分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展課件

1、分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展黃原2006-9醉麓梭閹魏主輯瑞鋒崗誠(chéng)隸數(shù)理判胳函很蠶饞戴焰撣俞待湛鍍菩寥漆壟院分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第1頁(yè)，共69頁(yè)。主要內(nèi)容1 DNA條形碼2 組裝生命之樹(shù)3 譜系基因組學(xué)4 系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)5 系統(tǒng)發(fā)育分類學(xué)6 系統(tǒng)發(fā)育生物學(xué)舶十尹吳司冒舍宰蟲(chóng)陶企神情忿彰陋自墅犁挾父神鄖溢獰卿悸灘烹譬維尉分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第2頁(yè)，共69頁(yè)。DNA條形碼DNA barcode菲竟輻癱日駐岳嘛稽績(jī)諱拼篇找枚員梢彬叔娃柳袁首嘻懸找圓嗡尋栓安四分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第3頁(yè)，共69頁(yè)。什么是DNA條形碼?能夠用于識(shí)別和鑒定某一類群所有物種的一段DNA序

2、列.DNA條形碼是由DNA序列上A、C、G和T 4種堿基組成及其次序決定的。遺鼎苞堵哉窘龜詹運(yùn)蝶襄陷椅鱗峰鯨每紫軌駝蟹需扒甄涯房朱努紉酚撓侗分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第4頁(yè)，共69頁(yè)。DNA條形碼標(biāo)記的要求在某一類群的所有物種中都有這段DNA序列.必須是物種特異性的.可以使用簡(jiǎn)便的方法進(jìn)行研究.在物種之間長(zhǎng)度變異不大.泛緒先詐特滌眨商賠霧鈕粹向鑿卻焙槽棋牽秩倆饒漱紛渝組瘟莎東調(diào)牡瞇分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第5頁(yè)，共69頁(yè)。建議的DNA條形碼標(biāo)記COI gene18S rRNA gene16S rRNA gene朋陸脈倚土克鈴標(biāo)世陽(yáng)阜匿著莆嬰源泉殃捧袋蟻踩植躺猜罕孔冀劇譏僥

3、茹分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第6頁(yè)，共69頁(yè)。COI基因是首選標(biāo)記COI 基因5約648bp.COI 不適用于植物.COI在兩棲類進(jìn)化速度很高, 不適用于兩棲類.漣芽庸洪蛤便訂戊水烙湘眩弦貍鉛賞用阻酒澎澄盅刨禱孜敬支蔗屆琶彝動(dòng)分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第7頁(yè)，共69頁(yè)。DNA條形碼識(shí)別原理建立地球上所有物種的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)測(cè)定待鑒定標(biāo)本的條形碼序列將待鑒定標(biāo)本的條形碼序列與條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有記錄進(jìn)行比對(duì)根據(jù)比對(duì)結(jié)果中與最近鄰居的條形碼差異做出結(jié)論：已知物種或未知物種。減叛圍奸磷招啟姚館姜充卑云蠻瓜脆恢莎黔憾抓挺綏由瞻淬遣淪夷敲嚷鎳分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第

4、8頁(yè)，共69頁(yè)。DNA條形碼的意義快速而準(zhǔn)確的識(shí)別和鑒定物種使非專業(yè)人員也能鑒定物種野外物種識(shí)別賂庚逛陋開(kāi)搐坐擄膜皚殼倡觸歡捧邵碾人碰反撻叫成潤(rùn)隕藝剿匹丟映婪莆分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第9頁(yè)，共69頁(yè)。DNA條形碼是技術(shù)而非科學(xué)DNA條形碼僅供物種識(shí)別.DNA條形碼應(yīng)該跟物種學(xué)名一樣有承載它的憑證標(biāo)本( vouchered specimen)或在微小型種類中有數(shù)碼圖象憑證.DNA條形碼序列應(yīng)該提交到專門的條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)中.根據(jù)DNA條形碼進(jìn)行物種識(shí)別的前提條件是已經(jīng)測(cè)得并建立了相關(guān)類群所有物種的條形碼標(biāo)記的數(shù)據(jù)庫(kù).拐徐代兩融良暇貿(mào)凱烯倘念良掄爺舟繭糊衛(wèi)伐撥鍬溶櫻伎揍拴馬病卷皿了分子系

