如何查找質粒圖譜

1、如何查找質粒圖譜經常在壇子里看到一些人求助質粒圖譜，很多時候我發(fā)現其實有些質粒圖譜還是很容易找到了，剛開始幫忙查找了下，還公布了一些查找質粒圖譜比較好的網站，后來看得多了，很多時候，這樣的帖子直接跳過了。今天又看到幾個求質粒圖譜的帖子，突發(fā)奇想，就查找質粒圖譜的方法，寫個總結帖子吧，希望對蟲子們有些幫助。這些方法，大部分是自己學習的過程中偶爾發(fā)現，也許總結得還不夠全面，望其他蟲友指正。方法一：安裝軟件VectorNT做分子實驗，經常和不同的質粒打交道，了解各種質粒的圖譜信息是必需的，invitrogen公司的這款軟件絕對是分子生物學蟲子們的福音，功能強大、界面美觀，使用起來很人性化。后面的很多

2、方法都是基于在這款軟件的使用之上，因此個人覺得要想對質粒圖譜了解更直觀，安裝這款軟件是非常必要的。而且，一旦安裝了這款軟件，你就發(fā)現這款軟件的軟件包里面會包括invitrogen公司的所有質粒圖譜信息和其他比較常見和經典的質粒圖譜（如下圖，不是有蟲子求pRS系列質粒嗎？如下圖，數據庫中本身就有很多）。這里就不一一細說，各位蟲子可以自己體驗下。（這框軟件的下載和使用說明書站內很多）pRS426572&CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezjLlpRS4256849CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrez國PRS424561&CircularB

3、asicNCBIEntrezNCBIEntrezlaJpRS4235797CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezEpRS4134970LinearBaseUNKNOWNUNKNOWNHpRS31648B7CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezU|pRS3156016CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezilpRS3144783CircularBasdNCBIEntrezNCBIEntrezipRS3134967CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezSpRS3064373LinearB

4、asicUNKNOWNUNKNOWN|lpRS2004791CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrez方法二：查找質粒圖譜的網站：這個之前有人求助質粒圖譜時，我在回應求助帖里面公布過幾個我經常用的網址，估計不是專題，很多人沒看到，現在在此重新總結下。1.VectorDatabase地址： HYPERLINK /g?a=vdb /g?a=vdb這個網站很頁面很人性化，直入主題，也是我經常用到一個網站，比如這個帖子 HYPERLINK /bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=_1 /bbs/viewthread.php?tid=31032

5、23&fpage=1,這個蟲友求pRS類質粒圖譜（注意，是一類質粒圖譜，沒關系，照樣能找到），直接在搜索框輸入pRS,可以看到，之類質粒一共有三十多個。OaddgeneVectorDatabaseVectorDatabaseisalistofplasmidbackbonesfrompublicationsandseveralcompanies,includingcloning,mammalianexpression,bacterialexpressionandlentiviralandretroviralplasmidsThedatabaseiscompiledbyAddgene.andhos

6、tedonLabLife.LabLifedoesnotsellordistributanyoftheplasmidslistedinthiscatalog.PRSSearchVectorDatabaseResetSearchBrowsealphabetically44itemsmatchinapRS.(Clear)146ABCDEFGHIJKLMNPRSTUvyahPrev|1I2|3|NextNameT/peSourceDRS413ATCCYeastTWo-HvbridORS408YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryScreenState-of-th

7、e-ArtTechnologiesPremiumDRS420YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryORS410YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryServiceQualityInteractors0RS414Stratageneteinlinks.8mORS418YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryPCRProductsORS428YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryTopquality,lesscost2XHotStartPCR

8、ATCCMasterMixsave25%ORS404Stratagene找到自己需要的質粒名稱，點擊進入，就可以看到質粒圖譜了。addgeneVectorDatabaseVectorDatabaseisalistotplasmidbacEtbonesfrompublications臼nds已v已r日Icompani已sincludingcloning,marexpressiorvandl&ntiviralandretroviralplasmids.ThedatabaseiscompiledbyAddaeneandhostedonLabLifeanyoftheplasmidslistedinth

