分子式的編輯

1、化學分子式的輸入目錄n基本知識n1 無機結(jié)構(gòu)式的輸入n2 有機結(jié)構(gòu)式的輸入n3 三維結(jié)構(gòu)的輸入1 無機結(jié)構(gòu)式的輸入n使用Word、PowerPoint直接輸入n使用Word的自動更正功能n使用公式編輯器鍵入Fe2(SO4)3 SO42-24SO公式編輯器的使用o2500 C30MPa223224422NaOHHClH ONaClN3H2NHCaSOCaSOH O(l)H O(g) 專用有機結(jié)構(gòu)編輯軟件nChemsketchnChemDrawChemOfficenISIS DrawnChemWindow2 有機結(jié)構(gòu)式的輸入n軟件介紹n安裝與使用n基本應用-簡單結(jié)構(gòu)n應用進階-畫更復雜的結(jié)構(gòu)2.1

2、 軟件介紹軟件名稱網(wǎng)址ChemSChemDrawhttp:/ Windowhttp:/ Drawhttp:/www.ch.cam.ac.uk/SGTL/MDL/ISISdraw.html2.1 ChemSktech軟件n軟件介紹n安裝與打開n基本使用-簡單結(jié)構(gòu)n高級使用-復雜結(jié)構(gòu)n附帶工具n性質(zhì)預測n自動命名2.1.1 軟件介紹nACD/ChemSketch 是高級化學發(fā)展有限公司(ACD)設(shè)計的用于化學畫圖用軟件包，該軟件包可單獨使用或與其他軟件共同使用。該軟件可用于畫化學結(jié)構(gòu)、反應和圖形。也可用于設(shè)計與化學相關(guān)的報告和演講材料。n公司主頁：主要功能n結(jié)構(gòu)模式：用于畫化學結(jié)構(gòu)和計算它們的性質(zhì)

3、。n畫圖模式：用于文本和圖象處理n分子性質(zhì)模式：對以下性質(zhì)進行估算：n*分子量n*百分組成n*摩爾折射率，n*摩爾體積n*等張比容n*折射率n*表面張力n*密度n*介電常數(shù)n*極性n*單一同位素質(zhì)量, 標稱分子量和平均分子質(zhì)量 附加軟件nChemBasic - 一種特殊的匯編語言, 用戶可以使用這個軟件來根據(jù)自己的需要靈活地設(shè)定ACD軟件的功能 (可以從 http:/ 下載)。ACD/I-Lab 一種可以從因特網(wǎng)進入的化學數(shù)據(jù)庫和化學性能預測軟件。.nACD/同分異構(gòu)體 - 檢查并生成有機結(jié)構(gòu)的最常見的異構(gòu)體(商業(yè)版和免費版均有)。nACD/字典 可以用來查詢普通藥品名稱所對應的分子結(jié)構(gòu). 它

4、們包含85，000個化學和生物中常見的系統(tǒng)和非系統(tǒng)命名的化合物。全部覆蓋200多個領(lǐng)域。包括超過500種不同酶的名稱和結(jié)構(gòu)(只有商業(yè)版有)。nNew!ACD/免費化學名稱軟件 給出有機物, 生化結(jié)構(gòu)和無機物的IUPAC名稱,這個功能是完全免費的ACD ChemSketch附件.詳情請參考12.4.nACD/沸點與蒸汽壓預測軟件 計算從0.001毫米汞柱到10個大氣壓下任意壓力下的沸點，一般情況下精確到+/-10度或更好, 詳細內(nèi)容請參閱”ACD / 沸點與蒸汽壓計算用戶指南”, 這是獨立于ChemSketch 的軟件.nACD/西格碼預測軟件 - 顯示不同原子團的Hammett 類型或相關(guān)參數(shù)