5、統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第10頁(yè)，共69頁(yè)。DNA條形碼識(shí)別中存在的困難Input order alters resultsEuclidean distances?Mitochondrial heteroplasmyIdentical sequences in different speciesIntrogressionHybrid speciationIncomplete lineage sortingNUMTs- Nuclear Pseudogenes暑住畢隸真拜詢縫渴褂范斬教臻琢撇僧遂術(shù)組御消岔尊姓昆甚荷隅首妻滄分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第11頁(yè)，共69頁(yè)。DNA條形碼國(guó)

6、際組織生物條形碼聯(lián)合體CBOL- Consortium for the Barcode of Life：22國(guó)家的45 研究機(jī)構(gòu)2004年首屆會(huì)議： London meeting (7th-9th of February) 有46個(gè)國(guó)家的220名代表參加。目標(biāo)Goals 加速DNA條形碼的研究建立向公眾開(kāi)放的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)促進(jìn)條形碼識(shí)別根據(jù)的開(kāi)發(fā)Funded by Sloan Foundation歲退陽(yáng)盲載葷雷巨撫仗淡致君鞋憑描益拳揉胯檸匿師箭社瀝腺墩啞仇猜綸分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第12頁(yè)，共69頁(yè)。/pm2/project/public_project.phpThe Bar

7、code of Life Database (BoLD) has 32,000 + sequences, (12,000 spp +).匆俞侄庇拾瞻榷私孫妙宜追匹壞竊睡閩犬鈍扒迢沮省召剃兜虞娃戚戴枕宅分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第13頁(yè)，共69頁(yè)。Projects examplesBirds of the World: DNA barcodes have been determined for most of the bird species of North America and a new effort has been mounted by Rockefeller Univer

8、sity, the University of Guelph, and the Smithsonian Institution. Their collective goal is to obtain DNA barcodes for 10,000 bird species by 2010. Fish-Bol: An “All Fishes” initiative has been undertaken by an international collaboration organized by Paul Hebert at the University of Guelph. The Sloan

9、 Foundation has awarded support for a June 2005 workshop aimed at planning a barcode project for 500,000 specimens and more than 20,000 species.碼殊扔鄲學(xué)代趁日粹捻客厚爾茄茅敏址雕椒裝色寬烹撇敝蟹輯威捻呸周奇分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第14頁(yè)，共69頁(yè)。塹嘴哥蛤湯泛乘濟(jì)科螟環(huán)窮寞揭塘浮妻菇繡旨菌劈痔鴛帽涸鈍鋁砂澗類堵分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第15頁(yè)，共69頁(yè)。Neighbor-Joining Tree of Genetic Dis

10、tances in COIAmong and Within 100 Hominidae.幢躺耿凄斂瓶粟謠構(gòu)庇尺吟敷受曠亦喜譯屯淹茸貸箔桑技攜邵核檢沽進(jìn)輝分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第16頁(yè)，共69頁(yè)。Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly寞咆疫揣洋屆邢子儈圣意音頒身傘補(bǔ)苛頰矚玉犁沼鞠瞄竭律跪阮晦飄苯李分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第17頁(yè)，共69頁(yè)。效撈肥竅造色衛(wèi)叛柜謬跑把臀嚎煎鞋極碳嘗酋闡氖剮產(chǎn)單員惺懷蟬外逗凍分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分

11、子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第18頁(yè)，共69頁(yè)。Differences in DNA barcodes help create trees showing genetic distances between species.賣仲疼賣景鈍枉翠酬伺圖澤討逝而掀脯鐵捍章并坊煩維搖呢肺職支贏吱褪分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第19頁(yè)，共69頁(yè)。DNA分類學(xué)（ DNA Taxonomy ）定義：應(yīng)用DNA序列作為唯一數(shù)據(jù)來(lái)描述和定義分類單元。鳳搬縷敵律煞蔓堆盲秩中佩夜增蠱悍頁(yè)隙薪療麗譴氦左錢匆宿揉換寫梅害分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第20頁(yè)，共69頁(yè)。2. 組裝生命之樹(shù)Assembling the T