9、iscatalog.拿第一個質粒pRS413舉例，如上圖，質粒圖譜是不是很難看，對，我也覺得很難看，沒關系，看見viewsequence了嗎？點擊進入，我們就得到該質粒圖譜的序列了，VectorD詆abmseaaVictorSequenceSequenceMapandFeaturesBLASTAlignDiqestTranslateSequenceCurrentsequence:4970basepairs.Vi嘶口FAWTA盤陰a藺尺巳v已冴已ComiJl已rn已門tFindSequence:JNextTtcgcgcgtttggrtgaaaacctctgacacatgcagct匚:uog*Cf

10、icktoHighlight51ga.qacqgtusigtaagcgqatqccgqgagcaqacaagcccg101tcagqgcgcgtcagcgcgtgttggcgggtgtcqqqgctqquttaactatgpGEX3p.5仁四匸fml.exitsBefore2If匚el.rutsgfQg庁9E151cggcatcagagcagattgtaetgagagtgeaccataaattcccgttttaa201gagettggtgagcgctagqagtcactgccaqqtategtttqaacacqgca251ttEiqtcagggacagt匚:ut11cccgcaattti.；s

11、c：L：:utsReform212HIS350電冷訊ORFfrmm.50斗.11E3Esi：ciitE曲w30111actctt.gg匚:utcctctaqtacactctatst11111tatgcctcqqt&SL351tgatttteatcccct旳匚:旳aitgactot11HhmL口-itstefoiEEmtl.exitsDEfomBell,cutsbefore1053如何得到比較好看的質粒圖譜呢，看到GeneBank了嗎？對，熟悉vector的筒子們肯定知道該如何做了，對，點擊進入，如下圖，復制所有的代碼部分，新建txt文件，粘貼上代碼后，將文件擴展名由txt更改為gb格式，導入v

12、ector，你就可以在vector里面看到質粒圖譜了。LOCUSpRS413DEFINITIONr.RS413ACCESSTONKEYWORDSSOURCEORGANISMotherFEATURESsource4970bpDNA；SYN20-Apr-2011sequences；artificialsequences;vectors-.?.Location/Qualifiers1.49:70Morganism=；miscfeaturegeneCDS./mo1_type=therDNAcomplement(：9.51：).Zlabel=pGEX_3_primer504.1160zlabel=fHI

13、SSfgene=HIS3504.11&洸”/Iabei=HIS3;-gene=HIS3r?note=QRFframe冬*.Ztran5：lation=MTEOKALVKRITNETKIQIAISLKGGPLAIEHSIFPEKEAEAVAEQATQSQVINVHTGIGFj；DHMIHALAKHSGUSLIVEQIGDLHIDDHHTTEDQGIALGQAFKEALI.ARGVKRFGSGFAPLDEALSRAVVDLSNRPYAVVELGLQREKVGDLSCEMIFHFLESFAEASRITLHVDCLRGKNDHHRSESAFKALAVAIREATSFNGTNDVPSTKGVLM*rep

14、_口工igincomplement(1555.1361)丄abe1=fl_origintilisc_featurecornplement(1894.2037)/Qabel=,la.cZatilisc_feature2008.2030-/1abe1=Ml3pUCfwdprimermiscfeatui?巳2023.2039一-/label=M1.3_forward20_primer因為這個網站我經常用，并且和NCBI網站的運用方式一樣，以及和Vector軟件的配合使用，因此講解比較啰嗦。2.VectorDB網址： HYPERLINK /vectordb/vector.html /vectordb/

