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文檔簡介

1、 SWISS-MODEL同源建模的方法 SWISS-MODEL同源建模簡介vSWISS-MODEL 是一個自動化的蛋白質(zhì)比較建模服務(wù)器，該服務(wù)器提供用戶三種模式可選擇： vAutomatic mode（簡捷模式）: 用于建模的氨基酸序列或是Swiss-Prot/TrEMBL (/sprot )編目號（accession）可以直接通過web界面提交。服務(wù)器會完全自動地為目標序列建立模型。 用戶可以選擇指定模板結(jié)構(gòu)，模板可以來自由PDB數(shù)據(jù)庫（ ）抽取得到的內(nèi)建模板庫，也可以上傳PDB格式的坐標文件。 vAlignment

2、 mode（聯(lián)配模式）: 這個模式需要多序列聯(lián)配的結(jié)果，序列中至少包括目標序列和模板（最多可輸入5條序列）。服務(wù)器會基于比對結(jié)果建模。用戶需要指明哪一條序列作為目標序列，哪一條又作為模板。 vProject mode(項目模式): 這種模式允許用戶提交經(jīng)過手工優(yōu)化的請求給服務(wù)器。DeepView被用來建立一個項目文件，它包含了模板結(jié)構(gòu)，以及目標序列與模板的聯(lián)配結(jié)果。這個結(jié)果也要上傳到服務(wù)器。這種方式提供對建模過程中細 SWISS-MODEL網(wǎng)頁界面我們選擇簡捷模式填寫正確的郵箱，會有郵件輸入蛋白質(zhì)序列提交以后會出現(xiàn)在線顯示的有的時候速度有點慢，耐心等待Ps:珍惜勞動成果。這可是等了一個小時的成果反饋的結(jié)果也可以在myWorkspace 中查看，自己的郵箱是用戶名，郵件里邊有password 可以把結(jié)果保存下來預(yù)測的三維結(jié)構(gòu) SWISS-MODEL網(wǎng)頁界面我們再選擇聯(lián)配模式接著會出現(xiàn)下面的界面出現(xiàn)的結(jié)果謝謝聆聽 Than

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