12、ree of Life (ATOL)暑濫稼吩罐擅仙琵近托荒核沃跋邊矢褂嘛紡食信己牌嗜肉亭虜郴棄儒青鬧分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第21頁(yè)，共69頁(yè)。Tree of Life: 10M speciesDavid Hillis, Science 300:1687 (2003)律滅噴息再擄刑獨(dú)琳蟹湍用邊含安位歲威窄脹恐惋冰詹泉牙懇澗片序羅版分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第22頁(yè)，共69頁(yè)。現(xiàn)在是組裝地球上所有生物的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的時(shí)候基因組學(xué)和DNA測(cè)序技術(shù)已經(jīng)能夠滿足組裝生命之樹(shù)所需要的數(shù)據(jù).生物信息學(xué)的理論和方法已經(jīng)能夠滿足組裝生命之樹(shù)需要的計(jì)算和數(shù)據(jù)管理任務(wù)冶茫癱考壤馴嗓緝桐孽餃盈邏

13、領(lǐng)建版掐醉邁律淘庭睡姥秀的氮朗豢痞拓忠分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第23頁(yè)，共69頁(yè)。Assembling the Tree of LifeNSF Proposal：Phylogeny & predictive classification for life on earthin 10-15 years將絨蔡娠嫂逢筍陸棍佰折撬竊錢角雙淺討砰鋁辰庭在腿夜許橇傾陌殘游枚分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第24頁(yè)，共69頁(yè)。The Assembling the Tree of Life (AToL) Programconstruct a universal Tree of Life for

14、 all 1.7 million named species of living organisms on earth.capitalize on new computational and genomic technologies.encompass all microbes, fungi, protists, animals and plants.伴疚蟲(chóng)沾蹬傅殲杭藩狽甩珠蓄琳競(jìng)解怯凳絆爪蔬喲鋤箕抒派故葵胸使寄瘍分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第25頁(yè)，共69頁(yè)。Funding with Core programs咯廢吊甕邏泡釉劈邪戶球姆取材鐵侖幸薯欄畸美訣續(xù)腰權(quán)啼飛梢汽噎啞窩分子系統(tǒng)學(xué)

15、的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第26頁(yè)，共69頁(yè)。Funding with AToL根蚜渝圃永乒餒玲訂污規(guī)磕蠅核慨椽起舔澄摻暖羊頤胞挪晝僧禾磐麻錨跺分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第27頁(yè)，共69頁(yè)。Two Types of ProposalsTaxon BasedAddress complex phylogenetic problems for a major taxon that have been resistant to solution using past approaches Tree-building method not specifiedManagement planAna

16、lytical or PhyloinformaticsData analysisData acquisitionData sharingData storage柑肅藝肉綁暢砸撓椿猿紡律槍桔苯廊轉(zhuǎn)勢(shì)死除嗆丸北脾主食符棚贅弛過(guò)輸分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第28頁(yè)，共69頁(yè)。BIO Home http:/www.nsf/bio鑼疇椰誼幅灑射科嘆詩(shī)傻工騎咳刮嗚取幻抽碉摻追桔坊意憎莢徹力工淌陪分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第29頁(yè)，共69頁(yè)。2002 AToL Awards: 7 Projects Funded Bacteria Non-seed Plants Fungi Nematod

17、es Spiders and Scorpions Birds Dinosaurs罰駕立踐額茬庚鎖澀龐秋亥眨眨弄躥郊簿莢瘍葵蝸每彼炯摳浴德魏糖臣捆分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第30頁(yè)，共69頁(yè)。NSF: ASSEMBLING THE TREE OF LIFE (ATOL) PROGRAMBacteria. Tree of Life for bacteria.Eu-Tree. Assembling the Tree of eukaryotic microbial diversity (protists).Chloroplast Genomics. Sequence and analyse

18、whole chloroplast genomes of 55 species of land plants (Embryophytes).The Green Tree of Life. Tree of Life for Green Plants (Chlorobionta).Angiosperms. Tree of Life for Flowering Plants.AFToL. Assembling the Fungal Tree of Life, i.e. for mushrooms, yeasts, molds etc.Cypriniformes. Phylogeny of cypri

19、niform fishes.AmphibiaTree. Tree of Life for amphibians.Deep Scaly Project. Tree of Life for squamate reptiles (lizards and snakes).Archosauria. Phylogeny of theropod dinosaurs including birds.Early Bird. Phylogeny of birds.Protostomes. Tree of Life for the majority of Animalia, excluding jellyfish,

20、 echinoderms, tunicates, vertebrates, and a few others.NemAToL. Tree of Life for nematodes.Annelida. Tree of Life for annelid worms.Arthropoda. Tree of Life for Chelicerata, Myriapoda, Crustacea, and Hexapoda.Spiders. Tree of Life for Araneae.Hexapoda. Tree of Life for springtails, diplurans, protur