15、vector.html這個網站我也用得比較多，總結和分類都比較完整?；景怂斜磉_系統(tǒng)的質粒信息。Victors:forDgsghii口VFCtoFSfbrC,呂居丹并佔VigctorEfbrY亡且吐上下mv&ctorsusedm斑口匾ulablolcrgy.VectorshlcharealsoinG辭havedirect/inkstathatdatabaseviVectorDBisunsupported.Usethissiteasis.Phag皂VECtotsPlasmidVECtoHPh且gemiclVeiztors0Fh爼呂miliphRMEtnidvectorpRS30E-comp

16、lete.CSRccbRromyuesZE.cotipiiRMetnidvectorpRS30行-uompteti.C.SRcchiaraHiYCEsZE.colipliRgFtnidvectorpRS313-comidet亡.點擊我們需要的質粒進入下以頁面，以質粒pRS303為例，如下圖。有用信息除了對該質粒進行的一些描述性語言外，最重要的要算是紅色標記部分了，sequencelink進入是該質粒的序列。NCBIlink，點擊直接進入了NCBI,如何在NCBI中得到質粒圖譜，下面將進行詳細解釋。pRS303FuoctioQs:(cloning)Selection:0CopyNumber:Ho

17、sts:(E.coEHB10l)(SaccharomycescereSnppliers:(ATCC)Misc.Commeats:pRSS56:constructedbyENdelandAatllsitesbetweenblaandfloriginofintegratingvectors(ATCC77138-77141)dififeriiforinvitroRNAsynthesis,primingsitesusefialfbt-pMB1ori-bla.Restrictiondi呂已吐softhecloneXote:thereisexpenmeotalmdence(restriiversionof

18、HISSZ75110.uottheauuotatedvGenbaukenttyispraperhTupdated.Parents:()Siblings:(pRS304XpKS305(pRS306)Descendents:QR亡turnto巳匚turHom印包g亡3NCBI網址： HYPERLINK / /真不好意思，這么重要的網站，留到這時候才介紹，NCBI功能很廣泛，其他功能我就不介紹了，重點介紹如何用NCBI查找質粒圖譜信息。如下圖，search下拉框中選中Nucleotide，搜索欄輸入質粒名稱，拿pRS303舉例：得到搜索結果，如下圖，點擊郵編的sendto，選中file，geneba

19、nk等選項，點擊CreateFile選項，得到一個gb格式的文件，導入vector軟件中，就得到了我們需要的質粒圖譜了。4其他查找質粒圖譜的網站寒梅礪劍閣（不是很全） HYPERLINK /5757561.html /5757561.htmlbioask HYPERLINK /html/857.html /html/857.html這兩個網站其實也很不錯的，使用方法都是大同小異，就不特別介紹了，希望就放收藏夾就可以了。方法三：一些重要試劑公司網頁其實也是一些網站，因為這些網站除了得到質粒圖譜等信息，還可以得到關于質粒使用方面的信息，因此單獨拿出來做一個分類。做分子的蟲子都知道，現在很多質粒，特

20、別是應用比較廣泛的質粒都一些公司商業(yè)化的質粒，基本是由一個質粒你就會聯(lián)想到另外一個公司的名字。比如簡單的，克隆載體pMD18-T,TaKaRa,有木有；pGM-T，天根，有木有；一些表達載體，使用最廣泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有雙MCS的Duet系列載體，Novagen的；畢赤酵母表達質粒pPIC3.5k,pPIC9k,pPICZA,pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES釀酒酵母表達系統(tǒng)，也是invitrogen的，因此知道常見的質粒是哪個公司的，去他們公司網站上肯定可以找到該質粒的相關信息。比如：這個蟲子求pGM-T載體序列，見帖子 HYPER

21、LINK /bbs/viewthread.php?tid=3081308 /bbs/viewthread.php?tid=3081308，如下圖，他們公司主頁有吧。(Ctiangen天根生比科技(北京)有限公司TiANGENBIOTECH(BEIJINGCO.LTD.產品搜索產品分類目錄號觀格愉格VT202-0120ul3加元pGM-T連接iiC剖意f含鞋體，連接酶)產品簡介P3-T連壇試劑盒適用于PC民產物的克隆可將PC尺產規(guī)涉驟，芮了提高連接敷率)本試抑盒提供了兩種連接日口惱最佳連接數果誓2LigationBufferIT.為快速連接Buffer,:天:樓酸提取與純化nPCR相關產品首頁關

