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文檔簡介

1、蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定流程樣品酶解酶解片斷一級質(zhì)譜PMF肽指紋圖譜串聯(lián)質(zhì)譜對庫檢索序列數(shù)據(jù)庫成功鑒定PSMs及后篩選De-novo 序列分析未知蛋白肽指紋圖譜（PMF）鑒定 PMF（Peptide Mass Fingerprinting）是根據(jù)一級質(zhì)譜（MS）所測酶解片段的精確分子質(zhì)量鑒定蛋白質(zhì)的一種方法。 一般采用MALDI-TOF儀器進行。因為MALDI質(zhì)譜圖中的離子一般只帶一個電荷，比較容易計算。 其原理就是利用了蛋白序列數(shù)據(jù)庫中的多肽質(zhì)量的信息與實際測得的質(zhì)量信息進行對比而實現(xiàn)鑒定。優(yōu)點與缺點優(yōu)點： 是用一級質(zhì)譜鑒定蛋白質(zhì)的經(jīng)典方法，算法簡單，速度快缺點： 質(zhì)量相近的多肽增加匹配難度 無法實現(xiàn)

2、混合蛋白的鑒定二級質(zhì)譜鑒定 質(zhì)譜儀選擇一級質(zhì)譜中的一個峰，讓這些峰所代表的離子高速撞擊質(zhì)譜儀中的惰性氣體，使其肽鍵斷裂，并對庫搜索鑒定蛋白質(zhì)。 常用MALDI-TOFTOF儀器進行。優(yōu)點與缺點優(yōu)點： 鑒定準確度更高，可以得到蛋白的序列 可以實現(xiàn)多個蛋白的鑒定缺點： 增加了一步操作 算法更復雜，而且需要更多的操作經(jīng)驗串聯(lián)質(zhì)譜結(jié)果報告從一級質(zhì)譜圖里選出部分峰做二級質(zhì)譜一級質(zhì)譜圖二級質(zhì)譜圖蛋白點編號蛋白名稱蛋白GI號串聯(lián)質(zhì)譜匹配的序列理論等電點理論分子量串聯(lián)質(zhì)譜離子得分可信度串聯(lián)質(zhì)譜結(jié)果報告蛋白的選擇 一般protein score大于60分的結(jié)果或者單個肽段得分超過30的結(jié)果就比較可信。 對于一次鑒定得到多個蛋白得分均超過60分的以得分最高的最為可信。 也可用根據(jù)protein score 的C.I.%來判斷，該參數(shù)是一個可信度的評價，一般以超過95%作為鑒定結(jié)果可靠的標準。蛋白信息查詢 一般根據(jù)蛋白名稱可以了解該蛋白的大致功能 使用該蛋白的GI號碼可以到NCBI數(shù)據(jù)庫進一步查的該蛋白的信息 對于未知蛋白，可以采用BLAST或者其它功能預測軟件預測該

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