實驗二雙序列比對

1、實驗二雙序列比對實驗目的：練習使用動態(tài)規(guī)劃算法進行雙序列比對；理解打分矩陣和參數(shù)對雙序列比對結果 的影響；理解動態(tài)規(guī)劃算法的原理。實驗要求：動態(tài)規(guī)劃算法是序列比對最基本的算法，可以確保找到最優(yōu)比對。分為全局比對 和局部比對算法。通過本實驗的練習，更好的理解動態(tài)規(guī)劃算法。實驗內容提要：對如下的兩條序列進行雙序列比對分析：Drosophila Sex-lethal proteinASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNGMouse Huc RBDMDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDI

2、ESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL這些蛋白質包含一個RNA識別模體。該模體包含兩個高度保守的兩個功能區(qū)RNP1和RNP2。通過ebi網(wǎng)站的在線工具完成練習( HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/ http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/)RNP1和RNP2是否得到比對？選擇至少三個(差別大的)空位罰分和延伸值 來進行比對。2a.算法是否找到RNP1和RNP2的正確比對？2b.當空位開啟罰分高時，結果發(fā)生什么變化？2c.當空位延伸罰分高

3、時，結果發(fā)生什么變化？2d.為什么k個連續(xù)的空位罰分要小于k個間隔的空位罰分？使用PAM250矩陣重復上述過程。3.比對結果是否發(fā)生變化？繼續(xù)進行這兩條序列的局部比對，通過ebi網(wǎng)站的在線工具完成練習，網(wǎng)址：( HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/ http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/)4a. RNP1和RNP2是否在局部比對中得到比對？4b.局部比對的生物學意義是什么？4c.為什么在這種比對中我們選擇局部比對而不是全局比對？采用不同的打分參數(shù)和其它打分矩陣。5.比對結果發(fā)生

4、了什么變化？實驗結果：1.全局比對1.1EBLOSUM62 矩陣a.空位罰分10,延伸值0.5： b.空位罰分10,延伸值10 c.空位罰分5,延伸值為10：1.2使用PAM250打分矩陣:a.空位罰分10,延伸值0.5：b.空位罰分10,延伸值10 c.空位罰分5,延伸值為10：Pr4za*! needleMas 19 Ju 231S a2i37iDCMadlioe: scedle-jtdout-uequenx estas_ae4Le-X201fr3LL9-02T(-470-44S*：423-M.4Jiiuencc t -teequeooe etoo9923eedle-U01WllS-0iS

5、TS-fl7S0-4a4JM23-pg.bs0 t -gpetena C.9 t -vndcpea )0*0 t -andaataad . -aicaMtS pan -spxaceiaZatdcucPragria! Mtdle kuxtetei Mca IS Jan 3011 OliUit?CaMMdliM： needle-vtaoot-5qu*c *oaa_n(Wpq.aa9Dnc-Mquabca aaeoaa nMdXa!201Mll!Ml.SOW-pg.bMqnaaca-4atafll EflM2S0-acepen 10.0t -9(pxtad 10.0viprvcilI Uioa_re

6、zMti pairMstnProgrw oeedleRundate： Mom 0 Dec 2014 10:45:54Ccinill imt iwedla-aaeqiMncc Mql| -hwqmnn!) aecp-datafUe UJODMt-outflie pasti-gapaxUmd 10Allgn.ronMt: repairReport_nie! fI Al ；9ned_Be7a!Kce; 3t 1： 9rvopla2t i: Ncis，Mauia: UMQ*： 9y_pnaKy; 10.0 t : 4*Juulazity:Sooxi 190.09S/M iSO.ni54,69 |7t.

7、Sti2/69 t 2.HtDroMfiuMt jismtLtvtM.nsmuLYU.njLi st WK.uumamrmu“jioAMi xDsxnoivNYugaaQCEFKSLHH i ac nKsa.utaTQasiaYOFso&rKMla90 VDrT3CC80RA2XANS-S|I；:：I l：.l | jtouMsi jmssnKAOOJxnjnLJQlgn*d_ equene*: 21: Draacphlla. 2 I MoumItatruc; IPMQSO, Cajr.aenalty： 3.0 Kxtend_xnaity: 10.0Lengrthi 70Identity:St

8、allarlty:Ga(M：Score: l1.0Dro4opbllDxoa tvhilapwM 431,M/70 (91.4)4/7。(7B.MJ(_-12015011034180212-*13510-0. aaaqt-bMdfueae Miboa*_wat*X201 $4119-0(3418*0282*IS SS90(-datafile EBLO3CM2-gpof)ea 10.0*prctial-叩Moed2JUiTn_tor*ti pairRepor_fil; vedoaeFrogrin; wasrkundat: Men 1* Jaa 2015CoMMOlinei vatei-aseae

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10、i35/46 Sinslarityi4咨“m.x， Gapa:0X5 Scerei 1B3.0Ii ，t M. 1 gned_9e(iuenoe91 2,l; Dreactma,2： N3SMHat：U： EBL09t*2, 6ap_peMKw taO，Caevna_pnaLcy: 1Q.QLenoth: 4a Identity:M/C4 IM.M)suuiarityii/M(7i.2ti, Sops;9/M I 0.M)，Scos; 1S3.0StcaaptulaDxoaophxl*2 SNSKUVMYLFQDMrDUXXXLnAXarxmCimADROySYamrrD91l.lllllll

11、llllll.l.lll.lll.l.lltllll.ll.l.ll.lliM0US3 SK7KL：VNYLKUiMrQDE?RSLFGSIGDIESCKl.VRDKZ70QSLGXGr7X32Sccaopkula3:oaopinla2.2采用PAM250打分矩陣：a.空位罰分10,延伸值0.5：b.空位罰分10,延伸值10 c.空位罰分5,延伸值為10：回答問題：1. RNP1和RNP2得到比對。2a.算法找到了 RNP1和RNP2的正確比對.2b/2c.理論上，當空位開啟罰分高時，兩條序列的比對中間隔空位數(shù)變多，當空位延 伸罰分高時，兩條序列的中出現(xiàn)的連續(xù)空位數(shù)變多。但是從我得到的數(shù)據(jù)來看，他們的最后 得分都一樣?？赡苁怯捎谛蛄邢嗨贫缺容^高吧。2d.k個連續(xù)的空位可能是由于一次插入或刪除事件，而k個間隔的空位則可能 代表了 k各事件，所以相比之下k個連續(xù)空位更