22、于我們信息資訊產品展示技術支寸$RT-PCR保存條件:感受態(tài)細胞要嚴格的在存，sou培粽黃/zh/home.htmltrogemcom/sitea熒光定1PCR另外:invitrogen公司；業(yè)2遜如dNovagen公司：-httpM/www.merckbiO/g.asp?f=NVG/pETtable.html在他們公司主頁搜索欄直接搜索質粒名稱，序列，圖譜什么的都不成問題，而且可以下到表達系統(tǒng)操作手冊，原核表達看完pET表達系統(tǒng)操作手冊，真核系統(tǒng)看完畢赤酵母表達系統(tǒng)，一些表達方面的的知識你就是半個專家了，扯遠了。方法四:如何查找經過改造過的質粒的質粒圖譜有些質粒是經過改造的，所以通過上述方法

23、不能查詢到相應信息。這時，可以在googlescholar中輸入質粒名稱，可以直觀地看哪些學者在何文章中使用了該質粒，從而可了解到質粒的來源；或者籍此向作者咨詢或索取。另外介紹下如何通過文獻查找經過改造的質粒的圖譜信息，Kuhlman,T.E.andE.C.Cox(2010).Site-specificchromosomalintegrationoflargesyntheticconstructs.”NucleicAcidsRes38(6):e92.這篇文獻，介紹了一個大腸桿菌染色體整合的方法，文中介紹了三個質粒，是由作者自己改造了，如何查找到這三個質粒圖譜了，首先在PubMed中搜索到該文獻

24、，如下圖。Pubgjed.gouSearch:PubMedLimitsAdvancedsearchHelpSearchClearU.S.NationalLibraryofMedicineNstionalInstitutesofHealthSendto:DisDlaySetting:0AbstractNucleicAcidsRes.2010Apr;38(6):e92.Epub2010Jan4.Site-specificchromosomalintegrationoflargesyntheticconstructs.KuhlmanTE,CoxEC.DepartmentofMolecularBiol

25、ogy.PrincetonUniversity,WashingtonRoad,Princeton,NJ08544-1014USA. HYPERLINK mailto:tkuhlman tkuhlmanRelatedcitationsGeneticsystemforreversibleintegraticconstructsandlacZgenefusiorPlasrAbstractWehavedevelopedaneffective,easy-to-usetwo-stepsystemforthesite-directedinsertionoflargegeneticconstructsinto

26、arbitrarypositionsintheEscherichiacolichromosome.Thesystemuseslambda-Redmediatedrecombineeringaccompaniedbytheintroductionofdouble-strandDNAbreaksinthechromosomeandadonorplasmidbearingthedesiredinsertionfragmentOurmethod,incontrasttoexistingrecombineeringorphage-derivedinsertionmethods,allowsforthei

27、nsertionofverylargefragmentsintoanydesiredlocationandinanyorientation.Wedemonstratethismethodbyinsertinga7-kbfragmentconsistingofavenus-taggedlacrepressorgenealongwithatargetlacZreporterintosixuniquesitesdistributedsymmetricallyaboutthechromosome.Wealsodemonstratetheuniversalityandrepeatabilityofthe

28、methodbyseparatelyinsertingthelacrepressorgeneandthelacZtargetintothechromosomeatseparatelocationsaroundthechromosomeviarepeatedapplicationoftheprotocol.Abacterialmodelsystemforchromositargeting.NucleicAddsFDual-ln/Outstrategyforgenesintegratibacterialchromosome:；BMCBiotech怛:vwuRecombineering:geneticenginbacteriausinghoiCurrProtocMolE問wRecombineeringanditsappl(YiChuanXueESeeImagesfromthispu