5、, 獨立于ChemSketch 的”ACD/Sigma 用戶指南”中有詳細記載.nACD 化學結(jié)構(gòu)式軟件 可以給出相應化學有機物和天然產(chǎn)品衍生物IUPAC名稱的結(jié)構(gòu)式,詳情請參考獨立于ChemSketch的”ACD/名稱到結(jié)構(gòu)式用戶指南”. 免費版與專業(yè)版其他信息n軟件下載 n新聞組 news:/ 安裝與使用n安裝程序n設(shè)定可兼容的文件類型n更改可兼容的文件類型 FileFile Associationsn改變?nèi)笔∥募窂?OptionsPreference啟動n啟動n程序啟動后，將在左下角任務(wù)欄出現(xiàn)ACD Host，可用于管理所有ACD系列程序。nACD Host的使用和設(shè)置。n可以從Che

6、msketch的ACD/Labs菜單中啟動其他程序。退出n退出n在屏幕右上腳點擊關(guān)閉按鈕 . n在 ACD/Labs 菜單中選擇 Close All. 這將退出所有ACD軟件.n從ACD Host中選擇Close All退出所有ACD軟件.n從File 菜單中選擇 Exit ?在退出之前, 計算機將提示您存盤.基本操作保存打開輸出Export輸入Import打印Print打印預覽Print Preview結(jié)構(gòu)模式Structure與繪圖模式Drawn結(jié)構(gòu)模式： 用于繪制各種分子結(jié)構(gòu)式，反應式，以及對結(jié)構(gòu)式進行各種操作，如命名，預測性質(zhì)等。n繪圖模式：進行復雜的圖形編輯，為分子結(jié)構(gòu)增加圖形和注釋

7、，以構(gòu)成一份完整的報告。nStructure/Draw的切換結(jié)構(gòu)模式Structure基本界面Title barMenu barStatus barColor PaletteStructure toolbarChemBasic toolbarGeneral toolbarWorkspaceAtomstoolbarReferencetoolbar繪圖模式Draw基本界面Title barMenu barStatus barColor PaletteEditing toolbarChemBasic toolbarGeneral toolbarWorkspaceDrawingtoolbar2.3 基

8、本應用-簡單結(jié)構(gòu)CH3CH3CH3CH3CH3CH3CH3CHCH3n畫原子, 化學鍵(單鍵, 雙鍵, 三鍵, 共價鍵, 等等), 和標簽.n翻轉(zhuǎn)分子結(jié)構(gòu)式. n選擇, 旋轉(zhuǎn)和擴大與縮小結(jié)構(gòu)圖 n將結(jié)構(gòu)式輸出至文件夾, 文件及打印機.n清理屏幕.畫原子, 化學鍵和標簽.nDraw Normal工具n畫一個最簡單的構(gòu)型n雙鍵、三鍵的畫法n原子之間的連接n使用Clean命令清潔結(jié)構(gòu)CH3CH3CH3Clean命令不僅使鍵長和角度平均化，令結(jié)構(gòu)看上去更好看，更使該結(jié)構(gòu)符合于化學意義。例如循環(huán)結(jié)構(gòu)，它將SP2軌道上的碳原子的鍵按120度分布，將SP軌道上的碳原子的鍵按180度分布。當畫平面和立體異構(gòu)體

9、時，Clean命令保持以上特性將鍵長和角度平均化刪除n刪除按鈕n刪除鍵 n刪除原子n刪除結(jié)構(gòu)n使用鍵盤刪除全部內(nèi)容nCtrl+A 選擇全部內(nèi)容n按Del鍵刪除改變原子n原子工具欄的定制n周期表的使用n改變原子選擇、移動和旋轉(zhuǎn)n選擇n矩形選擇n自由選擇n移動n旋轉(zhuǎn)n三維旋轉(zhuǎn)翻轉(zhuǎn)n鍵翻轉(zhuǎn)為水平n鍵翻轉(zhuǎn)為垂直n以鍵為中心翻轉(zhuǎn)n上下翻轉(zhuǎn)n左右翻轉(zhuǎn)Draw Continuous 工具Draw Chains 工具CH3CH3CH3使用立體鍵、配位鍵和非定義化學鍵工具 n在立體結(jié)構(gòu)中,指向您的鍵n在立體結(jié)構(gòu)中,遠離您的鍵n配位鍵n非定義鍵COHCH3HHNCHNCHCHNCHNCH3CH3CH2CH2COC