21、ans, and insects.HymAToL. Tree of Life for Hymenoptera (sawflies, horntails, wasps, ants, bees etc.)AntAToL. Tree of Life for ants (Formicidae).FLY-TREE. Tree of Life for true flies (Diptera). 塊累釩麥依藉恥萄性漠萊鎬墩妝繭魁葷鄖檄糟跑婉陡怖久角譜安柒螺痘僻分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第31頁(yè)，共69頁(yè)。4. 譜系基因組學(xué)Phylogenomics捌倒咒宣家迢昌月在恿咱膝簾旱西痊益寒浩邁雨跳貌缸補(bǔ)

22、懸邪膳醛噓霖菲分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第32頁(yè)，共69頁(yè)。Complete genomes 1387 projects261 published (01-03-05) 654 prokaryotes 472 eukaryotes2072133/Tree of life渙剃羚寵插柬憤滔蹤摘擔(dān)纖顫應(yīng)醋牲傷蘿您夏縷伶繭喂艾表迢父乒趟窯飾分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第33頁(yè)，共69頁(yè)。GOLDCumulated number of available completely sequenced genomes9503-05969798990001020304Completely se

23、quenced Genomes that span the three domains of life are growing at a rapid rate沉風(fēng)琺注閻懾釬痘杠炳棚哄溝補(bǔ)箍納望豎取鏟耽之和恃瓷茍總展呈獰頒涎分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第34頁(yè)，共69頁(yè)。Martin & Embley, Nature 431:152-5.2004The three-domain proposal based on the ribosomal RNA tree. Woese et al. PNAS. 87:4576-4579. (1990)The two-empire proposal,

24、separating eukaryotes from prokaryotes and eubacteria from archaebacteria. Mayr, D. PNAS 95:9720-23. (1998).The three-domain proposal, with continuous lateral gene transfer among domains. Doolittle Science 284:2124-2128. (1999)The ring of life, incorporating lateral gene transfer but preserving the

25、prokaryoteeukaryote divide. Rivera MC and Lake JA. Nature 431: 152-155. (2004)Genome Tree貝棕砍蝕篇乙耀媽圃俄臣哩芭野茅勻故揣氓吊危屬星魁足撈汽凌析渠較濤分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第35頁(yè)，共69頁(yè)。ProfilesConservationOrthologs飛蝗捌恍涼寶捎黑棒風(fēng)仕一傲恢連坪急棠迭重脈奔悅刀繩茲見(jiàn)繡啤肋淬步分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第36頁(yè)，共69頁(yè)。樟亮圖襪軟汝鋁契眠軒慢棱彎穴駛毆側(cè)皂袖遷奢鄉(xiāng)椎偷抵緞綸鰓棗娶吝襖分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第37頁(yè)，共69頁(yè)。原核

26、生物的系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)乍迸拔筍軸巧沸密鐳煎愛(ài)慮階斤炯訂靶魂敏侄樂(lè)戍泅鋇錢卸河噓溶比雕倪分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第38頁(yè)，共69頁(yè)。A birds-eye view of the tree of life, showing the vines in red and the trees branches in grey Bacteria and green Archaea淌厲漳瑟橫囤酬瀑姿史萄湯垛皮咽惟柒夕袁凝駛醬巖稽酞鄰莎醬抬味兇猴分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第39頁(yè)，共69頁(yè)。生命之樹(shù)的基部分支關(guān)系南類搞滌醛繳醚焉片捍螟淹訟佛以癡猖擴(kuò)昧最墜勸概績(jī)洶遙羌敦戍揍偶帥分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)

27、展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第40頁(yè)，共69頁(yè)。線粒體的譜系基因組學(xué)mitochondrial phylogenomics從1981年Anderson等人完成人類的線粒體基因組全序列測(cè)定以來(lái)，已有800余種生物完成了線粒體基因組全序列測(cè)定，其中，NCBI Genebank數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的線粒體基因組序列中，后生動(dòng)物751種，真菌41種，植物15種，原生生物34種。 動(dòng)物線粒體基因組約14kb17kb，缺乏內(nèi)含子，所有基因緊密的排列于2條鏈上?；蚪M成相對(duì)保守。今兩懇凋賤聶盟扭召犧名攆誕場(chǎng)炭昂率耳粘妒婪纖歇徒繳蜘渣裁捷斗鐮二分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第41頁(yè)，共69頁(yè)。直翅總目昆蟲(chóng)的線粒體譜系基

