surface-molten solids” 是結(jié)果的解釋，而不是結(jié)果本身。用既廣泛又具體的標(biāo)題，這樣才能吸引更多的讀者。 引言部分 中心命題和標(biāo)題都決定了以后，就該寫引言了。第一件該做的事就是圍繞中心命題來收集所有相關(guān)文獻(xiàn)。搜索并研究所有最近和相關(guān)的文章(通過對(duì)中心命題關(guān)鍵字的搜索或用引用索引)。確認(rèn)你有所有最新的論文。引用所有重要的文章。如果你不

32、引用別人的文獻(xiàn)，別人也不會(huì)引用你的！如果你想誰引用你的工作，你要先引用他的。你引用的文章章越多，他們?cè)娇赡荛喿x并引用你的文章。因?yàn)槿藗兏雨P(guān)注引用他們的論文。仔細(xì)讀你所引用的文章，避免引用錯(cuò)誤。在引用上，不要偷懶。 引言的第一句最難寫，因?yàn)樗鼪Q定了你整個(gè)引言的走向。我的辦法是把第一句和文章的標(biāo)題連起來。在第一段以最基本和常見的術(shù)語來定義標(biāo)題里用的一些術(shù)語。從這個(gè)術(shù)語，引入研究的領(lǐng)域和它的重要性。第二段應(yīng)該對(duì)這個(gè)研究領(lǐng)域作一個(gè)鑒定性的論述。如果中心命題是關(guān)于解決一個(gè)問題的方法。這一段就應(yīng)該指出這個(gè)當(dāng)前研究中現(xiàn)存未解決的問題。描述解決這個(gè)問題的難度或挑戰(zhàn)。第三段引入你提出的辦法和它大致會(huì)帶來什么效

33、果。你可以大略地描述你的結(jié)果和它的含義。這里有個(gè)例子。 Assessing secondary structure assignments of protein structures by using pairwise sequence-alignment benchmarks The secondary structure of a protein refers to the local conxxxxation of its polypeptide backbone. Knowing secondary structures of proteins is essential for the

34、ir structure classification1,2, understanding folding dynamics and mechanisms3-5, and discovering conserved structural/functional motifs6,7. Secondary structure inxxxxation is also useful for sequence and multiple sequence alignment8,9, structure alignment10,11, and sequence to structure alignment (

35、or threading)12-15. As a result, predicting secondary structures from protein sequences continues to be an active field of research16-18 fifty six years after Pauling and Corey19-20 first predicted that the most common regular patterns of protein backbones are the -helix and the -sheet. Prediction a

36、nd application of protein secondary structures rely on prior assignment of the secondary-structure elements from a given protein structure by human or computational methods. Many computational methods have been developed to automate the assignment of secondary structures. Examples are DSSP,STRIDE, D

37、EFINE, P-SEA, KAKSI,P-CURVE, XTLSSTR, SECSTR, SEGNO, and VoTAP. These methods are based on either the hydrogen-bond pattern, geometric features, expert knowledge or their combinations. However, they often disagree on their assignments. For example, disagreement among DSSP, P-CURVE, and DEFINE can be

38、 as large as 25%. More beta sheet is assigned by XTLSSTR and more pi-helix by SECSTR than by DSSP. The discrepancy among different methods is caused by non-ideal configurations of helices and sheets. As a result, defining the boundaries between helix, sheet, and coil is problematical and a significa

39、nt source of discrepancies between different methods. Inconsistent assignment of secondary structures by different methods highlights the need for a criterion or a benchmark of “standard” assignments that could be used to assess and compare assignment methods. One possibility is to use the secondary

40、 structures assigned by the authors who solved the protein structures. STRIDE, in fact, has been optimized to achieve the highest agreement with the authors annotations. However, it is not clear what is the criterion used for manual or automatic assignment of secondary structures by different author

41、s. Another possibility is to treat the consensus prediction by several methods as the gold standard. However, there is no obvious reason why each method should weight equally in assigning secondary structures and which method should be used in consensus. Other used criteria include helix-capping pro