10、H CH2CH3CHCH3CH2CH2COOOCH2Fe血紅素分子結(jié)構(gòu)式CH3OHHH原子標簽的編輯n基本用法n改變位置n擴展ExpandF(CH2)3PhFFF本節(jié)練習課堂答疑n如何畫AcO-n如何隱藏/顯示碳原子n如何把題目Copy到ChemSketch中2.4應用進階-畫更復雜的結(jié)構(gòu)n如何用化學基團表畫化學基團;n如何迅速地畫環(huán)結(jié)構(gòu);n如何刪除和替換原子;n如何畫雙鍵和三鍵;n如何畫原子的電荷,陽離子和陰離子;n如何改變不同原子的性能.化學基團表畫環(huán)結(jié)構(gòu)OHOOHOOHOOHOOHOOHO加上羧基 COOH刪除和替換原子n在連續(xù)模式下不能替換原子OOHOOHOOHOOHOOHOOHOCH

11、3CH3CH3CH3CH3刪除替換NHNNHNHNNOOHOHOHNH2NH2設(shè)定雙鍵和單鍵NHNNHNHNNOOHOHOHNH2NH2NN+NNHNNOOHOHOHNH2NH2標定電荷和定義陽離子與陰離子 nIncrement (+) Charge 鍵nIncrement (+) Charge 正電荷nDecrement (-) Charge負電荷nRadical自由基;nPositive Radical Ion正離子基;nNegative Radical Ion負離子基.NH2+CH3CH3例題CH3CH3CH3NH CH3CH3NH2+CH3CH3NCH3CH3NCH3NH2改變原子和結(jié)

12、構(gòu)的性質(zhì)n雙擊nToolsStructure Properties2.5 2D和3D優(yōu)化n2D優(yōu)化nToolsClean StructurenF9鍵nClean按鈕清理功能(Clean)可以理解為2D的優(yōu)化。例如：可以重新畫和調(diào)整大小，以使所有鍵長和鍵角符合標準。使用該功能，您可以很容易地畫出完美的結(jié)構(gòu)。2D優(yōu)化應用舉例n環(huán)烷烴n環(huán)形氨基酸3D優(yōu)化n3D優(yōu)化和3D旋轉(zhuǎn)使您可以很容易地創(chuàng)建含有非標準角度和鍵長的結(jié)構(gòu)。n該3D優(yōu)化算法是基于CHARMM變量方法，考慮力場的分子機理。優(yōu)化包括一些簡化和增加計算速度和穩(wěn)定性。請注意:3D優(yōu)化不是分子全方位的優(yōu)化，它的目標是由2D結(jié)構(gòu)中建立穩(wěn)定的可重復的

13、三維結(jié)構(gòu)，并不是簡單的3D優(yōu)化。n有機分子往往擁有很多結(jié)構(gòu)，優(yōu)化只能產(chǎn)生其中的一個。例如，您期望環(huán)己烷的結(jié)構(gòu)是椅子形狀的，當實際優(yōu)化的結(jié)果是雙曲船形，一種可能形狀之一(事實上，許多這種結(jié)構(gòu)是雙曲船形)。在這種情況下，您可以改正結(jié)構(gòu)(如手工移動原子，再進行3D優(yōu)化)。n您也可以用特定的分子機理或量子化學幾何優(yōu)化包對您的分子進行實際的結(jié)構(gòu)分析。 應用舉例13D優(yōu)化3D Viewer應用舉例2應用舉例3關(guān)于3D優(yōu)化n對于一般應用，3D優(yōu)化獲得的結(jié)果是可靠的。n3D優(yōu)化采用了簡化模型計算分子的空間結(jié)構(gòu)。因此，對于復雜的結(jié)構(gòu)得到的結(jié)果是否可用，應由使用者加以判斷。n3D優(yōu)化并不能保證得到所有的構(gòu)型。2.6 反應式n反應箭頭n反應條件+2.7 使用模板自定義模板2.8 其他功能n顯示/隱藏氫原子n顯示/隱藏芳環(huán)n自動命名n性質(zhì)預測n自動為原子編號2.9 Draw模式2.10 3D Viewern在Che