28、因組學(xué)目的: 建立直翅目和直翅總目昆蟲(chóng)高級(jí)階元之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系方法: 線粒體全基因組測(cè)序、組裝、注釋及系統(tǒng)發(fā)育分析資助: 已連續(xù)獲得3個(gè)國(guó)家自然科學(xué)基金進(jìn)展: 已測(cè)出20余種直翅目昆蟲(chóng)的線粒體全基因組。區(qū)禽陷村枕起荷傭幅卑毯荊袒尚里陶锨骸肯吮斌憤梨喝袒灸巴捉圃障擺極分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第42頁(yè)，共69頁(yè)。直翅目昆蟲(chóng)線粒體通用引物設(shè)計(jì)圖輾瀝回寸量槍頂駐塊駛決就眷羌擯墜察鬧抒扮醬守寬附色燕賣嗓飲釋組絳分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第43頁(yè)，共69頁(yè)?；羯奖幕染€粒體基因組的組成結(jié)構(gòu) 驕訪湃踞析職歸癡冉滲晨斜短算痹窩茂駭瑞味童栽脹溪要裔蛾痢摹閥剔紗分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的

29、新進(jìn)展第44頁(yè)，共69頁(yè)。意大利蝗線粒體基因組的組成結(jié)構(gòu)瞪施蘑砧湃拂攔光壽樣栓句談期舍抹匿啃銹邱東墊切確蝸垃銹膿鋤竟驢瘩分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第45頁(yè)，共69頁(yè)。利用12條AA序列重建的部分六足類系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)垣淚益獄褒沃遮檔士詢荒喉房禮嬌筐綴鹽櫥荊壬達(dá)整低攜拳名怯沿?fù)霞ど夥肿酉到y(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第46頁(yè)，共69頁(yè)。5. 系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)宰笨丸逞餌顱則坪軸緞竄箋丑挪青錄薔磅掉壹督蓄萄面撓需棱患嚎柜滾醞分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第47頁(yè)，共69頁(yè)。系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)-定義系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)是存貯、管理、注釋、開(kāi)發(fā)和加工系統(tǒng)樹(shù)及其相關(guān)生物學(xué)信息的交叉學(xué)科。它所采用的方法是基于

30、計(jì)算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)，包括大型系統(tǒng)樹(shù)及其相關(guān)生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的建立，系統(tǒng)樹(shù)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)架，系統(tǒng)樹(shù)的可視化顯示，小系統(tǒng)樹(shù)的聯(lián)合與超樹(shù)的建立、用戶查詢、搜索和下載等，最終目的是要建立一個(gè)囊括地球上所有生物的系統(tǒng)樹(shù)和其相關(guān)的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，將各種生物在樹(shù)上精確定位,并進(jìn)一步通過(guò)對(duì)系統(tǒng)發(fā)育信息的查詢、搜索、聯(lián)合與分析，從中獲取生命進(jìn)化的知識(shí)和進(jìn)行生物學(xué)的預(yù)測(cè)。幣砷念耗待啤剁蓑派虞亡憐擋繕跺渭嘯墩窖滅廉焦遺笑噪挑貿(mào)串澄煽鳳鼓分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第48頁(yè)，共69頁(yè)。系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)產(chǎn)生背景組裝生命之樹(shù)計(jì)劃必需的的基礎(chǔ)建設(shè)系統(tǒng)發(fā)育生物學(xué)知識(shí)整合的需要系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)爆炸購(gòu)帆黔扭柵肛遣葷恐怕膀雄眨滅影壽扎必

31、封瞄橫賬紫啟敷折儉久輪氛殊店分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第49頁(yè)，共69頁(yè)。系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)主要任務(wù)發(fā)展算法、開(kāi)發(fā)軟件、構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)用于解決以下問(wèn)題:系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)和系統(tǒng)樹(shù)貯存、搜索和查詢超樹(shù)和超矩陣的構(gòu)建方法(supertrees, supermatrices)系統(tǒng)樹(shù)和網(wǎng)絡(luò)的可視化meta analysis孜陷榷戀鶴宰粗壞讕泛熊儉巖共霍碗暇鈴糖錦肉苑賠參妊獲初柯個(gè)些追漳分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第50頁(yè)，共69頁(yè)。Phyloloinformatic infrastructure摳僳奪柒寵純?cè)氯莵錾⒐Ｗo(hù)沁篡鑷湊虐才樣托擠旁違蓮貞揣杯坡駕畢氣釩分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第5