42、pensity, the deviation from ideal helical and sheet configurations, and structural accuracy produced by sequence-to-structure alignment guided by secondary structure assignment. In this paper, we propose to use sequence-alignment benchmarks for assessing secondary structure assignments. These benchm

43、arks are produced by 3D-structure alignment of structurally homologous proteins. Instead of assessing the accuracy of secondary-structure assignment directly, which is not yet feasible, we compare the two assignments of secondary structures in structurally aligned positions. We assume that the best

44、method should assign the same secondary-structure element to the highest fraction of structurally aligned positions. Certainly, structurally aligned positions do not always have the same secondary structures. Moreover, different structure-alignment methods do not always produce the same result. Neve

45、rtheless, this criterion provides a mean to locate a secondary-structure assignment method that is most consistent with tertiary structure alignment. We suggest that this approach provides an objective xxxxuation of secondary structure assignment methods. 在這個(gè)例子里，標(biāo)題推薦了一個(gè)評(píng)估指派蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的方法。第一段以二級(jí)結(jié)構(gòu)的定義開始（與

46、標(biāo)題相連)。整段描述了二級(jí)結(jié)構(gòu)的重要性。最后一句過渡到指派二級(jí)結(jié)構(gòu)的計(jì)算方法（下一段的主題)。注意“計(jì)算方法”放在句子的最后是為了強(qiáng)調(diào)而且和第二段的開始連接在起來。第二段則聚焦在計(jì)算方法中存在的問題。舊信息“計(jì)算方法”逐漸的變到了“他們的不一致”。第三段的第一句把主題從“不一致”（舊信息）轉(zhuǎn)變成了“評(píng)估的辦法”（新信息)。然后，介紹了這個(gè)領(lǐng)域已有的工作。第四段引入新方法并討論了新方法的優(yōu)點(diǎn)。第五段（這里沒有給出）將會(huì)簡(jiǎn)要地討論結(jié)果。每一個(gè)引言應(yīng)該包括研究領(lǐng)域的介紹和意義，做這工作的具體原因，結(jié)果和隱含的意義。一般而言，讀者讀完引言，對(duì)論文的來龍去脈就應(yīng)該清清楚楚了。 討論部分 現(xiàn)在到了你寫論文

47、的最后一部分。很多人認(rèn)為討論部分最難寫。他們常常不知道該寫什么。學(xué)生常常不能把結(jié)果從他們的解釋，含意和結(jié)論中分離出來。此外，他們不善于思考可能存在的其他解釋。好的討論通常以得到的結(jié)果和解釋的評(píng)論開始。其它可用于討論的內(nèi)容有：參數(shù)改變對(duì)結(jié)果的影響，與其他研究相比還有待解決的問題，將來或正在進(jìn)行的工作（防止別人從事你顯而易見的，立刻就能實(shí)現(xiàn)的后續(xù)工作)。這里有一段文章中的討論部分。 One question about the complex homopolymer phase diagram presented here is whether it is caused by the discon

48、tinuous feature of the square-well potential. We cannot give a direct answer because the DMD simulation is required to obtain well-converged results for the thermodynamics. However, the critical phenomena predicted for a fluid composed of particles interacting with a square-well potential are as rea

49、listic as those predicted for a fluid composed of particlesinteracting with a LJ potential. Also an analogous complex phase diagram is found in simulations of LJ clusters. The present results for square-well homopolymers may well be found in more realistic homopolymer models and even in real polymer

50、s. 一段探究了可供選擇的解釋。 摘要部分 整篇文章寫完了。你需要寫文章的摘要了。典型的摘要包括課題領(lǐng)域的重要性（回到標(biāo)題)，要研究的問題，你方法的獨(dú)特性，結(jié)果的意義和影響。這里有個(gè)例子。 How to make an objective assignment of secondary structures based on a protein structure is an unsolved problem. Defining the boundaries between helix, sheet, and coil structures is arbitrary, and commonly

51、 accepted standard assignments do not exist. Here, we propose a criterion that assesses secondary-structure assignment based on the similarity of the secondary structures assigned t structurally aligned residues in sequence-alignment benchmarks. This criterion is used to rank six secondary-structure