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文檔簡介

1、小RNA數(shù)據(jù)分析小RNA小RNA是一類長度在18-30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA。小RNA能夠調(diào)控的表達(dá)，在細(xì)胞的生長、發(fā)育、代謝等基礎(chǔ)生物學(xué)過程中扮演著重要的角色。通過高通量技術(shù)，可以發(fā)掘全組水平的小RNA圖譜、對miRNA表達(dá)水平定量、挖掘新的miRNA分子、分析。靶、鑒定樣品間差異表達(dá)主要內(nèi)容 數(shù)據(jù)質(zhì)控reads長度分布統(tǒng)計(jì)全組比對已知miRNA鑒定 Rfam數(shù)據(jù)庫比對差異表達(dá) miRNA靶新miRNA其它分析原始數(shù)據(jù)(fastq)質(zhì)控l質(zhì)量值fastqc DRR34.clean.fastq -t 2 -o qcOutdir過濾1.過濾接頭。對含接頭的r

2、eads去除接頭序列。2.一條reads上N（未能確定出具體的堿基類型）的比例大于5%，則過濾掉該reads。3.過濾低質(zhì)量reads，過濾掉Q2080% reads。過濾統(tǒng)計(jì)readrawadapterNLow qualcleanread128701483(100%)53761(0.19%)29(0.00%)1849520(6.44%)25779623(89.82%)reads長度分布LengthCount173851189733191790820432072112595222703407232388792458280251221226708627688228114315321342read

3、s長度分布主要內(nèi)容 數(shù)據(jù)質(zhì)控reads長度分布統(tǒng)計(jì)全組比對已知miRNA鑒定 Rfam數(shù)據(jù)庫比對差異表達(dá) miRNA靶新miRNA其它分析組比對(BWA)全Reference:bwa aln -t 5 -f DRR34.sai/home/qiime/bio/miRNA/software/hg38/hg38.fa DRR34.uniq.fastabwa samse -f DRR34.sam/home/qiime/bio/miRNA/software/hg38/hg38.fa DRR34.sai DRR34.uniq.fasta已知miRNA鑒定(blastn)miRNA database:bla

4、stn -query DRR34.genome.fasta -db/home/qiime/bio/miRNA/software/mirbase/hsa.matu re.fa -task blastn-short -outfmt 6 -evalue 0.01 -out DRR34.mature.blast.txt -num_alignments 1m8格式說明Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit scor

5、emiRNAS.pl統(tǒng)計(jì)比對上miRNA的uniq數(shù)和reads數(shù) 計(jì)算miRNA表達(dá)量得到去除miRNA的fasta文件Rfam(blastn)Rfam:blastn -query DRR34.removeMirna.fasta -db/home/qiime/bio/miRNA/software/Rfam/hsa.Rfam.fa sta -task blastn-short -outfmt 6 -evalue 0.01 -out DRR34.Rfam.blast.txt -num_alignments 1m8格式說明Query id,Subject id,% identity,alignme

6、nt length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score比對統(tǒng)計(jì)ncRNAuniqreadsmiRNA47271106427rRNA116771snoRNA49731otherNcRNA2359782tRNA46721672snRNA822764unAnnonio264344899比對統(tǒng)計(jì)主要內(nèi)容 數(shù)據(jù)質(zhì)控reads長度分布統(tǒng)計(jì)全組比對已知miRNA鑒定 Rfam數(shù)據(jù)庫比對差異表達(dá) miRNA靶新miRNA其它分析差異表達(dá)列表idbaseMean AbaseMeanBfoldChang

7、 elog2FoldC hangepvalpadjhsa-miR- 92a-3p1537.3314814158.4445732.7049758781.4356157291.68E-2341.01E-231hsa-miR- 222-3p4022.21580610818.637672.6897208381.4274564451.06E-2273.17E-225hsa-miR- 6073346.87263111547.5749964.4615079332.1575314051.57E-1853.14E-183hsa-miR- 199b-5p48.699534710.208584123.3517108

8、82.19E-1843.29E-182hsa-miR- 27b-3p153.4458548646.07345774.2104327862.0739685342.29E-1432.74E-141hsa-miR- 223-3p2182.0835774689.2035552.1489568981.1036365474.59E-1324.58E-130hsa-miR- 340-5p2109.6675931048.2618710.496884853- 1.0090165323.68E-1143.15E-112熱圖火山圖靶 Scan mirDB psRNA(植物)主要內(nèi)容 數(shù)據(jù)質(zhì)控reads長度分布統(tǒng)計(jì)全組比對已知miRNA鑒定 Rfam數(shù)據(jù)庫比對差異表達(dá)

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