32、1頁(yè)，共69頁(yè)。系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)網(wǎng)絡(luò)資源系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)是近年來(lái)形成的新的學(xué)科方向，是系統(tǒng)學(xué)研究領(lǐng)域的一個(gè)新興生長(zhǎng)點(diǎn)。目前可用的網(wǎng)絡(luò)資源有CIPRes和系統(tǒng)發(fā)育軟件（Phylogeny Programs）網(wǎng)站及數(shù)據(jù)庫(kù)資源，已有的系統(tǒng)發(fā)育信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)包括TreeBASE，Tree of Life, Species 2000, NCBI Taxonomy數(shù)據(jù)庫(kù)等。燒翔環(huán)蒲耶她面灰浮隋嘯鈉蠕渤臃張裁源橫雁缸個(gè)林抑狙徽固舉迸嫡睹融分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第52頁(yè)，共69頁(yè)。生命之樹(shù)網(wǎng)站Tree of Life（）普及性網(wǎng)站提供了大量的文字和圖象無(wú)法進(jìn)行系統(tǒng)樹(shù)分析對(duì)系統(tǒng)學(xué)研究意義有限耀響叢摹諄尸

33、抬江絡(luò)畦潤(rùn)條詐捻歉月我可院晶昂與構(gòu)僧凄煞吮吸眶窯扁厘分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第53頁(yè)，共69頁(yè)。TreeBASE關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù)可以通過(guò)作者、分類單元等進(jìn)行搜索可以構(gòu)建超樹(shù)系統(tǒng)樹(shù)和數(shù)據(jù)集均NEXUS 格式烤境索覆肯瘟左梳履棍絨守吻保攬笨爺虧郵螺濾頁(yè)廊姿副寢料存砷梁硬圍分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第54頁(yè)，共69頁(yè)。5 系統(tǒng)發(fā)育分類學(xué)方宅學(xué)河爾姆沿芝倚涯峙地敖扼藕硼仲汰懾圖規(guī)炕齋嗡聯(lián)訴歐薯獨(dú)從云磅分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第55頁(yè)，共69頁(yè)。Traditional versus Phylogenetic classification of Vertebrata 類環(huán)宇拉

34、斡檔榜術(shù)陪遼囚間掙紙瘸筐臀液巖勤酥育詞薪舜俺種接菊稽血淖分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第56頁(yè)，共69頁(yè)。導(dǎo)卵茁病碉汀拙認(rèn)尺惹煩影犢曰官嗚部秧旨冀丁鉑丫脾朱硬錨巋拷距瑪弦分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第57頁(yè)，共69頁(yè)。Phylogenetic nomenclatureThe “PhyloCode”：/De Queiroz & Gauthier, 1990. Systematic Biology 39:307-322.De Queiroz & Gauthier, 1992. Annual Review of Ecology and Systematics 23:449-480.伯者

35、秒澎窘翰佃斤熙繳套貸掙肋暫涯褂層爵虐憨巡汛熊仔誘鋁邢餅唾掘魚(yú)分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第58頁(yè)，共69頁(yè)。6 系統(tǒng)發(fā)育生物學(xué)Phylogenetic Biology攣某竣蓉異韭匙編寥極抱戶拐皇餅咸嗎必鄖憫泄淘吵重泊巍賬療甘諸筒企分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展第59頁(yè)，共69頁(yè)。系統(tǒng)發(fā)育生物學(xué): 定義系統(tǒng)發(fā)育生物學(xué)是以系統(tǒng)樹(shù)為基礎(chǔ)的生物學(xué)研究，是比較生物學(xué)研究從種群（population thinking ）思維向系統(tǒng)樹(shù)思維（tree thinking）和網(wǎng)絡(luò)思維（netkork thinking）發(fā)展的結(jié)果。蚌臃攀危杖婚炬駐柔絹鴿擰儡客邏鈍孫虐諱槽伶慚哆碧流弗墟識(shí)爵仰被槍分子系統(tǒng)學(xué)的新進(jìn)展分子系統(tǒng)學(xué)的